Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003628.6
Sequence Length
4603 nt
GC Content
0.4934
AGUAGAGGGGGCUCCGGGGCUGAGUCCGCGUCGACGCCGGCCGCGGAGGCGGCACCAUGGGCAAGGGGUAGAGGGGCAAGUUGGCCACCGCCGCCGCCGGGGGUGGUGGGAGAGCCGCUCCGGGGGCGGGGGCCGGUGGGGGAGGGAGGGGCGGGCAGCCGCGCCGCCGCGGCACUUUUUUAAUUUUUUCGGGUGCCGCAGCGGCGACCCCUCGGCGCCGAUGUCCCUGAUCCCUGGAGCGACGACGGCCGCUGCCUAAGCUGGAAAGAGGAAUGCCAGCUCCUGAGCAGGCCUCAUUGGUGGAGGAGGGGCAACCACAGACCCGCCAGGAAGCUGCCUCCACUGGCCCAGGCAUGGAACCCGAGACCACAGCCACCACUAUUCUAGCAUCCGUGAAGGAGCAGGAGCUUCAGUUUCAGCGACUCACCCGAGAACUGGAAGUGGAAAGGCAGAUUGUUGCCAGUCAGCUAGAAAGAUGUAGGCUUGGAGCAGAAUCACCAAGCAUCGCCAGCACCAGCUCAACUGAGAAGUCAUUUCCUUGGAGAUCAACAGACGUGCCAAAUACUGGUGUAAGCAAACCUAGAGUUUCUGACGCUGUCCAGCCCAACAACUAUCUCAUCAGGACAGAGCCAGAACAAGGAACCCUCUAUUCACCAGAACAGACAUCUCUCCAUGAAAGUGAGGGAUCAUUGGGUAACUCAAGAAGUUCAACACAAAUGAAUUCUUAUUCCGACAGUGGAUACCAGGAAGCAGGGAGUUUCCACAACAGCCAGAACGUGAGCAAGGCAGACAACAGACAGCAGCAUUCAUUCAUAGGAUCAACUAACAACCAUGUGGUGAGGAAUUCAAGAGCUGAAGGACAAACACUGGUUCAGCCAUCAGUAGCCAAUCGGGCCAUGAGAAGAGUUAGUUCAGUUCCAUCUAGAGCACAGUCUCCUUCUUAUGUUAUCAGCACAGGCGUGUCUCCUUCAAGGGGGUCUCUGAGAACUUCUCUGGGUAGUGGAUUUGGCUCUCCGUCAGUGACCGACCCCCGACCUCUGAACCCCAGUGCAUAUUCCUCCACCACAUUACCUGCUGCACGGGCAGCCUCUCCGUACUCACAGAGACCCGCCUCCCCAACAGCUAUACGGCGGAUUGGGUCAGUCACCUCCCGGCAGACCUCCAAUCCCAACGGACCAACCCCUCAAUACCAAACCACCGCCAGAGUGGGGUCCCCACUGACCCUGACGGAUGCACAGACUCGAGUAGCUUCCCCAUCCCAAGGCCAGGUGGGGUCGUCGUCCCCCAAACGCUCAGGGAUGACCGCCGUACCACAGCAUCUGGGACCUUCACUGCAAAGGACUGUUCAUGACAUGGAGCAAUUCGGACAGCAGCAGUAUGACAUUUAUGAGAGGAUGGUUCCACCCAGGCCAGACAGCCUGACAGGCUUACGGAGUUCCUAUGCUAGUCAGCAUAGUCAGCUUGGGCAAGACCUUCGUUCUGCCGUGUCUCCCGACUUGCACAUUACUCCUAUAUAUGAGGGGAGGACCUAUUACAGCCCAGUGUACCGCAGCCCAAACCAUGGAACUGUGGAGCUCCAAGGAUCGCAGACGGCGUUGUAUCGCACAGGUUCAGUAGGUAUUGGAAAUCUACAAAGGACAUCCAGCCAACGAAGUACCCUUACAUACCAAAGAAAUAAUUAUGCUCUGAACACAACAGCUACCUACGCGGAGCCCUACAGGCCUAUACAAUACCGAGUGCAAGAGUGCAAUUAUAACAGGCUUCAGCAUGCAGUGCCGGCUGAUGAUGGCACCACAAGAUCCCCAUCAAUAGACAGCAUUCAGAAGGACCCCAGGGAGUUUGCCUGGCGUGAUCCUGAGUUGCCUGAGGUCAUUCACAUGCUUCAGCACCAGUUCCCAUCUGUUCAGGCAAAUGCAGCGGCCUACCUGCAGCACCUGUGCUUUGGUGACAACAAAGUGAAGAUGGAGGUGUGUAGGUUAGGGGGAAUCAAGCAUCUGGUUGACCUUCUGGACCACAGAGUUUUGGAAGUUCAGAAGAAUGCUUGUGGUGCCCUUCGAAACCUCGUUUUUGGCAAGUCUACAGAUGAAAAUAAAAUAGCAAUGAAGAAUGUUGGUGGGAUACCUGCCUUGUUGCGACUGUUGAGAAAAUCUAUUGAUGCAGAAGUAAGGGAGCUUGUUACAGGAGUUCUUUGGAAUUUAUCCUCAUGUGAUGCUGUAAAAAUGACAAUCAUUCGAGAUGCUCUCUCAACCUUAACAAACACUGUGAUUGUUCCACAUUCUGGAUGGAAUAACUCUUCUUUUGAUGAUGAUCAUAAAAUUAAAUUUCAGACUUCACUAGUUCUGCGUAACACGACAGGUUGCCUAAGGAACCUCAGCUCCGCGGGGGAAGAAGCUCGGAAGCAAAUGCGGUCCUGCGAGGGGCUGGUAGACUCACUGUUGUAUGUGAUCCACACGUGUGUGAACACAUCCGAUUACGACAGCAAGACGGUGGAGAACUGCGUGUGCACCCUGAGGAACCUGUCCUAUCGGCUGGAGCUGGAGGUGCCCCAGGCCCGGUUACUGGGACUGAACGAAUUGGAUGACUUACUAGGAAAAGAGUCUCCCAGCAAAGACUCUGAGCCAAGUUGCUGGGGGAAGAAGAAGAAAAAGAAAAAGAGGACUCCGCAAGAAGAUCAAUGGGAUGGAGUUGGUCCUAUCCCAGGACUGUCGAAGUCCCCCAAAGGGGUUGAGAUGCUGUGGCACCCAUCGGUGGUAAAACCAUAUCUGACUCUUCUAGCAGAAAGUUCCAACCCAGCCACCUUGGAAGGCUCUGCAGGGUCUCUCCAGAACCUCUCUGCUGGCAACUGGAAGUUUGCAGCAUAUAUCCGGGCGGCCGUCCGAAAAGAAAAGGGGCUCCCCAUCCUUGUGGAGCUUCUGAGAAUGGAUAACGAUAGAGUUGUUUCUUCCGUGGCAACAGCCUUGAGGAAUAUGGCACUAGAUGUUCGCAACAAGGAGCUCAUAGGCAAAUACGCCAUGCGAGACCUGGUCAACCGGCUCCCCGGCGGCAAUGGCCCCAGUGUCUUGUCUGAUGAGACCAUGGCAGCCAUCUGCUGUGCUCUGCACGAGGUCACCAGCAAAAACAUGGAGAACGCAAAAGCCCUGGCCGACUCAGGAGGCAUAGAGAAGCUGGUGAACAUAACCAAAGGCAGGGGCGACAGAUCAUCUCUGAAAGUGGUGAAGGCAGCAGCCCAGGUCUUGAAUACAUUAUGGCAAUAUCGGGACCUCCGGAGCAUUUAUAAAAAGGAUGGGUGGAAUCAGAACCAUUUUAUUACACCUGUGUCGACAUUGGAGCGAGACCGAUUCAAAUCACAUCCUUCCUUGUCUACCACCAACCAACAGAUGUCACCCAUCAUUCAGUCAGUCGGCAGCACCUCUUCCUCACCAGCACUGUUAGGAAUCAGAGACCCUCGCUCUGAAUACGAUAGGACCCAGCCACCUAUGCAGUAUUACAAUAGCCAAGGGGAUGCCACACAUAAAGGCCUGUACCCUGGCUCCAGCAAACCUUCACCAAUUUACAUCAGUUCCUAUUCCUCACCAGCAAGAGAACAAAAUAGACGGCUACAGCAUCAACAGCUGUAUUAUAGUCAAGAUGACUCCAACAGAAAGAACUUUGAUGCAUACAGAUUGUAUUUGCAGUCUCCUCAUAGCUAUGAAGAUCCUUAUUUUGAUGACCGAGUUCACUUUCCAGCUUCUACUGAUUACUCAACACAGUAUGGACUGAAAUCGACCACAAAUUAUGUAGACUUUUAUUCCACUAAACGACCUUCUUAUAGAGCAGAACAGUACCCAGGGUCCCCAGACUCAUGGGUGUAGCAUCAAGAUGCCCAACAGAGGAACUCUUUCUUUCUAACCUUGUUCAGAUUGAGGUGAAAAGUCCAUCUUGCUGAUUUGAUGAUUGAAAUGUGAAAGUGAAGUGGAAGGAAUGAAUGAAGUGUGUUUUUUUUUUCUUUUUUGAGGAAUUAUCAGGGAAGUGAGGAAAUGUUUGGGAGAGGACUUUCUAAGCUCUAUUUAGGUGUUAGAUCUAAUUACUUAUAGAUUCUGUAGUCUGGUGAAGGUGUGGGUGACGUGAUGAGAGGUUUGAGAAAUGGGUGAAAUGAAAUGGGGGAUAUGUAGGUCAAAUCAAAUUAAAGAUGAUUUUUUUAAUGUGAAUAAAGUUAUGUUCUGAUAGUUUGUACAGAAAAAAUAAAAUGGAUGCCCAUGUUUUAUUGCUAUUACUAAAUGUCAAGAUUGUAUGCUAUUAUGUCUUGUAAAUUUCUUUUGUUGGUGUAAAUAUGGAAAUGCCACAUUGGUUAAGUGCCAUCAUUUGUAAUGCAAUGUGUCACUUGAAAAGAGAUUUGAAGAAACUGACAACUUCAAAAACAAAUGAGAAGCCCAAGGAACUGUGAGCAAUUAAAAGCAAACCGCGACACCCUUUGUCUCCACCACACAUAGUGUACUUUGGAAGCACAACGUCCAGGCUGGUACCGCAGCGCCAUGCCCAUUCCUCGCCUCAUUCAUAGGACACUUCACUGCCAUUUUCUAUUCACAUAAAAGAAAAAUAAAUGUGGAAAUUUCAUCCUUGGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1452.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1542.82
Frequency: 0.0000
Diversity: 1393.00
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((((.(((((((((..(((((((((....))).))))))..)))).)).)))((((((((.(((.(((((.(((..((((((((.((...)).))))))))...)))(((((((((((((((((((((((...(((((....((((....))))(((((.(((((((((.............))))))))).)))))...)))))..)))))..))))))).)))))))))))((((.((.(..((((((((((((...((((..((((((...))).)))..)))).((((.(((((.(((............((....))..(((((((((((((((((((((.(((...))).).))...(((.(((((..(((((..((.((((.(..((.(((((....))))).))..)))))..))...))))))))))...))).(((((....)))))..(((........)))((((((..........))))))...((..((((((((((....)))...........(((((..((....))..).))))...)))))))..))...(((...(((.(((.(.((((((.....................)))))).).)))))).))).....(((.(((....))).))).((((((((......).)))))))...))))).....(((((.((((.......))))))))).......))))))......((((((.....))))))......(((.............)))............((((((........(((......)))......((((((((((((((......(((((.((...(((....)))...)).))))).(((.....)))(((((((((((...((((((......)).)))).....)).)))))))))......((((.((.((.((........(((((((...((((...)))).(((.(((.......))).)))(((...))).))))))).......)))).)).))))..)))))).))))))))....))))))..))))))).((((.((....)).))))))).)))))))))..(((....)))((((((((((.(((.......))).)))..)))))))....((((((.((.((((........(((((....).))))((((......)))).....(((.((((........)).)).)))...(((((..((..((((.(((.((((((((...........)))))))).))).))))...))...)))))......((((...(((.(((((........))))).))).....))))..............)))).)).))))))....(((((......)))))...(((((...))))).(((((((....))))))))))))))))))).).)).))))..)))).).))))))..))))).......((((((..((((((.(((((.......((((((((((.((((..(((....((.((((.((....)).)))).))(((((((.(((((((((((.((...(((((.((((((((((((..(((.....)))..)))))........(((....)))...................(((.((....))..))))))))))...)))))....((((((.............((((....))))........))))))..))))))))))))).))).))))(((((((((((.(((((((((((((((((((.((...(((((((((((.......))))).).).))))((.((((((((((.(((....))))))))((((((((((((..(((((((......)).)))))((((((((((.(((((.(((((((.......))))))......).))))))))))).))))))))))(((((((((..((((.((((((((.(.....).)))))))).)))).)).)))))))))))))....(((....))).....))))).))...................(((((((........((((((...))))))))))))))).)))))......)))))))))).........)))).)))))....((((((...(((((((((......((((((........(((((...))))).((((.....)))).......(((.....)))..(((((((((......).)))))))).((.((....)).))..))))))....))))))))))))))).((((((((((.......((((((((.(((.(((.....(((((((.((.((((....((............))..)))).)).)))))))((((.(((((((((((.(((((((.....((((....))))....)))))))...)))..))))).)))..))))........))).)))))))))))......)).)))))))).))))))...))).))))))))))).))).......((((((....(((.((...(((((((........)))))))...)).)))(((.((((..........................)))))))..........(((((((((.....))).))))))(((((.....)))))..(((((((((((.(.((((((((((((((...((((((...((((((..((((((....(((((...((((((..........))))))...)))))))))))....((((.....))))(((((((..((((((((((((.(((((..(((((....)))))........(((((((((.((....)).)))))))))..(((.(((((((......))))))).))).((((((((((.(((((.(...((((((.(((((((((..........(((....)))......((((((((((((((((....((((....))))((((((((((.(((..(((((((...)))))))..)))..))))).))))).(((((((......((((((((...............((....)).((((((..(...)..))).)))....)))))))).....((((....((((((.((....)).))))))....))))....)))).))))))))))))).......)))))).....(((.....))))))))))))...((((.((((((..........((((((((((....(((((..((((((((((((.(((..(((((....(((........))).........(((.(((..((((.(((((((((((.(((.((..(((.((((((((((((((.(((((((((((..((((((.......))))))........((......)).)))).)))))........(((((.(((...(((.........))).....)))))))).......((((((((((..((((((((.(((((((((((((.....(((((((.((((((.((..(....(((((((.((((((.....(((((...)))))...))))......)))))))))....(((((((....)))))))..((((....))))...(((((..........((.(.((((((((((((.((((((((...........))))).))))))...((((.(((((((((.((((((((((......................(((((.((((...(((((((((((....))))).))))))..((((....)))).....((((...)))))))))))))((((((.......)))))).))))))).....)))))))))).)).)))).....))))))))).))))))))......)..)).))))))..)))))))...)))))))).....))))).)))......(((((((((.....)))))))))(((((((((((.....))))))......)))))...)))))..)))))))))))).))))).).))..))))))))).))..))).)).)))))..)))).))))))).)))........((((((((.....)))))))).)))))...))).))))))))).)))..)))))....))))))))))..)))))).))))..)))))).......).))))).)))).))))))))))).)))))))))))).))))))).....))))))...))))))..)))....)))))))(((((((.........((((((((.(((.....))).)))....))))).........)))))))....((.((........)).)).......))))...).)))).)))))))..((((..((((...))))....)))).......))))))(((((((........)))).)))...))))).))))))..)))))).........))).))))))))((((((.............))))))...(((((....))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((((((({(((((((((.,(((({((({,...)))|}})))),.)||}.}},{||((.{(((({,{,,(((({.{((,,((((((((.((...}).))))))))...,}}(((((((((((((((((((((((...(((((.,.{(({{...,))}|(((((.(((((((((.............))))))))).))))),.,)))))..)))))..))))))).))))))))))).||{,(({{{{({((({,{((((,..((({..((((((,,,||}.|||,,||}|,{((((((((({(((,,..,|...,,||||||{||,.|||||||||,|{|||,..{{|.{{{..,}}}.},)}...))}.{{{{,..(((((..((,(((,,(..((.(((((....))))).))..))))}..)),..))))))))))...|||||,,|,}}}}},}}}.,{{{.,....,.}}}((((((.,......,.))))))...((..((((((((({....}}}..,,,...,,.{((({,.{{....))..}.}}},...)))))))..))...(({...{{(((((.(.((((((.....................)))))).).)))))).}))..}}}}|}.|||}}},|,..,,...{{(((((.{,...|{||||},|{.{{{(({{,{,.{(({{{((((.......)))))))))..,,{.,{{{{|},....,(({{({,,,,,||}||}...{{{({{{..{(((({((({(((((........{{.((((((((.{{{{({(,.....}},......((((((((((((((......(((((.((...,{{..,.|}}...)).))))).(((.....)))(((((((((((...((((((......)).))))...,.))}}))))))))......((((.{{.||||{,...,,..(((((((.{.((({...}))).|{{,{,{{{...{{||,.,}}}||,,.,,)}))))))).....,,}}}}.}).)})}..})))))}}))))))}...{{(({({,,{({|.|,.((((.((....}).)))).,,}||||{{{,...({{.{{{{||((((((((((.(((.......))).))),.}))))))....((,,,,.{|,{{{.........{(,(({,..}.)))||||({{{{{{,,,||{,..((({({,,.,.,,...}}.)},}},.}}|||{,,}|,..||||}||{.((((((((...........)))))))).))),))}}..,))...))))}{{,{..,,,,.,}}|,,(((({.,,...,{|||||,}|}|,.,,}},}||}}.,,{,,,...,}||.||,}||||},.{{(((((..{{{.|||||{{.{((,{{.{(....}|||,|||.}}}))),},))),))))))),,.}})).}}})}}}}},})}}},,}}|||||||.,.....{{{{,,..{{||||}||||......,,{{||||.,}||}{{|||{.(((.....)))..||||||,,{{({,{{{((((((,.(((((((((({.{{...(((((.(((((({,((((..(((.....)))..))))}........{,,..,,|.,........,..........(((,({........}}|}}}}}}}.,,))))}....,{{{{{.,...,|......{((,....}))}..,.,...}}))}|..}}}}}|}}})}}},))).}||}(((((((((((.,.....,,....,.{{((((((((....((.(((((.......))))).))..,.)))))}})}|}|((((((.{((.{(((({..,.....((((((..(((((((......}).)))))((((((((({,(((((.(((((((.,.....}}})}),,,,..).)))))))))))},))))))))),}))))}.))}.))))||(((((((..(({....}))...)))))))}}....)))))))))))..,|{,....}}}|}}}})),},}))}},}),,............,,.})))))}}))))).||,,...,))))))))){((..{{{{.,,,,..,||,..,,}})}}}..}}}{{(((((((.{...,.))))))}}}(({.....)))}}}})}.,}})))}...{((({...})))}.|{||.,,}})))}..,,,.......,,})))||{((((((({.....,}.)))))))).}},,,,{,{{{(,...}))}.............{{{{{{,,...)}}}|||{{{...}}}.}|})}}}}}}}}||,.}}}|||||||}||}||||.,..{{|,,,.,}}..,})}))})))}),})))))))))}..|||.{((((((.(((((((.....((((,...}))),...))))))))))))}.,..(((((({{..{({....))}{{{{.||,{{{|,{{(({{..{(((((.|{({{.|,...}}})).,)))))}..))))}),}.......|||....,,,.,},{{...{{{{(((,,,,,,..}}}}}}}...}}.,)))|))|)))),...................,.(({{{,{({,.,.,,.{{..(((((((({.....})),)))))),||||..,,.))))),,({{((((((((.{.(((({(((((((((...((((((...((((((.{,,,....(((((((({.,{(((,,((((.((...,{{{{{.((((((..(((((((,{{{...,{((,,{((((,,((({...})}).,))))}......(((((....)))))........(((((((((.((....)).)))))))))}}},.,||{{(((......)))))||{||||,.(((....)))..))))},..,.((.((({{.((((........))))}}.)))))......((((((((((((((((....((((....))))((((((((((.(((..(((((((...}))))))..)))..))))).))))).(((((((.,..,.((((((((........,......((....)){((((((..{...)..))).}}}....)))))))).}...((((....((((((.((....)).))))))....))))...,)))).))))))))))))).......))))))......))))))).)))))).}}}..,....)).))))))))|{((((((.((((((((.(((.,({((.((((..((((.((....(((....)))...))}))),.)))).}}}),..(((.(((.,((((.(((((((((((.(((.{{..(((.((((((((,(((((.{(((((((,((..((((((.,....,)))))),{,{.{{{((......,,.))))},),)),,......{((({,(((...(((.........))).....))))))))}},,|}.((((((((((..(((({(((.(((((((((((((..,,.(((((((.(((({(.((.,{{,{{(({{{{{.,|||||.....(((({...}))))...}}}}......,})))}))}....(((((((....)))))))..((({....}})}.},{,,{{,,,,,..,..{(.{.(((((((((((..(((....(((((.((((..(((((((((((....((.{{(.({,.....||.{,...,,...............,{{{,...,|||,,{{,,,,{((((((((((....))))).)))))}..((((....)))).....{(((((,....}))))},,....}}))))...,}),))))}..)))))),..}))))..)))))))))))}.}).))))))))).)))}})),.,},,,}..)).)))))),,))))))),}.)))))))).....))))).)))......(((((((((.....))))))))){(((,.{(((({,,,.,,,))).,}}},})))}...)))))..)))))))))))),))))).).)}.}))))))))).}}..))).)))}})))..)))).))))))).)))........((((((((.....)))))))))))))))))))...)))))))},{{..{{|,,,....{(({{{{(((....)))),})))})),,},,.}},,,,{..((((({.{((......))}))))))...,}},.})))))))).}},.))))))...))))))..)))....))))))|(((((((.........((((((((.(((.....))).)))....))))).........)))))))}...{(|{{,,....},}).)).......}))}...,.)))).))))))))))))))){({{...)))}...,{{|,.|,.},.,,))))}||||},...}))))))),})))},,))))),))))}}..,,|})}...,,,.,,))}.||||||}|{(((({.............))))))}..{{{{{....))))}.
Back