Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002742.3
Sequence Length
3833 nt
GC Content
0.4806
GUCGCCCCGUCCUUCCGAGCGCGCCAGGCGGCAGAUUCUUGGCGGCGGCGGCGCCUCCCCAGUGCCGGCGGCCCCGAGCCGGCUGCCGCGUUCCGGGCCUCAGAGUCCUCCCGCCUCGGCCAUUUUCCCUCCUCCCCAUCUCCUCCCCUUAGUCCCCUCCCCUCCCGAUCCUCAUCCCCUUGCCCUCCCCCAGCCCAGGGACUUUUCCGGAAAGUUUUUAUUUUCCGUCUGGGCUCUCGGAGAAAGAAGCUCCUGGCUCAGCGGCUGCAAAACUUUCCUGCUGCCGCGCCGCCAGCCCCCGCCCUCCGCUGCCCGGCCCUGCGCCCCGCCGAGCGAUGAGCGCCCCUCCGGUCCUGCGGCCGCCCAGUCCGCUGCUGCCCGUGGCGGCGGCAGCUGCCGCAGCGGCCGCCGCACUGGUCCCAGGGUCCGGGCCCGGGCCCGCGCCGUUCUUGGCUCCUGUCGCGGCCCCGGUCGGGGGCAUCUCGUUCCAUCUGCAGAUCGGCCUGAGCCGUGAGCCGGUGCUGCUGCUGCAGGACUCGUCCGGGGACUACAGCCUGGCGCACGUCCGCGAGAUGGCUUGCUCCAUUGUCGACCAGAAGUUCCCUGAAUGUGGUUUCUACGGAAUGUAUGAUAAGAUCCUGCUUUUUCGCCAUGACCCUACCUCUGAAAACAUCCUUCAGCUGGUGAAAGCGGCCAGUGAUAUCCAGGAAGGCGAUCUUAUUGAAGUGGUCUUGUCAGCUUCCGCCACCUUUGAAGACUUUCAGAUUCGUCCCCACGCUCUCUUUGUUCAUUCAUACAGAGCUCCAGCUUUCUGUGAUCACUGUGGAGAAAUGCUGUGGGGGCUGGUACGUCAAGGUCUUAAAUGUGAAGGGUGUGGUCUGAAUUACCAUAAGAGAUGUGCAUUUAAAAUACCCAACAAUUGCAGCGGUGUGAGGCGGAGAAGGCUCUCAAACGUUUCCCUCACUGGGGUCAGCACCAUCCGCACAUCAUCUGCUGAACUCUCUACAAGUGCCCCUGAUGAGCCCCUUCUGCAAAAAUCACCAUCAGAGUCGUUUAUUGGUCGAGAGAAGAGGUCAAAUUCUCAAUCAUACAUUGGACGACCAAUUCACCUUGACAAGAUUUUGAUGUCUAAAGUUAAAGUGCCGCACACAUUUGUCAUCCACUCCUACACCCGGCCCACAGUGUGCCAGUACUGCAAGAAGCUUCUGAAGGGGCUUUUCAGGCAGGGCUUGCAGUGCAAAGAUUGCAGAUUCAACUGCCAUAAACGUUGUGCACCGAAAGUACCAAACAACUGCCUUGGCGAAGUGACCAUUAAUGGAGAUUUGCUUAGCCCUGGGGCAGAGUCUGAUGUGGUCAUGGAAGAAGGGAGUGAUGACAAUGAUAGUGAAAGGAACAGUGGGCUCAUGGAUGAUAUGGAAGAAGCAAUGGUCCAAGAUGCAGAGAUGGCAAUGGCAGAGUGCCAGAACGACAGUGGCGAGAUGCAAGAUCCAGACCCAGACCACGAGGACGCCAACAGAACCAUCAGUCCAUCAACAAGCAACAAUAUCCCACUCAUGAGGGUAGUGCAGUCUGUCAAACACACGAAGAGGAAAAGCAGCACAGUCAUGAAAGAAGGAUGGAUGGUCCACUACACCAGCAAGGACACGCUGCGGAAACGGCACUAUUGGAGAUUGGAUAGCAAAUGUAUUACCCUCUUUCAGAAUGACACAGGAAGCAGGUACUACAAGGAAAUUCCUUUAUCUGAAAUUUUGUCUCUGGAACCAGUAAAAACUUCAGCUUUAAUUCCUAAUGGGGCCAAUCCUCAUUGUUUCGAAAUCACUACGGCAAAUGUAGUGUAUUAUGUGGGAGAAAAUGUGGUCAAUCCUUCCAGCCCAUCACCAAAUAACAGUGUUCUCACCAGUGGCGUUGGUGCAGAUGUGGCCAGGAUGUGGGAGAUAGCCAUCCAGCAUGCCCUUAUGCCCGUCAUUCCCAAGGGCUCCUCCGUGGGUACAGGAACCAACUUGCACAGAGAUAUCUCUGUGAGUAUUUCAGUAUCAAAUUGCCAGAUUCAAGAAAAUGUGGACAUCAGCACAGUAUAUCAGAUUUUUCCUGAUGAAGUACUGGGUUCUGGACAGUUUGGAAUUGUUUAUGGAGGAAAACAUCGUAAAACAGGAAGAGAUGUAGCUAUUAAAAUCAUUGACAAAUUACGAUUUCCAACAAAACAAGAAAGCCAGCUUCGUAAUGAGGUUGCAAUUCUACAGAACCUUCAUCACCCUGGUGUUGUAAAUUUGGAGUGUAUGUUUGAGACGCCUGAAAGAGUGUUUGUUGUUAUGGAAAAACUCCAUGGAGACAUGCUGGAAAUGAUCUUGUCAAGUGAAAAGGGCAGGUUGCCAGAGCACAUAACGAAGUUUUUAAUUACUCAGAUACUCGUGGCUUUGCGGCACCUUCAUUUUAAAAAUAUCGUUCACUGUGACCUCAAACCAGAAAAUGUGUUGCUAGCCUCAGCUGAUCCUUUUCCUCAGGUGAAACUUUGUGAUUUUGGUUUUGCCCGGAUCAUUGGAGAGAAGUCUUUCCGGAGGUCAGUGGUGGGUACCCCCGCUUACCUGGCUCCUGAGGUCCUAAGGAACAAGGGCUACAAUCGCUCUCUAGACAUGUGGUCUGUUGGGGUCAUCAUCUAUGUAAGCCUAAGCGGCACAUUCCCAUUUAAUGAAGAUGAAGACAUACACGACCAAAUUCAGAAUGCAGCUUUCAUGUAUCCACCAAAUCCCUGGAAGGAAAUAUCUCAUGAAGCCAUUGAUCUUAUCAACAAUUUGCUGCAAGUAAAAAUGAGAAAGCGCUACAGUGUGGAUAAGACCUUGAGCCACCCUUGGCUACAGGACUAUCAGACCUGGUUAGAUUUGCGAGAGCUGGAAUGCAAAAUCGGGGAGCGCUACAUCACCCAUGAAAGUGAUGACCUGAGGUGGGAGAAGUAUGCAGGCGAGCAGGGGCUGCAGUACCCCACACACCUGAUCAAUCCAAGUGCUAGCCACAGUGACACUCCUGAGACUGAAGAAACAGAAAUGAAAGCCCUCGGUGAGCGUGUCAGCAUCCUCUGAGUUCCAUCUCCUAUAAUCUGUCAAAACACUGUGGAACUAAUAAAUACAUACGGUCAGGUUUAACAUUUGCCUUGCAGAACUGCCAUUAUUUUCUGUCAGAUGAGAACAAAGCUGUUAAACUGUUAGCACUGUUGAUGUAUCUGAGUUGCCAAGACAAAUCAACAGAAGCAUUUGUAUUUUGUGUGACCAACUGUGUUGUAUUAACAAAAGUUCCCUGAAACACGAAACUUGUUAUUGUGAAUGAUUCAUGUUAUAUUUAAUGCAUUAAACCUGUCUCCACUGUGCCUUUGCAAAUCAGUGUUUUUCUUACUGGAGCUUCAUUUUGGUAAGAGACAGAAUGUAUCUGUGAAGUAGUUCUGUUUGGUGUGUCCCAUUGGUGUUGUCAUUGUAAACAAACUCUUGAAGAGUCGAUUAUUUCCAGUGUUCUAUGAACAACUCCAAAACCCAUGUGGGAAAAAAAUGAAUGAGGAGGGUAGGGAAUAAAAUCCUAAGACACAAAUGCAUGAACAAGUUUUAAUGUAUAGUUUUGAAUCCUUUGCCUGCCUGGUGUGCCUCAGUAUAUUUAAACUCAAGACAAUGCACCUAGCUGUGCAAGACCUAGUGCUCUUAAGCCUAAAUGCCUUAGAAAUGUAAACUGCCAUAUAUAACAGAUACAUUUCCCUCUUUCUUAUAAUACUCUGUUGUACUAUGGAAAAUCAGCUGCUCAGCAACCUUUCACCUUUGUGUAUUUUUCAAUAAUAAAAAAUAUUCUUGUCAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1188.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1257.70
Frequency: 0.0000
Diversity: 1192.45
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
................((((((((((((((((((((((.((((.(.(((((.(.((((((.(.((((((((((.......)))))))).)).).))).....))).)...))))).).))))....((((((((..(((........((((((((((((((((((((..(((((.......((.((((((.((((((((........((((((((....))))))))))))))))...((((.......))))((((...(((((.(((.........))).)))))...))))(((((((.........(((((((((((((((.(((...)))..).))))....(((((.(.((((((((...(.(.(((((((((......))))))))).).)...)))))))).).)))))....)))).))))))(((((.((((((((....)))).......)))).))))).)))))))((((((..(((.(((..(.(((((((..(((((..((((...((((..((...(((((((((((.((((....((...))....)))).)).))))((((..(((((.((((.(((..(((((.(((...((((...)))).........(((((((((..((((((((((..((.(((((((.(((((.......)))))..)))...)).)).)))))).......)))))))))))))))......(((((((((((((((.....((((.(.((((.(((((((((((((((((((((((........(((((.(((((....))))).))))).......)))))...)).))))))))((((((.....(((.(((((((((.....((((((.......)))))).......)))))))))...............((((((.((((((((((....(((..........((((.....))))..)))....))))).).)))))))))).........(((((.(.(((((.((((((((((............((((((((((........((((((.(((..((((....((.((((.....)))))).))))..)))..))))))..))))))))))...........(((((.((((((...(((...((............))...)))))))))..)))))((.....))....)))))))))).)))))..).)))))..((((((..((.((((......)))).)).....)))))))))....))))))......(((((((((.(((((((((....)))....)))))).)))..))))))))))))))...)))).).))))..))))))..)))))).)))...........))).)))))..))).)))))))))..))))...))))).))..))))...)))).)))))..)).))).)).)..))))))))))))(((...(((((.....((((((((((((................)))).))..............((((((....((((((((((((..(((((.......(((((.(.....(((((...(((.((......((.((((...)))))).......))..)))..)))))........).)).))).......)))))....))))))))))))(((((((..((((.((....((((((....(((((...)))))))))))...)).)))))))))))..(((....)))..............((((((((.....))))))))......((((((((((.....))))))).)))..))))))......)))))).......(((((((((............(((....)))..)))).)))))(((((((.((((((((.(((((((((((.((.(((((...((((((...............))))))......(((((((((((((...(((..(((((((....)))))))))).)))).....((((((((((((.((.......(((........)))(((((((((((.......)))))...)))))))).))))).)))))))...((((((.((..((((...(((((((....(..((.(((............))).))..)...)))))))))))..))))))))(((((((((((((.....)))))))......(((((.(((...........))).)))))(((((((.((((((((((.((((((((...)).))))))(((.(((((((.....))))))).)))..((.(..((((((.((...((((((...(((...(((((.(((((.(...((((.((.(((........))).))))))))))))))))).)))))))))....)).))))))..).))((((((((..((((..((((((((((......)))((.(((((..(((((((.........(((((((.(((...))).)))))))(((((((....)))))))..((((((.((((((....))))))...)))))))))))))....))))).))(((((.......)))))...)))))))..)))))))))))).((((((((((..(((.....))))))).............))))))))))))))))..))))))).........)))))).))))))))).......))))).))...))))))(((....)))...(((((((.(((....((.((................)))).....))).))))))).(((((((((....))))).)))).))).))..)))))))).)))))))....))))).)))......)))))).))..((((((........))))))...))))))))))).........)).)))..))))))).))...((((((.((((((((........((.(((((((((((((.((((((((.((.................))..))))).))).))(.(((.((.....(((......))).....))))).)....))))))))..))).)).........))))))))...((((..(((..((((((((((...........((((.(((((((((((((((((((....))))).((((((((...(((.........)))...)))))))).))).))))).)))))).)))).((((.(((((...)))))..))))........(((((.........))))).(((((....))))).....(((((((....(((((((((((((((....)))...)))))......(((((((((.....))))))))))))))))))))))).......))))))))))..)))))))....((((.((((((((((.(((.(((((((...)))))...)).))).)))))........))))).))))......))))))......)))...))))))))..((((......))))(((((....((((((............)))))).))))))))))...)))).)))))))))).))).................((((((((((......))))).....(((.(((....)))))).........((((((((..(((..........))).))))))))....(((((.(((.(((......))).))))))))....(((....)))..............(.((((((((........)))))))).))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
................((((((((((((((((((((((.((((.(.(((((.(.((((((.{.((((((((((.......)))))))).)).).))).....))).}...))))).).))))....((((((((..{,{,,,.....{{(((({{{({{{{({{{{{..{{{{{.....,,({.(((({,.((((((((,,.....,|(((((((....)))))))}})))))))...||||.......|}}|((((...(((((.(((.........))).)))))...)))}(((((((,,....,,.((((((((((((((,.(((...)))..}.)))}....(((((.(.((((((((...(.{.(((((((((....,.))))))))).).,...)))))))).).)))))....)))).)))))){{(((.((((((((....))))......,)))).))))).))))))){{{((({,{({.(((||(|((((({{,.|||{{|,||(({,.((((.,{{||,(({|{{{{{{|,||{|....|||||}},,,.}}}}{||,|}}}{|||,|{{{{{{{{{{,(((..,((((,{{{{,,.{{{{|{|,.,{||{{{{,{{{{.,((((,({({{(((({(((({,,{..,.{{(((,...,,,{.{(((((.(((({..((((...(((,..(((((..(((.((.....{(({,{.((((((.((.((((({{{({(,{(({((((((((..{(((.(((((((((((((((........(((((.(((((....))))).))))).......)))))...)).)))))))).))}.,...)))))))),}}.|||..{(((((,,,.{{{{{.,,||||.....}}}}.))))}..}})))}......,,}}},)))).))))).)).)))))),)))}.....}})))..))))),..,.)}}...))))...))))).))))}|,,,,...,,,{{,{.,{{{({(((((({,,({{......,{,,{((((({(((,,....,,{{{(((.(((..{{{{....||,|,{|,...,)})))).))))..}}|,,}|||||.{|||}}}}}}),,,...,,,,,.|||{.,{{{{{..{(((((({{((((({....{{||,{{{{{||||||..|||{{(({((..,{{{{{||||}}}}))}))))).,}.,))))}}||||....,{,((((......)))).,.....,{|{|||,,.....}},,...}}..{((((({(((.{((((((({....}))....)))))}.)))..})))))).}},}}.)))))}).)))..}..))))))))))))))}},,.))),..,,..))).)))))}})||{|,||,||},..,,}),,},))))..},,)))),}.}}}}.}||||,.}},))),}}.,..}}))))))))}|}}|.,,}}..,.....(({{{{{{((((................)))).}}..............((((({...,((||(({{((({.,(({((.......{{{.{{{{....(((((,|.{{(,{{...,..{{|({{{,,|||},|,.,.,,,,|,.,}}}..))))},,....,,|.||,|||{.{,{,,|}}}|,...}||}||||}}}}(((((((..((((.{(....((((((....(((((...)))))))))))...}}.))))))))))}..,||.,..}}....}},,,..,,.,|{((((((.....)))))))}......{{{(((((((.....))))))).}}}..}))))}.....,}}))})....,{{(({(({({(((((((....({,((....,,,}}.))..,)))))|{{|||,{|||{{||,{{{||{{|{,,.||.|||{|,.,((((((..(,,,.........}})))),{{{,{(((((({({{(,{...{{{..(((((((....)))))))}}}..,,|,{{.{((((((((((((.((.......{(({.......,)}(((((((((((.......))))),..}))))))).))))).)))))))}.,|||{{|,||,,|||{...{(({({{....{..{{.(((,,..........}||,||.,|...}}}}}}||||}..}}}}}}}|({{,{{(((((((,...,)))))|||..|||{{{{{.(((...........))),||}}|(((((((.((((((((({.,((((({{...,}.)))))|(((.{((((((.....))))))}.)))}.,,,{|,{{((({.||,,,{(((((..,{{{.,,(((((((((((.(,..{(({{((.(((........))).))))))))))))}}))),)))))}))}....,,.}))})),.},||((({(({,..{{{{..((((((({{({{{{|,.,}((.(((((..(((((((.........(((((((.(((...))).))))))){((((((....))))))}.,(((((({((((((....)))))).},)))))})))))))....))))).)}{||||,,.....))}}}...)))}))).,)))))))))))),|{{{{{{{{{..(((.....)))))))...,,,,......))))),})))))))))..))))))).,}}}})},})}))),}}}}|||}|,,.....,)))}.)),..}}}}})|||,..,}}},,.(((((((.{({...,((,{{..,,............)))}.....))).))))))},(({((((((....))))).)))).}},,}}..)))))))},))))))}}),})))))},}.......)))))),}}..((((((........))))))...}))))}))))}..,,.{{{{|}{}}}..||)|))),,,..}|||{{,.((((((((........{{.(((((((((((((.((((((((.{(,......,,,.......,,..))))).))).))(.(((.{{.....(((......))).....,,))).)....))))))))..))).,,.........))))))))...{{{{.,(((..((((((((((|||,,,.,|,,((({.{{((((((({{((((((({....})))).((((((((...(((,......,.)))...)))))))).})).))))).||}}||,|}}}.{{{{.{{((|...,|||}..}))}...,,..,}}}}}}},,}}},,,||||||,,,}}}}})}}}},,.,,|}}||||....|||||}}((((({({....)))...)))))....{((((((((({.....})))))))))))))))}},)))}.,))}..))))))))))..)))))))....{(((.((((((((.{..,{{,.(((((...))))).,,....,},.,}}}|||.}})}))))).)))}......}))))).......,}...)))))))).,{({{......}))){{{{{....((((((.,,......,,.)))))).}}}},)))))...)))).))))))))))},)).,...............(((({{((((......))))}.....(((.(({....}}}})}...,..,,,|{{{{{{{..{{{{{{{{{{{{{|||,,},}}},,....,,,,..,,{.{,,,}}}}}))).))))),,,....{{{,,..})).......,......|.{(((((((........)))))))).})))))....
Back