Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002730.4
Sequence Length
2695 nt
GC Content
0.5647
ACAGACAGCGGCAGAGAUCUUGGGCUGAGGUUCCCGGGCGGGCGGGCGCGGAGAGACGCGGGAAGCAGGGGCUGGGCGGGGGUCGCGGCGCCGCAGCUAGCGCAGCCAGCCCGAGGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCAGCGCGCUCCGGGGCCGCCGGCCGCAGCCAGCACCCGCCGCGCCGCAGCUCCGGGACCGGCCCCGGCCGCCGCCGCCGCGAUGGGCAACGCCGCCGCCGCCAAGAAGGGCAGCGAGCAGGAGAGCGUGAAAGAAUUCUUAGCCAAAGCCAAAGAAGAUUUUCUUAAAAAAUGGGAAAGUCCCGCUCAGAACACAGCCCACUUGGAUCAGUUUGAACGAAUCAAGACCCUCGGCACGGGCUCCUUCGGGCGGGUGAUGCUGGUGAAACACAAGGAGACCGGGAACCACUAUGCCAUGAAGAUCCUCGACAAACAGAAGGUGGUGAAACUGAAACAGAUCGAACACACCCUGAAUGAAAAGCGCAUCCUGCAAGCUGUCAACUUUCCGUUCCUCGUCAAACUCGAGUUCUCCUUCAAGGACAACUCAAACUUAUACAUGGUCAUGGAGUACGUGCCCGGCGGGGAGAUGUUCUCACACCUACGGCGGAUCGGAAGGUUCAGUGAGCCCCAUGCCCGUUUCUACGCGGCCCAGAUCGUCCUGACCUUUGAGUAUCUGCACUCGCUGGAUCUCAUCUACAGGGACCUGAAGCCGGAGAAUCUGCUCAUUGACCAGCAGGGCUACAUUCAGGUGACAGACUUCGGUUUCGCCAAGCGCGUGAAGGGCCGCACUUGGACCUUGUGCGGCACCCCUGAGUACCUGGCCCCUGAGAUUAUCCUGAGCAAAGGCUACAACAAGGCCGUGGACUGGUGGGCCCUGGGGGUUCUUAUCUAUGAAAUGGCCGCUGGCUACCCGCCCUUCUUCGCAGACCAGCCCAUCCAGAUCUAUGAGAAGAUCGUCUCUGGGAAGGUGCGCUUCCCUUCCCACUUCAGCUCUGACUUGAAGGACCUGCUGCGGAACCUCCUGCAGGUAGAUCUCACCAAGCGCUUUGGGAACCUCAAGAAUGGGGUCAACGAUAUCAAGAACCACAAGUGGUUUGCCACAACUGACUGGAUUGCCAUCUACCAGAGGAAGGUGGAAGCUCCCUUCAUACCAAAGUUUAAAGGCCCUGGGGAUACGAGUAACUUUGACGACUAUGAGGAAGAAGAAAUCCGGGUCUCCAUCAAUGAGAAGUGUGGCAAGGAGUUUUCUGAGUUUUAGGGGCAUGCCUGUGCCCCCAUGGGUUUUCUUUUUUCUUUUUUCUUUUUUUUGGUCGGGGGGGUGGGAGGGUUGGAUUGAACAGCCAGAGGGCCCCAGAGUUCCUUGCAUCUAAUUUCACCCCCACCCCACCCUCCAGGGUUAGGGGGAGCAGGAAGCCCAGAUAAUCAGAGGGACAGAAACACCAGCUGCUCCCCCUCAUCCCCUUCACCCUCCUGCCCCCUCUCCCACUUUUCCCUUCCUCUUUCCCCACAGCCCCCCAGCCCCUCAGCCCUCCCAGCCCACUUCUGCCUGUUUUAAACGAGUUUCUCAACUCCAGUCAGACCAGGUCUUGCUGGUGUAUCCAGGGACAGGGUAUGGAAAGAGGGGCUCACGCUUAACUCCAGCCCCCACCCACACCCCCAUCCCACCCAACCACAGGCCCCACUUGCUAAGGGCAAAUGAACGAAGCGCCAACCUUCCUUUCGGAGUAAUCCUGCCUGGGAAGGAGAGAUUUUUAGUGACAUGUUCAGUGGGUUGCUUGCUAGAAUUUUUUUAAAAAAACAACAAUUUAAAAUCUUAUUUAAGUUCCACCAGUGCCUCCCUCCCUCCUUCCUCUACUCCCACCCCUCCCAUGUCCCCCCAUUCCUCAAAUCCAUUUUAAAGAGAAGCAGACUGACUUUGGAAAGGGAGGCGCUGGGGUUUGAACCUCCCCGCUGCUAAUCUCCCCUGGGCCCCUCCCCGGGGAAUCCUCUCUGCCAAUCCUGCGAGGGUCUAGGCCCCUUUAGGAAGCCUCCGCUCUCUUUUUCCCCAACAGACCUGUCUUCACCCUUGGGCUUUGAAAGCCAGACAAAGCAGCUGCCCCUCUCCCUGCCAAAGAGGAGUCAUCCCCCAAAAAGACAGAGGGGGAGCCCCAAGCCCAAGUCUUUCCUCCCAGCAGCGUUUCCCCCCAACUCCUUAAUUUUAUUCUCCGCUAGAUUUUAACGUCCAGCCUUCCCUCAGCUGAGUGGGGAGGGCAUCCCUGCAAAAGGGAACAGAAGAGGCCAAGUCCCCCCAAGCCACGGCCCGGGGUUCAAGGCUAGAGCUGCUGGGGAGGGGCUGCCUGUUUUACUCACCCACCAGCUUCCGCCUCCCCCAUCCUGGGCGCCCCUCCUCCAGCUUAGCUGUCAGCUGUCCAUCACCUCUCCCCCACUUUCUCAUUUGUGCUUUUUUCUCUCGUAAUAGAAAAGUGGGGAGCCGCUGGGGAGCCACCCCAUUCAUCCCCGUAUUUCCCCCUCUCAUAACUUCUCCCCAUCCCAGGAGGAGUUCUCAGGCCUGGGGUGGGGCCCCGGGUGGGUGCGGGGGCGAUUCAACCUGUGUGCUGCGAAGGACGAGACUUCCUCUUGAACAGUGUGCUGUUGUAAACAUAUUUGAAAACUAUUACCAAUAAAGUUUUGUUUAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-973.55 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1027.25
Frequency: 0.0000
Diversity: 722.75
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((.((((((((....(((((((((......((((((.((((..(((((((...((((((..((((((((((((.(((.((((((((...(((.((...)).))).....)).)))))).))).)))))))))(((..((((((((((.(((....))).)).((((..((......))..))))...)))))))).))).((.(((......)))...))...(((.(((......))).))).(((((((.(.(((((................(((((((((((........(((((..((((((.(((((((((((.((...(((((((......(((((.((.........(((...((((.(((.(((((((((((((.(.(((((.............))))).)..)))).)))).)))))..((((........).)))((((((((((((...((.((.....((((.((((((...(((((((...((..((((..(((((((((.(((((((.......(((((.((((...)))).)))))............(((....(((.((((.(((....)))..)))).)))..))).)))).))).)))))))))))))..))...))))....((((.(.((((.(((...(((((......((((.((((((....)).))))))))......))))))))..)))))))))((((((........))))))))).))))))))))...))))))))))))))))))).)))).)))(((((((.........)))))))..(((.((((.(.(((....(((((((............((((.......))))((((((((((((((..(((((((...............((((...))))))))((........))...)))))))).)))).)))))((((......))))((((((((........))))))))((((((.......)))))).((((((...(((...))).)))))).)))))))))).).)))).))).((((((....))))))...))...))))).....)))))))(((((((((.((..(((((((.((((((.((...)).)))))).......(((((((.....(((.((((...((.(.....).))...)))))))...))))))).......))))))).((((.......)))))))))))))))..)).))))))))....(((((((....)))))))...))))))))))))))........))))))))))).(((((((((((.(((((((((......((.((.((((......)))))).)))))))))....)))))))))).)))....((((.(((((((((((....(((...........))).............))))))))))).))))..))))))))))))).......)))...))))))....))))))).....))))))).))))))))))))...(((((((((...((.((((......(((((((((.((.(((((.((((...)))).))))).)).....((((..((((.(((...(.((((((.............)))))))..))).))))...))))......((.(((((..((.(((((...))))).))...((((.(....))))).....(((....))).)))))))...))))))))).....)))).))..)))))))))...(((.((((..(((((((..........)))))))....)))).)))....(((((((((((((...(((........................(((......(((((..((......))..)).))).......)))...))).)))))))))))))(((....)))...............(((((.(((.....))).)))))....))))))))........((((((..((((.((....))..))))..))))))................)))))).........(((((...)))))(((((((((.(((.(((((((..((......(.(((....))))......))..))))))).)))..((((...(((((((((((.(((((((((((......................................)))))...((((((((.((......)))))))))).(((((.....))))).....(.(((...(((((((((..((..(.((((((((....((((..((((((.(((((((((((.....))))..))).)))).))))))..)))).(((((((((((((....((((.(((((.(((((...))))).............(((((((((.((.....(((...........)))...)))))))))))....))))))))).............................((...(((((((((........)))))))))...))))))))))))))))))))))).)..))))))).))))...))).).))))).).)))).)))))))...))))(((((....)))))...............................))))))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,({(((((((((((....{((((((((({,...(((((((.((((,.(((((((.{.((((((.,((((((((((((.(((.((((((((.,.(((.((...)).))).....))}}))))).))).)))))))))(({{,((((((({(({((({(..(({.{,.((((..((......))..))))..,))),,)))}))},||,{||},}..}|))...,,,||{((,{{{......))).))).(((((((.(.(((((,{........{({{{{(,.((((((((.......,,,{{,.{((((((.(((((((((((.((..,(((((((,.,..,(((({.....}},,|,{{((,,,((((.(((.(((((((({((((.{.(((((....,....,...))))).,..)))).}))).)))))..((((........)},))((((((((((((,..{(.((.....(({((((((((...((((({{..,((..((((..{((((((((.(((((((.......(((((.((((...)))).)))))............(({,,,,(((.{||{.{((,,.,|||..}}}}.))).}})).}))).))).))))))))}}})),,))...}}}}..,.{{{{.|.((((.(((...(((((......((((.((((((....)).))))))))......))))))))..)))))})}}{((({{,..,,...)))))}))).))))))))))...))))))))))))))))))).))))..||(((((((.........))))))).}|{|||{|{.,.((({{{{((((,{{.,{{,{{{{...((((.......))))((((((((((((({.,{(((((({{........}}..{((((...))))}}}}||........}},,.)))))))).)))).))))}((((......))))((((((((........))))))))((((({......,}})))),(,(((({{{((,...,}),))))))})}))}},|}},}.)))).))),|,||||....,)))))},..,...}}},),.,,.)))))))|((((((({,((..(((((((.(({(((.((...}}.})))))...|,.,(((((({....,((({((((...((.(.....).))...))))))}..,)))))))..}....))))))).((((.......))))))))))))))}..)).))))))))....(((((((....)))))))...)))))))))),))}...,,}))))),))))))).{((((((((((.((({,(((({{,...((.{(,((((......)))))).)).}},))})),)))))}}}))),))),,,.((({.(((((((((((....(((...........))).............))))))))))).)}))},))))))))))))).,.....)))...})))))..,.))))))).....))))))).))))...))))},..|}))))},|}}}||}(((({..,..((((((({{.{{.(((((.((((..,}}}}.})))),}}.....((((..((((.(((...{.((((((.............))))))}..))).))))...))))..,...,{,{{|{((((({(((((.{{{|,,,..{{{.((((.{....}))))..}},((({{{{|,|{(||((((,,(((((({||,...,.{|||.||,{|{||{{,||.{,,.,,{{,...{|||,,,.,......{{{((({|......}))))))}{{.(((((((((((((...{,,........................({{......{,,{(,.,,......,,..,)})}},..,...)}}...))).)))))))))))))||{.,,.,,|.,|}}||||......{{(((,(((.....,))}))))}.....,|||||,......}.((((((..((((.({....))..))))..))))))........,,.|||||,||||......,{{{(((((.{...||,...,,.,)).(((.(((((((..((......{.(((....))),......))..))))))).)))..})))))))))})))))))))))))}),}}}........}}}}}...............{{{.(((......))).}||.|||||}.|}}.}}}))))),}|||.(((((.....)))))...,,{.{((|..(((((((((..(({.{,(((({(((....,{{|,.{(((((.(((((((||{|.,,,,}))}..}}}.)))).))))}}.,||||,((((({(((((({{{{{{{{{.{((((,{{{{{...))))}..........(({((((((((({(.,{{,{,{...........,),}}}))))))))))))))..}}||||||,............,,}},,...........,,...(((((((((........)))))))))...}))}))))))}))))))))))))))),..))))),)}},...)))}),})})).},|}}}.)))))})...,,,)}}))}.,,}))))))|,,,{,....,.,(((((.,,.....,,,))))))}))},........
Back