Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003378.4
Sequence Length
2551 nt
GC Content
0.7048
AGCGUGCUGAAGCCGGAGCGAGCUAGCCGCCCGGAGCCGCGCCGACCCAGCUGAGCCCAGCCCACGGGACGCCAGACCUCGACCGUCGCUCCUACCCCGGCCACCGCUCGGAGCCGAGGCGGACGCGUCCCGAUCUUCCCCUGUCCCCACCCUGCCCCGACCCUCCUCUCCACCUCUCGCGUCGUGACACCAGCUGUCUCCGGCAGCCUCUUGGUCAUGAAAGCCCUCAGAUUGUCGGCUUCCGCCCUCUUCUGCCUUCUGCUGAUCAACGGGUUAGGGGCAGCACCCCCUGGUCGCCCUGAGGCGCAGCCUCCUCCUCUCAGCUCUGAGCAUAAAGAGCCGGUAGCCGGGGACGCAGUGCCCGGGCCAAAGGAUGGCAGCGCCCCAGAGGUCCGAGGCGCUCGGAAUUCCGAGCCGCAGGACGAGGGAGAGCUUUUCCAGGGCGUGGAUCCCCGGGCGCUGGCCGCGGUGCUGCUGCAGGCACUCGACCGUCCCGCCUCACCCCCGGCACCAAGCGGCUCCCAGCAGGGGCCGGAGGAAGAAGCAGCUGAAGCUCUGCUGACCGAGACCGUGCGCAGCCAGACCCACAGCCUCCCGGCGCCGGAGAGCCCGGAGCCCGCGGCUCCGCCUCGCCCUCAGACUCCGGAGAAUGGGCCCGAGGCGAGCGAUCCCUCCGAGGAGCUCGAGGCGCUAGCGUCCCUGCUCCAGGAACUGCGAGAUUUCAGUCCAAGUAGCGCCAAGCGCCAGCAGGAGACGGCGGCAGCAGAGACGGAAACCCGCACGCACACGCUGACCCGAGUGAAUCUGGAGAGCCCGGGGCCAGAGCGCGUAUGGCGCGCUUCCUGGGGAGAGUUCCAGGCGCGUGUCCCGGAGCGCGCGCCCCUGCCGCCCCCGGCCCCCUCUCAAUUCCAGGCGCGUAUGCCCGACAGCGGGCCCCUUCCCGAAACCCACAAGUUCGGGGAAGGAGUGUCCUCCCCCAAAACACACCUAGGCGAGGCAUUGGCACCCCUGUCCAAGGCGUACCAAGGCGUGGCCGCCCCGUUCCCCAAGGCGCGCCGGCCGGAGAGCGCACUCCUGGGCGGCUCCGAGGCGGGCGAGCGCCUUCUCCAGCAAGGGCUGGCGCAGGUGGAGGCCGGGCGGCGGCAGGCGGAGGCCACGCGGCAGGCCGCGGCGCAGGAAGAGCGGCUGGCCGACCUCGCCUCGGACCUGCUGCUCCAGUAUUUGCUGCAGGGCGGGGCCCGGCAGCGCGGCCUCGGGGGUCGGGGGCUGCAGGAGGCGGCGGAGGAGCGAGAGAGUGCAAGGGAGGAGGAGGAGGCGGAGCAGGAGAGACGCGGCGGGGAGGAGAGGGUGGGGGAAGAGGAUGAGGAGGCGGCCGAGGCGGAGGCAGAGGCGGAGGAGGCGGAGAGGGCGCGGCAGAACGCGCUCCUGUUCGCGGAGGAGGAGGACGGGGAAGCCGGCGCCGAGGACAAGCGCUCCCAGGAGGAGACGCCGGGCCACCGGCGGAAGGAGGCCGAGGGGACAGAGGAGGGCGGGGAGGAGGAGGACGACGAGGAGAUGGAUCCGCAGACGAUCGACAGCCUCAUUGAGCUGUCCACCAAACUCCACCUGCCAGCGGACGACGUGGUCAGCAUCAUCGAGGAGGUGGAGGAGAAGCGGAAGCGGAAGAAGAACGCCCCUCCCGAGCCCGUGCCGCCCCCCCGUGCCGCCCCCGCCCCCACCCACGUCCGCUCCCCGCAGCCCCCGCCCCCCGCCCCCGCUCCCGCACGAGACGAGCUGCCGGACUGGAACGAGGUGCUCCCGCCCUGGGAUCGGGAGGAGGACGAGGUGUACCCGCCAGGGCCGUACCACCCUUUCCCCAACUACAUCCGGCCGCGGACACUGCAGCCGCCCUCGGCCUUGCGCCGCCGCCACUACCACCACGCCUUGCCGCCUUCGCGCCACUAUCCCGGCCGGGAGGCCCAGGCGCGGCGCGCGCAGGAGGAGGCGGAGGCGGAGGAGCGCCGGCUGCAGGAGCAGGAGGAGCUGGAGAAUUACAUCGAGCACGUGCUGCUCCGGCGCCCGUGACUGCCCUUCCCGGUCCCGCCCCCGCGCGCCCCCGCCGCGCGCGCGCGCCGGCGCCCCCCUCCGUGUUGCCCGCUCCCCCUCGGUGUUUGCAUGCGCCCCGGCCCUGCCCCUUGGCCCUGCCCCUGUCCCCGGGCUGCGUCGGGACCUGCCAGACCCCCCUCCCGGGUCCUGAGCCCGAACUCCCAGAGCUCACCCGCGGGUGACCGGGGGCCAGCCCAGGAGGGCGGGUGGUUUGUGCGAGUUCCCUUGCCACGCGGGGCCCCGGCCCCAUCAAGUCCCUCUGGGGACGUCCCCGUCGGAAACCGGAAAAAGCAGUUCCAGUUAAUUGUGUGAAGUGUGUCUGUCUCCAGCCCUUCGGGCCUCCCACGAGCCCCUCCAGCCUCUCCAAGUCGCUGUGAAUUGACCCCUUCUUUCCUUUCUCUGUUGUAAAUACCCCUCACGGAGGAAAUAGUUUUGCUAAGAAAUAAAAGUGACUAUUUUAUUAGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1254.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1288.26
Frequency: 0.0000
Diversity: 804.07
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((....((((.(((.......))))))))).)))))....((.((((....))))...((((((((..(.(((((......(((((.....(((...)))...)))))))))))....))))))))...................(((((((...(((((((((((((((((((.(((((((....((((((...))))))......)))))))(((((..((...))..)))))....(((((.(((((((((((.........(((.((((((......((((.(((((((((.(((((.(((((((.......(((((........))))).(((..(((((.((...)).))))))))..)))).))).))))).))).))).....((((((((....))))).)))..))).)))).(((((((((((((((.(((....))).)).((((((.(((.(((.((.((((((((((...(((..((.((..(((((((.((..((........))..))))))).))..)).))........((((((((.(((...(((.((((....((.........))....))))))).((((((((...))).)))))(((((((..((((..((....))..))))..)))))))((((...((((.(((...)))))))))))..((((((((((...(((.(((........)))))).....((((...)))).)))))).)))).))))))))))).(((....)))...((....)).))).))))))..)))).)))))))).))))))(((((((...))))))).))).))))))))))...((((((........)))))))))))))))(((((((((((((........(((.((..(((((((.(((((.((((((((((((..(((......)))..)))))))((((.((((.((.............)).))))))))))).)).)))))...)))))))....)).))).(((((.(....((..((...((((.((((.(((....))))))).)))).))..))))))))..(((((.(.(((((....))))).).)))))(((((((((.((((((((((.(((((....((((.((((((............)))))).)))).....))))).).)))))))))))......((((((.((((...)))).)))))))))))))))))))))))))).))))))))))).))))).))))))).)))...))))))))).)).)))))...((((((((((((((((...(((((((.((((((.....(.((.((((((..(((((((((((((((((((((.((.(((((((.(((((((......)))))))))(((.((((.((((..((((((((.....(((.(((.......(((((((.....)))).)))))))))...(((((..((.(((((.((((.....((.(((((((..(((((.((.((.........((..(((((......((.((..((((..(((((((.((((.....(((.(......).)))....)))).)))).)))..))))..)).))......)))))..)).........)))))))))....))))).)).)))))))).))).)).)))))....))).))))).)))))))))))..))))))))))))..((((..(((((((((((((((((.(((((((..((.((.(((((.((((.(((((.(((.(.(((.(((((.(.....((.(((((((.........................((((((((.(......)))))....)))).(((((((((((............((((....((((((..(((........)))..))))))..)))))))))).)))))((((..((((.(.(((((((.((((((((.((.(((((((.(.(.(((.((........)).))).).).)))))))((((.(((.((.......)).)))...))))..(((((((.......))))))).))))))))))...))))))).)))))..)))).....(((((......))))).)))))))))))))))..))).)))).))))).))))....((((((((((..((......))..))))))))))(((((..((((..(.(((..(((.(((....))).)))..))))..))))..))))).((.((.(((((....))))))).)))))))))))..)).....)))))...(((((....)))))((((...)))).....)))))))..)))..))))))).))))..))))))))).)))..))))))))))))).....)))))).)))))))...))))))))...........))))))))..((((((.(...........)))))))(((((((((..(((..........))))))))))))....)).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((....((((.(((.......)))))))))})))))....{,.((((....))))...((((((((..{.(((((......(((((.....(((...)))...)))))))))))....))))))))..,,,,,{{{{{,,,..,,(((((((...(((((((((((((((((((.(((((((....((((((...))))))......))))))){{(((..(,...|}..)))}|.,,,(((((.(((((((((((........{((({,(({((.{{{{.{{(({((((({{{(,((({(.((((({({{,,...(((((........))))).(((.{(((((,{{.,,||,||||||||..,}}}.))).||}||,|}}.}||{{...((((((((....)))))),}).}))).,))).|,|||{,{(((({((.(((....))).)).||||{{,(((,||{,|(,{(({({{{{{...||{..||,||..|||||||,||..{({{,.,{,.}}.,))))))),)),.)}.)}.||,,...|||{||{|,||{,|.,.|||}||..}}.}})}).,{|{|,{{{((({((.(((.{(((({,(,{,{.{((({((((({((.{.((,,,.,.,{{|..,|||.,||||||||||{...{|||||.||,{|||..}|||||.,((((((((((...((,,(((........)))))).....((((...)))).)))))).)))),|))),}},},|.(((....)))|..||...,))}),},}}}})}..}))),}}}}|||},||}}}|(((((((...)))))))})))}))},))))))}.(((((((((......))))))))){{{{{|(((((((((({((.,,.....,{{.((,,(((((((.(((((.((((((((((((..(((......)))..)))))))((((.((((,({.............)).))))))))))).)).)))))...)))))))...,||,|}|{(((({,({,,,,,..((,{,((({,((((,({(..,.))))})),)))),)),.)))})))}.}}|||},,.{((((....))))),),})),)),}})}))).)))}))}}}}}||||,..,|((((.((((((..(....,..,.)))))}.)))}.})))))))))).)))}}}})))).,..,,}|{{||.||||,,,)))),)),})),)))))),))})))))))))}))))))))))).))))).))))))).)))...))))))))).)).))))).}.|||||{|{{{{{{{||,,.(((((((.((((((....,(.{(.((((((..(((((((((((((((((((((.((.((((({,{(((((((......))))),))),||.((((.((((..((((((((..,,.(((,(((.,,....{{{((((.....)))).}|}|||}}}.,,|||({..((.(((((.((((...{.((.(((({(((,((.((.({.(,.{,.,,.,.((,.(((((......((.((..((((..(((((((.((((.....(((.(......).)))....)))).)))).)))..))))..)).))......))))).,||......,..)|)})))))}..}))),}.}),,,)))})).))).)).))))).,,.))).))))).)))))))),)},.)))))))))))),,((((..(((((({{{{({(({((.((({{((..{(.((.({{{{,((((,(({{,,(((.(,(((.{{{((,{,.,,,|,|{|||{{{...,,,,,..,,,...........,(((,((((...}}}}.}))|}|,,})))},(((((((((((............((((.(..((((((..(((........)))..)))))).,)))))))))).))))){({({.((((({.(((((((.((((((((.((.(((((((.(.(.(((.((........)).))).).).)))))))((((.{{(.((,,,....,,.))),,,))))..{((((((.......))))))),)}))))))))...))))))).)}}}),,)))).}},,|||{{......))))),})))}}))}|))))),.))},)})}|))))},||}}.,,.((((((((((..((......))..))))))))))|{{{(..((((..{.(((..(((.(((....))).)))..)))),.)))),,))))).{{.{(.(((((....))))))),)}|||||,,,,}})))....,||||,..,{|||,,.,)))))||((...)))}.....}}|)))},,}}}..})))))).)})),,))))))))).))),.}))))))))))})...,,)))))).)))))))...)))))))}....,......)))))))},{((((((.(...........}))))))||(((((((..{{{..........)))))))))))}....)).
Back