Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003333.5
Sequence Length
2826 nt
GC Content
0.5078
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Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-977.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1031.13
Frequency: 0.0000
Diversity: 999.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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