Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003485.3
Sequence Length
2834 nt
GC Content
0.6094
UGCCCGACGUGGGUGGGGGGGGCGUGGAAUCGGAGCACAACUUGGCCCUGCGUUCCCAGGAAGGGACCCGAAGACCUCCCCAGGCCACCCCGCCAUCUGCGUGCGCGCUGGCAAGAGGAGGGGCGCGGGGUAAUGGUGGCCGGCGCCACAGCCCCGCGCCGCGCAGGGUCUUGCCCACCACCAGCGAUGCCCAGCCCUUGGUAGAGCUUGAACCACCUUCUAUAAACAGGAUGGCGGUGGAGAGACAGGCCCAGUCCCUGAGCCCAUGAGGAGUGUGGCCCCUUCAGGCCCAAAGAUGGGGAACAUCACUGCAGACAACUCCUCGAUGAGCUGUACCAUCGACCAUACCAUCCACCAGACGCUGGCCCCGGUGGUCUAUGUUACCGUGCUGGUGGUGGGCUUCCCGGCCAACUGCCUGUCCCUCUACUUCGGCUACCUGCAGAUCAAGGCCCGGAACGAGCUGGGCGUGUACCUGUGCAACCUGACGGUGGCCGACCUCUUCUACAUCUGCUCGCUGCCCUUCUGGCUGCAGUACGUGCUGCAGCACGACAACUGGUCUCACGGCGACCUGUCCUGCCAGGUGUGCGGCAUCCUCCUGUACGAGAACAUCUACAUCAGCGUGGGCUUCCUCUGCUGCAUCUCCGUGGACCGCUACCUGGCUGUGGCCCAUCCCUUCCGCUUCCACCAGUUCCGGACCCUGAAGGCGGCCGUCGGCGUCAGCGUGGUCAUCUGGGCCAAGGAGCUGCUGACCAGCAUCUACUUCCUGAUGCACGAGGAGGUCAUCGAGGACGAGAACCAGCACCGCGUGUGCUUUGAGCACUACCCCAUCCAGGCAUGGCAGCGCGCCAUCAACUACUACCGCUUCCUGGUGGGCUUCCUCUUCCCCAUCUGCCUGCUGCUGGCGUCCUACCAGGGCAUCCUGCGCGCCGUGCGCCGGAGCCACGGCACCCAGAAGAGCCGCAAGGACCAGAUCCAGCGGCUGGUGCUCAGCACCGUGGUCAUCUUCCUGGCCUGCUUCCUGCCCUACCACGUGUUGCUGCUGGUGCGCAGCGUCUGGGAGGCCAGCUGCGACUUCGCCAAGGGCGUUUUCAACGCCUACCACUUCUCCCUCCUGCUCACCAGCUUCAACUGCGUCGCCGACCCCGUGCUCUACUGCUUCGUCAGCGAGACCACCCACCGGGACCUGGCCCGCCUCCGCGGGGCCUGCCUGGCCUUCCUCACCUGCUCCAGGACCGGCCGGGCCAGGGAGGCCUACCCGCUGGGUGCCCCCGAGGCCUCCGGGAAAAGCGGGGCCCAGGGUGAGGAGCCCGAGCUGUUGACCAAGCUCCACCCGGCCUUCCAGACCCCUAACUCGCCAGGGUCGGGCGGGUUCCCCACGGGCAGGUUGGCCUAGCCUGGGUCCUCCGCGGGUGGCUCCACGUGAGGCCUGAGCCUUCAGCCCACGGGCCUCAGGGCCUGCCGCCUCCUGCUUCCCUCGCUGCGGAGGCAGGGAAGCCCCUGUAACUCCGGAAGCCUGCUCUCGCUUGCUGAGCCCGCUGGGACCGCCGAGGGUGGGAAUAAGCCCCGGUUGGCUCGUGGGAAUAAGCCGUGUCCUCUGCCGCGGCUGCGAUGUGGCCAGGCUGGGGCUGCUGGUCGGGGGAAGACAGUGAACUGCGUUCCCUGGCCUGCUUCCUGCAGAGUUUGUGCAUGGGGAGUGUGAGGACAUGGAGGGUGGGAGGCUGGGCGUUCAGCUGCCAGGGCCUUCCAAUGCCACCGUUGUCACAGACAAUGCCUGUCCAAACGUCCCGGUGGGAUCAGCACUGCAGCCCGCCCACAACAGGGUGGGAAGGGAAGACUGGAGGGGGAAGGAAGGCAGGAGGGGGAAGGAAGAAAGAGGGGGAAGGAAAGAAAGAGGGGGGAAGGAAAGGAGGAAGGGGAGAAGGAAGGGAGGAGGAAAGAAGGAAGGUAGGGGGUGUUGGGUUGGGAGAAUUGAGGGAGUUAUAGGCAGAGGAGGAUCCUAGCUCCAGCCAUAAGAACUGGGAGAGCCGCCUGCUGCUCCAGAAGACCUGCCCACCUCCACAGAAAUGCUAGCCCUUCAGACCUUCUGGUCAGUGAACUGGGACCAGCUCUGACUAAGGAUGCCUUCCAUGGCCUGGGACUCGAGUUCUUCAGAACCAAGAGGCUAACUGGGCUUCCUCCAAGAAGGGACCAGGGGCUAGAAGCAGAAGUUGGCAUCAGCAAACAUUUCUGGAAUCUACCAAAGGGAGGCCCAGGCAGAACCCCUUCCUCAGUCUCCCUUCCCCUCUUCCCCCCAGCCUUGAAGAGGUUGAUCCUUUGUGCUGUGUCUCUUAGCCCUUUCAUCGGGGAUGCCCAGAGGCAACAGCCCAGGCUGGAGGUGCCCCAGGGAAGGGUGCUCACAGUGGUCCCAGGGCUACACUUGGCUUUGACUGCACAGCCCCUGCUCAGAUCCUUGUGGAGGGUGUCCGAUGACUUGGGGAGGUUCUCUUCCCCUUCCUAGAGGAGGAAGUGACCAAGUUUGAAGGCGGCAGAAAUGGCCACACAGCCAAGAAGAGCCCAUGCAACUCAGUCCAGGAUUUUACUGGGUCAGUGACAUUGGUGGAAGCCUUCAUGCCUCCUCAUUCCACAGCACUUCCUCCUAUGUUGACCUUAAACACUGGCUUCCCACUGAUACAGACUGGGAUGAGCUGAGGGCAGUCUCAUUUACUGUCAAGAGUUGUAUUUUUGUAUUGUCCUUUUUGCCAAGUCUACAUGUGUUGACUCUGUAAUGGAUUUAUGUAGCCCACUUCAGUCUGCAAAUAAAGCAAAGUAACUGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1248.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1294.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 666.03
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((..(((..(((((((((((((((((...(.(((.....))).)..))))))))))((((((((....((.((((((((((((.((...(((.....))).(((((((((((((((((((((((((((((..(((((.....)))))..)))))))))).....(((....((((((((((((((............(((((..((.((.((((((...........((((((.(((.((..(((((((.(((...))).)))((((((((((((((((......))))....((((.....)))).......)).))))))).)))...))).)..)).)))...)))))).((((...))))....)))))).)).)))))))))))))))))))))..)))(((.....)))............(((((((((((((.(...(.((((((......)))))).).....).)))).......)))))))))))))))))......((.....)).......((((((((....))))))))..((((...((((.......)))))))).))))).))))))((((((((((...(((((..(((((...(((((.((((((.((((((..(((((((((((((((((...((((((((((((....(((((.(..(((.........)))..).))))).))))).))))..))).))))))....((((..(((.((((.....)))).)))...((((((((.((......)))))).)))).((((..((((((...(((((((...))))).))((((.(((((.(((((.....)))))...............))))))))).(((((((((((..((((..(((((.(((((((((...))))).(((.((((.....)))).))))))))))))..))))..((((((..(((.....))).))))))(((((...)))))....((.(((((((..(((.((((((.((((.((....(((((.((((((.(.(((...))).)..)))))).)))))(((.((..(((((((...)))))))....(((((((((((((((.(((((......))).)).((.(((.....((......))...))).))(((.((((((.(.(((((((((((.(((((((((((((((.((((((((.((...((((...))))...))..)))))))).))))...))))).))..((((((..((((.(((.......)))))))..))(((.((((((((((((........)))))..(((((((((...((........))...))))))))).))))))).))))))))))).))))......)))))))..).)))))))))..(.(((((((((.((.....))...))))))))).).(((.((.(((((.((((((((.(((.(((((((((((....))))))..)))))..)))((((.......((((((.(((((((((((((((...))))).....(((((((((((((((((.(.(....((((((........))))))).).))).))))).)))))))))((.((((((((((.(.(((....)))).)))))))))).))((((((((.......)))).))))..(((((.(((.(((....(((((((((.((((......))))..)))))))))...)))..))).)))))((((.....))))......)))))))))).))))))..))))(((((((......))))))).))))))).).))))).)).)))..)))))))))))))))..........)).)))...........)))))).))).))).)))..)))))))..)).))))))))))).((((((.....(((((.(..(((..((((((.(((((((((.....((((((((.((.((((((.((.........)).))))))...)).))).))))).........(((((..(((((.(((((((((((((((((....((((((((((((....(((....)))..)))))).((((.((((....((((((((..((.((.....))))..))...))))))...)))).))))...))))))....)))))))))........((((....))))...))))))))....((.....)))))))....))))).....)))))))))))))))..)))..)..)))))(((((((...))))))).))))))))))))..))))...))))...)).))))))))).))))))....)))))).)))))))))).....(((.((((.(((....(((((((((((......)))))....))))))..))))))).))).....)))))))))))))))...)).)))))))))))).))...))))))))..(((((((((((.....(..(((.((.((((....((((......)))).((((.((((((.....(((.(((((.......))))...).))).....))))..)))))).)))).)))))..).....))))))))))).((((.......))))..((((((((((((...)))..)))))..))))((((((((((..(..(((...........)))..)..).))))))))).((((..((((.((....)).))))..)))).............)))))))..))).)))........................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{{.,(((.{(((((((((((((((((...(,(((.....}}),).,)}))))))))((((((((....((.((((((((((((.((,,.(((,....))).(((((((((((((((((((((((((((((..(((((.....)))))..))))))))))..{{{(((,{..((((((((((((({..{,{{{{{..,(((({{{{..,{.,,{{,{,}},.......((((((,(((,((..{,({(((.(((...))).))}((((((((((({((((......)))),...((((.....)))).......}),})))))),})).,)),).)},)),})),,.))}))},||||..}))))...{|||||,.....})))))})))))))))))))..,},|||}..,,))}............(((((((((,{(((....{.((((((......)))))).},,...,.)))}..,,,..)))))))))))))))))......({..,,.||,.....|((((((((....)))))))).,((((...((((.....,.)))))))}.))))))})))))((((((((((...({(((..{((({.,.{((((.((((((.((((((..(((((((((((((((((...{{{(((((((((....(((((.{..(((.........)))..}.))))).))))).))))..}}).))))))....((((..,(({((((.....}))).})}...(((({{{{.,{.....,)}}}}},}})}.((({,{((((((...({(((((...))))).}}((((.(((((.(((((.....)))))...............))))))))).((((((((((({.((((..(((((.(((((((((...))))).(((.((((,...,)))).))))))))))))..)))).,((((((..(((.....))).))))))(((((...)))))....{{.(((((((..(((.((((((.((({.((.,..(((((.((((((.(.(((...))).)..)))))).)))}|{((.((..(((((((...}))))))....(((((((((((((({.,{{{(,.....),)}}|{((.(((.....((......))...))).))||(.((((((.(.(((((((((({.((({({(((((((((.((((((((.((...((((...))))...))..)))))))).))))}..})))).))}||{{(((..((((.(((.......)))))))..))(((.((((((((((((........)))))..(((((((((...((........))...))))))))).))))))).)))||||}}},.}))),..}},)))))),}.).))))))}))..(.(((((((((.((.....))...))))))))).).(((.((.(((((.((((((((.(((.(((((((((((....))))))..)))))..})),,{{....{{.((((((.(((((((((((((((...))))}.....(((((((((((((((((.(.,...,((((((........))))))).).))).)))))}})))))))){{.((((((((((.(.(((....)))).)))))))))).||{{{{{{{{..,,,|,}}}|.||}}}}{((,,,((({{((.,(,(((((((((.((({......})))..)))))))))...)).,|||||||,},|})|,}.}}))))),,}}})))))))))).))))))..))}}(((((((......))))))).))))))).).))))).)).)))..))))))))))))))),........,)),)))}..........))}))).}))},}).)))..))))))).,|,.))))))))))}.,,,((({{{,.(((((.(..(((..(((((,,(((((((((,,,,.(((,,.(({(..,,,,,,}||}.}}},,,.,,.||||||,{{|,..,,))),))))}}.....(((((..(((((.(((({{{((((((((((,...(({{((((((((.|..(((....))),,)))))}.{(((.((((....((((((((..((.(({...,))))..)),..})))))...)))).))))...}))}))....}))))))))...{,,,.(({,,{..},))...))))))))....||.,,...})))))....))))).....)))))))))))))))..)))..)..)))))|{((({{...|))))}}.,))))})))))).})))).,.))))...)).))))))))).))))))....)))))).)))))))))).,...(((.((((.(((....((((({{(((({,,,..}}))),,,}))))))..))))))).))).,.,.)))))))))))))}),,.,).)))))))))))}.)),,,))))))))..(((((((((((.....{..(({{((.((((....((((......)))).((((.((((((,,,{,({{,(((((.......))))}..},)}},,},}))))..)))))).)))).)))))..).....))))))))))).{(((.......)))}.,((((((((((((...)))..))))}.,))))|||((((((,..,..,||}}}|,,,{,,.,,},,},,|,|,.||||...{{((..((((.((....}).))))..)))).)))).,,,,,,,)))))}|||)}){||,......,,,......,,,,.....................
Back