Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003404.5
Sequence Length
3115 nt
GC Content
0.4254
GGAAGUGGAGCUACCGCCACCGCCGCCGCCGAUUCCGGAGCCGGGGUAGUCGCCGCCGCCGCCGCCGCUGCAGCCACUGCAGGCACCGCUGCCGCCGCCUGAGUAGUGGGCUUAGGAAGGAAGAGGUCAUCUCGCUCGGAGCUUCGCUCGGAAGGGUCUUUGUUCCCUGCAGCCCUCCCACGGCAGAGUCUCCAGAGAUUUGGGCCGCUACAAAAAGUGCAUUUUGCCCAUUCGGCUGUGGAUAGAGAAGCAGGAAGAGCACUGGACUUGGAGUCAGGGAAUGACAAUGGAUAAAAGUGAGCUGGUACAGAAAGCCAAACUCGCUGAGCAGGCUGAGCGAUAUGAUGAUAUGGCUGCAGCCAUGAAGGCAGUCACAGAACAGGGGCAUGAACUCUCCAACGAAGAGAGAAAUCUGCUCUCUGUUGCCUACAAGAAUGUGGUAGGCGCCCGCCGCUCUUCCUGGCGUGUCAUCUCCAGCAUUGAGCAGAAAACAGAGAGGAAUGAGAAGAAGCAGCAGAUGGGCAAAGAGUACCGUGAGAAGAUAGAGGCAGAACUGCAGGACAUCUGCAAUGAUGUUCUGGAGCUGUUGGACAAAUAUCUUAUUCCCAAUGCUACACAACCAGAAAGUAAGGUGUUCUACUUGAAAAUGAAAGGAGAUUAUUUUAGGUAUCUUUCUGAAGUGGCAUCUGGAGACAACAAACAAACCACUGUGUCGAACUCCCAGCAGGCUUACCAGGAAGCAUUUGAAAUUAGUAAGAAAGAAAUGCAGCCUACACACCCAAUUCGUCUUGGUCUGGCACUAAAUUUCUCAGUCUUUUACUAUGAGAUUCUAAACUCUCCUGAAAAGGCCUGUAGCCUGGCAAAAACGGCAUUUGAUGAAGCAAUUGCUGAAUUGGAUACGCUGAAUGAAGAGUCUUAUAAAGACAGCACUCUGAUCAUGCAGUUACUUAGGGACAAUCUCACUCUGUGGACAUCGGAAAACCAGGGAGACGAAGGAGACGCUGGGGAGGGAGAGAACUAAUGUUUCUCGUGCUUUGUGAUCUGUUCAGUGUCACUCUGUACCCUCAACAUAUAUCCCUUGUGCGAUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAAUCGUACGUCGACUUUCGAUUUUUCACAGCCUCAGCCUAGGAAAAAUGGUUCAUGGGAUAAACAGCUGGUAUUUGUAUCUAAAACUCAGAUUGGUCACAUAAAUGCCACGGCAUUCCGAAGUUUUGAUUUUGAUUAACAUUGACAGGAUUACUGUGUGUUUAAUUUUUUAAAAACUGAACACUGUGAUUAUGGGGUUUUGUAAUUUAGCAGAACUCUUACUGGUAGAAAAAAUAGACCUGAAUUAUGUGUAACUUUUUGGAAGGUUUAAUCUGAUAUCAAAAUAAUCAUUGAAAUACAAUUCCAUUGUAAAGUUGUACAGAAAGUUAUAGAGAUUAUAUUGUGAUGCUGGAACUUGGAGUGAGACACACAUCAUUUGGCAUUUGAGUUGAAUGGUAAUUCACAGUAAUGCUGCCGUUGUUCGGGACUUAAAGACACUUGACCUGUUUGGGCUGUUGCCACUUAAAAGUUCAUGACCACAAAUGUCCACAGUGUCUUCCUCUGAGGAAACUCGAAUCCUGAAAUGGAAAUUCUUUGUGGCAGAUAACUGGCUUAUGACACCUUGAAAAGUUCAAGUGCUCAUAUAACACACCACACUGAACCCCCUUUCCUACAGCAAUAUGUUCACUAUGUUACCAAUUUGCAACUUGUGCUUCAAUAGUGGAAUCUACUUUCAUUGUUAACACUGAGCUAAAGAAAAAAAGCCGUGUGUUUUAUGAAUGACCUUAUCUGUUUCCUGGAUAAUACCUUUAAGAAUAAUGUCCUGAGUCAGGCGUGGUGGUGCGUGCAUCUAGUCCCAACUAUUUGGGAGGCUGAGGCAGGAGGAUCGCUUGAGCCCAGGAGUUUAAAGCUGCAGUGCCCUGUGGUUGCACCUGUGAAUAACUGCACUCCAGCCUGGGCAACAUAGCGAGACCUCAUCUCCAAAAAAGAAAACAAAAAACAAAAAAAGGAAUGAUGUUCUGUAGAGAUGGCCUUUCACUUGAGGAGUACUCAGUUUUCAGGUUCUUCCUAGCUCGGGGCUUUUAAAUUUUGAAAUCUAAACAUUCUUUCCCACCAUCCUUUUUGACUGUUGACCUUGGUUUUCUCUUCUAAGUUUCUGUCCCUCUGCUUCCUUACUUUUUUUCCUUUUUGAAUUCUAUCUUUAUCUGUCUUUUGUUCACUUUUUAAUGCUAUAUAUGGGCAGGGGUGAGAGACAUUACUGAGCACCUUGGUGAGCAAGCCUGGCUUUAAAGAUUGGAGAAGAGCUUCUGGCACCAGAACCCUGUCUUCCUCCAGUUCUCAACACGGUGUUGCUCUUCAGUCAUACCGGAAUCUGAAUCAAAAAAGUAUUUUUAAAUAUCCAUGAUUUCUCCCUGUAUUGAGGCUAGCCCUGAUCAUGCUUUUUGUGCCUGUCACCAGGUCUCCCAAGUGCACUCAUCCAGGUCAGUGCUCAGAUGUGUUUAAGGAGACCCUAUAUUCAGGGAAGUUGCGUGAACACUGCAGUGGGGAGAAUUGAGAAUAGUCAGGCCUAUCAGUCUCACAGAAUCACCCCUCUACCUUUGAUAUUCCACUUAGCUGUAGAGUCCAUCUGUUUGUCCAUCUGCUGAAAUGAGAAAAGAAAAAUUUAUGCACUGAUUUAAAACAAACCAAAAAAAAAGAAAAAAACAAAAAAAAAAAUCCCUCCUUUCUAGCUGAACAAAAAUGUGCAGUUAAUACUUGGCGCUUGAAAAUGCAGUAGUGAAUGUGGAACCAAGCCUGUCUGUAUAUCUGGUAGCUCUUUUCUUGCUUUGUUUUUUCUUACCAGUAUUCUGCCUAACGUUUGCUUCUGUGAUGGUUAUAUUGCCUAGCAAGCACACCCGUGGUUGUGAAAAUAGUAUAGCAAAAAAGAAAAAUCCCCGGUUAUUGAUGUACUAGAUUUGUGUAUGUCUUUUAAACAGUUCUAGUUUCACCUUACACAGAAUAAUCAGGAAAAGUGUAAAAAUUCAAAAGUGAAAUAAAAAUUUUAUCAGUUAGUUGCCUGUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-873.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -932.22
Frequency: 0.0000
Diversity: 661.40
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((..((((.((.((.(((.(((.(.(((.......))).).)))))).)).))..))))..))...((((((((((..((((......))))..((.(((((((.....)))))))..)).....((((((((((((..(((((.((((....((((((.((((((((((..(.((.(((((((.((((((....)))).(((((((((......))))......))))).)).)))))))..)).)..)))))..)))))..))))))...((((.....))))..........((((((.((((.......))))..)))))))))))))))))))))...)))))).))))))))))(((..((((((((((((((((((((((.((((((((.......))))).....(.(((((((((((((((.........)))))).......((((...((((.(......).))))....))))....))))))))).).(((((((((((((((((((((((((.((....((((((.(((((........((.(((((((((......))))))))).))(((((((.............(((..(((((((.....((((((((((((((.(((.(((........))).))).))))))).....)))))))..)))))))..)))((((.((..........))))))......)))))))((((((((((..((........(((((((...((((((...(((.......((((......))))...))).....))))))..((((((((((..((((........))))((....))(((((((...(((((....(((((((((((..(((....)))..)))))))..))))..((((((((.....((((((((......(((...((((......(((((((.....(((...((((....((((((((((((.(((((((((((.((((((((((((((((.(....)))))))((((...(((((((....)).)))))...)))).(((.(((.((((((((((((((((...........................)))))))(((((...)))))........((((((((((.....(((((((...((((((........(((((...((((((.....(((((.(((((((((((.((((((((....((((((....))))))..........((((.....))))(((((((.((((...)))).))))))).((((((((((((((((((......))))))))))...(((((.......(((((((......................)))))))......)))))..)))))))).....((((((...))))))((((((((........(((((.((.((((((((..((..((((...((.(((.....)))((((((((((......))))))))))......((((...))))(((((..((((((....((((((((.(((..((((((((....)))(((....))).........))))))))...))))))))....((((....))))..)))))))))))...(((..((((((((....)))...((((((((.(((((...)))))))).))))).......)))))..))).))...))))..)))))))))).)).))))).........))))))))(((.((.((((((((((.....))))))))))))))).................)))))).))))))))..)))))..))))).....)))))))))))..........(((.((((...)))))))((((.......))))..)))))))))))))...))))))))))..((((.(((((((.(((((((.......((.((((((.......(((...)))........))))))))....)))))))..)).)))))..))))..............................))))...)))))..))).)))...((((.....(((((.....))))).....))))))))))))))))((((.............................))))....))))))......)))..))))))))))))..)))))))...))))))))))).............(((......)))....))).....)))))))).....)))))))).)))))..)))))))...)))))))))).)))))))))..))))))))))..((((((((........(((((((((..(((((....))))).....)))).)))))((((((((..((((((.(((....))).)))))).......(((((.....(((((....)))))...)))))(((((((........(((.((..((.((((((......(.((((......(((((((.....((((..(((..(((....)))..)))))))....))))))).......)))).)....)))))).))..)))))))))))).)))))))))))))))))))))..))))))..........((((((..((((........))))..)))))).....)).)))))))))))))).....(((((((((.(((((........))))).......((((.......................................((((((.(((....))).))))))((((..((((((((....((((........))))....)))))..))).))))...))))...))))))))).....)))))))))))......)))))))).....))).))))))))).(((((((((....((((.(((....))).)))).....)))))))))..............((.(((((((..(((((((((.((((.............)))).))))))..........))).))))))).))....................(((((((....)))))))........))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((({.(((((((((({.(((.(((.(.(((....))).).)))))).||.((.((.{{.,,.)).)),||(({{{|||||(((.,,((,,,,}}.}}})}.)))))))})}{((((((((,(.(({{..,||.((((((((((.(((.((.(((((...(((.....))))))))}),..))).))).)))).))).,,,{|}}}.,,......((((((((((.,,((((((((.(((((({{,.,{(((((........((((((({.(((.((((((((.(((.((..{((((((((({(((.,,,..,|}}}..||,,}}||||{((((((((.((((....)))).))).)))))..{(((((((....((((((((((((.((.(((((.......)))))...)))))})}))))|((({((,....,}}})))|||....}}}((((...((((.(......).))))....))))((((..((((((((((.(((((((((.((((((.((({,.((((.,{..,{((((({(({.({(((,.((.(((((((((......))))))))).))|||||,{.......,,,...(((,,(((((((.....((((((((((((((.(({.(((........))).})).))))))).....)))))))..))))))).,))}|{{..,,..........}}))))....{{({,((((((({..(((({.(,,(((,,,..{{{{{{{{.{{||||,,.({{.......((({......})))}.,)}).,,..}))))),,,||||,,}}}|,|||||||,.....,)))))...}))))))}.{{{.|.......||||(((((((..(((....)))..)))))))..((((.,(({{(((({{,....,,,,}}.)))))..))),.))))..,,,.|}}}...}}}||}...))}}.....((((((((((((.(((((((((,..(,((((((((((((((((....)))))))((((...(((((({....}).)))))...)))).(((.(((.((((((((((((((((...........................)))))))(((((...)))))........((((((((((.....(((((((...((((((........(((((,..{(((((.....(((((.(((((((((((.((((((((.,,.,,,{(({{,{||,,|{,{{({{{,..((((.....))))|||{{{(,((({...|}}}.}}}||||.(((((({{{(((((((((......)))))))))}...|{{{|.......{{{|||{.,|,,|.||,..,.,,,,,,,,))))))),,,...}))))..))}}))}},{,,.,{{{(({{{|||||}((((((((.,....,.(((((.((.((((((((..((..((((...(({((((....,...}}}||{((((((...{|{({{{....)))))|,..}))))),((((,.,((((((....{(((((((.(((..((((((((....|},,{,....})}.,,.,.},.))))))))...))))))))..,.,(((....)))},.)))))))))))...{((..((((((((....)))...(((((((,{(((({...}))))))).))))).......)))))..))}.,,,..))))..)})))))))).)).))))).........)))))))),||,,,.,|||||||||,....))))),))))},}},.,,,,....,.......)))))).))))))))..)))))..))))).....)))))))))))..........(((.((((...))))))){{{(,,,....))))..)))))))))))))...))))))))))..((((.((((({{.(((((((.......,({(({(((,,...,{{{{,,|},,.,,,....))}))))).,}})))))))..}}.)))))..)))).,,,........}}................))))...)))))..))).)))..{((((...{{{((((,....))))}}....))))}}}}}}}}}},,||||,|,,,,....,}},,,........,,}}}))))}...)))))}.....,)))..))))))))))))}}))),,))}})))))),))))))..))).))))))))))))))))..)))).,))....)))))))}.))))))))}}...,(((.......))){((((((((((((.{(((((((...)))))))}....((((((((......,,(((((((((,.(((((....))))).....)))),}))))||((((({..((((((.(((....))).)))))).......,{{{{.....{{{{|....,}}}}...}))}|(((((((........(((.((..((.((((((......{.((((......(((((((.....((({.{(((..(((....)))..)))))))....))))))).......)))).)....)))))).))..)))))))))))),})))))},))))))))......)))))......)))))))}...)).))).)))))).))..))).},))))))))))))))))))))..)))))}})).).,}},........}))))))..,,,........,,,,............................,..))))))))|((((.(({....})).)))),.,{{{..{||{{{{(....((((,..,.,..}}}}....))})),,),),))))....)))))))))})))|{{{{{{{.,((({{{(,,{{{,,..|||.....,{,,{{{{,{{|||,,,(((((((((....((((.(((....))).)))).....))))))))).....}}}},,..,,,.((({{{({,{{,((((((.((((.,{.......,,.)))).))))))..,,...,||}}},})))}}}.))...,}}},}},,,..|,,,,|||||,,....,,}|||,{{{,.....,,)}),},.
Back