Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002778.4
Sequence Length
2748 nt
GC Content
0.5415
GCAUUGCAGACUGCGGAGUCAGACGGCGCUAUGUACGCCCUCUUCCUCCUGGCCAGCCUCCUGGGCGCGGCUCUAGCCGGCCCGGUCCUUGGACUGAAAGAAUGCACCAGGGGCUCGGCAGUGUGGUGCCAGAAUGUGAAGACGGCGUCCGACUGCGGGGCAGUGAAGCACUGCCUGCAGACCGUUUGGAACAAGCCAACAGUGAAAUCCCUUCCCUGCGACAUAUGCAAAGACGUUGUCACCGCAGCUGGUGAUAUGCUGAAGGACAAUGCCACUGAGGAGGAGAUCCUUGUUUACUUGGAGAAGACCUGUGACUGGCUUCCGAAACCGAACAUGUCUGCUUCAUGCAAGGAGAUAGUGGACUCCUACCUCCCUGUCAUCCUGGACAUCAUUAAAGGAGAAAUGAGCCGUCCUGGGGAGGUGUGCUCUGCUCUCAACCUCUGCGAGUCUCUCCAGAAGCACCUAGCAGAGCUGAAUCACCAGAAGCAGCUGGAGUCCAAUAAGAUCCCAGAGCUGGACAUGACUGAGGUGGUGGCCCCCUUCAUGGCCAACAUCCCUCUCCUCCUCUACCCUCAGGACGGCCCCCGCAGCAAGCCCCAGCCAAAGGAUAAUGGGGACGUUUGCCAGGACUGCAUUCAGAUGGUGACUGACAUCCAGACUGCUGUACGGACCAACUCCACCUUUGUCCAGGCCUUGGUGGAACAUGUCAAGGAGGAGUGUGACCGCCUGGGCCCUGGCAUGGCCGACAUAUGCAAGAACUAUAUCAGCCAGUAUUCUGAAAUUGCUAUCCAGAUGAUGAUGCACAUGCAACCCAAGGAGAUCUGUGCGCUGGUUGGGUUCUGUGAUGAGGUGAAAGAGAUGCCCAUGCAGACUCUGGUCCCCGCCAAAGUGGCCUCCAAGAAUGUCAUCCCUGCCCUGGAACUGGUGGAGCCCAUUAAGAAGCACGAGGUCCCAGCAAAGUCUGAUGUUUACUGUGAGGUGUGUGAAUUCCUGGUGAAGGAGGUGACCAAGCUGAUUGACAACAACAAGACUGAGAAAGAAAUACUCGACGCUUUUGACAAAAUGUGCUCGAAGCUGCCGAAGUCCCUGUCGGAAGAGUGCCAGGAGGUGGUGGACACGUACGGCAGCUCCAUCCUGUCCAUCCUGCUGGAGGAGGUCAGCCCUGAGCUGGUGUGCAGCAUGCUGCACCUCUGCUCUGGCACGCGGCUGCCUGCACUGACCGUUCACGUGACUCAGCCAAAGGACGGUGGCUUCUGCGAAGUGUGCAAGAAGCUGGUGGGUUAUUUGGAUCGCAACCUGGAGAAAAACAGCACCAAGCAGGAGAUCCUGGCUGCUCUUGAGAAAGGCUGCAGCUUCCUGCCAGACCCUUACCAGAAGCAGUGUGAUCAGUUUGUGGCAGAGUACGAGCCCGUGCUGAUCGAGAUCCUGGUGGAGGUGAUGGAUCCUUCCUUCGUGUGCUUGAAAAUUGGAGCCUGCCCCUCGGCCCAUAAGCCCUUGUUGGGAACUGAGAAGUGUAUAUGGGGCCCAAGCUACUGGUGCCAGAACACAGAGACAGCAGCCCAGUGCAAUGCUGUCGAGCAUUGCAAACGCCAUGUGUGGAACUAGGAGGAGGAAUAUUCCAUCUUGGCAGAAACCACAGCAUUGGUUUUUUUCUACUUGUGUGUCUGGGGGAAUGAACGCACAGAUCUGUUUGACUUUGUUAUAAAAAUAGGGCUCCCCCACCUCCCCCAUUUCUGUGUCCUUUAUUGUAGCAUUGCUGUCUGCAAGGGAGCCCCUAGCCCCUGGCAGACAUAGCUGCUUCAGUGCCCCUUUUCUCUCUGCUAGAUGGAUGUUGAUGCACUGGAGGUCUUUUAGCCUGCCCUUGCAUGGCGCCUGCUGGAGGAGGAGAGAGCUCUGCUGGCAUGAGCCACAGUUUCUUGACUGGAGGCCAUCAACCCUCUUGGUUGAGGCCUUGUUCUGAGCCCUGACAUGUGCUUGGGCACUGGUGGGCCUGGGCUUCUGAGGUGGCCUCCUGCCCUGAUCAGGGACCCUCCCCGCUUUCCUGGGCCUCUCAGUUGAACAAAGCAGCAAAACAAAGGCAGUUUUAUAUGAAAGAUUAGAAGCCUGGAAUAAUCAGGCUUUUUAAAUGAUGUAAUUCCCACUGUAAUAGCAUAGGGAUUUUGGAAGCAGCUGCUGGUGGCUUGGGACAUCAGUGGGGCCAAGGGUUCUCUGUCCCUGGUUCAACUGUGAUUUGGCUUUCCCGUGUCUUUCCUGGUGAUGCCUUGUUUGGGGUUCUGUGGGUUUGGGUGGGAAGAGGGCCAUCUGCCUGAAUGUAACCUGCUAGCUCUCCGAAGGCCCUGCGGGCCUGGCUUGUGUGAGCGUGUGGACAGUGGUGGCCGCGCUGUGCCUGCUCGUGUUGCCUACAUGUCCCUGGCUGUUGAGGCGCUGCUUCAGCCUGCACCCCUCCCUUGUCUCAUAGAUGCUCCUUUUGACCUUUUCAAAUAAAUAUGGAUGGCGAGCUCCUAGGCCUCUGGCUUCCUGGUAGAGGGCGGCAUGCCGAAGGGUCUGCUGGGUGUGGAUUGGAUGCUGGGGUGUGGGGGUUGGAAGCUGUCUGUGGCCCACUUGGGCACCCACGCUUCUGUCCACUUCUGGUUGCCAGGAGACAGCAAGCAAAGCCAGCAGGACAUGAAGUUGCUAUUAAAUGGACUUCGUGAUUUUUGUUUUGCACUAAAGUUUCUGUGAUUUAACAAUAAAAUUCUGUUAGCCAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1036.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1090.07
Frequency: 0.0000
Diversity: 680.27
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.(((((..(((((((..(((.((((.......)))).)))..))))(.((((.((((((((((.((((....)))))))(((((....))))).......(((((((((((((((((((.(.(.((((...(((.(((..((((((...(((((((.(((((...)))))))))))).....((((......))))(((.(((.....))).)))................(((((((...((((((((.((.(((((..((...........(((((((((.((((((((..((((.(((((......(((..(.(((.......))))..)))..)))).).))))..))))).)))))))).))))..((((......))))(((((........)))))((((((((((((.((((.((((((((.......((((.(((...))))))).......)))))))).....))))...(((..((((.(((......))).)))).)))(((...((..(.((((.(((((........))))).)))).)..)).))).....)))))))))))).))..)))))..(((((............))))).(.((((((((((.(((((((..(((((((...(((((.(((((((((...(((((..(((((((....(((((((((.(((((.((((.((.....)).))))..))))).)))))..((((.((..(((((..(((.(((((....((((((((..((((...........)))).......(((((.....((...)).....))))))))))))))))))))).....((.((.((((.(((....)))..))))..)).))((((...))))........)))))..)).)))).))))...))))))).................)))))))))..)))))))))))))))))..)).)))))...)))))))))).)..)).))).)))))..))))))).........(((.........)))))))))))).)))...)).)).).).))))))).))))))))........))))))))))))))).)....(((((.((((((....(((.((.((((.....)))))).)))....)))))).))))).)))..)))))....)))((((((.((((((((((...((((.(((..(((((.((.(((((...(.(((.(.((....))..).))).).(((.((((((((((((((((.....))).(((........)))..(((..(((((..((...((((((.(((.(.((((((((((....))).)))..)))).)))).))))))..(((((((.((.(((.........))))).)))))))))..))))).)))(((((((((.((((..((((....((((........))))((((((...((((((((((((((....((..((((.((((.(.((((((((.(((((.(((.((((((((...((((((((((.((((((((((((((((....))))))))).((((((...((((((((((((((((.....)))).)))))).((((((((......)))))))))))))).)).)))).(((((((........(((((((.....)).)))))..........(((....)))...))))))).......((((......(((((.....(((((((.((((.((.....)))))).)))))))..))))).(((((((((((((((((.((.((((..((.((((.(((((..((((((......)))).))..)))))))))))..))))))))))))))(((...)))(((....))).(((((....)))))((((((.((((((.....)))))))))))).....((((.(......).))))))))))))).))))))))))).)))(((......))).((((....))))((((((((((((.(((((((((.((((((((..((((((.((.........)).)).((((((.(......((((((((((.....))))))))))....).)))))).((((..(((....)))..)))).))))....))))))..)).)))))))))....)))))))...))))))))))))..)))))...)))))).)))))...))))))))))))).))))....))......)))))).)))))))).))))))))))))))))))).))))....))))))))))))))))....((((((...))))))))).)).))..)))))))).)))))))))))))).....((((((.((.((((.....((((((((((..(((((((...)))))))(((((((((((((...(((.((((.....(((....((((((((...............((((.(((....(.((((((.(.....).)))))).)))).))))))))))))....)))))))))).)))....))))))))))((..((((((.((..(((.(((....))))))..))))))))..))..........)))))).))))....)))).)).)))))).(((((((((...........)))))))))....(((((...(((..........)))....))))).............))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(({..(((((.,,(((((,{{((.((.(({.{(({{{,((.((.((((((((({{,((({({((((.((((....))))))))||{{...,)}))}...........(((((((((((((((.{.(.((((...(((.(((,.((((((.,.(((((((((((((...)))))))))))),,.{,((((......))))|,|,{,......}||..(((,.....,)))..}..(((((((...((((((((.((.(((((..((.....,.,...(((((((((.((((((((..(((({((,(({(.{((...,{(.{,......))).))).)))}.)))).,.}))).,))))).)))))))).))))..||{{.,..,.}}},(((((........)))))((((((((((((.((((.((((((((.....,.((((.(((...))))))).}.....)))))))).....))))...(((..((((.(((......))).)))).)))(((...{{..({((((.(((((........))))).))}}})}}}}.))).....)))))))))))).})..)))))..(((((............))))).(.((((((((((.{(((({(..((((((,..{((((,{(((((((((...(((((..(((((((....(((((((((.(((((.((((.{(.....}}.))))..))))).))))}..((((.((..(((((..{(,{(((((..,{((((((({..((((.........,.}))}.......(((((.,...((...)).....)))))))))))}}))))))})...,.((.{{.((((.(((....)))..))))..}),}}((({...))))........)))))..)).)))),))))...)))))))........,........))))))))),.}))))))))))))))))..}}.)))))...)))))))))).)..)).))),,))))..})))))).........{{{.........}))))))))))).)))...)).)).).,.)))))))}})))))))..}},.}.,,))))))))).)).))...,|||||.{|||{|,...{((.((.((((.....)))))).))|,,..||||}|,}||||{|,.,,))))}),)}}))))|)|{,((((((((((...((((.(((..(((((.((.(((((...(.(((.{.((,...}}....)}).).{(|{(((((((((((((,{({.,,,{,..{{(........}||{,{{..,(((({...|,,|(((((({(({...||||{{||||,,,,)))),}},||,||,||||.}}}}}}.{(((((((.((.(((.........))))).)))))))),..}|}}}}}}}{|||((,((,,|||}}},||,.},||||.,.....{|||{((((((.{{((((((((.((,(({.{{((...||}},||}.}},||||||((((((((,((,((,((((({((((((((({,,,,{.....(((((((((....))))))))).{(({(((,.((((((((((((((((.....)))).)))))).{(((((((......)))))))})))))).,)))))).(((((((......,.{,((,{(.,,..)},}}})}........,.(((....)))...))))))),,,))))}},,,.,,,{(,((({.,{,(((((((.((((.((.....)))))).))))))).,)})))}.||||{{..((((((((.((.((((..((.((((.(((((..((((((......)))).))..)))))})))))..)))))))))))))).||.}}).{(((....)))}(((((....)))))((((((.((((((.....))))))))))))}}}}}}.||,|......},)))))))),)))).)))).,)))))}).,(((((({{{{{{{(((.,{{{||||(((({{((((({.(((((((((,{|{{(({{..{{{{{|,{{.........}}.}},|(((((.,......((((((((({.....})))))))))....,.))))}}.((((..(((....)))..)))).}}}}....)))))),,)).)))))))))....})))))|((,|(((........))))))}}|.,,,}}},,..{{{..|||||,|,,,,,}.))),}}.}))......))))))}),}})))).)))))))),,.})))))))}}))}....))))))))))))))})....((((((...)))))))))},).)).,)))))})).)))))))))))))).}}|.((((((.((.{(((.....((((((((((.,(((((((...)))))))|(((((((((,,(...(((,{({..,{((,((....((((((((,,........,,...((((.(((....(.((((((.(.....).)))))).)))).))))))))))))....))))))}})).))),,..)))))))))}((..((((((.({..(({{(((....))))))..))))))))..)).,....,,..)))))).))))....)))}.)).)))))).(((((((({.,........,)))))))))...,||||,.}}|,,.......,{{|}|...,||||,......,,))),})))}},
Back