Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003250.6
Sequence Length
2383 nt
GC Content
0.5992
ACUCGCACUCACACCCGGGCGCAGGAGGCGGGCGGCCCGGGCCCCACCGGCCCCCCAUGGACGCCCCCAGCACGGGGCGCUGAGACCCCCGCGUCGCUGCCCAGCCCGGUCCGGCGCGCCACGCCGAGGGAUCUCUGGACAGGACAAGACUCCGAAGCUACUCCCCCAGCACACAGCCCGGGACCCACAAACCCAGCUUGCCCCCAGCCCUCCCACCUGCCACUCCCUGGCCCCUCCCACCGCCCGCCCCCCUUGGGGCGCAGGGCAUGGUGUGAAAGGCCAAGUGCUGAGGCGGGUAUCAUGGGUGCUGUGCCCUAGGGCCUGGGUGGCAGGGGGUGGGUGGCCUGUGGGUGUGCCGGGGGGGCCAGUGUGCCCACCCCAGUCUCUUGGCGUGCUGGAGGGCAUCCUGGAUGGAAUUGAAGUGAAUGGAACAGAAGCCAAGCAAGGUGGAGUGUGGGUCAGACCCAGAGGAGAACAGUGCCAGGUCACCAGAUGGAAAGCGAAAAAGAAAGAACGGCCAAUGUUCCCUGAAAACCAGCAUGUCAGGGUAUAUCCCUAGUUACCUGGACAAAGACGAGCAGUGUGUCGUGUGUGGGGACAAGGCAACUGGUUAUCACUACCGCUGUAUCACUUGUGAGGGCUGCAAGGGCUUCUUUCGCCGCACAAUCCAGAAGAACCUCCAUCCCACCUAUUCCUGCAAAUAUGACAGCUGCUGUGUCAUUGACAAGAUCACCCGCAAUCAGUGCCAGCUGUGCCGCUUCAAGAAGUGCAUCGCCGUGGGCAUGGCCAUGGACUUGGUUCUAGAUGACUCGAAGCGGGUGGCCAAGCGUAAGCUGAUUGAGCAGAACCGGGAGCGGCGGCGGAAGGAGGAGAUGAUCCGAUCACUGCAGCAGCGACCAGAGCCCACUCCUGAAGAGUGGGAUCUGAUCCACAUUGCCACAGAGGCCCAUCGCAGCACCAAUGCCCAGGGCAGCCAUUGGAAACAGAGGCGGAAAUUCCUGCCCGAUGACAUUGGCCAGUCACCCAUUGUCUCCAUGCCGGACGGAGACAAGGUGGACCUGGAAGCCUUCAGCGAGUUUACCAAGAUCAUCACCCCGGCCAUCACCCGUGUGGUGGACUUUGCCAAAAAACUGCCCAUGUUCUCCGAGCUGCCUUGCGAAGACCAGAUCAUCCUCCUGAAGGGGUGCUGCAUGGAGAUCAUGUCCCUGCGGGCGGCUGUCCGCUACGACCCUGAGAGCGACACCCUGACGCUGAGUGGGGAGAUGGCUGUCAAGCGGGAGCAGCUCAAGAAUGGCGGCCUGGGCGUAGUCUCCGACGCCAUCUUUGAACUGGGCAAGUCACUCUCUGCCUUUAACCUGGAUGACACGGAAGUGGCUCUGCUGCAGGCUGUGCUGCUAAUGUCAACAGACCGCUCGGGCCUGCUGUGUGUGGACAAGAUCGAGAAGAGUCAGGAGGCGUACCUGCUGGCGUUCGAGCACUACGUCAACCACCGCAAACACAACAUUCCGCACUUCUGGCCCAAGCUGCUGAUGAAGGAGAGAGAAGUGCAGAGUUCGAUUCUGUACAAGGGGGCAGCGGCAGAAGGCCGGCCGGGCGGGUCACUGGGCGUCCACCCGGAAGGACAGCAGCUUCUCGGAAUGCAUGUUGUUCAGGGUCCGCAGGUCCGGCAGCUUGAGCAGCAGCUUGGUGAAGCGGGAAGUCUCCAAGGGCCGGUUCUUCAGCACCAGAGCCCGAAGAGCCCGCAGCAGCGUCUCCUGGAGCUGCUCCACCGAAGCGGAAUUCUCCAUGCCCGAGCGGUCUGUGGGGAAGACGACAGCAGUGAGGCGGACUCCCCGAGCUCCUCUGAGGAGGAACCGGAGGUCUGCGAGGACCUGGCAGGCAAUGCAGCCUCUCCCUGAAGCCCCCCAGAAGGCCGAUGGGGAAGGAGAAGGAGUGCCAUACCUUCUCCCAGGCCUCUGCCCCAAGAGCAGGAGGUGCCUGAAAGCUGGGAGCGUGGGCUCAGCAGGGCUGGUCACCUCCCAUCCCGUAAGACCACCUUCCCUUCCUCAGCAGGCCAAACAUGGCCAGACUCCCUUGCUUUUUGCUGUGUAGUUCCCUCUGCCUGGGAUGCCCUUCCCCCUUUCUCUGCCUGGCAACAUCUUACUUGUCCUUUGAGGCCCCAACUCAAGUGUCACCUCCUUCCCCAGCUCCCCCAGGCAGAAAUAGUUGUCUGUGCUUCCUUGGUUCAUGCUUCUACUGUGACACUUAUCUCACUGUUUUAUAAUUAGUCGGGCAUGAGUCUGUUUCCCAAGCUAGACUGUGUCUGAAUCAUGUCUGUAUCCCCAGUGCCCGGUGCAGGGCCUGGCAUAGAGUAGGUACUCCAUAAAAGGUGUGUUGAAUUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-981.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1023.69
Frequency: 0.0000
Diversity: 653.98
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((..(((((((((((((.(((.((((((((((((.((.(((((..((..(((.(((.(((((((((((((.((((((.((((...((...........))..)))))))))).))..(((((((((...((((...(((......))).......(((((((.((((((..((((((..((((..((((..((((((((((((((((((.(((..((((...(((((..((.((((((((((((((...)))).)).))))..)))).))..)))))))))...))).)))......((((.....)))).)))).))))).))))))))))..)))))))).)))))))).)))))))...(((....))).)))))))))))))))))))).)))).))))))..))........((..(((........)))..)).))))).)).))))))...((....))(((((((((..(((((((.((.((((..............(((((.....)))))........((((......((((.....))))......)))).(((.((((((((((.((((((((((((((((((((((..((((.......)))).)))....)))))..(((.((..(((.(((((...............)))))..))).)).)))......)))))))..))))))))))))).)))).))).............((((((((....(((..(((((((....((((.(((.(((((....))))).))).))))(.(((.((....)).))).))))))))..)))....))))))))(((((((((((((((...((.(((((((((.(((......)))...((....))((.((((.(((((((.....))))))).)))).))....((((((((((((......(((((((((((((...((((((((.(((....))).)))(((...))))))))...).))))).(((((((((..((((((((.........)))))))))))))..)))).(((((.(((((((((.((......((((((..(((.......))).))))))((((.((((......(((((...(((((..((((((((((((...(((.((.(((((((((((..((((((.(((.......(((.(((...((((((....))))))...)))..)))..))).))))))..))......)))).))))))))))..))))).))))))).))))))))))....)))).))))((((....(((((.......(((((((.....)).))))).......)))))...)))).))))))).)))).))))))))))))........(((((((((((((((.(((.(((.((.(((.((..(..(((..(((((.(((....))).))))).)))..)..))..))).))))).)))........(((((((((((((.(((((((((((((.(.(((.........(((((((((...)))))))))..........((((.....))))((((((((((((.(((((......)))))..(((((((((((((...))).)).))))))))..)))))))....)))))..))).).)))))))))))....)).))))))........((.((((((((.((......))..)))))))).))((((((.((....)).))))))........))))))).......)))))))))))))))(((((((((.(((((((.(((((((((((...))).))).(((((((((....((.((((((((.(((..(((.(((.....(((((.((..((((.((((...(((.((((...((((((((....((....))...))))))))..)))))))((((((....((((.....)))).....)))).))..)))))))).)))))))....))).))))))))).))))).))....)))))))))..(((((....)))))..........))))))))))))))...((((.......))))....)))))))...))))))..)))))).........((.(.((((((.......)))))).).))))))))))))).)))))).(((((((......))))))).........))))).))))))))))))))).)).....)))))))))........((((((((.(((((((((...)))).))))))))))))).....)))))).)))...)))))))(((.((.(((((........))))).)).)))....)))))).)).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,{{((,.({((((((((((({(((.(((((,(({{{(((((.....))))).,{..((,{(((((,,,,..||}||||||.|.}}))}}}.}}.}}))...))}})}|||||||,.,,.}||||,{{{{,{{((((...,(({.,.{{{||,..{{{.(((((((.((((((..((((((..((((..((((..(((((((((((((((...(((((((.(..{,(((((..((.((((((((((((((...)))).)).))))..)))).))..)))))}).)..}.))))))}.....((((.....)))).))))},)))).))))))))))..)))))))).)))))))).)))))))({{{.{{{{{|...||||||,},,}}}),))))).))))}),))))..||........{,..{((........))),})..}})))))).)}})))...,|}}}})|(((((((((..(((((({,((.((((,.{{..........(((((.....})))).{{{.....|||..,{{{|(((,{...,,},.,.,,}))}),||,.((((((((((.(((((((((((((((,,(((,..,{(((.......)))}.,}}....}}}}},.(((.((..,(({,(((({{,............,)))),,))).)).))).},,.,))))))}.,))))))))))))).)))).,}|.......,.....((((((((....((({.(((((((....((((.(((.(((((....))))).))).))))(.(((.{{....)).))),)))))))),.)))....)))))))),{{{(((((((((((,,,((.(((((((((.((({,,...,||,,,{(,{{{||{,,((((.(((((((.....))))))).|||}.||,,,,.,{{((((((({|{(,,.(((((((((((({...((((((((.(((....))).)))(({...}))}))))...}.)))))|(((((((((..((((((((.........))))))))))))),.)))).(((((.((((((({{,,{,,....{{{{{{..,((......|},}.))))))|{{{.{{{{......{((((...(((({..((((((((((((...((,,((.((((((((({,..{{{({{|{((||||.,.,,,.{||,.,||||{{,,.,||}}||,.,},}..,,.,}))),))}))},,||||..,,})))|))))))))))..))))).))))))).}}}}}}|||}...,|||}.})))((((..{.(((((.......(((((((.....}}.))))).......))))).,.)))).}}))))},)))).)))))}))))))....{,,.{{{|||{{{{{||||,|{|,|||,||,||{.||,|{,,{,,..(((((.(((....))).))))).}))}},..,,..))).,}}}}.)}}........,{{{{{{,,{|||}|{{,{{|||||||.|.|((,..,,,...(((((((((...)))))))))..,,{{{,,,,(((,...,||||{((((((((({(.{{{{{,..,,.}||}|..{|{|{((({{{|{,,||,,.||.||||||||{{|,||||,....,))),}.)))})})))))||||||{{..||{||,,,,(({...((((,(((,{,,,.|,}}}.,.))}},,,)))))}))((((((.((....)).)))))).}}}},,.))|||},..,,}..)))))))))))))))(((((({{{.(((((((.(((((((((((...))).))).(((((((((,...((.((((((((.(((..(((.(((..,,.(((((,{{..(((,,((((,.,((,,((((...((((((((..,.((....)).,.)))))))),,)))))))((((({.,..((((.....))))....})))).)}}.)))))))).})))))),,..))).))))))))),})))).)).,,}}})))))))..(((((....))))).......,,.))))}}))))))}}..}||||...,,,,})}},}),))})))),,,}))))}}.)||||{,,,,....,||,|.{{((((.......)))))),))),))))))))))).)))}}}.(((((((......})))))).}},,,}..))))).))))))))))))))).)).....))))))))}........((((((((.(((((((({...}))).))))))))))))).....,|||||,|,,{(((.((((......)))))))}.}},,}||,}},.}}}}......)))))).,,.......
Back