Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003152.4
Sequence Length
4301 nt
GC Content
0.5782
AGACAGGAUAUUCACUGCUGUGGCAAGGCCUGUAGAGAGUUUCGAAGUUAGGAGGACUCAAGACGGUCCCUCCCUGGACUUUUCUGAAGGGGCUCAAAAGAUGACACGCGCCAGAGCUGGAAGGCGUCGCCAAUUGGUCCACUUUUCCCUCCUCCCUUUUUGCGGAUGAGAAAACUGAGGCCCAGGUUUGGGAUUUCCAGAGCCCGGGAUUUCCCGGCAACGCCCGACAACCACAUUCCCCCGGCUAUUCUGACCCGCCCCGGUUCCGGGACGCUCCCUGGGAGCCGCCGCCGAGGGCCUGCUGGGACUCCCGGGGGACCCCGCCGUCGGGGCAGCCCCCACGCCCGGCGCCGCCCGCCGGGAACGGCCGCCGCUGUUGCGCACUUGCAGGGGAGCCGGCGACUGAGGGCGAGGCAGGGAGGGAGCAAGCGGGGCUGGGAGGGCUGCUGGCGCGGGCUCGCGCGCUGUGUAUGGUCUAUCGCAGGCAGCUGACCUUUGAGGAGGAAAUCGCUGCUCUCCGCUCCUUCCUGUAGUAACAGCCGCCGCUGCCGCCGCCGCCAGGAACCCCGGCCGGGAGCGAGAGCCGCGGGGCGCAGAGCCGGCCCGGCUGCCGGACGGUGCGGCCCCACCAGGUGAACGGCCAUGGCGGGCUGGAUCCAGGCCCAGCAGCUGCAGGGAGACGCGCUGCGCCAGAUGCAGGUGCUGUACGGCCAGCACUUCCCCAUCGAGGUCCGGCACUACUUGGCCCAGUGGAUUGAGAGCCAGCCAUGGGAUGCCAUUGACUUGGACAAUCCCCAGGACAGAGCCCAAGCCACCCAGCUCCUGGAGGGCCUGGUGCAGGAGCUGCAGAAGAAGGCGGAGCACCAGGUGGGGGAAGAUGGGUUUUUACUGAAGAUCAAGCUGGGGCACUACGCCACGCAGCUCCAGAAAACAUAUGACCGCUGCCCCCUGGAGCUGGUCCGCUGCAUCCGGCACAUUCUGUACAAUGAACAGAGGCUGGUCCGAGAAGCCAACAAUUGCAGCUCUCCGGCUGGGAUCCUGGUUGACGCCAUGUCCCAGAAGCACCUUCAGAUCAACCAGACAUUUGAGGAGCUGCGACUGGUCACGCAGGACACAGAGAAUGAGCUGAAGAAACUGCAGCAGACUCAGGAGUACUUCAUCAUCCAGUACCAGGAGAGCCUGAGGAUCCAAGCUCAGUUUGCCCAGCUGGCCCAGCUGAGCCCCCAGGAGCGUCUGAGCCGGGAGACGGCCCUCCAGCAGAAGCAGGUGUCUCUGGAGGCCUGGUUGCAGCGUGAGGCACAGACACUGCAGCAGUACCGCGUGGAGCUGGCCGAGAAGCACCAGAAGACCCUGCAGCUGCUGCGGAAGCAGCAGACCAUCAUCCUGGAUGACGAGCUGAUCCAGUGGAAGCGGCGGCAGCAGCUGGCCGGGAACGGCGGGCCCCCCGAGGGCAGCCUGGACGUGCUACAGUCCUGGUGUGAGAAGUUGGCCGAGAUCAUCUGGCAGAACCGGCAGCAGAUCCGCAGGGCUGAGCACCUCUGCCAGCAGCUGCCCAUCCCCGGCCCAGUGGAGGAGAUGCUGGCCGAGGUCAACGCCACCAUCACGGACAUUAUCUCAGCCCUGGUGACCAGCACAUUCAUCAUUGAGAAGCAGCCUCCUCAGGUCCUGAAGACCCAGACCAAGUUUGCAGCCACCGUACGCCUGCUGGUGGGCGGGAAGCUGAACGUGCACAUGAAUCCCCCCCAGGUGAAGGCCACCAUCAUCAGUGAGCAGCAGGCCAAGUCUCUGCUUAAAAAUGAGAACACCCGCAACGAGUGCAGUGGUGAGAUCCUGAACAACUGCUGCGUGAUGGAGUACCACCAAGCCACGGGCACCCUCAGUGCCCACUUCAGGAACAUGUCACUGAAGAGGAUCAAGCGUGCUGACCGGCGGGGUGCAGAGUCCGUGACAGAGGAGAAGUUCACAGUCCUGUUUGAGUCUCAGUUCAGUGUUGGCAGCAAUGAGCUUGUGUUCCAGGUGAAGACUCUGUCCCUACCUGUGGUUGUCAUCGUCCACGGCAGCCAGGACCACAAUGCCACGGCUACUGUGCUGUGGGACAAUGCCUUUGCUGAGCCGGGCAGGGUGCCAUUUGCCGUGCCUGACAAAGUGCUGUGGCCGCAGCUGUGUGAGGCGCUCAACAUGAAAUUCAAGGCCGAAGUGCAGAGCAACCGGGGCCUGACCAAGGAGAACCUCGUGUUCCUGGCGCAGAAACUGUUCAACAACAGCAGCAGCCACCUGGAGGACUACAGUGGCCUGUCCGUGUCCUGGUCCCAGUUCAACAGGGAGAACUUGCCGGGCUGGAACUACACCUUCUGGCAGUGGUUUGACGGGGUGAUGGAGGUGUUGAAGAAGCACCACAAGCCCCACUGGAAUGAUGGGGCCAUCCUAGGUUUUGUGAAUAAGCAACAGGCCCACGACCUGCUCAUCAACAAGCCCGACGGGACCUUCUUGUUGCGCUUUAGUGACUCAGAAAUCGGGGGCAUCACCAUCGCCUGGAAGUUUGACUCCCCGGAACGCAACCUGUGGAACCUGAAACCAUUCACCACGCGGGAUUUCUCCAUCAGGUCCCUGGCUGACCGGCUGGGGGACCUGAGCUAUCUCAUCUAUGUGUUUCCUGACCGCCCCAAGGAUGAGGUCUUCUCCAAGUACUACACUCCUGUGCUGGCUAAAGCUGUUGAUGGAUAUGUGAAACCACAGAUCAAGCAAGUGGUCCCUGAGUUUGUGAAUGCAUCUGCAGAUGCUGGGGGCAGCAGCGCCACGUACAUGGACCAGGCCCCCUCCCCAGCUGUGUGCCCCCAGGCUCCCUAUAACAUGUACCCACAGAACCCUGACCAUGUACUCGAUCAGGAUGGAGAAUUCGACCUGGAUGAGACCAUGGAUGUGGCCAGGCACGUGGAGGAACUCUUACGCCGACCAAUGGACAGUCUUGACUCCCGCCUCUCGCCCCCUGCCGGUCUUUUCACCUCUGCCAGAGGCUCCCUCUCAUGAAUGUUUGAAUCCCACGCUUCUCUUUGGAAACAAUAUGCAAUGUGAAGCGGUCGUGUUGUGAGUUUAGUAAGGCUGUGUACACUGACACCUUUGCAGGCAUGCAUGUGCUUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUCCUUGUGCAUGAGCUACGCCUGCCUCCCCUGUGCAGUCCUGGGAUGUGGCUGCAGCAGCGGUGGCCUCUUUUCAGAUCAUGGCAUCCAAGAGUGCGCCGAGUCUGUCUCUGUCAUGGUAGAGACCGAGCCUCUGUCACUGCAGGCACUCAAUGCAGCCAGACCUAUUCCUCCUGGGCCCCUCAUCUGCUCAGCAGCUAUUUGAAUGAGAUGAUUCAGAAGGGGAGGGGAGACAGGUAACGUCUGUAAGCUGAAGUUUCACUCCGGAGUGAGAAGCUUUGCCCUCCUAAGAGAGAGAGACAGAGAGACAGAGAGAGAGAAAGAGAGAGUGUGUGGGUCUAUGUAAAUGCAUCUGUCCUCAUGUGUUGAUGUAACCGAUUCAUCUCUCAGAAGGGAGGCUGGGGUUCAUUUUCGAGUAGUAUUUUAUACUUUAGUGAACGUGGACUCCAGACUCUCUGUGAACCCUAUGAGAGCGCGUCUGGGCCCGGCCAUGUCCUUAGCACAGGGGGGCCGCCGGUUUGAGUGAGGGUUUCUGAGCUGCUCUGAAUUAGUCCUUGCUUGGCUGCUUGGCCUUGGGCUUCAUUCAAGUCUAUGAUGCUGUUGCCCACGUUUCCCGGGAUAUAUAUUCUCUCCCCUCCGUUGGGCCCCAGCCUUCUUUGCUUGCCUCUCUGUUUGUAACCUUGUCGACAAAGAGGUAGAAAAGAUUGGGUCUAGGAUAUGGUGGGUGGACAGGGGCCCCGGGACUUGGAGGGUUGGUCCUCUUGCCUCCUGGAAAAAACAAAAACAAAAAACUGCAGUGAAAGACAAGCUGCAAAUCAGCCAUGUGCUGCGUGCCUGUGGAAUCUGGAGUGAGGGGUAAAAGCUGAUCUGGUUUGACUCCGCUGGAGGUGGGGCCUGGAGCAGGCCUUGCGCUGUUGCGUAACUGGCUGUGUUCUGGUGAGGCCUUGCUCCCAACCCCACACGCUCCUCCCUCUGAGGCUGUAGGACUCGCAGUCAGGGGCAGCUGACCAUGGAAGAUUGAGAGCCCAAGGUUUAAACUUCUCUGAAGGGAGGUGGGGAUGAGAAGAGGGGUUUUUUUGUACUUUGUACAAAGACCACACAUUUGUGUAAACAGUGUUUUGGAAUAAAAUAUUUUUUUCAUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1728.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1803.35
Frequency: 0.0000
Diversity: 1232.85
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((.((((.((((...(((...))).)))).)))).))((((((.((((((((......))).)))))...))))))...((((((((.(((..(.((((.(...(((....)))...).)))).)..))))))).))))((((.((((((((....((((.(((.......((((((((((..((((((..(((((((((((....))))).....((((((........((((((((...(((((.(..((((((((....((..(((((...)))))..)))))).))))..).)))))...)))))))).......))))))..(((((.(((..((((((((.(((((((((..(((.(((.(((.((((((((((....(((.((((..(((((((((.((((((((((((.....((((((((((.((((((((((((((((......))))))).))..))))).)).)))(((((.((((((....))))...))))))).)))))))))))))))).......(((((((((((.((....(((((((..(((((((((((((...(((((.(((((.....)))..)))))))((((((..(((((((((((((.((((..(.(((.(((((((((.......))))).(((((.((........)))))))))))((((.((((((((......))))))))...)))).((.(((.((((((...(((((.((((.(((.(.(((.(((..(((((((((......))).).)))))..)).).).)))))).))))((((...)))).))))))))))).))).)).........))).)..)))).)))))))..((...(((((((...)))))))...))..(((.....)))((.(((((((((.....................))))))))))))))).)).))))))....(((((.......)))))((((.........))))..........)))).))))))))).)))))))....((((((((((((.(((.(((.(((((.........)))))))).)))(((.((.((((((.((((((((.......((((....((((((((((((((...((.((((((((((((.(((((.((((....))))((((((...((((((((.(((.....)))..))))))))....(((..(((((........)))))..)))(((((((..(((((.((((((((.((((..(((((((.((.........)).)))))))(((.((....)).)))))))........)))).)))))))))..(((((((....))))))).(((.....((((((.(.....).)))))))))..((((.(((.(((((((((((((.....((((...)))).(((((((((((..(((((.((((((((.((.((...((((.(((.(.((........)).))))))))...))))))))))))))))).....))))..)))))))...))))).))))).((((((.(((((((.(((((.....((........)).....))))).)))((((...)))).....(((....)))..))))..)))))).((((.((......)))))).....))).))).))))....)))))))((((.((((..(((........)).)..)))).))))((((.....)))).((((...(((((((.((((...)))))))))))...))))...((((((((.....))).).)))).)))))).......))))).))))))))))))..)).......((((((.....)))))).((((((((.....)).)))))).(((((((((((...(((((((((((.((((((...(((..((..((((.(((((..(((.(((..((((.((..((((((((((((.((((((..((((...((((((((((..((((((((.....(((((((.((((.((((((((((((((((.(((((.(((((((((......))))))((...((((((((((((((.((((((.(((.......))).)))))).....(((((.(((((......(((((((...))).)))).........))))).))))).(((((..((((((((((((.((((...((((((((((((((.((.....(((((....)))))(((..(((((.((........))))))))))(((((..(((.((((((((((..((((.....))))..)))))))((((((.((....))..)))))).))).)))..)))))((((((.....))))))....)).)))..))))).))))))...)))).))).((((......))))))))))).))...))))).(((..((((.((((((((...)))))))).))))...))))))))....)))))))))..))....((.((.(((...))).)).))...)))...)))))..))))..........((((((((((........((((((((((.(((....)))..))))))))))...(((((((((.((.(((....))).....)).)))))))))..................))))))).))).....))))))).)))))..)))))))))))((((.((...((((((......((((((..(((((.....((..(((((((((((((((((..((......))..)))..........))))).)))))))))..))........)))))..)))))).....))))))...)).)))).))))))))..))).)))))))))))..)))...))).)))).)))).)))).))))))..)))..)))...)))))..))))..))..))))))).)).)))))))))))......(((((...))))).....((....))))))))).))))..((((((.(.(((.(.......).))).).))))))))).)))))).))))).....))))...(((((..((((...(((((((((....)))))))))...))))..))))))))))))))))).)).))...)))(((((......).))))..)))))))))))).)).))))))))))))))))))))).)).)))).)))..))))))))....(((.((((((((..(((....)))....(((((((.(((((.........))))).(((((........((((..((((((..((((...))))((.(((((((......))))))).)).))))))...))))....))))).(((((....(((((((....))))))))))))....(((((...)).))).))))))).)))))))).)))....((((((.((.((.(((.(((((.(((((((........))))))).)))))))).)).))))))))...((((((.(((((((((((.((((...(((((...)))))....)))).))))))))))).))))))...........)).)))))).)))..))))))..(((.....)))..))).)).)))))).....))).)))))........))))))....)))))).))))))..))))((((((((((((((.((...((((((..(((((((((((((......((((...........))))...)).)))))(((((...(((((..((((((((.((((............)))).)))))))).))))))))))(((((((...((((((.((((...((((((........).))))).)))).)))))))))))))...................((((((.........))))))......((.((.((((((.((((((((..((.((((.(((((((..(((((.....)))))..((((...))))((((((...((((((((((((((((....)))).(((((.......))))))))))).))))))...))))))..))))))).))))))..))))))).).))))))))))))))))....)))))).)).))).)))))))))))....))).)))))))))))).))))(((((((((..((((..(((((((...)))))))))))((((....)))).....((((((((...)))))))))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,((((,..,{{.{,|{,||({{..,{||{,|.,{(({,.,,{(((((,((((((((......)))))}))),},))))))}}},,|,||||}{{,..,.{{{{.{.,,((|....,))..,)}))}}||..,,)))||.|||{(((({((((((((,...{(((.(((.......{(((((((((..((((((..(((((((((((....)))))....{((((({.,,,.,,,(({{((((,..,{{{.....((((((({..{(((..({(((,,,||||||||}}}}}.})))..},,}))},,,)))))))}.,,,}..})))))}},(((({({{.((((((({{.{{|||||||..{((,(((((((,((((((((((.,,.(({.((((,.(((((((((.((((((((({((..,,,((({{(((((,({{(((((({{(((((......)))))}|,}}..|}))}.}).)})(((((.((((({....})))...}}))))),}||}}||}}}}}|||}.......((((({(((((,((,{(.(((((((..(((((((((((((...,{({(,(((((,,,..|||{{|}}}}}||||||,,,,|||{{||||{((,((({..{.|||.|||{||{((,,.,,}.}}|}|,((((({(({{,,....|||||}}}}),{{||,{(((((({...,{,|}|}}}||,..}}}},||}|{{,(({{{{...{|||{.((((.{((.(.(({.{((..(((((((((......))).),,))))..)).}.}.})})),.))))((((...)))).})))|}))}}}.|||,||{|,......|||,|..}}||,|}}||||,.,{...(((((({...|}}}}}}.,{{{({(((.....))).}.|||||{|||....,....,.}},,}.}},,)})))))))}}))))}|}.}||||}...,(((((.......)))))|{{|,,.,,....,))}......,,},)))).))))))))).))))))}.|..{(({{(((((((.,((.{((((((((,.....,..}))))))).)})||{,||||{{{{{{{{{|{.{{,,...,,{{((|..,{,,{{{|{({{{{({,.((.((((((({{({{.({({|.((((.,..}}}}{(({{{...((((((({.(((,....))}..))))))))}},}}||.,|{{{{,.{|{{,,,,,}|{{(({(((({((..{({{{.{{{|||||,||{{.{((({(((,((...,,.,..}}.)))}})),,,.||}}.})},))))))),....,}.)))),,)))))))),,||||||{,,..})}}))).,{{,,..,{{{{{{,,.....}.))))))}))..||||,|||,||{||{{((((((..,|||(((...})}}.(((((((((((..(((((.((((((({,((.((...(((,{(((.(.((........)).))))))))...))))))))))))))))).....))))..))))))).,.}}}))))}}},,({{(((.(({((((.(((((.....((........)).,...))))).))){{((,|,)))).....{{{....}))}.)))),,)))))),({{|,{{....,,)))}))..}}}))).})).|||}.,,,|}}}}))})|})||{{.,(((,,,..,,,||,|..}}}}.,,,.((((...,.)})).((((...(((((((.((((...)))))))))))...))))...((({{(({.....))|,|,}|}}.}}}}}}.......))))).})}}}))}}}})..)).......((((((.....)))))).(((((({{.....)).)))))).(((((((((((...(((((((((((.((((((...(((..{(,,((((.(((((..(((.(((..((((.((..((((((((((((.((((((..((({...((((((((((..((((((((.....(((((((.((((.(((((((((((({((,,.,,,,.{.(((((((......))))))).,...}},,,.,,}}}((((((((((((((.{{{{{{..((((((.(((....(((((....)))))..))).)))))).}},.}})....{{,{((((...{(((...))}.,...)))))}}....((((((((((((.{({{{(((((((,,.(((({....})))),,({{(((({,((........)))))))}))){{(({,.,((((..((((((.{((((..{..|||,{((((||,(((((((.((....))..))))))}.,{,(((({{(({.((((((.....))))))....(((((({......}.))))))...,,..,||.{(((......))}},,}{(((.(((.(((.{(((.,..{(((.((((((((...)))))))).))))..))))..)))...))),))))....))}}}))))|),,|,...,}},))}||,,,{|..}}|||{|,,..||,.,,,,.,}}}}))),||(({.......((((((((((((((....))))}))))))))))...,,,,,.,...}}}))})})))..))))...))})))))))..)))))..,.....))).))))).))))))...))))))).)))))..)))))))))))((((.((...((((((...{.,((((((..(((((.,...((..(((((((((((((({((..{,....,,,}..||}..........))))).)))))))))..)}........)))))..)))))).,...))))))...)).)))).))))))))..))),}))))))))))..)))...))).))))}}))).)))),))))))..)))..)))...)))))..))))..)),.))))))).)).)))))))))))......{{(({...|||||...,,}|,...},))))))),,)))..((((((.(.(((.{.......}.))).).))))))})),)))))),})))),}}..{((({((((((..(((((...,(((.((((((((||||.,,,))))))))}))),}}})))))..))))))).)))).,,)|||||,,,}},).))))}})))))))))))).)),))))))))))))}}}}}}}}|.}|,||||.}||..||}|||||....(((.((((((((.,(((....))),...(((((((.(((((.........))))),(((((........((({..((((((..((((...))))((.(((((((......))))))).)).))))))...|}))....)))))..,((,,{{{(((((((....))))))})))))}}).(((,....,),),}.))))))).)))))))).)))....((((((.((.((.(((.(((((.{((((((........))))))}.)))))))).)).))))))))...((((((.(((((((((((.((((...(((({...}))))....)))).))))))))))).))))))...........,}.}))))),))),,}}}})),,||{.....,.,..))),))),)))))...},))).})))),,.,.,}.))))))....)))))).))))))..)))}{(((((((((((((.((...((((((..,{,(((((((.,,..{{{{(((,.......{{{,||{{{.{{|{{||||(({({...(((((.,{(((((((.((((.{......,,.,)))).)))))))).)))))}})))|||||,,.,}||,|||.|||,,,,||,|||}}}},..{|{||,,.,|,,,.)),})))))}))....................((((((.........))))))......,,.{{.((((((.((((({((..((.((((.(((((((..(((((.....)))))..((((...))))((((((...((((((((((((((((....}}}},{{,{{,......,,}))))))))}})))))...))))))..))))))).))))))..))})))).).)))))))},)))))))....)))))).)).)))}))))))))))}....})),)))))))))))).))))}.|})}}},},((({{{{((((((...))))))))))){|{{..,{|||,.,{.{{{{{({({...}}))))))),))),))},,.
Back