Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003381.4
Sequence Length
1580 nt
GC Content
0.3703
AGGGUAGAGUGAGAAGCACCAGCAGGCAGUAACAGCCAACCCUUAGCCAUUGCUAAGGGCAGAGAACUGGUGGAGCCUUUCUCUUACUCCCAGGACUUCAGCACCUAAGACAGCUCCAAAACAAACCAGAACAGUCAGCUCCGGGGGAGCACGACUGGGCGAGAGGCACAGAAAUGGACACCAGAAAUAAGGCCCAGCUCCUUGUGCUCCUGACUCUUCUCAGUGUGCUCUUCUCACAGACUUCGGCAUGGCCUCUUUACAGGGCACCUUCUGCUCUCAGGUUGGGUGACAGAAUACCCUUUGAGGGAGCAAAUGAACCUGAUCAAGUUUCAUUAAAAGAAGACAUUGACAUGUUGCAAAAUGCAUUAGCUGAAAAUGACACACCCUAUUAUGAUGUAUCCAGAAAUGCCAGGCAUGCUGAUGGAGUUUUCACCAGUGACUUCAGUAAACUCUUGGGUCAACUUUCUGCCAAAAAGUACCUUGAGUCUCUUAUGGGAAAACGUGUUAGCAGUAACAUCUCAGAAGACCCUGUACCAGUCAAACGUCACUCAGAUGCAGUCUUCACUGACAACUAUACCCGCCUUAGAAAACAAAUGGCUGUAAAGAAAUAUUUGAACUCAAUUCUGAAUGGAAAGAGGAGCAGUGAGGGAGAAUCUCCCGACUUUCCAGAAGAGUUAGAAAAAUGAUGAAAAAGACCUUUGGAGCAAAGCUGAUGACAACUUCCCAGUGAAUUCUUGAAGGAAAAUGAUACGCAACAUAAUUAAAUUUUGAGUUCUACAUAAGUAAUUCAAGAAAACAACUUCAAUAUCCAAACCAAAUAAAAAUAUUGUGUUGUGAAUGUUGUGAUGUAUUCUAGCUAAUGUAAUAACUGUGAAGUUUACAUUGUAAAUAGUAUUUGAGAGUUCUAAAUUUUGUCUUUAACUCAUAAAAAGCCUGCAAUUUCAUAUGCUGUAUAUCCUUUCUAACAAAAAAAUAUAUUUAAUGAUAAGUAAAUGCUAGGUUAAUUCCAAUUAUAUGAGACGUUUUUGGAAGAGUAGUAAUAGAGCAAAAUUGAUGUGUUUAUUUAUAGAGUGUACUUAACUAUUCAGGAGAGUAGAACAGAUAAUCAGUGUGUCUAAAUUUGAAUGUUAAGCAGAUGGAAUGCUGUGUUAAAUAAACCUCAAAAUGUCUAAGAUAGUAACAAUGAAGAUAAAAAGACAUUCUUCCAAAAAGAUUUUCAGAAAAUAUUAUGUGUUUCCAUAUUUUAUAGGCAACCUUUAUUUUUAAUGGUGUUUUAAAAAAUCUCAAAUUUGGAUUGCUAAUCACCAAAGGCUCUCUCCUGAUAGUCUUUCAGUUAAGGAGAACGACCCCUGCUUCUGACACUGAAACUUCCCUUUCUGCUUGUGUUAAGUAUGUGUAAAAUGUGAAGUGAAUGAAACACUCAGUUGUUCAAUAAUAAAUAUUUUUGCCAUAAUGACUCAGAAUAUUGCUUUGGUCAUAUGAGCUUCCUUCUGUGAAAGUACAUUUGGAGACACAACUAUUUUUCCAAAAUAAUUUUAAGAAAUCAAAGAGAGAAAAUAAAGACCUUGCUUAUGAUUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-369.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -401.83
Frequency: 0.0000
Diversity: 367.31
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((.(((...((((((..(((.......)))..((((((((....)))))))).......))))))....))).))).)))))...(((....(((((........((((((((........(..(((((.(((((...)))))..)))))..)....((((((((..(((...((........)).)))..))..)))))).((((((((((((((((.((((.(((....(((((.(((.(((......(((((((...(((((((((((.....(((((......))))).....)))))))((((((.((.....)).))))))............(((.(((((((...((((((((.......................))))))))......((((...))))(((((((..((((((.(((..(((((.((...(((.((((............))))..)))..)).))))).....))))))))).))))))).))))))).))))))).))))))))))))).)).)))....))).).)))...)))))....((.(((..(((.............))).))).))......(((....))).(((........)))((((.(((..(((((...))))).))))))))))))))))))...................))))))))..((((((..(((.((((..((......)).))))..........((((((((.......(((((((((((.....)).)))))))))..(((((..((((((...............)))))).)))))..)))))))).)))..)).))))(((((((..(((....))))))))))....((((((((((((((((.........(((((............((((((((((((..(((...((((((..(((......)))..))))))...)))..))))...))).)))))..............))))).(((((((((((((.((..((((.((...((((.(.(((((((((((.(((((.((((((.(((((((....((((.((.((.....)).))))))..)))))))))))))........))))).)).))))))))))))))..)))))).........................)))))))))))))))))))))))...)))))))))))))))).....((((((((((.(((((((((...(((((..(((...((((.((....))))))..))).)))))....((((((..((((.((((((((...((((((((((((...((.(((...((((...((........(((((((...)))))).)........))..))))...))).))....)))))))................((((((.((((.((((.......)))))))))))).)).)))))...)))))).)).((((((((..........)))))))).............)))).)))))))))))))))...)))))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((({{(((,((({.{((((((..(((.......)))..((((((((....)))))))).......))))))..,.,}},)))}})))),.{(({{{({{{,..,,,..,,.((((((((........(..(((((.(((((...)))))..)))))..)..|.((((((((..(((...((........)).)))..))..)))))),(((((((((((,{.,.{((((((((..,.((({,.(((.(((......(((((((...(((((((((((..,..(((((......)))))..,..))))))}((((((.((.....)).))))))............{((.(((((((...{(((((({.,.,....,,..,,,........))})))}).,....{{||...)))|(((((({..((((((.(((,.((((({((...(((.({,({.,,......,})),},.)))..,),))))).,...))))))))).})))))),))))))).))))))).))))))))))))).,,.}||..{{{||||,{((,...},,),}..{{.(((..(((.............))).))).}}......,||,...},..}}))}.,),..))))))))},|..(((((...))))).}},....)))))))))))...................))))))))...|||{{.{..,,{{{{.||||,,{{{{{{(,,{{{{.,,.{{.((((((((.......((((((((({(.....}).)))))))))..(((((..((((((...............)))))).)))))..)))))))),)}).}))}.,},{{{{{{,..|||,.,,))))}}))))},...,,}..,})))}))))),..{{(((.(((({..((((((.,,((((((((,((({,({{...((((((..(((......}))..))))))...}}}},},},,,.))).)))))........,,.))))))....(((((((((((((((....(((((..{((((.((((((((((((,.,,,(((((((((((((((((....(((,,((.((.....}).))))))..}))))))}.{(((((((.((({((((((.(((.(({..........})).))).)))))).....(((((...........))))).....,,|,|,||,{,,,(((..{{({(,,.,)}}}}..}}}{{{,,,||,{||,,,,},.{((((.,{,,...{(((,||....})))))..,}}.))))},{{{{{.{(...,)).)))))|(((((..(((((.........,.)))))...)))))}..}}}}...)))))))}.))))))))),,.,..........)))))))))))))))))))))))................(((((,,((((.((((.......)))))))))))).)){(((...((((....})))...)))).....))))))))))))))).................})))).))}})....}}})|{{........)),
Back