Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003461.5
Sequence Length
2228 nt
GC Content
0.6373
GCAGAGUCUGCGGACCCGGCGCCGAGGCGGCCACCCGAGACGCGGCGCGCACGCUCCGGCCUGCGCAGCCCGGCCCGGCCAUGGCGGCCCCCCGCCCGUCUCCCGCGAUCUCCGUUUCGGUCUCGGCUCCGGCUUUUUACGCCCCGCAGAAGAAGUUCGGCCCUGUGGUGGCCCCAAAGCCCAAAGUGAAUCCCUUCCGGCCCGGGGACAGCGAGCCUCCCCCGGCACCCGGGGCCCAGCGCGCACAGAUGGGCCGGGUGGGCGAGAUUCCCCCGCCGCCCCCGGAAGACUUUCCCCUGCCUCCACCUCCCCUUGCUGGGGAUGGCGACGAUGCAGAGGGUGCUCUGGGAGGUGCCUUCCCGCCGCCCCCUCCCCCGAUCGAGGAAUCAUUUCCCCCUGCGCCUCUGGAGGAGGAGAUCUUCCCUUCCCCGCCGCCUCCUCCGGAGGAGGAGGGAGGGCCUGAGGCCCCCAUACCGCCCCCACCACAGCCCAGGGAGAAGGUGAGCAGUAUUGAUUUGGAGAUCGACUCUCUGUCCUCACUGCUGGAUGACAUGACCAAGAAUGAUCCUUUCAAAGCCCGGGUGUCAUCUGGAUAUGUGCCCCCACCAGUGGCCACUCCAUUCAGUUCCAAGUCCAGUACCAAGCCUGCAGCCGGGGGCACAGCACCCCUGCCUCCUUGGAAGUCCCCUUCCAGCUCCCAGCCUCUGCCCCAGGUUCCGGCUCCGGCUCAGAGCCAGACACAGUUCCAUGUUCAGCCCCAGCCCCAGCCCAAGCCUCAGGUCCAACUCCAUGUCCAGUCCCAGACCCAGCCUGUGUCUUUGGCUAACACCCAGCCCCGAGGGCCCCCAGCCUCAUCUCCGGCUCCAGCCCCUAAGUUUUCUCCAGUGACUCCUAAGUUUACUCCUGUGGCUUCCAAGUUCAGUCCUGGAGCCCCAGGUGGAUCUGGGUCACAACCAAAUCAAAAAUUGGGGCACCCCGAAGCUCUUUCUGCUGGCACAGGCUCCCCUCAACCUCCCAGCUUCACCUAUGCCCAGCAGAGGGAGAAGCCCCGAGUGCAGGAGAAGCAGCACCCCGUGCCCCCACCGGCUCAGAACCAAAACCAGGUGCGCUCCCCUGGGGCCCCAGGGCCCCUGACUCUGAAGGAGGUGGAGGAGCUGGAGCAGCUGACCCAGCAGCUAAUGCAGGACAUGGAGCAUCCUCAGAGGCAGAAUGUGGCUGUCAACGAACUCUGCGGCCGAUGCCAUCAACCCCUGGCCCGGGCGCAGCCAGCCGUCCGCGCUCUAGGGCAGCUGUUCCACAUCGCCUGCUUCACCUGCCACCAGUGUGCGCAGCAGCUCCAGGGCCAGCAGUUCUACAGUCUGGAGGGGGCGCCGUACUGCGAGGGCUGUUACACUGACACCCUGGAGAAGUGUAACACCUGCGGGGAGCCCAUCACUGACCGCAUGCUGAGGGCCACGGGCAAGGCCUAUCACCCGCACUGCUUCACCUGUGUGGUCUGCGCCCGCCCCCUGGAGGGCACCUCCUUCAUCGUGGACCAGGCCAACCGGCCCCACUGUGUCCCCGACUACCACAAGCAGUACGCCCCGAGGUGCUCCGUCUGCUCUGAGCCCAUCAUGCCUGAGCCUGGCCGAGAUGAGACUGUGCGAGUGGUCGCCCUGGACAAGAACUUCCACAUGAAGUGUUACAAGUGUGAGGACUGCGGGAAGCCCCUGUCGAUUGAGGCAGAUGACAAUGGCUGCUUCCCCCUGGACGGUCACGUGCUCUGUCGGAAGUGCCACACUGCUAGAGCCCAGACCUGAGUGAGGACAGGCCCUCUUCAGACCGCAGUCCAUGCCCCAUUGUGGACCACCCACACUGAGACCACCUGCCCCCACCUCAGUUAUUGUUUUGAUGUCUAGCCCCUCCCAUUUCCAACCCCUCCCUAGCAUCCCAGGUGCCCUGACCCAGGACCCAACAUGGUCUAGGGAUGCAGGAUCCCCGCCCUGGGGUCUGGUCCUCGCCCAUCCUGCAGGGAUUGCCCACCGUCUUCCAGACACCCCACCUGAGGGGGGCACCAGGUUUAGUGCUGCUGCUUUCACUGCUGCACCCGCGCCCUCGGCCGGCCCCCCGAGCAGCCUUUGUACUCUGCUUGCGGAGGGCUGGGAGACCCUCCAGGACAUUCCCACCCUCCCCCAUGCUGCCAAGUUGUAGCUAUAGCUACAAAUAAAAAAAAACCUUGUUUUCCAGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-904.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -941.33
Frequency: 0.0000
Diversity: 730.33
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((..(((((...(((((((.((.((((..(((((.(((((.(((((.((....)).))))).(((......)))...(((((....))))).((((...((((((.((((..((((((((((((.(((((..((((((((((((.............)))))).)))(((...(((..(((.(....))))..)))...)))...(((.((...((((((...))))))....)).)))......((((..((((((.((...)).))))))))))..((((....)))).((((...((((((((((.(((((((..((((.((((...(((((.((..(((((((...)))))))..)).))))).....)))).((((....))))((((.(.(((((((((((((.(................).))))))))))))).).)))).(((((...)))))......))))..).)).))))..)))).).))))).))))....(((((((((...(((.....))).((((((.(((...(((((.(((.((.(((((((..........))).))))))))).)))))....))).)))))).............)))))))))..)))..))))).).))))(((((((.........))))))).((((((....))))))(((...)))(((.(((..((((((.(((...((((((((((.((((..(((.((..((((.....(((((.((..(...((((((((.....((((((((((.(.((((((.(((.((((.......((((.......))))....((((....((((........))))...)))).........((((((.((((.(((((((.((....)))))))...))...))))))))))...))))))).)))))).)................(((((....))))).((.....(((((((..((((((((((((.((((((..(((((.(((.(((...))).)))..)))))...((((..(((.(.(((.(((((..(((((......)))...........))..)))))))).))))((((((....))))))..))))....)))))).))))....)))))..)))..))))))).....)).))))))))))...)))..))))).)..)).))))).....)))).(((((.(((..((((........)))).))).)))))....((.((((.(((.((((((.((((.(((.....((.((((.((((((....))).)))...))))))....))).)))).)))))).))).))))))(((.((.(((((((.((((.(((((...)))))))))((((..((((....(((.(((((.((((.((((((....)).).)))))))..(((((.(((((........((((..........)))))))))..)))))..))))).)))))))))))....(((.((((((((((....))))....)).)))).))).........))))))))))))..)).)))..))))))))))))))......))).))))))))).)))..))))))).))).).))))))...))))....(((((.....))))).((((....))))((((((((((((((.(((((((.(((...))).)))))..))..))))))).(((((((....)))((((((.(((..........))).))))))))))..(((((.((((......)))))))))...)))))))......((.(((((.....))))).))(((((...(((((((..(((((..........((((.((((.......................)))))))).((((...)))).(((.(((((......))))).))).((((((((((((.....))))...(((....))).))))))))(((....)))...((((...)))).......))))))))))))...))))).((((.((..........)).)))))))))..)))))..)))))).)).)).)))))))))))))))....((((((.((((((.((.....))...))))))))))))......(((.(((((((((((....)))))))............)))).....)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((({{{||(((((..,(({((((,(({{({{,.({(((,(({(({(((((.((....)).))))).|||,{{{.,|)|,..(((((,,..})))).||||,,,||{{{{,|{||..|{||||||||{|,((((({....(({{{(({(..,.....,,,,.}|||||.|||,.,|,,|||..,{{,{,...,|,|,{((|,{{{{{...(({.((,,,(({{((,,,||}}||{{{{,|.},,...,.))))))|(({((({(.{.....}}))))}}}}|,(({{....}))}.((((.{{({((((((({.{{{||||..||{{.{{{{|,.(((((.((..{((((({...)))))))..)).))))).....}))).((({....))))((((.(.(((((((((((((.(................}.))))))))))))).).)))).(((((...)))))......})))..,.)}.)))}..}))).}.,|||}|||||({{{(({{(((((...({{.....))).{(((((.(((..{(((({.((,,(,,(((((({..........))).))))))))).})))).|..))).)))))|..,||,,,.,,||}|}}|}||,{|||||.,,|||||.,{||(((((({..,...,.,})),,,,.((((((....)))))){{{..,|}}{((,{,.{(((((((.(((...((((((((({,((((..(((.((..((((.....(((((.((..{...((((((((.....((((((((((.({{..(({{.,{,,{||.|||}..(({{.......}|}},.{{(({{....{{||,,......}|||{{,||,|{,..,.,,,((((.((((({{,..{({{{{{.((((.((({{(((.(......).))))))).)))),))},}})))))}}..,,..........{{((({{..,,,,..,({{{{{((((((({{,(((,,..,{{,.,,,,,,..|,,,,.|||.|||,,})))})))}}),,)),}}||{|.,,||}|}|||.((((,..|}||,.{{{{{,,|{{{{{..,....,..||}},,,,,.))}((((((....)))))),},,))})..),,)))})))).}}}))))}.{{{|...}}})}||,...)).))))))))))...)))..))))).)..)).))))).....)))).(((((.(((..((((........)))).))).)))))....((.((((.(((.((((((.((((.{((.....(,(((((.((((((....))).))).,.)))))}....))).)))).)))))).))).)))),|(((,(.,(((((((.,(((.(((((((((..{.....,....)))))))))}}|.(((((,((((.((({{(....||.}.})}))))..{((((.,(({,......||((({..........)))))))}},.))),)}})},,(((((,..)))))..||({(,(({{{{((((....)))),,,}}),)))),)),.........))))))))))))..)).)))..))))))))))))))......))).)))))))),.)))..)})}))).)}),),)))}}}.,||}||..,.(((((.....)}))).......{|||||(((({({(((,{{{{{{((({{.,{{.{{|||{,}|||..||{,||||||,.,,{{(((,,..}}}{{{|||,,(({((((.....,,{{||||,,,|||{{((((({(,((.{{{{.,,|||||||...|||||||,|},..,..{||||,,...}}}}}}))}}}...}}}|.||.}}||)))}.....}}}},|.,,)))))}......}}}},,,........,{{{(,((((((((.{{{{{{.(({.(((((......))))).))).|,||||,,,,,,}}},}))))}}}|||,.,,}}},},}},))))))...,))}.},||||...}))).,.,,..,}},})))))),,||))}},.|||||((.{|.....,.)).))))},})}}})),)),.})))}}})),))|))),))))}}))))),}|.((((((.((((((.,(,....))...)))))))))))).....,||,...,,{((((((....))))))}............,,,},..,.,,,..
Back