Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003236.4
Sequence Length
4117 nt
GC Content
0.4455
ACUCGGGCACCGCAGGUAGGGCAGGAGGCUGGAGAGCCUGCUGCCCGCCCGCCCGUAAAAUGGUCCCCUCGGCUGGACAGCUCGCCCUGUUCGCUCUGGGUAUUGUGUUGGCUGCGUGCCAGGCCUUGGAGAACAGCACGUCCCCGCUGAGUGCAGACCCGCCCGUGGCUGCAGCAGUGGUGUCCCAUUUUAAUGACUGCCCAGAUUCCCACACUCAGUUCUGCUUCCAUGGAACCUGCAGGUUUUUGGUGCAGGAGGACAAGCCAGCAUGUGUCUGCCAUUCUGGGUACGUUGGUGCACGCUGUGAGCAUGCGGACCUCCUGGCCGUGGUGGCUGCCAGCCAGAAGAAGCAGGCCAUCACCGCCUUGGUGGUGGUCUCCAUCGUGGCCCUGGCUGUCCUUAUCAUCACAUGUGUGCUGAUACACUGCUGCCAGGUCCGAAAACACUGUGAGUGGUGCCGGGCCCUCAUCUGCCGGCACGAGAAGCCCAGCGCCCUCCUGAAGGGAAGAACCGCUUGCUGCCACUCAGAAACAGUGGUCUGAAGAGCCCAGAGGAGGAGUUUGGCCAGGUGGACUGUGGCAGAUCAAUAAAGAAAGGCUUCUUCAGGACAGCACUGCCAGAGAUGCCUGGGUGUGCCACAGACCUUCCUACUUGGCCUGUAAUCACCUGUGCAGCCUUUUGUGGGCCUUCAAAACUCUGUCAAGAACUCCGUCUGCUUGGGGUUAUUCAGUGUGACCUAGAGAAGAAAUCAGCGGACCACGAUUUCAAGACUUGUUAAAAAAGAACUGCAAAGAGACGGACUCCUGUUCACCUAGGUGAGGUGUGUGCAGCAGUUGGUGUCUGAGUCCACAUGUGUGCAGUUGUCUUCUGCCAGCCAUGGAUUCCAGGCUAUAUAUUUCUUUUUAAUGGGCCACCUCCCCACAACAGAAUUCUGCCCAACACAGGAGAUUUCUAUAGUUAUUGUUUUCUGUCAUUUGCCUACUGGGGAAGAAAGUGAAGGAGGGGAAACUGUUUAAUAUCACAUGAAGACCCUAGCUUUAAGAGAAGCUGUAUCCUCUAACCACGAGACCCUCAACCAGCCCAACAUCUUCCAUGGACACAUGACAUUGAAGACCAUCCCAAGCUAUCGCCACCCUUGGAGAUGAUGUCUUAUUUAUUAGAUGGAUAAUGGUUUUAUUUUUAAUCUCUUAAGUCAAUGUAAAAAGUAUAAAACCCCUUCAGACUUCUACAUUAAUGAUGUAUGUGUUGCUGACUGAAAAGCUAUACUGAUUAGAAAUGUCUGGCCUCUUCAAGACAGCUAAGGCUUGGGAAAAGUCUUCCAGGGUGCGGAGAUGGAACCAGAGGCUGGGUUACUGGUAGGAAUAAAGGUAGGGGUUCAGAAAUGGUGCCAUUGAAGCCACAAAGCCGGUAAAUGCCUCAAUACGUUCUGGGAGAAAACUUAGCAAAUCCAUCAGCAGGGAUCUGUCCCCUCUGUUGGGGAGAGAGGAAGAGUGUGUGUGUCUACACAGGAUAAACCCAAUACAUAUUGUACUGCUCAGUGAUUAAAUGGGUUCACUUCCUCGUGAGCCCUCGGUAAGUAUGUUUAGAAAUAGAACAUUAGCCACGAGCCAUAGGCAUUUCAGGCCAAAUCCAUGAAAGGGGGACCAGUCAUUUAUUUUCCAUUUUGUUGCUUGGUUGGUUUGUUGCUUUAUUUUUAAAAGGAGAAGUUUAACUUUGCUAUUUAUUUUCGAGCACUAGGAAAACUAUUCCAGUAAUUUUUUUUUCCUCAUUUCCAUUCAGGAUGCCGGCUUUAUUAACAAAAACUCUAACAAGUCACCUCCACUAUGUGGGUCUUCCUUUCCCCUCAAGAGAAGGAGCAAUUGUUCCCCUGAGCAUCUGGGUCCAUCUGACCCAUGGGGCCUGCCUGUGAGAAACAGUGGGUCCCUUCAAAUACAUAGUGGAUAGCUCAUCCCUAGGAAUUUUCAUUAAAAUUUGGAAACAGAGUAAUGAAGAAAUAAUAUAUAAACUCCUUAUGUGAGGAAAUGCUACUAAUAUCUGAAAAGUGAAAGAUUUCUAUGUAUUAACUCUUAAGUGCACCUAGCUUAUUACAUCGUGAAAGGUACAUUUAAAAUAUGUUAAAUUGGCUUGAAAUUUUCAGAGAAUUUUGUCUUCCCCUAAUUCUUCUUCCUUGGUCUGGAAGAACAAUUUCUAUGAAUUUUCUCUUUAUUUUUUUUUAUAAUUCAGACAAUUCUAUGACCCGUGUCUUCAUUUUUGGCACUCUUAUUUAACAAUGCCACACCUGAAGCACUUGGAUCUGUUCAGAGCUGACCCCCUAGCAACGUAGUUGACACAGCUCCAGGUUUUUAAAUUACUAAAAUAAGUUCAAGUUUACAUCCCUUGGGCCAGAUAUGUGGGUUGAGGCUUGACUGUAGCAUCCUGCUUAGAGACCAAUCAACGGACACUGGUUUUUAGACCUCUAUCAAUCAGUAGUUAGCAUCCAAGAGACUUUGCAGAGGCGUAGGAAUGAGGCUGGACAGAUGGCGGAAGCAGAGGUUCCCUGCGAAGACUUGAGAUUUAGUGUCUGUGAAUGUUCUAGUUCCUAGGUCCAGCAAGUCACACCUGCCAGUGCCCUCAUCCUUAUGCCUGUAACACACAUGCAGUGAGAGGCCUCACAUAUACGCCUCCCUAGAAGUGCCUUCCAAGUCAGUCCUUUGGAAACCAGCAGGUCUGAAAAAGAGGCUGCAUCAAUGCAAGCCUGGUUGGACCAUUGUCCAUGCCUCAGGAUAGAACAGCCUGGCUUAUUUGGGGAUUUUUCUUCUAGAAAUCAAAUGACUGAUAAGCAUUGGAUCCCUCUGCCAUUUAAUGGCAAUGGUAGUCUUUGGUUAGCUGCAAAAAUACUCCAUUUCAAGUUAAAAAUGCAUCUUCUAAUCCAUCUCUGCAAGCUCCCUGUGUUUCCUUGCCCUUUAGAAAAUGAAUUGUUCACUACAAUUAGAGAAUCAUUUAACAUCCUGACCUGGUAAGCUGCCACACACCUGGCAGUGGGGAGCAUCGCUGUUUCCAAUGGCUCAGGAGACAAUGAAAAGCCCCCAUUUAAAAAAAUAACAAACAUUUUUUAAAAGGCCUCCAAUACUCUUAUGGAGCCUGGAUUUUUCCCACUGCUCUACAGGCUGUGACUUUUUUUAAGCAUCCUGACAGGAAAUGUUUUCUUCUACAUGGAAAGAUAGACAGCAGCCAACCCUGAUCUGGAAGACAGGGCCCCGGCUGGACACACGUGGAACCAAGCCAGGGAUGGGCUGGCCAUUGUGUCCCCGCAGGAGAGAUGGGCAGAAUGGCCCUAGAGUUCUUUUCCCUGAGAAAGGAGAAAAAGAUGGGAUUGCCACUCACCCACCCACACUGGUAAGGGAGGAGAAUUUGUGCUUCUGGAGCUUCUCAAGGGAUUGUGUUUUGCAGGUACAGAAAACUGCCUGUUAUCUUCAAGCCAGGUUUUCGAGGGCACAUGGGUCACCAGUUGCUUUUUCAGUCAAUUUGGCCGGGAUGGACUAAUGAGGCUCUAACACUGCUCAGGAGACCCCUGCCCUCUAGUUGGUUCUGGGCUUUGAUCUCUUCCAACCUGCCCAGUCACAGAAGGAGGAAUGACUCAAAUGCCCAAAACCAAGAACACAUUGCAGAAGUAAGACAAACAUGUAUAUUUUUAAAUGUUCUAACAUAAGACCUGUUCUCUCUAGCCAUUGAUUUACCAGGCUUUCUGAAAGAUCUAGUGGUUCACACAGAGAGAGAGAGAGUACUGAAAAAGCAACUCCUCUUCUUAGUCUUAAUAAUUUACUAAAAUGGUCAACUUUUCAUUAUCUUUAUUAUAAUAAACCUGAUGCUUUUUUUUAGAACUCCUUACUCUGAUGUCUGUAUAUGUUGCACUGAAAAGGUUAAUAUUUAAUGUUUUAAUUUAUUUUGUGUGGUAAGUUAAUUUUGAUUUCUGUAAUGUGUUAAUGUGAUUAGCAGUUAUUUUCCUUAAUAUCUGAAUUAUACUUAAAGAGUAGUGAGCAAUAUAAGACGCAAUUGUGUUUUUCAGUAAUGUGCAUUGUUAUUGAGUUGUACUGUACCUUAUUUGGAAGGAUGAAGGAAUGAAUCUUUUUUUCCUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1286.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1362.36
Frequency: 0.0000
Diversity: 886.93
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((.((((((.((((((.(((((....))))).))))))......((((...))))((((.((((..((((((......))))))((.((((((.((((((((((.((((((..(..((...))..).))))))..((((((..(((((.(((....).))))))).))))))............((((..((((.(....((((.(.(((((((((..(((.((((((....))))))))).))))).((((..(.(((((((((((((((......)))).......(((((((((((..(((.((((..((.((((((((((((((.....))).......(((((((((((.....))))))))))))))))))))))..))..)))).)))..))))).)))))).)))))).))))).)..))))......)))).).))))..).))))..))))..))))))))))...)))))).))....)))).))))......(((((((((((((.......)))))..(((((.(((((.((((((.....(((((((((((((((((((.(((.........((((.(((((((.......)))...)))).)))).))).))))))))....))).))))))))((((........)))).)))))).))))))))))..((.(((.....(((((((......)))))))...))).))(((((((.((((((....(((((((..(((((((((.(((..................(((.((.((((.((((.(((((.....)))))...)))).)))).)).)))(((((((....((.((((.......))))))....)))))))..(((((((.(..((((((...(((((......................)))))....))))))..).)))))))......((((((((((((((....((((((((........(((((((((.(((........))).(((((((((((((((....)))))))...((((((.((.......(((..(((((((((.(.((((((((...(.(((......((((((..(((((((((...((....((((((((....((((........)))).......((((.(((((((((((....(((((..........................))))).((((((...)))))).((((.(((........))).)))).)))))))))))...))))))))))))...))...)))))))))...))))))....))).)...)))))...))).).))))...))))))))......))))))))........((((.........)))).((((((((((....(((.(((.....(((((......))))).....(((.(((.((((.......))))))).)))((((((((((((((((((((....))))))((......))...(((((((.(((((..............((((((((......)))))))).))))))))))))((((((((((......(((.((((((((((((((.....((..((((..((((..((....))..))))..)))).)).......))))))..)))))))).)))))))))))))..((((.(((((..((.((((...........))))..))..))))).)))).........))))))))).)))))))).))).))))))))))................((((((.......))).))))))))))).))))))))).......(((((....)))))..((((((((((((((.....)))))..(((((((((.(((.....))))))))))))..............)))).)))))(((...))).(((((((((...((((....)))).)))))))))..............(((((....))))).............((((((((....(((..((..(((((((.....(((((((.((((..(............)..)))).))))))))))))))..))....)))....))))))))........)))))))).((((.(((((((.......))))))).))))((...(((((.(((..((((........))))...))).)))))...))...(((((.........)))))((((((((....(((((......(((((.(((((((((.....((((((.....(((......)))......))))))..(((((((((............(((.(((((((.((.(((...............))).))))))))))))((((....)))))))))))))........((((((((((..(((....)))..))))))).))))).))))))).).)))).....)))))..))))))))..)).))))))))))))((((.......)))).))).)))))))))..).)))))).....))))...)))))))))))))))))...))))))..))))))((((((((.(((((((((.((((((.(..((((((((((((((.((.(.(((((((((((((((........((((.(((((((...)))).))).)))).....((((((((....))).)))))((((((((....))))).))).((((.........))))(((((..((((((((((((..(((...((((((.(((((..............((..((((((...))))))..))))))))))))))))..).)))))).)))))..).)))).......))).)))))..(((((((((.(..(((..((((.((((((((((..((((....(((((.((((.(((....))).)))).))))).....))))...)))))(((((((......)))))))((((.((.(((.(((((((.........))))))).)))...)))))).(((((((((..........)))))))))((((.((((.........))))))))(((....)))(((.(((.....))).))).(((.....)))..((((...)))).((((........))))))))).))))..)))((((..(((((.(((...))))))))....))))(((((((.((((..(((..(((....)))..)))))))))))))).....).)))))))))..((.((((((((....((((((((((.....))).).))))))))))...)))).))....(((......))).))))))).).)).)))).....)).))))))))..).).))))).)))))))))..(((((((((.((.......)).))..)))))))(((((((...(((((.((....((......((((...((((((.....)).))))...))))........))...)).))))).)))))))...((((((.((((((((((((((((((...(((........)))..))))))..)).))))).))))).)))))).((((((((((((((((......((((((((((.......((((....))))..((((...(((((((((((((((((((..(((.....)))..))))).))))))).....)))))))(((.((((.((.....))..)))))))...(((((...........)))))...)))).......(((((..(((((....)))))..))))).......(((((.........)))))....))))))))))((((.(((.(((((((.((.....)).))))))).))).))))...............))))))))))))))))...((((((..(((.((((......)))).)))))))))((((((.((.(((((.(((.((((((((((....)))))))...))).))).))))))).)))))).........((......))))))))))(((((.(((...))).)))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((((.((((((.((((((.(((((....))))).))))))....,.({{,...,})),,(({..(({.((((((......))))))||},,|||,.,,(((((((({,((((({.({(....{{{..|,|||},,..,,||||..(((((.(({....}.))))))){||||||{{{..,......{{({,{(((({({...{,{{,{.{,{((((((..(((.{(((((....)))))}))).)))))}(({{..{,{{{{{{||||{,|{{..}}}})))},}}}}},(((((((((((..(((.((((..((.((((((((((({{,...,,,,......},(((((((((((,...,))))))))))))))))))))))..))..)))).)))..))))).)))))),))))))})))))},.{||||{....{{||,..}))),...}))))}}))....))))))))),..,))))))})),,{,||...)))}......(((((((((((((.......)))))..(((((.(((((.((((((.....(((((((((((((((((((.(((.........((((.(((({,((.{,...,))}}.)))).)))).))).))))))))....))).))))))))((((........)))).)))))).))))))))))..((.(((.....(((((((......)))))))...))).))(((((((.((((((,{..(((((({{{(((((((((.((({{.......{{{{{,{..(((.((.((((.((((.(((((.....)))))...)))).)))).)).)))(((((((....((.((((.......))))))....)))))))..{((((((.{.,(((({{...(((((....,,.........},.....)))))....})))))..}.))))))}..{{,,((((((((((((((....((((((((........(((((((({.{({........}},.(((((((((((((((....)))))))..,((({,.{(({.{.{,{({,...{((((((..({(((((((({..,.|||}.{.,,((((((..(((((((((.,.((....((((((((.,.{((((,{{{,...}}))))))}..(((((((({(((,..,............,..,}}},.))))))))...{((((({(((({(({...,}}||,.((((.(((........))).)))).,}})))))..)))))},.))))))))...))...)))))))))...)))))).,..))}.)}}}))),,....).))}))))},.}))))))),.....|||}||||{,,,....{({{..|.,,}..})),.((((((((({....(({.,,,..,,,(((((......)))}}.....(((.(((.{(((,....,,))}}))).)))((((((((((((({((((((....})))))((......))...{((((((.(((((..............((((((((......)))))))).)))))))))))|((((((((((,.....{((.((((((((((((((.....((..((((..((((..((....))..))))..)))).}).....,.))))))..)))))))).)))))))))))))..((((.(((((..((.((((...........))))..))..))))).)))).........})))))))).))))),,,.))),))))))))))...........,,....,,|||.,,,}},}}}.,,,)))))))).})))))))).......(((((....)))))..|{(((({,((((((.....)))))}.((((((((,{(((.....))))))))))))........,.{{{.||||.,,,,}|||,,,}},.(((((((((...((((....)))).)))))))))..............(((({....))))}.||}}}.......((((((((....{{(,,,,..{{{{{((..,..(((((((.((((..{,,,,......}}),.)))).)))))))}}}}})),,},.,.,)))....))))))))...,},,.)))))))).{{({.(((((((.......))))))).}))}{{...(((((.(((..((((........))))...))).)))))...)}...(((((.........))))),(((((((....(((((....,{(((((.((((((({({,...((((((.....{((.,....}}),,}...))))))..(((((((({............{({{(((((({.((.(((.,,,..........,))).)))))))))))){{{(....,))))))))))))........((((((((((..(((....)))..))))))).)))}).))))))).).)))),..}.))))).,)))))))}..)).))))))))))))))}}.|}},,,}})).))).)))))))))..)}))))))..,,.))))..,)))))))))))))))))...))))))..))))))((((((((.(((((((((.((((((.(..((((((((((((((.{{.{.(((((((,,,{{{(((((.....((((.(((((((...)))).))).))))....))|||{(({....}))|{(((.(((((..{..,(((((..,...,,)))))}..))))).)))}|...,(((((((((({,.,,}}}}|{{,{({(.((,...})}}}},}}},||,.((((((...)))))).{|||{||||||||,,||.,|||,}...|||}}}.....}}}......,))}.}|||||..((((,(((((..{(((((((((,.,,((((((..((((,...(((((.((((.(((....))).)))).)))))...,.))))...)))))}((((((......)))))){((((.((.(((.(((((((.........))))))).)))...))))))}{((((((((..........))))))))}((({,((((.,.....,,))))))))(((....))){{(,({{...,,)||,||}.,{{.....}}}|,{{{{...))))..|||||{{{{{{....))))))).}))))}|((((..(((((.(((...))))))))....))))|((((((.((((..(({.{(({....}})}})))))))))))))}.}))})).))).},,)))}))))),,.|}}},.((((((((((.....))).)))))}))||)),,,}))}....,,,|,{.....}))}.))))))).}.}}.)))).....)).))))))))..).),})))).)))))))))..(((((((((,((.......}}.)}.,)))))))(((((((...(((((.(({(,.{{,.{,..((((..,(({{{{,,,,,}),))}}.,,))),........)),,.)).))))).)))))))...((((((.((((((((((((((((((...(((........)))..))))))..)).))))).))))).)))))).((((((((((((((((.{({..((((((((({....,..||{{,...||||.||{,....(((((((((((((((((((..(((,...,)))..))))).))))))).....))))))}(((.((((.(((((((((((..........{((({..,{,,,,...},,},{((((........))))}....||||,,..,}}},..,)})))))}}}})))).))))})}.,,,,...}}.))))))))))|{,{.,,{,{|(((({.,,.},}},),||((((((({......))))))))},.,},.))))))))))))))))..{((((({..(((.((((......)))).)))})))))|{{{,,.{||{({{{.(((,(,,(((((((....))))))){{{{|{{||,.,,,))))})))))}}}},,,.,.{(......))))))))))(((((.(({....)).)))))...
Back