Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002869.5
Sequence Length
3326 nt
GC Content
0.4089
ACUCAGCAGGUUGGGCUGCGGCGGCGGCGGCAGCUGUGGAAGCUCAGGCGCUGCGCGUGAGAGGUCCCAGAUACGUCUGCGGUUCCGGCUCCGCCACCCUCAGCUUCUCUUCCCCAGGUCUGGGAGCCGAGUGCGGAAGGAGGGAACGGCCCUAGCUUUGGGAAGCCAGAGGACACCCCUGGCUCCUGCCGACACCGCCCUCCUUCCCUUCCCAGCCGCGGGCCUCGCUCGGUGCUAGGCUACUCUGCCGGGAGGCGGCGGCGGCUGCCAGUCUGUGGAGAGUCCUGCUGCCCUCCAGCCGGGCUCCUCCACCGGGCCUUGCAGGGGCCGAGAGAGCUCGGUGCCCGCCCUUCCGCUCGCCUUUUUCGUCAGCUGGCUGGAGCAGCAUCGGUCCGGGAGGUCUCUAGGCUGAGGCGGCGGCCGCUCCUCUAGUUCCACAAUGUCCACGGGCGGAGACUUCGGGAAUCCGCUGAGGAAAUUCAAGCUGGUGUUCCUGGGGGAGCAAAGCGUUGGAAAGACAUCUUUGAUCACCAGAUUCAUGUAUGACAGUUUUGACAACACCUAUCAGGCAACAAUUGGCAUUGACUUUUUAUCAAAAACUAUGUACUUGGAGGAUCGAACAAUCAGGCUUCAGCUGUGGGAUACUGCGGGUCAGGAACGUUUCCGUAGCCUCAUUCCCAGUUACAUCCGUGAUUCUGCUGCAGCUGUAGUAGUUUACGAUAUCACAAAUGUUAACUCAUUCCAGCAAACUACAAAGUGGAUUGAUGAUGUCAGAACAGAAAGAGGAAGUGAUGUUAUCAUCAUGCUAGUAGGAAAUAAAACAGAUCUUGCUGACAAGAGGCAAGUGUCAAUUGAGGAGGGAGAGAGGAAAGCCAAAGAGCUGAAUGUUAUGUUUAUUGAAACUAGUGCAAAAGCUGGAUACAAUGUAAAGCAGCUCUUUCGACGUGUAGCAGCAGCUUUGCCGGGAAUGGAAAGCACACAGGACAGAAGCAGAGAAGAUAUGAUUGACAUAAAACUGGAAAAGCCUCAGGAGCAACCAGUCAGUGAAGGAGGCUGUUCCUGCUAAUCUCCCAUGUCAUCUUCAACCUUCUUCAGAAGCUCACUGCUUUGGCCCCCUUACUCUUUCAUUGACUGCAGUGUGAAUAUUGGCUUGAACCUUUUCCCUUCAGUAAUAACGUAUUGCAAUUCAUCAUUGCUGCCUGUCUCGUGGAGAUGAUCUAUUAGCUUCACAAGCACAACAAAAGUCAGUGUCUUCAUUAUUUAUAUUUUACAAAAAGCCAAAAUAUUUCAGCAUAUUCCAGUGAUAACUUUAAAAAUUAGAUACAUUUUCUUAACAUUUUUUUCUUUUUUAAUGUUAUGAUAAUGUACUUCAAAAUGAUGGAAAUCUCAACAGUAUGAGUAUGGCUUGGUUAACGAGCGGUAUGUUCACAGCCUACUUUAUCUCUCCUUGCUUUUCUCACCUCUCACUUACCCCCAUUCCCUAUUACCCUAUUCUUACCUAGCCUCCCCCGACUUCCUCAAAACAAACAAGAGAUGGCAAAGCAGCAGUUCUACCAAGCCCAUUGGAAUUAUCCUUUAAUUUUACAGAUACCACUUGCUGUAGGCUACGGACCAAGAUGUCCAAAAUUAUUCUUGAGCACUGAUAUAAAUUACGGUCUUCUUUGAGGUCAAAAUUCAGCCAUCAUGGUAGGCAGUGCUUGAAUGAGAAAAGGCUCCUGGUGCAUCUUCAAAAUGAGUCCUAAAGAACAUACUGAGUACUUAGAAGUAGAAGAACAUAAGAUGUAUUUCUGACUAAAACAAAUGGCUCUUUCACAUGUGCUUUAUUAGACUCUGGGAGAGAAAAUUAACCAAGUGCUUCAGAACAGGUUUUUAGUAUUUAAUUCUUCACGGUAAGAAAAUGAAGUUCUAAUGAACUGUUUCUCCCAAGGUUUUAAAAUUGUCAAGAGUUAUUCUGUUUGUUUAAAAAAUAAGAAACCUCUUUAAGCAAUAGAUUUUGCUUGGGUUUUCUUUUUUAAAAACAUAAUACUGUGCAGGCAAGGCACUGUAAAAGUUUUAAUUCCUUCCAGAAGAACCAGUGGAAGAAUUUAAAUUUGGCGCUACGAUCAAAACUACUGAAUUAGUAGAAAUAAUGAUGUCUAAAGCUUACCAACAAAAGAACCCUCAGCAGAAUAACAAAAACUUUGCUCAGGACAUUUGAGGUCAAAUUGAAGACGGAAACCGGAAACCGUUUUCUUGUAAGCCCCUAGAGGCAGAUCAGGUAAAGCAUACAUAGUAGAGGGAAAGGAGAGAAUGGAAAUAAAACUCAAUAUUAUGCAGAUUUAUGCCUUAUUUUUUAGCAUUUUUUAAGGUUGGGUCUUUCAGGCUGGUUUUGGUUUGUAUUAGAUCUGUAUAGUUUAAUUAACUGGUGAUUUAGUUUUAUAUUUAAGCUACAAUUAAUCUUUUUUCUUUGGUGAUAUUUAUUUCUUUGCCUUUUUUUUUUUUAACAACUUUCAAUCUUCAGAUGUUUCGUUGAAUCUAUUUAGAGCUUCACCAUGGCAAUAUGUAUUUCCCUUAAAACACUGCAAACAAAUAUACUAGGAGUGUGCCCUUUUAAUCUUUACUAGUUAUUGUGAGAUUGCUGUGUAAGCUAAUAAACACAUUUGUAAAUACAUUGUUUGCAGGACGAAAACUUCUGAGUUACAGCUCAGGAAAAGCCUGCUGAAUUUAUGUUGUAAGCAUUACUUAACACAGUAUAAAGAUGAAAAGACAACAAAAAUAUCUUCAUACUUCCUCAUCCCCUCAUUGGAACAAAACCUUAAACUGGGAGAACCUUAGUCCCCUCUCUUUCCUCUUCCUCCUCCACUUCCCACUUAUUGUCACCUUGUAAUAUUCAGAGAGCACUUGGAUUAUGGAUCUGAAUAGAGAAAUGCUUACAGAUAAUCAUUAGCCCACAUACCAGUAACUUAUACUUAAAGAUGGGAUGGAGUUGUAAAGUGCUUUUAUAAUACAAUAUAAUUGUUAAAGGCAAGGGUUGACUCUUUGUUUUAUUUUGACAUGGCAUGUCCUGAAAUAAAUAUUGAUUCAAUAUGGCAGAUGGGUCAUAUUCUUUAUUUGGAAGAAGUUGUGACUUCUGACAUGGGUGUGAUUGUCUUCCUACACUGUUGCAUUUGAUUCUUUUUAUGUAUUUUUAAGAAAGUAACCAGUUAUACUGCUUUUAAUAUUGAUUGGUCUUUUUAUUUGGCUUGGAGUUCUUCAAAGCAUUGAAGUGUGUUCAUAGUCCAGGUUUUUUUUUUAAUAAACACAAUUUUGCUGCCAAAAAUAUAUAAAUAAAACACGAAAGAAAACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-905.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -969.33
Frequency: 0.0000
Diversity: 854.65
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((......))))((((((((.(((((..(((((((((((.(((...))).)))).((.((((((....)))).))..))(((..((((..(((((((((..((((((..((.((((.(((((..(((((((((((((..(((.....((...((((.(((((.((....))))))))))))).....)))))))))))))((((((.((.(.((((((.((.....)).))))).).).)).))))))..))).))))).)))).))(((((((((((.((((.....)))).))))).)))))).(((((.(((.((.((((((....)))))).)).((((..(((((.((.......)).))).))..)).)).)))..))))))))))).....))))))))).))))))).(((((((((...((.(((((((..((((((((..((.(..(.((.(((((((...(((..(((..((((((....)))))).)))(((((((((((((((((((((..((((...((...((((((((((((....((((.((((((........)).))))................(((((((.(((((((......))).......(((((.(((((.(((((((...........)))))))....)))))))))).....(((((..(((((((....))))))).)))))................(((((((.((((..((((...((((.((((((((.(((((.......((((((((((((....))))..(((((((((((........(((((((((.......)))))).)))...(((((((((.(.(((((((((.(((((((((....((((....((((...(((((......)))))...))))))))..)))))))))......((((..((.(((((.(((....)))))))).(((.((((((.(((((.((.((((((.....)))).....(((((((..(((((......(((((((((((((((.........(((((.....((.((...((((...........))))...))))..))))).......)))))))))))))))(((((....))))).)))))..))))))).....((((((...))))))...)).)).)))))..)))))).)))(((((..(((((((((((...)))).........((((.((............(((((((..........)))))))............)).)))).............((.((((((.((.(((((((............))))))).)).))))))))......))))))).)))))....((....((((.(((((.....))))).))))....)).)))))).............))))))))).)))))).)))).....................)))))).)))))........))))))))........(((((..((((...(((((((.....((((.....))))(((((.....))))).............)))))))..)))).((((......))))........)))))((.((((.((.....))))))))..))))).))))....))))))))....))))....)))).)))))))......)))).))))))).........(((((.(((((.((((...((((.......((((((((.((((...)))).))))).)))..........))))......)))).)))))...)))))(((((((((.........(((((((..(((.....)))..)))))))..(((((......))))).....(((((....))))).))))))))))))).))))))))))))...))...))))....(((((((((...(((((((....((((((......))))))))))))).))))))))).......(((.((((.......)))).))).((((((.(((((.(((((..........)))))))))).))))))........))))))).((((((...)))))).......))))))).....)).)))))....))).))))))).)).)..).))..)))))))).))))))))).(((......((((((((..........))))))))......))).))))))).)).....(((.....)))...(..((((((.((((((((..((..(((((.((((......)).)).)))))((((((...............)))))).(((((((((((...(((((((......((((((((....(((((.....)))))..))))))))...........((((((((...............(((((...........)))))..........................((((((.(((((((((((..(((.((..(((.......)))..)).))).)))..........((((((((((......((.(((((((.......((((((.((........))))))))(((.....))).......))))))).))......)))))))))))))).)))).))))))...((((..(((.....))))))).......))))).)))............(((((.((((((...............)))))).)))))(((.............))).))))))).....))))))).))))......))..)))))))).))))))..)..))).))))...))))).))((((..((((.((((((.(((((((((((((((((......))).........((((((((((..(((((......((((.....))))..(((((((((((((((((.....((((((((....(((((...))))))))))))).....)))))))..))))))))))(((((...))))).........((((((...))))))..((((..(((((((((((((.....))))))..)))))))))))...)))))))))))))))...((((((..(((.(((((....(((((.((.......((((((..((((((((...............)))))))))))))).....)).)))))....))))))))....))))))))))))))))))))..)))))).))))...))))....)))))).................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((({{,{(((((|{(({{.{||{||||||({(((({((((.(((...})).)))).{{.({((({....)))).)),}))|||,|||||.}|{(({((((,,(({{{,{{((,((({,{{((({{{({((((((((((..(((,....{{...(((,{(((((.((....))))))))))))),,...}}})))))))))),,||,{{(({,,{((((({,(,{{{{||,,||||.|,,,||||||||||{|||{,||||{|}||{||(((((((((((.((((.....)))).)))))}}))))},||||{.,||,(({((((((....)))))).))}|||,..||||,}||},,....},.}}),))}.)),)),))),,))))))))))).,...})))))})),)))))))}{((((((((...{,.(((((((..((((((((..,,.{..{.((.(((((((...{{{..(((..((((((....)))))).)))((((({{((((((((((((((..((((...,,...((((((((((((....((((.{(((((........)).}))}.........,,,,...(((((((.((((,,{......,}|.{{....{((((.(((({.{(({(((...,,......))))))),,..)))))))))}.....{((((..(((((((....))))))).))))},,,,......,,,...(((((((.((((..((((...((((.((((((((.((((,......,((((({((((({.,,,}|||,,((({{((((({.,,.....(((((((((.......)))))).}))..,(((((((((,(,((((,,(({.(((((((((....((((,,.,((((...(((((......))))).,.))))))))..))))))))).}..{{{,{{{.,,.|||{{,|{(,,,,|||}|||}.{({.((((((.(((((.((.(({{{(.....|}},.....(((((((..(((((.,{...(((((((((((((((,,.......||{,,........{,...,,,,...........||||{..,..)}}))))}.......))))))))))))))){{{{{....}}}}),)))))..)))))))....,((({{{...))))))...}}.}).)))))..)))))}.))}(((((,,{{{{{{{(({|.,,,))},,.......|{{{,|{....,,,,,,,,{((((({..........})))))}............}},}}},..,,.........,{.((((((.((.(((((((............))))))).)).)))))),,.....,))))))).}}|||....,..||||(((.(((((.....))))).))}},,},}.,}},,,},,},)))}}},,,))))))})}.,}},,}.}}}....,,,,,,,,..........,}}}}},})}}),,,...,.,))))))),.......,,,{,,.((((...((((((({,,,.{{((.....}}}|{{{{(.....}}}}}....,},....,},})))))..)))).((((......)))).......})))))||}|{||}||...,}))),}))))}))))).))))....))))))))....))))....)))).)))))))......)))).))))))).........(((((.(((((.((((...((((..,,,,.{{((((((.((((...)))).)))))},))..........))))......)))).)))))...)))))(((((((((.........{((((((..{{{,....})},.))))))}..{((((......))))).....(((((....))))).))))))))))))),))))))))))))..,|}.,,)})|,,{{((({{((((.,,(((((((....((((((......)))))))))))))}))))))},)))))...|{{,{(((,,.....))})}))).((((((.((((,{(((((..........)))))))))).)))))),.......))))))).((((((...)))))).......))))))).....}}.)))))....}},.))))))).)).}..).,,..)))))))).)))))))}).(((......((((((((..........))))))))......))).))))))).}}....,{{,..,,.,,,...{..((((((.((((((((..((..(((((.((({......}).)).}))})((((((...............)))))).(((((((((((...(((((((....,.,,,{(({,.,,.((((({{{..|||||,.,,,)))))|......}})))))}.,,,..,,,,........{({.((((({{.,{,..(((.((((({.,((((,,,,...........,(((((.(((((((({{{.,(,,.,|.,{{{.......}}}..}},}},.},,..........((((((((((......((.(((((((.......(((((((((........)))))))}(((.....))).......))))))).))......))))))))))))))))}}).)))))|,,.((((.,(((.....))))))),.....{{|||{{{{...,,||,,.,,.})),,))))).)))))).)))..,))))))).}))...{{((.............))),))))))).....)))))))},))}......))..)))))))).))))))..}..)}},,,}}...||},,.,,.{||..||,,.{{{{{|.{{{{||{{{{{||||||,...,}))}.........((((((((((..(((({,,..{{{,{,.,,{.,.|,,,,...}))|,}|{{{{{|.....(((((((({{{{,,,,....)))))))))))))...,,|||}||,.{{|{{{({{{{(((((...)))))..)))))))|||{{|,.,))))||{.((((..(((((((((((((.....))))))..))))))))))).),)))))))))))))))...,{{{{{,,{|{.(((({....(((((,((,,,,,{.((((((..((((((((...............)))))))))))))),...,||,|}||}...,}}}}}}}}.,,,))}}}}))))}))))))))).}}}}},..,},}.,,,}}}..,,)))),,.,,,,,,,,,,......................
Back