Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_003596.4

Sequence Length

1981 nt

GC Content

0.4664

AGACGCUGCUGAGGCGGCUUCGGUUGCGGGUCGGAACGGCGCUGCUCUGCGGGGCCGGUCCAGGCUGGCAGCUGCCGGCGCUUGGCGGUGAGGGCGGGCUCCCGAGUGGCCCCCCACCGAAGGCGGUGGGACCAGCGGCUGAGGCCAGGAUGCCGUCCAGGCGGCGCGGCGGCUCCUCACUCAUCCCAGAUGUUGGUUAUCUUUCUGAAGUAGACUGUCCAUGGCCUGAACAUUUUCCGAAAAUCAUUUUGAGCAAAAUAUCUGUUUAAUAACAAGAUAACCACAUCAAGAUGGUUGGAAAGCUGAAGCAGAACUUACUAUUGGCAUGUCUGGUGAUUAGUUCUGUGACUGUGUUUUACCUGGGCCAGCAUGCCAUGGAAUGCCAUCACCGGAUAGAGGAACGUAGCCAGCCAGUCAAAUUGGAGAGCACAAGGACCACUGUGAGAACUGGCCUGGACCUCAAAGCCAACAAAACCUUUGCCUAUCACAAAGAUAUGCCUUUAAUAUUUAUUGGAGGUGUGCCUCGGAGUGGAACCACACUCAUGAGGGCCAUGCUGGACGCACAUCCUGACAUUCGCUGUGGAGAGGAAACCAGGGUCAUUCCCCGAAUCCUGGCCCUGAAGCAGAUGUGGUCACGGUCAAGUAAAGAGAAGAUCCGCCUGGAUGAGGCUGGUGUUACUGAUGAAGUGCUGGAUUCUGCCAUGCAAGCCUUCUUACUAGAAAUUAUCGUUAAGCAUGGGGAGCCAGCCCCUUAUUUAUGUAAUAAAGAUCCUUUUGCCCUGAAAUCUUUAACUUACCUUUCUAGGUUAUUCCCCAAUGCCAAAUUUCUCCUGAUGGUCCGAGAUGGCCGGGCAUCAGUACAUUCAAUGAUUUCUCGAAAAGUUACUAUAGCUGGAUUUGAUCUGAACAGCUAUAGGGACUGUUUGACAAAGUGGAAUCGUGCUAUAGAGACCAUGUAUAACCAGUGUAUGGAGGUUGGUUAUAAAAAGUGCAUGUUGGUUCACUAUGAACAACUUGUCUUACAUCCUGAACGGUGGAUGAGAACACUCUUAAAGUUCCUCCAGAUUCCAUGGAACCACUCAGUAUUGCACCAUGAAGAGAUGAUUGGGAAAGCUGGGGGAGUGUCUCUGUCAAAAGUGGAGAGAUCUACAGACCAAGUAAUCAAGCCAGUCAAUGUAGGAGCUCUAUCAAAAUGGGUUGGGAAGAUACCGCCAGAUGUUUUACAAGACAUGGCAGUGAUUGCUCCUAUGCUUGCCAAGCUUGGAUAUGACCCAUAUGCCAACCCACCUAACUACGGAAAACCUGAUCCCAAAAUUAUUGAAAACACUCGAAGGGUCUAUAAGGGAGAAUUCCAACUACCUGACUUUCUUAAAGAAAAACCACAGACUGAGCAAGUGGAGUAGCAGAACCAGGAGCCUCUUCCAUACAUGAGGAAAGAUUGCUGCCUUUUCAGCAGAAGGGAAAUUCCUAGGAUUGGCUGUCCCCUGCCAAGCUUGGUGGAGCGUCUGCACCUUGGCUGCGCCGCCUGUGCAUUUGCCAGUUUCCUCCCACUGAGAGGAUGGAGGUGUCCGCACAGCUUUGGGCCUCGUGAGGGAUCUGCCUCCUGAGCAAAGAGCUCUUGAUCCCGAUUUCAUGCACAGCCCUGCAGUAAGGAGCCCAGAAGGAACAUGUGUUUCCUGUUAAAACUCCUCUUGUUCUCUUUUCUUACAUUAUGACGUUUGUUUUCAAGGAGAGGGUUUAAAAAUGGGAUCCUGUAAGCAGACUUGGGCAGUCUCCUUUUGAAAUAGGUUGUCUGUACAUGUUCUAAUGUUUUGUAGAACACGUGUGCCUGUUUAAGUGUAUUGAUGUGAAUAAUAUUAAAUAUCCUAAUUAUUUAAUUCAUUGUAUUGUUUCUGAGAAGUUGGGAAAUUACCAUUAUACAUUUACAACCUAAUGACUUUUGUAUUUUAUUUUUCAAAAUAAAAGCUUUCAAUGUGAAGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-639.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -678.43

Frequency: 0.0000

Diversity: 512.67

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...((((.....))))(((.(((((((.(((((((.((((.((((...)))).)))).))).)))).)))))))..)))((((.(((.((((((((((((.......)))))(((((((....)))))))((((((((.((((...((((.((((((..(....)..))))))))))..)))).)).....))))))....((((.((((.((((((((((.((.(((.....((((((...((((((((((......((((((((....))).)))))......))))))))))))))))((....))....(((((..(((((.(((((((((((..((((((((.(((.((((.....))))))).....))))))))...)))))))))))((((..((..((((((((((...)))))....((((.(.....)))))....))))).))..))))...)))))......(((((.......))))).((((((((((((....))))))))))))....((((((((.((...(((((((((.(((.((((..((.(((.(((..(((((.((((((.(((((((((((((((((((...)))...))))))))..(((.(.((((.(.((((((((.....(((...((((((((((.(((((((((((((((........(((((.((((.((((((.(((.((((....))))......)))..)))))))))))))))(((((((...........((((((((((((((.(..((((((((((((......))))))).........((((....((....))))))..)))))..).)))))..(((...(((((((((((.(((((.(((..(((((((((.............)))))))))..))).)))))....((((..((........))..))))......(((.....))).(((((((......(((.(((.((((.((((...)))))))).)))))).(((((........)))))((((((((((....(((((............)))))..((((((.((.((.(((......)))..)).))..))))))))))))).))).......(((((....)))))...((((((...(((((........((((((((...((((....((..(......)..))((((..(((((....)))))))))..)))).)))))))))))))....))))))(((((...))))))))))))...........(((........)))..)))))))))))...))).))))))))))))))))...................(((((...)))))..((((...........))))))))))...)))...)))))).))))...............(((((......)))))...((((...))))(((.(((((........))))).)))))))))...)))....)))))))).))))).).)))........))))))))))))..)).))))).)))))).))..))))..))).))))))))))).)))).)))).((((.....))))..((((((.((((.......((((((((((..(((((......((((((....).))))).......))))).)))).((((((....(((..........)))....))))))))))))...))))))))))..)))))))).)))))))))))).)))).))))(((((((...((((((((((((........)))))))..))))).....(((((((((((((((.....))))))(((.((((((((.((((...((......))....)))).)))))))).)))......))))))))))))))))...((....)).((((((((....))))))))))))))).))).)))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

...{(((,,...|}||{(,.(((((((.(((((({.((((.((((...)))).)))).})).)))).)))))))..)})((((.(({.((((((((((((.....,.)))))(((((((....)))))))((((((((.((((...((((.(((((({.{....,,,))))))))))..)))).)).....))))))....((((.((((.((((((((((.({.(((..{,{((((({..,((((((((((......((((((((....))),}))))......))))))))))))))))|,{{..{|{{,..,,....(((((.(((((((((((..((((((((.((({((({.....}))},}))),}.))))))))...)))))))))))((((..((..((((((((((...}))))....((({.{.....}))))....))))).))..))))...)))))......{||||,...,,.}}}}|.{(((((((((((....)))))))))))).,,.((((((((.((...(((((((((.(((.((((..((.(((.(((..(((((.({((((.(((((((((((((((({{{...}}}...))))))))..((({({(((({{.((((((((....,({{.,.(({(((({{{.{|{((((((((((((({,,{,{.(((((.((((.((((((.,{{.((((....)))}......}}}..))))))))))))))),,|||||,...}},,|{{((((,,(({,,,,,.|,,}}}}}||,,,,({{{...,)))),,...{{,...((((..{{{(.((....))...)))))))).)))))}}|||,,,||{|{{{{(({,(((({.(((,.(((((((((.............))))))))).,))).})))}....{(((..((........))..))}}.{(({{(((({.,..,,.,||||||}}}}..{((.(((.(((,{((({...}))))))).)))))).{((((........))))|(({{((((({....((((({,{,..,,.,,,}}},}..{(({{{.,{.,.||||,.....,},..})))},.))))))))))))))))}}}}....(((((....))))).,,||,{{{..,{{.(({{{{{,.{((((({(((((((({,....(({.((,..,,,,|}((({.|(((({....})))))))).,}}}||||||||,,|{|||,.,,|}||||({{{{.,,|,}}||}}}|||,.,........(({........}}}..,,,,,,||||,.....),)),))))})}}},|||,,...,}},.,,.,,|,.,(({((...}}}},..,,,,,,..},.},}}))))}))))},..,}}|,,||}|||,||},.......||,..,.,{{||{,,....}}}}}}.||{{....)))),||.|||||,,,,,,,.)))}}.}))))))))}}.))),},.}))))))).))})),,.}))}}}}}}..))))))))))))..}).))))).)))))).))..))))..))).))))))))))).)))),}))).((((.....))))..(((((({.{{{..{{{,.,{{{{||||,..(((((......((((((....)}))))).......))))).||}}.((((((,,,.(((..........)))....))))))))))}},.,,},))))))),}}}..,))).),)))))))))).)))).))))((((((({..((((((((((((........)))))}},}))))).....,((((((({{(((({,,,,.,,,|||{{{,{{{{{{{|,|||||..{{......}}.,|,|}}}.}})))))),})},,})))))))))))))))))))...,{....}}.{(((((({....)))))))}))))))).})).)))).