Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002735.3
Sequence Length
2491 nt
GC Content
0.6323
AGUGCGGGGACCCGCUCGCUCGCUCGCCAGCCGUCCCCGCGCCCCGCGUCCCCGCGCAGCCGCCUCCUGGCCUCGGGCGCCGCGCAUCCAGGAAGGAAGCAGCCACCCUCGCCAUGGCCUCCCCGCCCGCCUGCCCCUCGGAGGAGGACGAGAGCCUGAAGGGCUGUGAGCUGUACGUGCAGCUGCACGGGAUCCAGCAGGUCCUCAAAGACUGUAUCGUCCACCUCUGCAUCUCCAAGCCCGAACGCCCCAUGAAGUUCCUCCGGGAGCACUUCGAGAAGCUGGAGAAGGAAGAAAACAGGCAGAUUUUGGCGCGGCAAAAGUCAAACUCACAGUCGGACUCCCAUGAUGAGGAGGUGUCGCCCACCCCCCCGAACCCUGUGGUGAAGGCCCGCCGCCGGCGAGGAGGCGUGAGUGCCGAGGUGUACACCGAGGAGGACGCCGUGUCCUACGUCAGGAAGGUGAUUCCCAAGGACUACAAAACCAUGACUGCGCUGGCCAAGGCCAUCUCCAAGAACGUGCUCUUCGCUCACCUGGAUGACAACGAGAGGAGUGACAUAUUCGAUGCCAUGUUCCCUGUCACUCACAUCGCUGGGGAGACUGUUAUACAGCAAGGGAAUGAAGGAGACAACUUCUAUGUCGUUGAUCAAGGGGAAGUGGAUGUGUACGUGAACGGAGAGUGGGUGACCAACAUCAGCGAGGGAGGCAGCUUCGGGGAGCUGGCGCUCAUCUACGGCACCCCCAGGGCUGCGACCGUGAAAGCCAAGACGGACCUCAAGCUCUGGGGGAUCGACCGGGACAGCUACCGGCGCAUCCUUAUGGGCAGCACGCUGAGGAAACGCAAGAUGUACGAGGAGUUCCUCAGCAAGGUCUCCAUCCUAGAGUCCCUGGAGAAGUGGGAGCGUCUGACCGUGGCGGAUGCGCUGGAGCCCGUCCAGUUUGAAGAUGGAGAGAAAAUUGUGGUCCAGGGAGAGCCUGGGGACGACUUUUACAUCAUCACGGAGGGCACCGCGUCCGUGCUGCAGCGCCGGUCCCCCAAUGAGGAGUACGUGGAGGUGGGGCGCCUGGGACCCUCUGACUACUUCGGGGAGAUUGCACUGCUGCUGAACCGGCCCCGGGCGGCCACUGUCGUGGCCCGGGGGCCCCUCAAGUGUGUGAAGCUGGACCGGCCCCGCUUCGAGCGUGUGCUGGGGCCCUGCUCUGAGAUCCUCAAGAGGAACAUUCAGCGUUACAACAGCUUCAUCUCCCUCACCGUCUGAGCACAGCUCCCGCCCUGCAGCCCCAGCUCCCCAGUGUGGUGGCCGUGCCCUGCUCGUCUGUGUCGGGGGCCCGGGAGCCGCUGUGUGAGGUGUGGGCCGGGUGGGGCUGGGUCCCGGCAGCGUGAGGACUGCCCCUUCCCCGGACUCACUUUUUGGAAUAAAUGAUCACCUUGUGCAUUUCCAAAUCAAAGGACAAGCGGACAAAAUGCAUCCCAAGAUCAAGGAAGGGACAGGCCAGCUUCCUCCCCACACGCCUCCCCGGCUGCCUCUGUGGGCUUCUCCUGGGGGGCCCACCCCACCCCUGCCAGUCUCCUGGAGAUGCUUGAGGAUCGGUCCUCCCCAGAACCAGGCCAGGACGUUGCCCCUGGGGCCUGGUGACCCUGUGAGGUCAGGUCCCCCAGAUUGAGGUCUGAGUGUGGGCAAGUGUGUCAAAAGGGGCUGCCCCCCAGGGGAGAUGAGGCUGAGAGCAGGGAGUUGAGGCCGAAGAAGUCAAGGCCCCUCCCGCAAAUGUGUACCCCUGCCCGCGCCACUGCACCCCGCCGCACCCCCACCUCCCCCGGGGGCCCUGCUGCGGAUGCCGGAGUGGGAGAGUCUCUGAGCUGUGAGAUUGAUCUUGCCCCUAAUUGGAGAGGAAGCCGGGCGCCAAGACACACGGGGCUCCUGCCUUGGGAGCCAGGGCCGCGGCCGCAGGUAGACCCCAGUAGGGGGGGCCGGGCUCGAAGUUCCUUUGGGAGGGGCUGGCGGGACUCCAGCAGGCCGUCCUCACCUUUCUUAGAAAGUCCACCCAGGGCAAGUUGAUGUUGGGGGAAAGCAGAAGUCAAGCCAGCCGCGGGCCCCACACGCCCCGACCCGCUCAACCGACUUGUCCCUUAAAUGUGUCUUGGAUCCCGCAGUGAUGACGUGAGCCAGCCAGGCCCGAAAGGGUGAGGCCAGUGCAGAGAAGCUUCCCAGGGGAUUCCUGGGUUCCCCCGAAAGACAAGCGAGGUCAUUGCAGUUCACCUGAUGUUGCUCCUGUCCCGUGCGUCCCGGGGAGGCUGUCCUUGGUCCGAGGCUGCUCGUUGCAGCCCCUCCCCUGCUGGCGGUUACGAUGCGUGGGGUCCCCCUCCCCACCCAGCCCCGGCCACGUCGCCGUGUCCCGCCUGUGCCUGUGACGUCCCUGUGGACCUGUGAGCCAUCCCCCCCCUUAUCUCUGCUCUGAAUACUGCAUGAAGCAUUAAACGUGCAAUGAAGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1070.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1110.63
Frequency: 0.0000
Diversity: 576.08
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((..(((.((......)).))).))))))))))..((((....)))).....(((....)))((((((((((.(((.((((.(...(((((.(((.(((((((((((.(((((.((((.(((((((...((((((.(((((((((((((..((((((((((((((....)))))).)))))..)))..))))..)))..........)))))).))))))..((((((.(((((((.(((((..((......)).))).))..)))).)..))))))))............))))).....((((.(((.....(((...((((((((((.............((.((((.....)))).))))))...)))))))))..))))))))).)))).)))))))))(((((((.((((((..((..((.(((((((...((((.....)))).)))).)))))..))..)))...))).))...)))))(((....))).(((((....((((((.(((((((..(((...(((((((((.((((((......(((........((((((((((.((((......))))..)))((((....)))))))))))))).......))))))...)))))).))).)))..)))))).).))))))....))))).(((....)))......))))))).))).)))))((((.(((((((((((....((((.(((((((((((..((((((..........))))...)).)))))))))))...).)))((((.(((.(((((((((((((((((.(((.(((((((((((...(..(.....)..)...)))))))))..(.(((((.((((((.....)))).)).).)))).)))))).)))))).))))))))))))))..))))........(((((((((....((((..((((((.....)))))).))))))))).))))..((((((.(......).)))))).)).))))))))).))))...........).)))).))).))))))))))..........((((((((((...((((.((((.((((...((((((..(((((((((....))))))((((((((((....(((((((((((((....((((((((...........)).))))))..((.(((((.((((....))))...))))).)).....))))))).....((((((((((.((.(.((((.(((((((....((((((.(((..((..(((((..(((.(((((((........))..))))).)))..)))))..)).))).)).)))).)))))))))))).))..))).).)))))).(((.((((((((((((.......)))))......(((((.....((((((((((................)))...))))))).....))))).))))))).)))(((.((((((((.(((...(((.....))).((((....))))((((((((((((((...((((....((.((((....))))))(((((((.(((((.(.((((..(((.(((((((((((........)))..))))))))....))).)))).).)))))((((.(((........))).))))))))))).......))))..))))))))))))))....((((.(((((.(((((..(.((((...........))))))))))(((....)))....((.(((((.((...(((..((((.((((((((.........)))))...))).)))).))).)).))))))).).)))).))))((((((....)))))).......))).))))))))..)))......))))))))))))))))((...)).))).)))))))))).)))))))).))))...((((((((...((((((.((.(((...((((.((((.((((((((.((((((((.((((.(((((((((...))))).....((((((((........(((((((((((..(..((..(((..(.((.((((.......)))))).)..)))..)))..))).))))))))...))))))))........)))).))))..((((.(((..((((....))))..)))....((......))..((((((.....))))))...(((((...(((..(((.((.((..((((.((....))..))))...)).)))))..))).))))).))))......((...(.((((((.....)))))).).)))))))))).(((.....((.((((((.......)))))).))))).((((......)))).))))))))...))).....).))))...))).)).))))))...))))))))....(((((..........))).)).((((.....))))...))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((((((..(((.((......)).))).))))))))))..{(((,...}))}|.{{,(((....)))((((((((((.(((.((((.(...(((((.(((.(((((((((({((((((.((((.(((((((...((((((.(((((({,(((((..(({(((((((((((....)))))).)))))..}))..))))).)}}..........)))))).)))))),.((((({,(({((((.(((((..({......}}.))).))..)))).)..)))))))).},.........))))).....((((.(((.....(((...{(((((((((.,{({,.....}.||}((((.....)))).,.))))...)))))))))..))))))))).)))).))))))}))(((((((.((((((..((..((.(((((((...((((.....)))).)))).)))))..))..))),..,)).))...)))))(((....))).(((((....((((((.(((((((..(((...(((((((((.((((((,.,...,{{....,,.,{(((((((((.(((,......}))),.}}}{((,...,)))}}))))})}}||}.....})))))...)))))).))}.)))..)))))).).))))))....))))),(((....))}.}....))))))).))).)))))((((.((((((((({,....((((.(((((((((((..(.((((..........))))....}.))))))))))).{{|{}|,((((.(((.(((((((((((((((((.(((.(((((((((((.{.{..,.....,..,..,)))))))))..(.(((((,((((((.....)))).)).},)))).)))))).)))))).))))))))))))))..)))).,.,,}}.(((((,(,({{,.((((..((((((.....)))))).)))),)))).),))}}|(((((.(......).)))))),)).))))))))).))))...........).)))).))).))))))))))..........{(((((((((...((((.((((.((((..,(((((({{(((((((((....)))))),(((((((((....(((((({{{((((..,,((((((((,,{,.{{,{{.||.||||||,,(({(((((.((((....))))...}))}}.},.....|||||||{,,,,(((((({(((.({,(.((((.(((((((.,..((((((.(((..((,.{{(((..(((.((((({{.{......),..))))).)))..)))))}},).))).)).)))),)))))))))))},)}..))).}.)))))).(((.((((((((((((.......}}}})......(((((.....((((((((((........,}}.....}},...))))))).....))))}.))))))).))){{{.(({{{{{{,((({{{(((.....))).{{{{,,.,||||(((,{(((((((((,..(({(.,..{{.((((....))))}}{{{{{{(,((({{.,,||||..,|{.(((((((((((........))),.})))))))....,,).)})),}.)))))||||,{{,,},,,,}.))}.))))))})))),}....,)))),.)||||}}})))))},||,||||||||||}|||,{..(.((((...........)))),},},|((....}))..}}}},}|,|||}|,...(((..((((.((((((((.........)))))...))).)))).)))}))}))))),.{(((((........)))))}..||||}}|||.....)).)))))})),,)}).,....))))))))))))))))}}..})).))).))},}})))).)))))))).)))).,.((((((((...((((((.((.(((...(((({({((.((((((((.((((((((.((((.(((((((((...)))))..,..,,(((((({((({..{(((((((...({....,,...||..|.((.((((.......)))))).,}},))}})))))))))}))))....,}})}}}}}}....,...)))).)))).|.((,.(((..((((....))))..)))..},||,,.,.,||{,(((((({....}}}}}}...{{{{{...(((..(((,{(,((..({{{.{{....)),.))))...)),))))}..))),)})))}||}}.,,.,,||,,.{.((((((.....)))))).,.,.)))))))){({{..||.{(.((((((.......)))))).}}}}}.|{{{..,,,.)))).)))))))).},})).....,.))))...))).)).))))))...))))))))..,.|||||...}.....{{({{{..,,,,....}))))}..)))))}
Back