Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003455.4
Sequence Length
4435 nt
GC Content
0.4902
GUGUUCCGACCCGCUAGGCCCCGCGCGGCUCGGAUCCGGCGGCGCUGUUUCGGUCGGGAGUGGGUGGGAGAGAAGCCGGGGCAGGGGAGGAGCCGCCGGAGCUGUCGGAGCCGUGACACCCAGGGCAGCUACACUCAGAAGCCACAAGGAAUGCUAGUGGAGCCCCUCAUCCCUCCCAGCUUCUCUUCCAAGCUGCCCCGUGGGGCUUGAUCCAGGAAGCUACUUCAGAAAGUAGACAAUCAUUCCAAGGGUACAACAAGGUUUACCACAAUGUGAGGGACUCAGCCAUUGCAAAUUGUACAGAUGAGGGCCCUUGGAAGAAAAUCCUCGCUGUGUCCAGGCUGAGGCGGGGGGCUAAUGACAGUGUGAGCUCUAGAUGGUGUGAGACCACCCCAAAGCCAAGAAAUGGCUACAGCCGUGGAACCAGAGGACCAGGAUCUUUGGGAAGAAGAGGGAAUUCUGAUGGUGAAACUGGAAGAUGAUUUCACCUGUCGGCCAGAGUCUGUCUUACAGAGGGAUGACCCGGUGCUGGAAACCUCCCACCAGAACUUCCGACGCUUCCGCUACCAGGAGGCAGCAAGCCCUAGAGAAGCUCUCAUCAGACUCCGAGAACUUUGUCACCAGUGGCUGAGACCAGAGAGGCGGACAAAGGAGCAGAUCCUAGAGCUGCUUGUGCUGGAACAAUUUCUUACCGUCCUACCUGGAGAACUACAGAGCUGGGUGCGGGGCCAACGGCCAGAAAGUGGCGAGGAGGCAGUGACGCUGGUGGAGGGUUUGCAGAAACAACCCAGGAGACCAAGGCGGUGGGUGACUGUCCAUGUUCACGGCCAGGAAGUCCUGUCAGAGGAGACGGUGCAUUUAGGAGUGGAGCCUGAGUCACCUAAUGAGCUGCAGGAUCCUGUGCAAAGCUCGACCCCCGAGCAGUCUCCUGAGGAAACCACACAGAGCCCAGAUCUGGGGGCACCGGCAGAGCAGCGUCCACACCAGGAAGAGGAGCUCCAGACCCUGCAGGAGAGCGAGGUCCCAGUGCCCGAGGACCCAGACCUUCCUGCAGAGAGGAGCUCUGGAGACUCAGAGAUGGUUGCUCUUCUUACUGCUCUGUCACAGGGACUGGUAACGUUCAAGGAUGUGGCCGUAUGCUUUUCCCAGGACCAGUGGAGUGAUCUGGACCCAACACAGAAAGAGUUCUAUGGAGAAUAUGUCUUGGAAGAAGACUGUGGAAUUGUUGUCUCUCUGUCAUUUCCAAUCCCCAGACCUGAUGAGAUCUCCCAGGUUAGAGAGGAAGAGCCUUGGGUCCCAGAUAUCCAAGAGCCUCAGGAGACUCAAGAGCCAGAAAUCCUGAGUUUUACCUACACAGGAGAUAGGAGUAAAGAUGAGGAAGAGUGUCUGGAGCAGGAAGAUCUGAGUUUGGAGGAUAUACACAGGCCUGUUUUGGGAGAACCAGAAAUUCACCAGACUCCAGAUUGGGAAAUAGUCUUUGAGGACAAUCCAGGUAGACUUAAUGAAAGAAGAUUUGGUACUAAUAUUUCUCAAGUGAAUAGUUUUGUGAACCUUCGGGAAACUACACCCGUCCACCCCCUGUUAGGGAGGCAUCAUGACUGUUCUGUGUGUGGAAAGAGCUUCACUUGUAACUCCCACCUUGUUAGACACCUGAGGACUCACACAGGAGAGAAACCCUAUAAAUGUAUGGAAUGUGGAAAAAGUUACACACGAAGCUCACAUCUUGCCAGGCACCAAAAGGUUCACAAGAUGAACGCGCCUUACAAAUAUCCCCUAAACCGGAAGAAUUUGGAAGAGACCUCCCCUGUGACACAGGCUGAGAGAACUCCAUCAGUGGAGAAACCCUAUAGAUGUGAUGAUUGCGGAAAGCACUUCCGCUGGACUUCAGACCUUGUCAGACAUCAGAGGACACAUACUGGAGAAAAACCCUUCUUUUGUACUAUUUGUGGCAAAAGCUUCAGCCAGAAAUCUGUGUUAACAACACACCAAAGAAUCCACCUGGGAGGCAAACCCUACUUGUGUGGAGAGUGUGGUGAGGACUUCAGUGAACACAGGCGGUACCUGGCGCACCGGAAGACGCACGCUGCUGAGGAACUCUACCUCUGCAGCGAGUGCGGGCGCUGCUUCACCCACAGCGCAGCGUUCGCCAAGCACUUGAGAGGACACGCCUCAGUGAGGCCCUGCCGAUGCAACGAAUGUGGGAAGAGCUUCAGUCGCAGGGACCACCUCGUCAGGCAUCAGAGAACACACACUGGGGAGAAACCAUUCACGUGCCCUACCUGUGGAAAAAGCUUCAGCAGAGGAUAUCACUUAAUUAGGCAUCAGAGGACCCACUCAGAAAAGACCUCCUAGCUAGGUCCCCAUGUGAGGAGAUCUGCUUUCAGCCCUCACCUAAGGGAGGUGAGGAAGAGGAAAAGCCCUCUUGUCAGCCUGGGAAGACCUUUUCGAGGGAGUCUCCCUGACCUGCUCAGAUCUGACAUUACCUCUUCCUGCAACUAAACACGAGCCUGGGCAGAACCUCUCAGCCUUCCUCUACGCCUUGAGGGGAUGUUUCAUCCAAAGUACAACCUGAAUUGAGGCUUCUCCUUCACUGGAGUGCACCUGCCUCUACCUCAUGGGUAUAAAGUAGGAGAACUAAGAGACUUAAGAGGUCGUGGUUCCUAUAUCGUCCAAAAAAUAGGCUGUUACAUAUCCUAAAGACUGCUCAACAGCUUCAAGUUGAAAGUGGCCAAGGACAGCCCCUUAGGUUUGGGAAGGGACGAGCCUGAAGGAUUCUGUCUUUACUGGGGUCAAAUCUUAAAGCACACAGCUCUGGACUCAAGACAGGAGGUUUGCGUCCUGAUGGCUUUGCCACACAUUCACAGGAUAACUGCAUAGAUCCCUCGCUGUCUGAUUCACUUCUUACCAUGCACUUUCCUUUGAUGCUGAGGAGAAAUGGAAGUGGGCGAAAAAUCUCAAGGCUGCUUCAUGUGGACCUUGUCAAGCUGCUCCCUCCCCCAGCGUCAAAUUGUUAUCAGGUGCCAAACACUGCUAGAAAGGAGGGCCUAGUCAGAAGCCUCUUUCCAUACGAGUUUUGGUUUUGUUUUUAAUAUUUUUUUCUAUUAAAAUACUCAUGCAUUUAACCUUCCCGUUAUUCAACCAGUCUCUUGGUUGCAUCCCUAGCACUUCUACUACAAGUGAGAUGGUAGUGUUUGAGUGCUUAUUGAGUAAAGCAUAAUUCGGUCAUAAUGAAAUCGUUCACAUUCCCUCAUAUGCACAAGCCCACCAACCCCUUCACACCCCCCUUCACAGGGGUCGUAUGAGUAAGGGGAUUUGGAAACUGUCAACUUACAAAGGCACUAUAACAAUUACAGAAUCAUGAUUGCCAUGGGCCACUUUAUUUACAUGAAGACAACUGGAGAACGACUAAGACCAAAUUAUGGAAAAUAAGAAAAAGCUGUUGCUGGCAAGACCAUCAAGACUGUUCUGACACCCUGUCCCCAUCAUCCCUGACUGAGUACUCUGACAUCACGGAAAGUGUUGAACCUGGGACCCUGAGGAAUUCACCAGGAGUAAAUGGCUUUCAUGUAUUUGUGUUGUUUGCUUUUUCUUACGUGAUUUUAUGUUCAUAGAGCUAGAAAGUAGCAUCUCAUGAUGGCCCAACAAUCUCUGUUGCCAGUUAAAGGUUCCUUGGAGAUGAGGCUGAAUAAUUAUGAACCUCACCUUCUCUGAUUGUGGGAGUGGCAAGAACUGGGGAGACGUCCUCCAUAAGUGGAGCACAGGGUAUGGGGUUAAAGCAUGACAGGGAGAGUCUUCUGUGCCUGGUUUCUUCUCCUCUAUCUCAUAAUGCAUUAUGGGCCCGAGGAAUAGGGGAGGGUUAAUAAGACUCCAACCCUAAUGGCCCAACAGGGAAAUUCUCAUUUUGGUCGAUGAUAUUCUGAUGGACUGGUUUGGUCUUAAUACCAGUCAACCGUUGUCCUUCUGGAAAUAUACAUAUAUGAAAUAAAUAAAGGUAACACUUGCAGCCAAGUUCCCUGGUUUCUGGGACUUCCCAUCUUACCCAUUCCUUUUCCAGGGCUUCAGUGUCCUGAUACUUCUGAGGGUGGUUCAUACUCAAAUAGAUCUGGGAGUACAGAGUAUUUUUCCUUGAGGAAAGGAAGGGUUGGGAUGAUUAGCAGAGUCCGGUGAAACAUAUGCACUCUGAGAUAAGAUCCAAGCCUGGAGUUUGCAGAAGAUACUGUCCUAAUAAGCAGGCAUUUCUAAACCAAGUAUCUAAGCCUAAGCACAGCUUGUCCUGGGUGAAAUGUCUGCCACAAAAGAUAGUUUCUCCUAGCUCAGACUUAACCAUUUAUAAAGGUUGGUAAAAUACUGGCAGUGACAACAAAUUGACUUUUUAAUUUUCUUAUUUGCAUUAUUCCAAUAAAUGAAAAUCUGUCAGAGUUCUACAUGAGGGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1476.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1552.19
Frequency: 0.0000
Diversity: 890.97
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((.(((((((.(((((.((((.((.((....)))).)))).)....))))...)))))))(((((((((((..(((.((((((((.((.....(((.(((.(..(((.((.....)).)))..).)))))).....((((.((.....)).)))).)).))))..))))))).))))))))))).((((.((((((..((((((..((((..((((((((....))))))....((.((((((((((........((.....(((((((((.((......)).)))))..))))))........)))))))))))).....))..))).)..))))))...)))))))))).......(((((((((((.(((((((((((.((((((((.(((((.....)))))..((((.(((((...(((((...((.....(((((((((((.(((...(((((((((((((........).))))))).)))))......))).)))).((((((((((((..(((((((((((((..(((.(((((..((((((((((((.......)))))).(((((((((...((((.((((..........)))).)))).(((((((((..((((((((((.((((((....((((.....))))....)))))).).)))).......)))))((((((((((((........))).).)))).)))).(((..(.((((.....))))..)..))).....))))))))))))))))))...........(((((((...((((((.....))))))..........(((((((..(((((.(((.......((((.(((((((.......))))))))))).......))))))))))))).))...(((((.....))))).)))))))((((((((((((((((((((........))))...((((((((((...((......))(((((((((.(((....(((((((((.((..(((((..(....)..)))))..).).))))))))).......((((((....)))))).)))..))))))))).))))))))))...((((..(((((((.(((......))).))).))))..)))).((.((((.........)))).))...(((((......((((.(.((((.....)))).).))))..))))).........((((((((((((.......(((((..((((.......((((((.((((((((((..((((((((((((((((.......((((.(((((((((((((.((........)).)))))))).......((((.(((.........((((.(((((.(((((.(((((((....((((((((((((.((((.............((((((.....)))))))))).))))))).)))))(((((((((((((....))))...((((((...(((.....)))...))))))......)))))))))...((((((((..((((.....((((........))))....((((((...)))).))..))))))))))))..((((((((((((((((((((.((..((((...((((((.(.(((((((.(((..(((((((((.......(((((....)))))..((((..........))))....((...(((((((...((.(((....))))).)))))))...))..((..(((((.(((........)))...)))))..))...((((((..(((.....(((((((....(((((....)))))....(((...(((((..((((.((((((.....)))))).((........))..)))).)))))..))).(((((((.((((((......)))))).))).....))))((....))))))))).......((((((...))))))..........)))..))))))......)).)))))))(((((((((((((((((((((((((((.(((((((....((((....))))....))).((((((.((((.......)))).)))))).(.(((((((((((............))))))))))))..((((((.((((((...((((((((((((..(((((.(.((..((..(((((((((((..(((((((((((......(((.((((.................)))).)))...........(((((......((((......((((....))))...)))).......)))))(((.((((((.(((.((((((..((((((((((((((.((......)).)))))(((...)))((((((((.....))))))))((((((......))))))...)).))))).))..))))))))))).))).).))).)))))...)).))))......)))))))))))........)).)).).)))))..))))((((....((((........))))(((((...)))))..........))))))))))))...))))...)).)))))).(((((...(((((...)))))....))))).((((((...(((((...))))).))))))...................(((((.......((((....(((..(((((........))))).))).....)))))))))(((((((((((........)))))))).)))...)))).)))))))))))).........(((.....))).((((.(((.(((((((((..(((((((((.((((...))))........))))))....)))......)))).))))))))))))...))))))..)))))))))((((((((((.((......(((.(.(((((........(((((((((.....)))).)))))......)))))).)))))))))))))))..))).))))))).).)))).....))...)))).))..)))..)))).))))))))))))).....((((((((((..(((((.((((((((.......((((((......((((......))))..(((((((....))))))).......(((((((.((((((..........))))))...)))))))...))))))...(((((((.((((.((......((((((....(((.......((....))...((((((((((((.((.(((((....)))))..)).)))...)))))..))))....(((......)))..(((.((((..((((((........))))))..))))))).((((((....))))))......))))))))).)).)))).))))))).......)))))))).)))))..))))))))))......)))))))))))).)).))).))))))))))).)))))..))))..((.(((.....))).))...))))))))).))))........(((((((((((((...((......)).)))))))))))))(((...((((........)))))))((((.....))))...(((((((((((.....(((((((..(((.......)))....)))))))..)))).....)))))))..)))..))))))))))..))))))..((....(((..((((.....))))...)))...)).))))...))))).......))))))))))))....))))))..))))))))))(((((...(((((((....)))))))...))))).(((((..(((((.....))).))..)))))((..(((....)))..))..........))))..))..))))).)))...)))))..........)))))..)))))))))))))))......(((...(((.......)))...)))..(((((....)))))((((........))))))))))).....))...)))))))))).))))((((....))))......)).)))))))))))))).(((((..((((......)))).)))))((((((.....))))))(((((.((((...(..((((((.(((((...))).)).))))))..)....)))).)))))(((((.(((((((((.((((((.......(((((((((((...(((.((....(((((.........)))))..)).)))))))))))))).......)))))).)))....((.(((.....((((...........))))......))))).((....))(((((((....))))))).....))))))..)))))...............)))))))))).))))...)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{(((.,((({{(.((((({(((({(({,({{,.||||{|}||,|...,))}|{{{,||||,|(((((((((((..(((.((((((((.((,.,,,({(.(((,(..(((.((.....)).))).,|.,||||}.|...(({{.{|,....)),)))}.)).))))..))))))).))))))))))),{,||,|||||(,,({{{{{,||||{,,.{((((((....))))))....{{.((((((((((.,..,...({...,,{(({(((((,{,.,,,,.}).)))}}..,))),....},.,.))))))))))}}.....,))}))).))}),))))...)))))))))).....,.(((((((((((,(((((((((({{((((((({.(((((.....)))))..((((.(((({..,(((((...((.....(((((((((((.(((.(((((((((((((((........).))))))).}))}}..,}),))).)))).((((((((((({.,((({(((((((((,.(((.(((((..((((((((((((.......)))))).(((((((((...((((.((((..........)))).)))).{((((((((,{(({{{(((((.((((((....((((.....))))....)))))).).)))).......}}},.((((((((((((........))).).)))).)))).(((..(.((((.....))))..)..))).,,..))))))))})))))))))..........{(((((((,..((((((.....})})})}.},......(((((({..(((((.(((...,...((((.(((((((.......))))))))))).......))))))))))))).))...(((((.....))))).)))))))|(((((((((((((((((((........))))...((((((((((..{((......))|((((((((,(({..{,(((((((((.{(..(((((,.{....,,.)))))..).},))))))))).,.},..((((({....}))))).}))..))))))))}.))))))))))...((((..(((((((.(({......))).))).))))..)))).((.((((,......,.)))).)){{{((,,,..,.,,((((,{,({{{.....})}}.}.}})},,))})}....}}}}}((((((((((((.......(((((..((({.{{....((((((,((((((((((..((((((((((((((((.......((((.(((((((((((((.((........)).)))))))).,,,...{|||.{{(,,,......((((.(((((.(((((.(((((((...,((((((((((((.((((...........,,{(((((.....)))))})))).)))))))}}))))|((((((((((((....})))...((((((...(((.....}))...))))))......))))))))}...((((((((.{((({.,,,.((((........))))....{{((((...}))),))..})),))))))))..{(((((((((((((((({((.{...((((,.,((((((.(.(((((((.(((...{{{(((((((.....,,,,...,{|||||..{(((..........))))....((.,.(((((((...((.(((....))))).)))))))...)}.,((..(((((.(((........)))...)))))..)).,.,(((,({{((|..|}}||,,|||....(((({....}))))....{|{..,{{|{{||,,,..((((((.....)))))).{{....,...}}..||||{|||,}.{|||.....(((.((((((......)))))}.))).....{|{(((,,,,||||||||||,.....((((({...}))))}.........,|}}.,})||}|{,,,,|||.||||}}||((({((((({((((((((((((((((.(((((((....((((....))))....))).((((((.((((.......)))).)))))).{.(((((((((((............)))))))))))}..((((((.((((((...((((((((((((..(((((.(.((..{{..(((((((((((.,(((((((((((..,...{{{,({{({,,,..,,,........}|||.},}...,}.,,,..|||||.,,,,{|||{,.....{|||.,,,)||}....,.},.....,)}},{(((.((((((.(((.((((((..((((((((((((((.((......)).)))))(((...)))((((((((.....))))))))((((((......))))))...)),}))))},)..))))))))))).)))}}.)))})))))...)).))))......)))))))))))........}}.)).).)))))..)))){{{{....((((........))))(((((...)))))..........}}}})))))))).,.))))...)).)))))).(((((...(((((...)))))....))))).((((((...(((({...})))).))))))...................((((({......,(((...,{((,,(((((........))))}.)))))...)))))))))(((((((((((........))))))))}}))...)))).))))))))))))....,....{{|,,,,.))),}|{|,{||||{{{||{|||}|||{|||||,{|||,,}))))},......|||}},..,})},......)))).}))))))))}),,.,))}})))})))))))))|(((((((((.((.({...(({,({(({(,........(((((((((.....)))).)))))....,))))))),))))}))))))))),..))}.))))))).}.)))).....}}..,))}),}...)))..))))}})))))))))))}.....((((((((((..(((((.((((((((,,,....((((((.(((({(((({{..{{{||,..(((((({....}))))))........,(((((.,,,,,.}}}}}.}}))),)),),,,))))))....))))))...(((((((.((((.,,..,...((((((....{{{.......({....}}.,.((({((((((((.((.(((({....}))))..)).)))...)))))..})))....{{{......,},..(((.((((..((((((........))))))..))))))).((((((....))))))......)}})))))).},.)))).)))))))...,,,.)))))))).)))))..))))))))))......)))))))))))).)).))).))))})))))).)))))..)))),.((.(((.....))).))...))))))))).))))...,{,,.(((((((((((((...{{......}}.))))))))))}}},||...||||......,,|||||||((((.....)))),}||{||||{((((...,.{((((({..(((.......)))....}))))))}.)))).....,}))))).,)))..))))))))))}.))))))..,|....,|{,|(({,...},)|||,..,,),,,}},)})),..))))).......))))))))))))....))))))..))))))))),(((((...(((((({....}))))))...))))).(((((..(((((.....))).))..))))),{..(((....)))..},...,.....,))))..))..))))).))|,,,|||}}.........,)))))}.)))))))))))))))......{,,...{{{.......,},...}},..(((((....)))))((((........))))))))))).....))...)))))))))).))))((((....}}})......)).)))))))))))))}.{((((..((((......)))).))))}((((((.....)))))){({((,((((...{..((((((.(,(((...))).,).))))))..}....}))),)}))|(((((.((((({(((.((((((.......(((((((((((...,((,,(....{((((.........)))))..})}),,))))))))))).......)))))).))).||.({.{(({,{{,((({.,......}),))))..,...)))))|{,......{((((({....})))))}.....})))))..)))))}..........,,}})))))))))).))})..,))),.
Back