Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_003356.4

Sequence Length

2277 nt

GC Content

0.5397

AGAGACAACAGUGAAUGACAAGGAGGGGCCAUCCAAUCCCUGCUGCCACCUCCUGGGAUGGAGCCCUAGGGAGCCCCUGUGCUGCCCCUGCCGUGGCAGGACUCACAGCCCCACCGCUGCACUGAAGCCCAGGGCUGUGGAGCAGCCUCUCUCCUUGGACCUCCUCUCGGCCCUAAAGGGACUGGGCAGAGCCUUCCAGGACUAUGGUUGGACUGAAGCCUUCAGACGUGCCUCCCACCAUGGCUGUGAAGUUCCUGGGGGCAGGCACAGCAGCCUGUUUUGCUGACCUCGUUACCUUUCCACUGGACACAGCCAAGGUCCGCCUGCAGAUCCAGGGGGAGAACCAGGCGGUCCAGACGGCCCGGCUCGUGCAGUACCGUGGCGUGCUGGGCACCAUCCUGACCAUGGUGCGGACUGAGGGUCCCUGCAGCCCCUACAAUGGGCUGGUGGCCGGCCUGCAGCGCCAGAUGAGCUUCGCCUCCAUCCGCAUCGGCCUCUAUGACUCCGUCAAGCAGGUGUACACCCCCAAAGGCGCGGACAACUCCAGCCUCACUACCCGGAUUUUGGCCGGCUGCACCACAGGAGCCAUGGCGGUGACCUGUGCCCAGCCCACAGAUGUGGUGAAGGUCCGAUUUCAGGCCAGCAUACACCUCGGGCCAUCCAGGAGCGACAGAAAAUACAGCGGGACUAUGGACGCCUACAGAACCAUCGCCAGGGAGGAAGGAGUCAGGGGCCUGUGGAAAGGAACUUUGCCCAACAUCAUGAGGAAUGCUAUCGUCAACUGUGCUGAGGUGGUGACCUACGACAUCCUCAAGGAGAAGCUGCUGGACUACCACCUGCUCACUGACAACUUCCCCUGCCACUUUGUCUCUGCCUUUGGAGCCGGCUUCUGUGCCACAGUGGUGGCCUCCCCGGUGGACGUGGUGAAGACCCGGUAUAUGAACUCACCUCCAGGCCAGUACUUCAGCCCCCUCGACUGUAUGAUAAAGAUGGUGGCCCAGGAGGGCCCCACAGCCUUCUACAAGGGAUUUACACCCUCCUUUUUGCGUUUGGGAUCCUGGAACGUGGUGAUGUUCGUAACCUAUGAGCAGCUGAAACGGGCCCUGAUGAAAGUCCAGAUGUUACGGGAAUCACCGUUUUGAACAAGACAAGAAGGCCACUGGUAGCUAACGUGUCCGAAACCAGUUAAGAAUGGAAGAAAACGGUGCAUCCACGCACACAUGGACACAGACCCACACAUGUUUACAGAACUGUUGUUUACUUGUUGCUGAUUCAAGAAACAGAAGUAGAAGAGGAGGAGGGAUUCUGGUCUUCACUGCCAUGCCUCAAGAACACCUUUGUUUUGCACUGACAAGAUGGAAAAUAAAUUAUAUUAAUUUUUGAAACCCAUUAGGCAUGCCUAAUAUUUAGGCAAGAGAAAAUAAACCAAGAUAGAUCCAUUUGGACAAAAUGGAAGGUUGGAGACGUGUAUCCCCGUGAAAUCUGGUUAGAUAAUGAAUGAUAAGCAGGAAGGAUGGCAAGCACGGGACAGGAGGGGCCCACAAUGGAGUGGGAGAUCAGCCACGGAGCCUGGAGGGAUGCCACCCAGCAACACAGAGCUGGCGACUGCAGCUGCACCAUCACACAUGCAUCAUCAGCCUAUUUGUAAUAUGUCUGCCACAGAGAGUCCUUUGGGAUUCUAGGAAACCCAAGGAACAAGAGAAAAAACUAGAGCCUGUGCUAAAGAAGCCCUGCUGGGCCCAUGUGAGGCUGGGGCUCGUAAAUAUUCCCUGACGACACUGAAGAAUCAAGAGGGCAGCCCCCACUUUCCUACAAAAUGGAGGGAGCCAUCCCUUCCCUGUCCACCUCACCAGGGGUGCUAUGACAUGCAAGUGAGAAGCUGGGCAUGAACGCACUUUAUAAAAGCAAAAGCUCUGUGUAAAUCUAACUACAAGGACAAUGCCUUGGGAGAGAUUUUGUCGGGACAGAGAGGAGUUGCCAGGGAAGAAGGUUUGAAAGAUACGGUUGUCUAGAGGUGAGACCAAAGGAUCCAGAGACUUGGGGACCAGAGGUGACAGUGGAUGACGUGAAGCCACAGGAGCCCCACCCCCAUGCAGCCUCUUCCCCACCCCCCCCACCACGUGCUCAAUCAUGAGUACCUCAAAGGAUUGUUGGGCUUGGGGGAAAAGAGGUGGAUUCCUGGGCAAGAACCUAAAGUAGCAGGACUCGGAAUUCUCGGGAAAUUAUUAUGACUCAAUAAAAGAAUUCACACCUUAGGUGUGGGAGUAAGAACAGCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-790.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -831.49

Frequency: 0.0000

Diversity: 519.49

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

........((((((......((.(((((........))))).)).....(((((((((((..(...((((((.((((.((.((((....((((((((((((....(((((((((.(((((((.((.(((..((((((((((.(.(((((((((((((((.((....(((((((....))).))))((((.((......(((((.((((((..(((((...)))))..(((((((((.(((.((((....))))..)))))).))))))..((((.......)))).........((........))...)))))).))))))))))))).))))))))))))....)))).)))..)))))))))))))))))))...)))).).)))).......))))).))))))))))))).).))))))))).(((((.......)))))(((.((((.(((.((((((..(((((((....((((..((((((..(((((((..((((((.((.....(((....))).....((((..(((....))).)))).......((((((((.((((((((...((((((.(((.....)))..))))))..))))).........))).))))))))......((((.............)))).(((..(.((((...........(((..........)))...........)))))..))).)).)))))))))))))))))))..((........))........))))...))..)))))....))))))))))))).)))..)..))))))..)))))..((.(.(((....))).).))))))))...(((((((((((.(((((((((((((((((((.(((((..(((..(((((.((....(((.....)))..)))))))..))).))))).......((((((((.((((..(((((((((((((((....((((.((......(((.(((((....))))))))......))))))))))........((((((((((..((.(((((((..((..(((.....((((((((...))))))))......)))..))..)))....(((((..(((..(((((..(((((((((......((((....(((........)))....)))).....(((........)))...)))))))))..))).)).)))..))))).....)))).))...........(((.((((((.((((.........)))))))))).))).)))))))))).(((((.(..(((((((..(((((((((((((((....((((((((.((((....)).)).)))))))).........))))))).........)))))((((((...)))))).......................(((((((.....))))))).))))))))))..).)))))........(((.(((............))).)))...(((((((..((.((((.(..((....(((((......)))))...)).))).))..)).(((.(((.((((.((((((..((((..(((((.((.((((..((........))..)))))).)))))............(.((((...)))).)((.(((((((.(((...))).))))))).))...........((..(((....)))..))..((((....))))...))))..)))))).(((.......(((..((....))..))).......))))))).))))))((((((........)))))).)))))))((((((((..((((((....))))))......(((((.(((.....)))..)))))................((((...((((.(((((((((..((.(((((......)))))))..)))))).......))).))))...))))))))))))..)).))).))).)))....)))).)))))))).)))))))...))))))).((((((..((((((....((((.....(((..(((....).))..)))..))))...))))))))))))(((((((((.((.(((((((....)))))))..........)).))))...))))).....(((......)))(((......)))))))).))))).....(((((((.(((..((....))..)))......)))))))(((((...)))))))))))...........

Thermodynamic Ensemble Prediction

........{{(({...,.,.((.(((((........))))).))|.,..(((((((((((..(...((((((.(({(.((.((((....((((((((((((.,,.(((((((((.(((((((.(,{(((..((((((((((.(.(((((((((((((((.((,..{(((((((....))).))))|{{|.|(......(((((.((((((|.(((({...}))))..(((((((((.(((.((((....))}}}.)))))).)))))),{(((,......,)))|.,...,,..{{........)),..)))))).))))))))}))}).)))))))))))}...,)))).))),.,))))))))))))))))))...)))).).)))),,.....))))).))))))))))))).}.))})))))),(((((.......)))))|((.((({{(((.((((((..(((((((....((((..((((((..((((((,.,((((((.{,..,.((((({.({,{(({..((((..(((....))).)))){.{{.((.(((,..((((((((((...((((((.(((.....)))..))))))..)))))....((.((((((..((((.,....,.))))..))).))).)).)))))))).))}).}............},)))....)).}))))).,....((.{{.....}).}),.)))))))))))))))))))..((........))........))))...))..}))))....))))))))))))).))}..)..)))))},.}))))..{{.(,(({.,,.|},{|{|||}|||}...,((({((({{({(((((((((((((((((((.(((((,.(((.,(((((.{{,,{,(({.,,,,)})..}})}))},.))).))))).......((((((((.((((,.(((((((((((((((,...((({.{{......(((.(((((....))))))))...,,,|}}}|}}}||,,,,,,.((((((((((((.(((((..(((((((..(((.....((((((((...)))))))).}....)))..)){{{......,.((((((.(((((((.{{(((((((((.(((.......{.{(((...((((((.....((((((,...(((........)))........,((((......))))...,)))))),{,,........||||.....{({.{(((((.((((.........))))))))),.))).(((((..((((....))))..))))).)))))).))))}.,{{{,,..,,|||||{,(,((,...,|,||{|||||||{,,....,,}}}}}}.....}},}}}))},(((((({...}))))))......................(((((((.....)))))))..))).))))))}).}).))))))).)))))),,,................}},..)))))..))))).))))).))))))).(((((......))))).....,{,,{{{{.{{{(((.{((...}}.})),|{,,,{,((,(((((.((.((((..((........))..)))))).)))))}}.,}}}}....{.((((...)))).}{({(((((((.(((...))).))))))),,}...........}},|{||||,,|||..,...((((....)))),,.},),.))),})))))},,,....{((((((.{({{..{{{....})}.{,,(({.,{{|{{,,{{({{...,,,.}})||||,}},.))}|||{,((((((,((({...,))|||{{.....(((((.(((.....)))..)))))...}}}}},,.....{((....))},|,|||{{((((..{{.(((((......)))))})..)))))).,..,)))))).)))).)))),)))))))...))}}})},}).))).,..)))).)))))))).)))))))...))))))).((((((..((((((..{,((((.....(((..{{|.,.,}.))..)))..))))}..))))))))))))(((((((((.({.(((((((....))))))).,....,}..,).))))...)))))....}|||}}}...}},|||.,,,..,,,,,))),))))).(((((.....}))))......,{{{......}}},......|((((((...))))))))})).....,,,,..