Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003260.5
Sequence Length
2812 nt
GC Content
0.6469
GCCGAGCCCCGCCGGAGGGAGGCGGCUCCGCGCGGGGCCCGCCGCCCGCGCCGCCGCCACCGAAACCCGGCCGCGGCGCGCCCGACCUUCUGCGCCGGCUGCCGCGGCCGCCCUCGCCGCGCUCCCGCCCCGGCCGCUGCCCCUGCCCGCCCCGCUCGCCCCGCGCACCCCAACCCGGGGAGGGGCUCCCACGACCCCGGGCGCGCGCGCUUGGGGGCGCGCCAGGGACUCCAGGGUCCCUUGCCCCGCGCCGCUUCUCCCUCCUCCCUCUUUCUUCGGGCAGCCUCCCCACCACCCCACUUCAGCCUCCCCCACUCUUGCCGCCUCCAUAUCAUCAAGCUCUGGUGGCGCCUGGGGGGCUUUUCGGAUCGGCAGGAUGUACCCCCAGGGAAGGCACCCGACCCCGCUCCAGUCCGGCCAGCCCUUCAAGUUCUCGAUCUUGGAGAUCUGCGACCGCAUCAAAGAAGAAUUCCAGUUUCUUCAGGCUCAAUACCACAGCCUCAAGCUAGAAUGUGAGAAGCUGGCCAGCGAGAAGACGGAAAUGCAGCGACAUUAUGUCAUGUAUUAUGAGAUGUCGUACGGGCUCAACAUUGAAAUGCAUAAGCAGGCGGAGAUUGUGAAGCGUCUGAGCGGUAUCUGCGCUCAGAUUAUCCCCUUCCUGACCCAGGAGCAUCAGCAGCAGGUGCUCCAGGCCGUAGAACGCGCCAAGCAGGUCACCGUGGGGGAGCUGAACAGCCUCAUCGGGCAGCAGCUCCAGCCGCUGUCCCACCACGCACCCCCUGUGCCCCUCACCCCCCGCCCAGCCGGGCUGGUGGGCGGCAGUGCUACGGGGCUGCUUGCUCUGUCUGGAGCCCUGGCUGCCCAGGCUCAGCUGGCGGCGGCUGUCAAGGAGGACCGUGCGGGCGUGGAGGCCGAGGGGUCCAGAGUGGAGAGAGCCCCGAGCAGGAGUGCAUCUCCCUCGCCCCCUGAGAGUCUCGUGGAGGAGGAGCGACCGAGUGGCCCUGGUGGUGGCGGGAAGCAGAGAGCAGAUGAGAAGGAGCCAUCAGGACCUUAUGAAAGCGACGAAGACAAGAGUGAUUACAAUCUGGUGGUGGACGAGGACCAACCCUCAGAGCCCCCCAGCCCGGCUACCACCCCCUGCGGAAAGGUACCCAUCUGCAUUCCUGCCCGUCGGGACCUGGUGGACAGUCCAGCCUCCUUGGCCUCUAGCCUUGGCUCACCGCUGCCUAGAGCCAAGGAGCUCAUCCUGAAUGACCUUCCCGCCAGCACUCCUGCCUCCAAAUCCUGUGACUCCUCCCCGCCCCAGGACGCUUCCACCCCCGGGCCCAGCUCGGCCAGUCACCUCUGCCAGCUUGCUGCCAAGCCAGCACCUUCCACGGACAGCGUCGCCCUGAGGAGCCCCCUGACUCUGUCCAGUCCCUUCACCACGUCCUUCAGCCUGGGCUCCCACAGCACUCUCAACGGAGACCUCUCCGUGCCCAGCUCCUACGUCAGCCUCCACCUGUCCCCCCAGGUCAGCAGCUCUGUGGUGUACGGACGCUCCCCCGUGAUGGCAUUUGAGUCUCAUCCCCAUCUCCGAGGGUCAUCCGUCUCUUCCUCCCUACCCAGCAUCCCUGGGGGAAAGCCGGCCUACUCCUUCCACGUGUCUGCGGACGGGCAGAUGCAGCCGGUUCCCUUCCCCUCGGAUGCACUGGUAGGCGCGGGCAUCCCGCGGCACGCCCGGCAGCUGCACACGCUGGCCCAUGGCGAGGUGGUCUGCGCGGUCACCAUCAGCGGCUCCACACAGCAUGUGUACACGGGCGGCAAGGGCUGUGUGAAGGUGUGGGACGUGGGCCAGCCUGGGGCCAAGACGCCCGUGGCCCAGCUCGACUGCCUGAACCGAGACAACUACAUUCGUUCCUGCAAGUUGCUGCCGGAUGGCCGGAGUCUGAUCGUGGGCGGUGAGGCCAGCACCUUGUCCAUUUGGGACCUGGCGGCGCCCACCCCCCGUAUCAAGGCCGAGCUGACUUCCUCAGCCCCAGCCUGCUACGCCCUGGCCGUCAGCCCCGACGCCAAGGUUUGCUUCUCCUGCUGCAGCGAUGGCAACAUUGUGGUCUGGGACCUGCAGAAUCAGACUAUGGUCAGGCAGUUCCAGGGCCACACGGACGGCGCCAGCUGCAUUGAUAUUUCCGAUUACGGCACUCGGCUCUGGACAGGGGGCCUGGACAACACGGUGCGCUGCUGGGACCUGCGGGAGGGCCGCCAGCUGCAGCAGCAUGACUUCAGCUCCCAGAUUUUCUCCCUGGGCCACUGCCCUAACCAGGACUGGCUGGCGGUCGGAAUGGAGAGUAGCAACGUGGAGAUCCUGCACGUCCGCAAGCCGGAGAAAUACCAGCUGCACCUCCACGAGAGCUGCGUGCUGUCCCUGAAGUUUGCCUCCUGCGGACGGUGGUUUGUGAGCACCGGGAAGGACAACCUGCUCAACGCCUGGAGGACGCCGUACGGGGCCAGCAUUUUCCAGUCCAAGGAGUCGUCCUCAGUCCUGAGUUGUGACAUCUCCAGAAAUAACAAAUACAUCGUGACAGGCUCGGGGGACAAGAAGGCCACCGUGUAUGAGGUGGUCUACUGAGACAUGACCCCCCUUCCUGUACCCGAAGUCCAGACUCCCAGGGGAAUCAGCAGCCAGGACAGACAUCCUAGCAGCCGCCUCCCAGCCCUGCCUAGGAACCGUACAUCCCAUCUGCUCUCUGGCCAACGGCUUCACACCUUCCCCUGCUGCAUGUGGGGGCCGAUGGGCAGGGGACCUCGGUGGAAAUAAAAUGUAUCUAUCACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1227.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1271.05
Frequency: 0.0000
Diversity: 560.86
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((((((((((((((((((...(((((((........))))))).)))))).........(((((((((((.(((.(..(....)..).))))))))))))))(((..(((((((.((((...((......((((((.((((.......(((...)))..........)))).)))))).....))....)))).))))).))..)))(((((((.(((((((....))))))).))...))))).....)))))))(((.(((((..(((((..((((.(((........((.((.((((((((((....(((((((..................)))))))..)))))))...........)))..)).)).......))).)))).)))))...((((.......(((((((..((((.(((((.(((((...)))))(((....))).....((((((.......))))))(((((.........)))))......))))).))))..))))))))))).))))).)))......((((((((...(((((...)))))))))))))...(((((..(((....(((((...(((((.((((..(((((((((((((((((.......))))))))).....((((((((.(((.((((((((.......)))))))).((((((...))).))).(((((..(((((((.((((((((....((((....))))(((((((((((((((((.(((((((.((((.....))))............((((....))))))))))))))).).)))..)))))))))((((.((...(((((((.(((((....(((((..(.(((((((.(((((..(((((...((.((((.((((((((..(((((....(((.(((((..(((((.....)).).)).))))))))..)))))....((((.((((.(((((((..((.((..(((...((((.((((((((((.......((((((((..((((((((((((.(((.(((...(((..(((....(((.((....)).)))((.(((((..((((......))))..((((.........)))).))))).))((((((..((...)).))))))))).))).))).))).)))))))).)..)))...(((((((((.(((((...((((.....)))).))))))))))))))))))).)))......)))))))))).))))...)))......))..))..)))))))))))....)))))))))))).)))).))..((((.(((.((......)))))))))(((((......))))).)))))...))))))))))))..)..)))))....((((......))))................))))).))))))))).))))......((((((....))))))...))))))))..(((.(((((((((((......)))))..(((((((((.((((((((((.(..(((.((.(((((....(((...)))...)))))..)).))).).))))).........((((((..((((((..((((((.(((((((.............((((((((......)))))))).)))))))...))))))..))))))...))))))((((((...))))))..)))))))).)))))).((.((((((((((((((((((((((.....))))))).)).))...(((.((((.(.....(((((((.(......).)))))))..).)))))))))))))))))).))((((......))))(((((((.(...((((((((((.((....................(((..((((((((.....(((.((((..((((((.(((.((((.(((..((.((..((((.....))))..))..)))))))))))))).))))((((.(.(((((.....))))).)..))))((...(((.((((.(((......))))))).)))..))..)))).))))))))))).))).....(((((((((...........))))))))))))))))))))).).)))))))..(..(((.(((((.(((..((((.......))))..))))).))).)))..).))))))...)))..)))))))..)))))))).....))))))))..(((((..(.(((((.(((....(((..(((((.........)))))...))).((((..((((.((((..((((((.(((.(((((((((((..(((((((....(((......)))(((.((.......)).)))....)))))))...)))))((((((.(((((.....(((((((.(((...((((.((...)).))))(((.(((....))).)))..)))..))))).)).....))))).)))))))))))).))).((((...(((....((((((.(((((....(((((.............((.(((.((((((...(((((.((((.((((((((........)))))))).))......)).)))))...))))).).))).))...........)))))....))))))))))).))).))))....))))))..)))).))))..))))............))))))))).))))).....))))))))..))))))))))))))))).)))))....))).))))..)))))).......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((((((((((((((((((((...(((((((........))))))).)))))).........(((((((((((.(((,(..{....}.},.))))))))))))))(((..(((((((.{,((,,,{({.{{..((((((.((((...,{,.{((...}}),.........)))).)))))).....)).,},)))),)}))),))..)))(((((({,(((((((....))))))).)}..,)))))....,))))))){{(.(({{{,.(((((..((((,(({......{,.....{(((,((((({....(((((((..................)))))))..})))))))}....}}...}}..||..,.....,,.))).)))).)))))...((((.......(((((((..((((.(((((.(((((...)))))(((....))).....((((((.......))))))(((((.........)))))......))))).))))..)))))))))))}))))).))}......((((((((...(((({...))))))))))))).,|(|(((..({,....{((({..{(((((.((((..(((((((((((((((((.......)))))))))...((((....(((((..((((((((.......)))))))).((((((...))).))).....)))))....))))(((((((...(((,.{((((((((((((((({(({((((,(((((((.((((,..,,|}||............(({{....)))))))))))}))),}.)))..)))))))),,))..{((((.(.(((({(((((((((.((((.((((((((((((((.({,((,,({(....((((.((((((((,,{((((,...(((.(((((..((,((.....)).)}}}.))))))))},)))})|...((((.((((.(((((((,.((.((,.(((...((((.((((((((((.......((((((((..((((((((((((.(({.,,,...,({,,{......{((.{(....},.))}((,(((((..((((......))))..{(({.....,...)))),))))),||,(((({..((...}}.}})))},,},)},.))),))).)))))))).)..)))...(((((((({,(((((,..{(({...,,)}}).)))))))))))))))))))}}))..,...)))))))))).))))...))).,....))..)),.)))))))))))....)))))))))))).))))((((......)))).}}}.})),)).))))}})))))),,))..{((((((((((((.{...((((((({{.((((((..((((..((((.(((.((((((.(((.,......(({{(((((................((((((....)))))))))))))).....((((((....(((((......)))))..(((((((((.((((((((((.{..(((.((.(((((....(((...)))...)))))..)).))).}.))))).........((((((..((((((..((((((,(((((((.............((((((((......)))))))).)))))))...)))))),.))))))...))))))((((((...))))))..)))))))).))))))....)))))).,.})).)))).)).))).))))......)))).))))))(((({...})))).}}.)))))))...,.))))).))))))))))).).))))}})))).)))))}.))))},{,(((((((.{...((((((((({,((,((.(((((.,,........}}..))))))}.((((....))))((((((((,{.(((.((((.(((..((.((..((((.....))))..))..)))))))))}))|(((.{,((((.(.(((((.....)))))....))))}.)))|((.((({{(((......))))))).))|{(((...(((({,,{{,((((((....)))))),}}.,))))...)))),}))))))).,)))))))))))).}.)))))))..)}.((((....))))...........)))))...)))..)))))))(((.((((((((.(((.....(((((,.((((((({,.{{{{{(({,{{{||||{{|,|,|||}|||.,,....|||,,(((((.........)))))...))),((({..{|||.{{||,,||||||,(((.(((((((((((..(((((((....(((......|}}{((.((,......)).))),,..)))))))...)))))((((((.(((((.....,{(((((.(((..{((((.({...}).))))|((.(((....))).))}..)))..))))).}}...,.))))).)))))))))))).))).{((({..{{{|{,.{{{{{|,|{{{{||,.{||||.............{(.(((.((((((...(((((.((((.((((((((........)))))))).))......)).)))))...))))).).))).)).....,},,}.))))}.}}}))))))}}}}}.},,.||||,,,,|}}||}..}}}),})))..)))),))))).....)))...)))))))).)))...))))))))..))))))))))))))))}}))})),...))).))))..)))))){{,.,,.....,,.,,,......
Back