Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002794.5
Sequence Length
4426 nt
GC Content
0.4415
AAUCUUCGCUCUGAGGUGCUGUCUCACCGGUGAGACCUGGAAGCGGGCGAGUCUCGUGCUGUGUCGGACCUGCAGCCCCUGGCCUUCCGCCACCAUGGAGUACCUCAUCGGUAUCCAAGGCCCCGACUAUGUUCUUGUCGCCUCCGACCGGGUGGCCGCCAGCAAUAUUGUCCAGAUGAAGGACGAUCAUGACAAGAUGUUUAAGAUGAGUGAAAAGAUAUUACUCCUGUGUGUUGGAGAGGCUGGAGACACUGUACAGUUUGCAGAAUAUAUUCAGAAAAACGUGCAACUUUAUAAGAUGCGAAAUGGAUAUGAAUUGUCUCCCACGGCAGCAGCUAACUUCACACGCCGAAACCUGGCUGACUGUCUUCGGAGUCGGACCCCAUAUCAUGUGAACCUCCUCCUGGCUGGCUAUGAUGAGCAUGAAGGGCCAGCGCUGUAUUACAUGGACUACCUGGCAGCCUUGGCCAAGGCCCCUUUUGCAGCCCACGGCUAUGGUGCCUUCCUGACUCUCAGUAUCCUCGACCGAUACUACACACCGACUAUCUCACGUGAGAGGGCAGUGGAACUCCUUAGGAAAUGUCUGGAGGAGCUCCAGAAACGCUUCAUCCUGAAUCUGCCAACCUUCAGUGUUCGAAUCAUUGACAAAAAUGGCAUCCAUGACCUGGAUAACAUUUCCUUCCCCAAACAGGGCUCCUAACAUCAUGUCCUCCCUCCCACUUGCCAGGGAACUUUUUUUUGAUGGGCUCCUUUAUUUUUUUCUACUCUUUUCAGGCGCACUCUUGAUAAAUGGUUAAUUCAGAAUAAAGGUGACUAUGGAUAUAAUUGAGCCCUCUGGUCCAGGUCUCAGUUUACCUAAUAUUACCUCAGAAAGGAUAUGGAGGGAAGAUGAUCUUUUUGCCAGGUCUGACUUUUCUUCCUGCUCCGCCCUCCAUUAACGCUCAGUACCCUUUAGCAGCUGACGGCCCCACGUUCUACUCCAUGCUUGGCUUCCUUUCCAACUAGCUCUUUCAUAUAUUUUACUUGCUAGUAUCUCCAUUCUCUCUAAAGUAGUGGUUCUUUUUGCCCUUAAACUUAAAUUUUUAAAUUAAUUAACCUGAAUUAAUAAUACAUGCACUUAAUGUAACAUGCAAACAGUACAAAAACAUGUAGUGAAAAAUAUUUCUUCCAGAGCUGGGUGUGGUGGCUCAUACCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGCGGGCGGAUCACGAGGUCAAGAGAGCGAGACCAUCCUGACCAACAUGGUAAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCUGGGCGUGGUGGCACGCACCCCUAGUCCCAGCUACUGGGGAGGCUGAGACAGGAGAAUCGGUCGAACCCGGGAGGCAGAGGUUGCAGUGAGCCUAGAUCGCGCCACUGUACUCCAGCCUGGCAACAGAGUGAGACUCCGUCUCAAAAAAAGAAGGAAAAAUGUUUCUUCCAUCCCUAUAAUCCAGUCAUCUGCUUCCUGCUUCCCUUCCUGGAGGAAACUUCAGCUACUAAUUUCUUAUGUUUUUUAAGAGAUAUUCUGUUACUGUGUAAAGUAUACAUACAUACAGACACAUGCCCCCUUUAAAUUUUUUAGAUUUAUUUAUUUAUUUAGAGACAGGGUCUCACUCUAGCCCAGGCUGGAGUGCUGUGGCGUAAUCUUGGCUCACUGCAACCUCCGCCUCCCGGGCCCAAGUGAUCCUCCCAUCUCAGCCUCCUGAGUAGCUAGGAUUACAGGCGCACACCACCAAUGCCCAGCUAGUUUUUGUGUUUUUCAUAGAGACAGGGUCUCACCAUGUCAUUCAGGUUGGUCUUGAACUCCUGGGCUCAAGCAGUCUGCCUGCCUUGGCUUCCCAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGUGCCCGGCUAAAAAGUAUUUUUAAGUUCUGCAUAUUGCUUAUUUCACUUAACACUAUAUUAGAGAUUGUUUUAUAUCAAUACAUAUAGAUAUGCUUAUUCUUGUUGACAGUUGCAUAAUUUUCCAUUAAAUUGAUGUAUCAUGGGCAGUUAACCAGUUACUCGUUUUACUCUUAGCAUAACUUUAGGGAACAAUGUGGAUGUUUUGUGGUUAAAGCUAUUAAAACAGUGGUUCUUGACCAGAUGUGUGUUUCAGAAUGUUCAUCUCACAUUUCCAGUUGCUACUGAUGCUGCUGGUCUAGGAACCACAUAUCAAAACCAUUUGGUCUCCGACUAAGAUAAACCCUACUUUAUCCAAUUCUGUGCUCCUCUUAAUAUCAUAUACAGAUAGGUUUUUGUUUUGUCUGUGAUUAAAUGUAUCAUCUAAGAUACUACCUACUGAUCAUAACGUUCAUAUUAAAGUAUUGGGUUAACAUUAGAUUUGGGUGUCUUAUACACUAUUUAAUACGCCAAUGAUAAAUGCCUUACACCAUAAGAAGAAAGCUAAUCAUUGAGUAAAUGGGAGAAAAGAGAUGAUUCACGUCACUACAGUUGAUUCAACCUCCAACACCACCAUGAAUAUGCAUAGGUUUGAGCUUUUAGCUAGAUUCCUGAGUGUAAGGCAUCUAUUUUAAAAGUGCCACAGGUUGGCCGGGUGCGGUGGCUCAUGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGCCGCCCGCCGAGGCGGGCGGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAAAUAUAUAACAAUUAGCCAGGCGUGGUGGCACACGCCUGUAAACCCAACUACUUGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUUGCUUGAGCCCGGGAGAGGGAGGUUGCAGUGAGCCGAGAUCAUGCCACUGCACUCCAGCCUGGCUGACAGAGCAAGACUCUGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCGCCACAGAUGAUUCUGACGCCCUACCCAGUGGAGUGCUGCUACUAAAGCACAGACUAUCCUGCUACAUGAUUUUCCCAUCUGUACAAUGACUGAAAUAGCACCUAUUCUAUGUGGUAGAUAUGAGAAUUCCAUGAAGUAAUAUAGGUAAACAUUUAGUUCAGGGCUUGGCAUGUGGUAAGUGCUCAGUAAGUGUAUAAUGAUUGGUAAACUUGUUAUUCUGCAUUCAGGCCUCACCAGGGAUGACAUACGGUUCUCUGCCUUUGAAUGUAAGUGUCCCCAGGGCAAUCUCAGGCAAGCCUGCAAACCCAUCCUGACUCUCAGUGUUUUUUUGCCAAUCUGGAUCUCUUUCCUGAGCUCCAAAUCAACUCAUUCCUAGAUAGCUCACCCUCCAGAUUUAGGGACAUCGAACUCAGUAUGUCUAAAGCUGAGCCUUACCAUCUGCCCCUCUCCAAACCGCCUCUAUGACAUUCUGUCUUAGAGAAUUAGAGCUACCUGGUUUCCCAAGUGCCCAAGUCAGAAACCCAGGCAUCAUUUAUUUUUAAUAAAUGUUUUAUUUUGGAAUAAAUUUGGUUUUACAGAAAAGUUGCAAAGAUAAUAUGGUGUCCUUAUACCCCUUAUUCAGUUUCUGUAAUGUUAACAUCUUCUAUAUACCACAGUAUGUUUGUCAAAACUGAGAAACCAACAUUGGUUGGUGUAUUAGUAUUACUAAGCUCCAGGCUUUAUUCAGAUUUUACCAGUUUUUCCACUAAUUUUCUUCUGUUCUAGGAUAUAAUCCAAGAUACAACAUUGCAUUUAGCUGGGCAUCAUUUUUAUGCCAUUCUUUAUCUCCUGUCUCUACAUGGCCACCAAGUUCUGGCAUUUCUACAUCCUAAAUCUUUUAAUUUUAUUAUAAUUUUUUAUUGUUGUUUUUCAGAGACAGGGUCUUGCUCCAUCACCUAGGCUGGAGUACAGUGGCACGAUCGUAGCUUACUGCAGUAAGUUCACUUGAACUCCUGGGCUCAAGUGAACCUCUUACCCCAGCCUCCCAACUAGCUGGGACUAGAGGGGUGCACCACUGCACCCAGCUAAUUUUGUCAAAAUUUUUUGUAGAGACAGGGUCUCGCCAUGUUGCCUAGGCUGGUCUCGAACUCUUGGCCUCAAGUGAUCCUCCCACCUUGGUCUGCCAAAGCACUGGGAUUACAGAUGUGAGCCACUGCACCCAGCCUAAUCUUUAUAAAUCUCCAUCCCCAUUACUCUGGUUCACCCCCUAUCGUUUCUUAGACUAUUUAACAGCCUCCUAACUUCACUCUACUUUUAAUCUCUUCCCUCUCCAGGUCUUUCUCCAUAUUUUAAAAAACUAGUUUCACCAUCCAUUCCUCUCUGCCCUUAAAACUUUCUGGUGGUUUUCCAUGGCUUAAGAGAAUAAAGCCCAAUUCUUUGAUUUGACAUGCUAGGCAUUCCAUAAUCCUCUCCGAACCUAACUCCCCACUUCCUUUCCCUCCUUUACACCUCAUAAAGCCUGUGUUCCAACUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1606.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1677.22
Frequency: 0.0000
Diversity: 997.49
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((.(((((((..((((((....))))))..(((((.(((.((((.....((((((.......)))))).((((((.....((((.(((((((((......((((.....((((...(((.........)))))))...))))((.(((((.((((...(((((((.......)))))))(((......)))........((((((.......))))))(((.(((((((((.(((.((((((((((((.....)))))..((((((((........((((.(((...))).))))...))))))))...)))))))...(((((((((((..(((.......)))...)))))).)))))...(((((((((((.((.(((((.(...(((((((((..((((((......)))((((((((((((.(((((....((.((....))))))))).))))))(((((.((......((((...))))..)).))))).(((.(((((((((((.......))))))...(((.((.....))..))).))))))))((((.((((((.(((....))).)))))).))))......)))))).((((...(((((....((((((.......))))))......))))).....((((((((..............(((...(((((((........(((((((((((..(....)..)))))...........((((.(.((((((((((.....(((.((((((((......))))).))).)))......)))))))))).).))))))))))....))))))).))))))))))))))).................)))..))))...)))))..).))))).....))...)))))))))))............))))))))...)))).)))............)))).)))))))......)))))))))..))))..........((((((...................))))))...(((((..(((((((((((.(((((....(((((((((((........)))))(((((((......)))))))..(((((.......)))))......(((((((........((((((((((((((((((.......((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((..(((((((((((((((((((((...(((.(((.(((..((((((((.(((((...(((((((...((((.(((((((..((((((((((((((((((((((((((((((...((.((..((((((.(((((((.((((((((((((..((((.((((.(.(..((((((((((.((((((((((((((((.((((.(((((((.(((((((((((((((...((((((((((((.(((((.......(((((((.....)))))))......................((.....))........((((((....))))))......((((((((.......))))))))..(((((...((((((.....))))))...))))).............(((((((...)))))))............))))).)))))))))))).).)))))))))))))).))))))).)))).)))))))))))))))).))))))))))..).).)))).))))..)))))))))))).))))))).))))))..)).))...))))).)))))))))))))))))))))))))..))))))).))))...)))))))...))))).))))))))..))).))).))).....)))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))...)))))))))).......(((...))).............)))))))).....)))))))(((((((((......((((((((....((.....)).....)))).))))........)))))))))....))))))..))))).).....(((........)))...)))))))))).....)))))(((((((((((....)))).)))))))(((((((((((((((..((((......((((((.......)))))).((((....))))))))..)))))).)))))))))........(((....)))....(((.((((((((.((((...........((((((.................))))))))))..)))))))))))((((((((...(((((......))))).......))))))))....(((.(((((((.((((((((......((((((((((((.(((.........))).)))))...((((.(((((((((((((...(((...((((((.((((.....))))((((...((.((((.....)))).))...((((...))))))))......((((((......))).)))........))))))...))).)).))))))))))).))))(((((((((....((((((((.(((((((((((((((((.((((((((((((..(((((((.(...(((((((.(((.(((((((.(((((((((((((((.((((((((((((.(((((((((((.((((..(((((((.(((((.....((((.(((((((..((.(((((((..(((.(((.((..((((.(((.(((((((((((.((.(((((..(((((((((((((((((((((((.(((((((((((.(.((((.((((((((.((((((((((((.(((..(((((((((((((((((...........................(((...((((....)))).))).((((...)))).(((((........))))).........((.((((.(((......))))))))).(((..(((((((((.......(((((((.(((((.((((......(((((.(((...((.((((...((((((((((...((((.((((((((.(((((((.((((((.((((((.((....)).)))))).))))))...((((.....(((((.((.((((.(((.........))))))).)))))))..)))).......((((((...(((........((((...)))))))...))))))...((((((((......((((((....(((............)))))))))......))))))))(((((((.......).))))))...))))))))))))))).)))).)))).........(((((.((((...)))).))))).....))))))....)))).))..(((((...((.....))...)))))((((((((...))))))))......((((.(((...((((......))))...))).))))(((((...(((((....)))))..)))))(((((..(((((((((...(((((..((((((....))))))........(((((...((((((....))))))...)))))......(((((...)))))....((((.......(((......)))........)))).....((((...)))))))))..)))))))))...)))))(((((.......))))))))))))))))).))))))))))))((((........))))...........................................)))))))))))))))))))))))))))))..))).)))))))))))).)))))))).)))).).))))))))))...).))).)))...)))))))))))))))))..))))).)).))))))))))).))).))))..)).))).)))..))))))).))..))))))))))).....))))).)))))))..)))).))))))))))).)))))))))))).))))))))))))))).))))))).))).)))))))).)))))))..)))))))))))).))))))))))))))))).))).)))))................(((......)))........(((........)))............................))))))))).............))))))).......................................((((((((...((((((.......))))))....)))...)))))....)))))))).))))))).)))...)))))).........................))))))).))))).............)))))))...)))................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......(((.(((((((..((((((....))))))..(((((.(((.((((...{.((((((,.,,,..,}}}}}...((((.....)))}(({(((({((((,..,{||},,,,,((({...(((.........)))))))}}}}..}))}|{{{({(((,{,.,{(({{(,{{.,.,|||}|||..,{{,.{{,,,{{{((({{((({(((.,,{,..,,,....{|{,(((((.(((((((,,({...(((((.((((.,.((,....}))....)))))))))......{((((.((((...,((((((..{((.((((...(((((((((((..(((.......)))...)))))).)))))...)))).))}....))))))..(((((((.......((.((((...(((.((.((((((((((((.(((((....((.((....))))))))).))))))(((((.((......((((...)))),.)).))))).(((.(((((((((((.......))))))...{...,,.....,,..}}),)))}})))((((.((((((.(((....))).}))))).))))......)))))).)).,}}),)))}.}}.((((((.......))))))...,{(((,.{{{{{.,,,,||||}..}}}},......(((...(((((((.....,,.(((((({{{{(,,(....,..}))))...........((((.{.((((((((((.....(((.(({(((((......))))).))}.)))......)))))))))).}.)))))))))).,,.))))))).))),|||||||{..(({.((((((((({......(((((((.((((((((.,({..........{.{(((...{{....,}..)))))},..)))))))}...{(,(((((........}..))))}}|{{{...||{........}})...))).)))))))..((((((...................)))))).....,,,..(((((((((({.(((((....((((((,,,,,........,}}}}(((((((......))))))).,(((((..,.,{{{{|||,.{{{{{{.({,({({.....,||||{||{(((((((((.,,....(((((((({(((((((((((.((((((((((((((((,.{(((((((((((((((((((((...(((.(((.(((..((((((((.(((((...(((((((.,.((((.(((((((..((((((((((((((((((((((((((((((...((.((..((((((.(((((((.((((((((((((..((((.((((.(.(..((((((((((.((((((((((((((((.((((.(((((((.(((((((((((((({...((((((((((((.(((((.,{,...(((((({.....|}}}}}},............{((....,,|,.....}}........{|||||},,.),}}}}......((((((((.......))))))))..(((((...((((((.....))))))...))))).............{{{{{{,..,||||,,,....,,,.,}}.))))).)))))))))))).),)))))))))))))).))))))).)))).)))))))))))))))).))))))))))..).).)))).))))..)))))))))))).))))))).))))))..)).))...)))))},))))))))))))))))))))))))..))))))).)))).,.)))))))...))))).))))))))..))).))).)))..,..)))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))})))))))),,.)))))))))|{{{,...{{{...}))..,....,.,,,,}}}}}}|}..{{{|,{{{{,{((((|.,,..}}}}})}}|,,|,,..,,.}}},}}..,}})))),.,||..}}}})},}}})))))}...))))))..))))).|,,...(({........)))...))))))))))..{{{|{||{((((,(((((({{,,|||||,.,,,,}|||||{{||||||{({{(((((,,,,.(({{{{......,)))),,,((((.,{.,,,}..)).})))))).})))))))),,,,,.....,{{((((((.{.(((.{(((((((.((((...........((((((.................))))))))))..))))))))))).},))}}}}}}(((((......))))).......}}}}))}))))})))}}}}..}))))))))).})).,.}}}}}}}|((((.,{{.,,,,....))).}}))}{(((((....(({((,,.......},,}.,,}},.}))))}{((({{{((((.((...(((((((.,,,,||,......|{||,.,},.....,,,,......,||..{{{{|,{{||,.,.{(((.,,}))).,}..)})).))))),||{||{|.......,})))))..((((((((.(((((((((((((((({.((((((((((((..(((((((.{...(((((((.(((.(((((((.(((((((((((((((.((((((((((((.(((((((((((.((((..(((((((.{(((({....{{{(.(((((((..((.(((((((..(((.(((.({..((((.(((.(((((((((((.((.(((((..(((((((((((((((((((((((.(((((((((((.{.((((.((((((((.((((((((((((.(((..(((((((((((((((((..(((((....,,,{((({,.......(((...((((....)))).))).{,.,...||||.(((((........))))).,....,..{(.((((.(((......})))))}},..,...{,{{{{{...}})}},{((((((.(((((.((((...,{,{({({{{{....{,.,..,..,||{||||(((...((((.((((((((.(((((((.{(((((.{(((((.((....}}.)))))}.})))}|,,,,({{....,|||,.{(({((({((({..{|||,..||,||},.,(((((...}}))}....||||},.,}},|{{{,......((((...)))).},...)))))}||||((((.{{{.....,|||,|}},.,,,........{{{{|||,}}}},...,..}})))})))||||,,}}}},..)})))))....))))))))))))))).)))).,,}}.........(((((.((({...}))).))))).....)))}}}{{{(({{{{....,{,,,...,,..}}})},,})),,,((((((({...})))))))..,{{{((((.(((...((((......))))...))).)}}}|||||...(((((....)))))...,,,,(((((..(((((((((...,{{{,..((((((....)))))},,.,.,..{((({...((((((....))))))...))))}...,,.{((((...))))}....((((.......(({......})}........)))).,,,.((((...)))),))),..)))))))))...)))))(((((.......)))))...,,,,.)))).))))))))))))((((........))))..............,....................}))))).}}.,,.)))))..)))))))))))))))))..))).)))))))))))).)))))))).)))).,.)))))))))),..,.))).)))...)))))))))))))))))..))))).)).))))))))))).))).))))..)).))).)))..))))))).))..))))))))))).....))))),)))))))..)))).))))))))))).)))))))))))).))))))))))))))).))))))).))).)))))))}.)))))))..)))))))))))).})))))))))))))))).))).)))))......}))))..)))))))))))}.)))))))......)))).)))))......,,..))))))))))))..))).....,...,}}}),},..|}}..,}|},,,....,,..,,,,,,,,...,,.,,,,,,..}}}...,,,|||}}|,,...,,,,,,..}}))}))),})}}}})),...||{{{{{........))}))))|{{{||,.{{||..,))}}..},.,}}}......,,.,...))))))).))))).............)))))))...)))................
Back