Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003480.4
Sequence Length
2872 nt
GC Content
0.3969
AUUGUAACACACAUUCUACGCCUAGCCUGGCUUUCUUGCUCUCCCUCAUCUCAUUGUUUCAGCGGAGGCCAAAUCUGAAGUCCUUUCCAGGGAGUGGCUCUGUUCAUCUUAUUCGCCAGCCAAAGUAGGAACAGCGUAAGAGGAGAGAGACACAUUCAGCAGCCAAAGGACUCGGUGGAAAGAGCAGAACACCAUAGACAAUAUGUCGCUCUUGGGACCCAAGGUGCUGCUGUUUCUUGCUGCAUUCAUCAUCACCUCUGACUGGAUACCCCUGGGGGUCAAUAGUCAACGAGGAGACGAUGUGACUCAAGCGACUCCAGAAACAUUCACAGAAGAUCCUAAUCUGGUGAAUGAUCCCGCUACAGAUGAAACAGUUUUGGCUGUUUUGGCUGAUAUUGCACCUUCCACAGAUGACUUGGCCUCCCUCAGUGAAAAAAAUACCACUGCAGAGUGCUGGGAUGAGAAAUUUACCUGCACAAGGCUCUACUCUGUGCAUCGGCCGGUUAAACAAUGCAUUCAUCAGUUAUGCUUCACCAGUUUACGACGUAUGUACAUCGUCAACAAGGAGAUCUGCUCUCGUCUUGUCUGUAAGGAACACGAAGCUAUGAAAGAUGAGCUUUGCCGUCAGAUGGCUGGUCUGCCCCCUAGGAGACUCCGUCGCUCCAAUUACUUCCGACUUCCUCCCUGUGAAAAUGUGGAUUUGCAGAGACCCAAUGGUCUGUGAUCAUUGAAAAAGAGGAAAGAAGAAAAAAUGUAUGGGUGAGAGGAAGGAGGAUCUCCUUCUUCUCCAACCAUUGACAGCUAACCCUUAGACAGUAUUUCUUAAACCAAUCCUUUUGCAAUGUCCAGCUUUUACCCCUACUCUCUACUUUUUCACCCAAACUGAUAACAUUUAUCUCAUUUUCUAGCACUUAAAAUACAAAGUCUAUAUUAUUGCAUAAUUUUGCUGCUUCUCAAUAUCAUAGACACAGUGAAUAGAUGAUGACUAUAUGGCUUAUAUACAAACAUUCUAUGUACAAUUUCAAGGGAGACUAAACUUUAGGCUAAUAAUCUUUACUAUUGAAUCUGUCUGAUAUAGAUCUUAGGGUUGAAGAAGCUAUCUUUGUCUAUUUGGGCUAACCAUAGAAUUUCAUUUAUUUUCCUCACAAUAUUUUCCUAGACCAACUCCCCAUCAUUCACGUGUUCCUCUUUACUCUUACUUUAACUAUUUUGCUGGCUUGCCCGAAAAUUUGCCUGGCAAGUCUUCCUUAUAAGACACAUCAUGGUAAGUUUUGUAGUCCUGUAAGAUUCUGCAACACAGUCAAGAAUUAUACAAUCCUACUAGCAAUAUAUAAGGACCCAAAAUGUCUUCUGCUAAGCUCAGAGGCUGGGGCUAAAGCAUGAGGACUAUGCCAGCUAUAGAACUUGGACUCAUAAUUCGCUAUCCAAUUUUUCAUGCAGUUGUCUAGUCGGGAAGUAAGGUUGGAAACUAAGUCUCAUUUACUGAUUCGUUUAUGGGUAGUACCGGGAUGAACCCACCACCACAAAGCAAAUUAGACAACUUAAUGUGAAAUCAUACCAUUGGUUGACGUUUCCUUGAGUUGCUACUUCGUUCAUCUUCACAACUUAACAAGUGCACGGUCGAAUUAUUGUGCAAGUGGCUUUUGGAUAUCCUGAUUGGGGCCUAAGAAGGGCAUUCAGACUUGAAUUUUAAUAGGCAGACAGAAAGUUUGCCUAAUAGUUAAUACGAAAGAGUGAAAGAAACACAAUAUUCAGACAACCCACAUUCUUAUCCUGGCUCUAGCAGUAACCACGUAGCCUUGGAUAAGCCAUUUUCCUUCAUUAGGUCCUGGUUUAAUUUCCUCAUCUUUAAAAUGAGAAGGUUAAAUUUAUCUUAGUACUGCUGGGCGCAGUGGCUCAUGCCUGUAAUCUGAGCACUUUGGGAAGCUGAGGCGGGUGGAUCACUUGAGGUCAGAAAUUUGAGACGAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCUGGGCGUGGUGGCACGUGCCUGUAAUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUCAAUUGAACCUGGGAGGCAGAGGUUGCAGUGAGCCGAGAUGGCGCCAUUGCACUCCAGCCUGGGUGACAAAAGCAAAAGUCCAUCUUAAGAAAUAUAUAUAUAUAUUAUAUAUAUUCUUAGUUCUAAGAUUUCCUUUAAUUCUAUGAUUCUCUGGAUUUAAAUGCAUUAUUCAUAUUUCUUGAAGCUUAGAUACAGUCUAAUUCAUAGCAACCAUAUCUGCUUUAUCCUAGGUGAGGGUAGCAGUCCACAAUGGAAUAGAAGAAAAUCCCAUUAUAACAAAUGACAAAUUAUAUAUCAUGAAUCCUUCUGUCUGACUAACUCAAUAACUUUCUAUAAAAGCCAAUGGAAUUCAAAUAGGAGCUAGGAGACAACAAGUUAUAUAUGACAGUGGAGGUUGUAUUCCUUUUAUAUUGCUGAGAAAACUAGUUAAAUGAUCAGAUUCUUGCUGUUAAGAAACAAUUUCGUUUAAUGGGAUCUGUACAACUGAUUUUAAAAAAAUGCUACAAAAAGCCCCAAAGCAUAUAAUCUCUACUCCUUACAGUCUCUAGAAUUAAAUGUACUCAUUUAGACAACAUAUUAAAUGCAUAUUUUAGCCACUUUAGAGAAACCUCAUAGGCACAGAGUUUCCAAGAUUAAUUUUAAGAAUAUCUUCACGAACUUGACCCUCCUACUCCACAUUGCAACAUUUCCAUCAGACAGCAUUUCAAUUCCAGUAUUAUGUAUAUUGCAAAUUAAACAUUUUAAAAUAUUUUUUUCCAAUUUAUUUCUCAAAAUAAAAUGUCUUUUGUUCUGGUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-745.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -800.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 608.10
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((..............(((......)))....(((((..(((((.((((.((((((((((((((((((((((((.((((((((.....((((((((((.(((.(((((..(((...((......))....))))))))))).)))).).))))).......)))))))).(((...((((((.((....((((.....))))))))))))...))).(((((((((..(((.((((...((..((((.((.((((((((((...((((....))))...))))))..)))).)).))))))...)))).)))..))....(((((((...((((....)))).))))))).........(((..((((((((....))))))))..))).....)))))))...)))))...)))))))))..(((((..........)))))(((((((((.((((.............(((((((......)).)))))((((((((.((..((...(((((((((..(((((((((.....(((((((((.........)))).(((((((((.....))))..)))))..)))))......))))).))))..))))))...))).))..))))))))))((((.(((...((((((..((...(((((((((((((((((......(((((((((..(((((..((.(((.((((((((((...))))))))...(((((..((((.(((..((((.(((((.((((((((((((...))))))))))))....((..((.((((((((((.((((((((...................(((((((........................................(((((...)))))........(((.((((........)))))))...)))))))......)))))....((.((((((..((((...(.(((((.(((.((.(((.(((((((..........((((.((........)).))))..........)))))))))).)).)))))))).)...)))))))))).))))).)))))).....)))).))..))((((..(((.....))))))).........................................)))))))))......))).))))..))))).......((((...((((((((((...(((((((((((((...(((((......)))))...))).))))))))))((((...((((.((((((............)))))).))))...))))..))))..................((((((((((.(((((........)))))..)))).))))))...)))))).)))).....)).))).......)).)))))..)))))..))))......)))).)))))))..)))))).))..))))))...................(((((((((((((((...(((...((((..(((.((.(((.((((((((.(.(((((...(((...)))....))))))))))))))))).)).)))....................((((((((......)))))))).))))....))).)))))))...(((((((((((((((..((((..(((.....(((((((((((((.....))))))))....))))).....)))..)))).(((........)))..............(((((((.((((...((.((....))))))))..)))))))......)))))).)))))))))((((((((((.(((((.......))))).)))))))))).......))))))))))).)))).(((....)))....)))).)))))))))...((..((((.(((.(..(((((((.((((((...((((...)))).))))))..)).)))))..)))).))))..))..............((((((((......(((....)))......))))))))........)))))))))))))).........((((((((((((((((((((.(((((...(((((((((..((((((((......))))).)))..))....).))))))((((((.((((((((.....))))))))))))))((((((((.....((((((...(((((.....((.((....)).))....)))))....)))))))))))).)).......))))).))))))...))))))...))))))))))))).)))))...)))))(((((((((((......((((......))))...............((((.....((((((((..............((((((........))))))........((((.((((((....((((((.........((((((((((((((..((((......((((.......))))(((((((...(.((((((....)))))).)....))))))).(((((((.((...)).))))))).......(((......)))...)))).))))))))))))))........((((((((...((((((...(((((((........))))))).)))))).......))))))))..(((...)))...(((..(((..(((.....)))..)))..))).....))))))...)))))))))).................))))))))...))))....((((((.....)))))).............................((.(((((((....))))))).)))))))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,{,........,,,{,.(((......)))....{((((..(((((.((((.((((((((((((((((((((((((.((((((((...,.((((((((((.(((.(((((..(((...((......))....))))))))))).)))).).))))).......)))))))).(((,,,((((((,({.,..{{,,,,,..,,))))}}}}||,,.}}),||||{{(|{|,({{,{((({{,,,..((((.((.((((((((((...((((....))))...))))))..)))).)).)))),}...},))})),..,}|...(((((((,{,{{{,....,))).))))))).........(((..((((((((....))))))))..))).....))))))}...)))))...)))))))))..(((((..........)))))(((((((((,((((,,.........,{(((((((......)).)))))|,((((((,{{..,(...(({{(((((..(((((((((.....(({((((((.....,.,|)))|.{{{{{({({....,,}}),})}}}}..}}}}),.....))))).))))..)))))),..))}.}}..,,))))))}|(((({({,...((((((..((...(((((((((((((((((......(((((((((..(((((..((,{((.,{{{{(((((,..}}}}}|||...(((((((({{{,(({..{{((,(((((.((((((((((((...))))))))))))........|..,,,,..{{{.{{(({{{,...................,,||..,,....||,.,.............,.{{(((((((((.....(((({...}))))........(((.((((........))))))).......(((......)))......{,.(((((,.{((((...(.(((((.(((.((.(((.(((((((..........((((.((........)).))))..........)))))))))).)).)))))))).)...)))))))))),)).....)))}}))))))).,.....}}||||..,||}....}}}}|||,......,,.,,,,,................,},.......}}}}}}}},...,,,}}},}}}}}.},,,........((({...((((((.,{,...(((((((((((((...(((((......)))))...))).)))))))))){{{{,..((((.(((((({{......},..)))))).)))).,{||,,{{......,,..}))}........((((((((((.(((((||...}},)))))..)))).)))))).,.)))))).))))....,}}.,,}.....,,)).)))))..))))),.})))......))))))))))))..}))))).))..))))))....,,......,...,,}|||||{{{{((((((...({(...((((..{({.{{.(((.((((((((.(.(((((({.(((...)))}}}.,))))}))))))))))).}}.))}..........,{,,...,}}|(((((((......)))))))}.))))....))).))))))},,{(((((((((((((({.{((((....|}}}}.,{{.(((((((((.....))))))))).,,|,........,,}.{||...,...,.,....}}}..............(((((((.((((...({.,,....,,)}))))..)))))))......}))))).)))))))))}||{((((({.(((((.......))))).)))))))))},}}}}},)))))}}}}||,||}|,(((....))},...}})).)))}}}))}...((..((((.(((.(..((((({{.((((((...{({{...}))}.))))))..},.)))))..)))).))))..))..............{(((((((.,||..(((....))).....,)))))))}....,,,.)))))))))))))).........((((((((((((((((((((.(((((,,,{{{{|||((..((((((,({,...,))))).)))..))....|.}}}}}}|((({{(((((((((.....)))))))))))))}|.{,{{{{,.....{{{({.{{((.{{.....}))),}}},}.,|....,{||.......))))}}|{(({{...})))},,)))).))))))...))))))...))))))))))))).))))},{{{...}|||,|||||{,......{({{..,{{{||,|{{,............{(((.....((((((({............{{({.....,}}}...|(((((,,(((...((((.((((((....((((((.....,{,.((((((((((((((..,{{,......{,{,,{,...,|,{((((((((...{.((((({....}))))).,....))))))))}||||||,|,...,,.}}}}|,........(((......)))...,,}).)))))))))))))),,,.....((((((((.,{((({((,..(((((({........))))))).,)))}),,,....))))))))..,{|...)))...(((..(((..(((.....})}..)))..))),....))))))...))))))))))...))).,....)))))))))))))...)))}.,,.{(((({.....)))))).,,.........,,,,{{{.....,.....,.{{{{{{{....}}))))).)))),)))))),)}}..
Back