Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003337.4
Sequence Length
2241 nt
GC Content
0.3637
AGACUGACCGCGGGGCAGCUGCGGAGCAUGUCGACCCCGGCCCGGAGGAGGCUCAUGCGGGAUUUCAAGCGGUUACAAGAGGACCCACCUGUGGGUGUCAGUGGCGCACCAUCUGAAAACAACAUCAUGCAGUGGAAUGCAGUUAUAUUUGGACCAGAAGGGACACCUUUUGAAGAUGGUACUUUUAAACUAGUAAUAGAAUUUUCUGAAGAAUAUCCAAAUAAACCACCAACUGUUAGGUUUUUAUCCAAAAUGUUUCAUCCAAAUGUGUAUGCUGAUGGUAGCAUAUGUUUAGAUAUCCUUCAGAAUCGAUGGAGUCCAACAUAUGAUGUAUCUUCUAUCUUAACAUCAAUUCAGUCUCUGCUGGAUGAACCGAAUCCUAACAGUCCAGCCAAUAGCCAGGCAGCACAGCUUUAUCAGGAAAACAAACGAGAAUAUGAGAAAAGAGUUUCGGCCAUUGUUGAACAAAGCUGGAAUGAUUCAUAAUAGACAACUGGUCUGUUAAUCUUUUUCAUCAUUGUUGUGUAUAAUUUACCUCUCAUUAGAAAGGCUAACAAAUUUUAAGUGCCACAGGUUUUAAGGAUUCUGCAGAAAAAAAAGAAAAAAGUCCUUCAGUUUAGAACCUACAAAAGCUUGUGUAUCUUGAUUAAUGUACUUUUUAUUGCAUGGUGUGAACUAAGUUAUUGCUGCAUAAAUUUGUAAUAUAUCCUGUUUGUAUUUUUUUCCAAGUGUAUAAUGUUGGUGUGGAGUUUUCAUGACAGAAUAUACACAUUUUGUAAAUCUGUACUUUUUUCAAAUAUUGAAUGCCUUAUUUUUGAAUUCUUUAGAUUUUUAAAUUGGAGAAAAGCACUUAAAGUUUUUUAUAUAUGAAUAUUACAUGUAAAGCUGUUAAAAUACAUAACUUCAGUGCAAGAGACUUUGUCACUUAUUUCCUUAUGUGUGUAGGAGGGGUUAAUAAGUCUCUAGCUCUCCAUCUAUUGAUAGUUUCAUUUACAAUUUCAAAAGAACAUUCUUAUAUUUUAUCAAGGAAGUCUUCAAAUUUGAUUCUAAAUAGCGAUUAUAAUCUCCAACUUUAUUUUGAAUGUACCUCUAUUAGUUUCAAUUGAGUAAUUCUAGACAUAACUGGUUUGACUCUGUCCAACUCUGUAUUUAGGCCAUUUGUUACAGUUUCUUCAUGCAUUACUUACUGUUAAAACUGUACCUUUUGCGAUUUCACAGUUGGCACUUCUGCCAUGAGCAGAGAACUGAUGCGACUUGUUUUGCUGCUUGGUAGCACUUUAAAAAAUUUUUUGAUUAAUGAAGAAAGUAAAACCAUAAACAUUUGCCAAAAAUUCAUGCCCCAGUAUUAGCAAUGAAUUAGUUGCAUUGGUUUGAGAAAGGCACAUAUUGGAGGGAAAUCUUGGUGUAACUUAAAUAUUUGAAAAUUACCUUUAAUGCAAUGCAUAUCUGUUUAUUCUGGGAAAUGUUUUAAUGCCAGGGCCUGCUGAGUUGCUUCUUCUUGUGGAGAUUUUUUUUUUAAUCUCCUGAGUUGUAUAAAAGUUGUACUGCAUCUUAGUUUACUGGAUAAAUUUAAAACACAGUAUUGUAGAAAGCUAAUACAAAACUAUCCUAUGCCUUCAAAUAGUAUAGAAAAUGGAAAAUAUACAAGUAAAUUCUGUUGAACCACCUGUGUAGUCUCUCUAGUAGUUAAAACAGCUAUUUUAGUAACCCCAAGAGUUUCUUCUCAUAUCCAUAAAAUUGGAUUACAGUAUGGCAAUAUCUACAGCUUCUAUUCAUUAUGCAACGUUUAACAUUGAUUGGAUAAAUGCUUAUAGGCUGGGCCAGGUGGCUCCCACCUGUAGUCCCAGCACUUUGGGAGGCAAAGGCGGGAGGAUCACUUGAGGCCAGGACUUUGAGACCAGCCAGGGCAACAUAAUAAGACUUUUCUCUACUUUAAAUUUUUUAAAAAAUUAGUUGGGCAUAGUGGCACUUGCCUGUAGUCUCAGCUACUUAGGAGGCUGAGGUGGCAGAAUAGCUUAUGCCUAGGAGGUUGAGGCUGCAGUGAGCUGUGAUUAUGCCAUUGCACUCCAGCCUGGGUGACAGAGCAAUACCCUGUCUUUAAAAAUAAAAGCUAUUACUUGGCAAAUUCUGAGGUAAGUGUAUGAUCUUAGGGAACUUUGAUACAAAUGGGAAUUCACUCACUGGAAUCGUGGCUCCCAAAAAGAUGCUUUAAUUGUGUGGUGCUUUUAUAGUUUAGCUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-557.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -606.01
Frequency: 0.0000
Diversity: 667.23
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((.....)))))).(((((.(..(((((...))).))..)..))))).((((((((.(((.((((..((..(((((....))))).)).)))))))(((((((.............((((......)))).............(((((((....))))))).))))))).........(((....)))....((((((((.(((((.(((((((((...........))))).........((((((.....))))))((((((((....)))))))))))).))))).))))))))....))))))))......((((((.............))))))..)))))))..(((((((................))))))).....(((((((((((.(((..((((((...........((((((((((((((..((((((((..((((...)))).))))))))..))..((((((((.....))))))))...............(((((((((......(((.((....)).))).(((.(((((((((((((((((((((((.(((.((((((.(((.................))).))..)))))))...))))))))))...........(((((........))))).((((((((.....((((((...........))))))......))))))))(((((((((((((((((...(((..(((((...)))))..)))..)))))))..((((.(((((((.......((((((................)))))).....))))))).))))))))))))))))))))))))))).)))((((((.......))))))...........)))))))))...((.((.((((((((....((((..(((((.........)))))))))....)))))))).)).))...(((.((((.((((........)))))))).)))...)))))))))))).....(((....)))....((((..((((.(((.(..((((.((..............)).)))).).)))))))..))))..((((....((((......))))....)))).((((((((.((.......((.....(.((((((((......(((........)))..)))))))).)....)).....)).)))))).))((((((.....))))))..))))))......))).))))))))))).((((.(((((.((((((((((..(((....((((((..............((((.....((((....(((((....(((((......))))))))))..))))...)))).......(((((((.((((((((....((((....))))....))))....((((...))))...((((..((((((.....(((((((.(((..(((((...((((.(..((((((((((((((((........))))))).((((((((.....(((((((((.((((.(((((..((((((........((((((..(((((.........)))))..((((.((((........)))).))))..(((((((..(((....)))..))))))).......)))))).((..((..(((((((.....)))))))..))..)).....(((......))).))))))..)))))))))..)))))))))......))))))))((((.((((((.(((((........)).))).)).))))...))))((((((((((((((...)))))))..).)))))).(((((.....)))))))))))))).))))).))))).)).).)))))))...)))))).))))....)))).)))))))))))))..)))..)))))))))).....((((((((.((((((((.(((((((((((((.((((((....((((.((......)).))))..)))))).)))))))))))))))))).))).))))))))..((((((...((((.((.(((((.........))))).............((((.....)))).....)).)))).))))))..(((((.((((.((.((((.(...((((......))))...).)))).)).))))...)))))..)))))..))))((.(((..........))).)).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{,{(({(((((({{,..||||||.{{|,{,{..{{{||,,,}}|,}}.,}}}),}})}|{{{{{|{.{{|||||,..{,(((,((({{.{{||||{{((((((....))).)))}.....{({{{{(((({{{{{{|{||{{{.{{{{{(({.(((((((....))))))).||||||{{((........}}}}.,||....{|||{,{{.,,,||}||||||||.....{{{{{{{{{,{{,.........,{.{{{{{{{{...,,{{{(((((,.,.}}))}||||||,.|||,|{|,||,,,...}}.)))))),}}}}},|{{{({.............}))))}..,}}|},...|||||||}},..},,.})}}}}})),,,||{....,,{{|||,((({((({{{,{,{(,.......{(((.((((((((((({{{((((((((..((((...)))).))))))))..,...((((((((.....)))))))).}})))))))).))),)))){{,....,|.|{(.({....)).})},,,,.,,,,,{{{{{{|||{{(((((((,(((,(((({..,,......,|,......},,)},..,.})))))))...)))))))))),..}},},...,||||..}}}}}})))))}}))}..,,...,,,,{{|||{{{......})))}}}..{{{{{{{{{{{{(,,{(((({,(((((((.{.(((..(((({...}))))..))}..)))))))..,{{{.({{{{{{.......((((({.,,.{,.....,|||,|}}}|}.....}}}}}}},||||.||||||||||||||||||||||,,,,((({((.......})))))}||,|{{,,..,,},,,}}}...{{,((.((((((((..,.(((,.,(((((.,.....,.))))))))).,..)))))))).)).))...{{{.{{||,|{||........,,,,}}}},|}},,.||||||||,,,,,,.,}|||,,},||,,,..((((..(({{{(((.(..((((.((..............)).)))).}.)))))))..)))).,((((.,..((((......))))..,.)))).({((((({.((.......((.,...(,((((((((...,,.{,,........)),..)))))))).,....)).....}),))))))}},,(((((.....)))))|{{||||||,{{{{.|||||||||||}}}},||{,.{{{,,...{{||||}}....},}))}}}||,,,..,,,..,{{{{||{{...{{{{,,(((,..{{{,.{{||,.,,}|||||||||}||||||,.(((...((.((((((((((((((.((((((.((.(((.(((((.{((...{(({.{{{{.,((({{{||},.,({{,,,.,,{,{||,..{(((((((,.((((.....((((((.(((.....(((,.(((((((........))))))),)))..((((({...}))))).))).))))))...))))......)))))))}..||}|||||.,,,}.,}})})},..{{{{.(((({,......,,})})))).....(((...((((((.((...(((....)))..)).))))))...}})}}}}|}}||....))).))))).))).)).)))))).))))))),,..(((((......)))))..)))))))))....))}.((((((.((..((((((.(((((........)).))).))}}}))..)).))))))(((((((((((((((.(((....((((({....}))))).....))).)))))..)))))),.)))).||,}},,})).}}}))))},}}}}}.,,,,.{|,,,,,}})}},.||||||,,{|,,,,},,,,,.|,..((((((((.(((((((,{(((((((((((((.((((((,{{{((((.({......)),)))}..)))))).)))))))))))))))))).))).))))))))...||{{{({,...})))}(((((.{.....,.))))),,,,....,,,..||||.,}},,))),,,,,,},|)))})))))}},,||||.||||},,.,|||}|}}}||||}...}}))))}.}}.,,,)})).))))...,,},}}}},.,,,,}}}|{{.{{{..........))).)).
Back