Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003630.3
Sequence Length
2750 nt
GC Content
0.3698
AGUGAGCGGCGGCGGCUGCGCGGCGGCAGCGGCAGAAAGCGUAGCUGCUUUGCUGUAGUCCACGCCCCCUUGCCGCUCCGGUGACAGUCUCUGCGGAAAGUCACGUUUGUGAUUUCGGGAGAGCACAGAACGGGACGACGGCGCUCUUGCUGGGUCAUCUGGGCCAGGUGACGAAGAAACAGUUUCCUGGUGAAGCAGUCCCUCACCCCUAGUCAGCCCACACCCCUAGGGCCUAAAGAUGCUGAGGUCUGUAUGGAAUUUUCUGAAACGCCACAAAAAGAAAUGCAUCUUCCUGGGCACGGUCCUUGGAGGAGUAUAUAUUCUGGGGAAAUAUGGACAGAAGAAAAUCAGAGAAAUACAGGAAAGGGAGGCUGCAGAAUACAUUGCCCAAGCACGACGACAAUAUCAUUUUGAAAGUAACCAGAGGACUUGCAAUAUGACAGUGCUGUCCAUGCUUCCAACACUGAGAGAGGCCUUAAUGCAGCAACUGAAUUCCGAGAGCCUCACAGCUCUGCUAAAAAACAGGCCUUCAAACAAGCUAGAAAUAUGGGAGGAUCUGAAGAUAAUAAGUUUCACAAGAAGUACUGUGGCUGUAUACAGUACCUGUAUGCUGGUUGUUCUUUUGCGGGUCCAGUUAAACAUAAUUGGUGGAUAUAUUUACCUGGAUAAUGCAGCAGUUGGCAAAAAUGGCACUACAAUUCUUGCUCCCCCAGAUGUCCAACAGCAGUAUUUAUCAAGUAUUCAGCACCUACUUGGAGAUGGCCUGACAGAAUUGAUCACUGUCAUUAAACAAGCUGUGCAGAAGGUUUUAGGAAGUGUUUCUCUUAAACAUUCUUUGUCCCUUUUGGACUUGGAGCAAAAACUAAAAGAAAUCAGAAAUCUCGUUGAGCAGCAUAAGUCUUCUUCUUGGAUUAAUAAAGAUGGAUCCAAACCUUUAUUAUGCCAUUAUAUGAUGCCAGAUGAAGAAACUCCAUUAGCAGUGCAGGCCUGUGGACUUUCUCCUCGAGACAUUACCACUAUUAAACUUCUCAAUGAAACUAGAGACAUGUUGGAAAGCCCAGAUUUUAGUACAGUUUUGAAUACCUGUUUAAACCGAGGUUUUAGUAGACUUCUAGACAAUAUGGCUGAGUUCUUUCGACCUACUGAACAGGACCUGCAACAUGGUAACUCUAUGAAUAGUCUUUCCAGUGUCAGCCUGCCUUUAGCUAAGAUAAUUCCAAUAGUAAACGGACAGAUCCAUUCAGUUUGCAGUGAAACACCUAGUCAUUUUGUUCAGGAUCUGUUGACAAUGGAGCAAGUGAAAGACUUUGCUGCUAAUGUGUAUGAAGCUUUUAGUACCCCUCAGCAACUGGAGAAAUGAUUUUUCCUUCAAGAAAAACUACAGUGGGAUUCAUUUACUUUUUAAAAUACACUGGGUAAAUCACCUAUACUUAGAGUAACAGUUUGUUAUCAAAAUGCCUGAUAAAAUAUAUUCUUAAUAAAAGUCUUCAUUUCAUAAUGAAAUCAAUUUAUUUGGCAUCUUAAUAUAUUUUUUUAGAUUCAUCAACAGACCAGUUUUUGUGGGCAUAUAUAUAUACACGUGCAAAUAUCAGAAUUGUUAAUAAUUUGUUACACAUGGACAUUUGUUCCAAACUGACUAAAAAUCAAUAUAGAUAUUUUAUAUACAUAUAUAUAUAUAAAAAUACAAAAUUCAGUGUACUUUACCAUAUUAAUACUGAGGAAAAAUCUGUUGGAGACAUAGGUCUAGGAUGUGUGAAGUUUGGAAAAAUAUGCUAUUUAAUUAUAAUGUUCCCUAGACUGCUGUAAACAGAAGUGAAUCAGACUUUUCUCCAGCUACCUUUCAAAAUAAUAAAUUAUUUGUCUCAAAUAUACCUUGAUGGAGGACUUUUUUAUUCUUAUGGAAAUAGUGAAUUCCAACAACUAUGAUGAACUAUGUUCUUUGCUAUUUCUUCACUAUAUUUUUUAAGGUUUUAUUAAAAAGCCUUAGAAAGUUACAUAUUGGUUUAGAGGCUAAAAUUGUGUUGAUGCUGUUUACUCACCUAAUUACAUAGUUUUAAUCAUUUGUACAUAAUUUUAAAAACUUACUUUGUAUUGAUUUUGAAUACAGUGAAAAUCUUAUUGCAAUAAACUAUUUUAGUAAAAUAUUAUUUUGUUGAGUUAAUAUUUUUCAGCUAUUAAUUUACUUAUCCCAUAGCAUUUUUGUUAUUAUUUCGGAAGAGAGAGCAUGCUAGUUUAAGUUUCAUUUUAAUUGGUCGUGUACUUGGUGCUUUUUUGUUGUUGUUAACUUGUUCAUUUAGUAAAAAGCAAAUAGCUUUACUUUCUGAAAAAGAAAUAAUUCAUUAUCUCUAGUAAUACAUCUGUAAUUCUUCAUUUAGAAGGGUAAUUAGGGCAAAAGUAAAUAAAUCAUUAUAUAUCAUUAGUAUGUUGACAUAUAUUUUCAGUAACAUUGUUUUAUGUUCCUCCAGCGUAACAUGUAGCUGAACAGUAGAAGGUAGAAAAUAAAUUAUGACAUCUCUUCUAAGGCCUGGCUAGGCCUGAAGCUCACUGCCAGGGAGUUUGUGUCUAGAAUGUUUUUAAAAAUAGGUAGUGGAGCCAUAGCCCUCACCAUAGACACCUCUGAGCCCACUGGCAUUGUCUCUGAGCAGAAGAUGGCUGUGCCACUCACAUAUGCUAAUCUUGGCAAAUCUGCCAAGCAUGUCUUCACCAAGGGAUAUGGAUUUGGCUUAAUAAAACCUGAUUUGAAAACAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-680.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -740.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 700.52
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((.((((.((((((((..(((.((((((((...((((.(((((......)))))..))))....)))))))))))))).))))).))))...(((((((....))))))).(.((((((.(....((......))).)))))).).(((.(..((..((((((.(((.........))).))))))..))..).)))(((..((((((((((((((((.((((((.((((.((.(((((((((((((((....((((((((................((((.((((((.((((...))))..))))))))))...(((((............))))).....)))))))))))))))(((((.((((((...............(((((.((((.((...((((.(((.((((..((...)))))).))).))))...)).))))..)))))...((((((.(((((((.....(((((...(((..(((((((((......(((((.((((..(((((((..(((((((..(((((((...((((....(((((........(((((((..((((((((((((......)))))).((((((((((((((((((....(((((.(((((((....)))))))(((((((......((((.....((((.(((((...............))))).))))....)))))))))))(((((..(((((.(((((((.........))))))))))))...((((((.........))))))........))))).(((((((....(((((.(((((.....))))))))))....)))))))..(((..((......))..)))...........))))).))))))).....(((((.((((((..((((((((.((....))...))))))))..)))............))).)))))........))))).))))))...((((....((((...)))).....))))......))))))...))))))).........)))))...))))..)))))))...).))))))..))))))).....(((((((....))))))).........)))).))))))))))).......))))))...))))).(((((.....)))))....))))))))))))))))))).))))).((((.((....))...)))).....(((((((((...(((..(((.(((...)))...).))..)))....))))))))).(((.((((((((((.....)).))))).))).)))((((..........)))).)))))))).))((((((((((...((((..................)))).)))))).))))......(((.(((((((.........))))))).))).((.((((....)))).)).((((.((((((((((((.((((((.(..((((((....))))))..)..)))))).))......)))))))))).))))..((.((((((((((...(((((((....((((((((((...(((.(((((((...((((..........((((....(((((....).))))...)))).......))))...)))))))....)))...))))))))))....))))))).(((((((..............))))))))).....)))))))).))..))))))))))..)))))...........(((((((((......(((((((..(((((....((((.....((((((.......))))))...))))((((((((............((((((...))))))......(((((((((..............((((.((((((((((.(((((((......((((...))))..((((.(((((((.....(((((((((((((((.....))))))))))))))).......(((((((...((((((((((((((((((((((................)))))....)))).....))))))))))).....(((((..(((((.......))))))))))..........))..)))))))....(((((...((((....((((((.........))))))...)))))))))......((((((....)))))).......))))))).)))).(((((((.((((...)))).)))))))...((((...))))......)))))))....(((.((((...(((((..(((.....))))))))...)))).)))....)))))))))).))))...............)))))))))..))))))))..)))))...............)))))))......)))))))))..........((((((.((((.((..((((((.....)))))))))))).))))))...(((((((......(((...)))......))))))).)).)))))))))..))).))))))).....(((.......)))....((((((((((..((((((((.((((((((.((((......(((((....((((.....((((((.((((((.......))).))).))))))))))...........(((((((....)))))))..)))))......)))).))))).))).))).......))))).))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{(((({(((({,((((({{((,(((,((((((({...(({{.{||||...,,.)))))}.})))....,})))))|||}{|}.}.{{((((.(.({{((((((....)))))))).).)))).}}...,|,|||,,.||||||...,})}}.({({{(({.,,||||}|||..,,,..{{,,|{||||||{{{|,.|{||,....((((((.......((.((((.((((((....(.((((.(((..(((((....{(((.({......}}.}}}},...)))))....))).))))})))))).)).)).)).......))))))..,,,,||}}.(((((((..(((((((,{{.{{((((((.,(((((.((......(((((((((..(((.(((((..((((.(((.{(((..({...)})))}.))).))))(((((((((....((((((........).)))))......))))),,)))..,(((.{(((((((((((((.{{.........(((((.((...((((.(((.....{{{{.((({{((((({,{{,.{,|,|}|({{(,.((((((((......)))))))),|||{{|||.,|||||||}|{,||}||||{(,{{,,.,||,|{{,{{|||||.}}}}.}}}|||{{|||,|{,|{{{|||,...{||,,.,,||..,,})).,,,,)))..}}.}}}}}.|}.||||||,}},}))))},.,)..)))))))..)).)))))(((((.........)))))......,,)))))))....))))))}.)))|((((((.....)))))),..)))))....)))..))))).))))..((((((((...(((.....{.((((,{((((((.(((((((,..,(((((((.{{....}}.))))))}..(((((((.{(.((((....)))),}})))))))...(((((((,{(((.((((((..((((....((((...)))).....))))........{((.....))}......(((({..(((((((.,,,,,,{{,{{,,,,{,||||....{{(((({{....{((((({....}||}||},{|.,,...,|{||||||||||||},}},..))))})))|||.,}..{{{||,....}})}}....).)))))))))))).))))))}}...||||.{{....}}...}}}}.....{((((((((...(((..{({,({{...}}}.,.),))..)))....))))))))),..})))))).....},)))))))))))))))))).)..)))..))))))))....))))))..(((((((((.{.{(({({,,,,..}}}},|,..,(((,,(({{(((({.,{.,{{,...,{,.(((((({.......,.}}}}))).|||{({.,,||}},,},,.,||,({((,((({{{{{{{{{.{{{{{{.{..((((((....))))))..,..)))))).)),,,...}}||||||||,||||,,((.((((((((,,...{((((((...{((((((((((...(((.(((((((...((((.......,,.((((....(((((....),))))...)))).......))))...)))))))..,.},,.)}))))))))),....))))))},(((((((..............)))))))),.....)))))))).)|((,,{((({,{||}.||||,|||}|||},}}}}}}}.},,,,,,,,},}}}}.},))}}}))),.})),,,.}))))})))))..})}})))))))))}.)))))).,,{{{,.....|||||{..,||,,||,,..(((.(((({.((({((((((....))))))}.))}...})))).))}.,}},.,},.}}.}})))))))...))))))).,,,,|{(((((((((((((.....))))))))))))))}..,,,..,.(((((((((((((((((((({,(((..,(,.....,),...))))))))))))))......(((.((((((((.......(((((((.(((((..........{(((((.....}}}))},,,,,.{.{{...||||{{{{{{{{{,||,,,,|||.}}}}}}}})}}}}}}|,,.((((((((.,(((((((((....))))))..{((({({{{{((({(((((((((((.(((,...,})).)))))).))))}.|,..,||||||||,{,,{,{{,|,,|,...,||...|{{|||||||,....)))))}))}}})))),.||{,||||,...,}}}.,}}.,...{{{....}},(((((((.....))))))).....))).,.))))))))...,,,.{{{{{.,,,...}}}}}.))}.,}}},..((((((.((({,((..{(((((.....)))))))))))).))))))))))).))))))).....)))))))))))...((((..((((((....)))))))))).....((((((((.(((((((((((...{(({{....}}}}}(((.(.((.((....)))).)))).)))))))....)))))).))))))..))))))))))....{,||||,,,))),})),},{{{(({,..{{(((((....)))))))||||||||}}}}..)))),,))..})),))}},...........,{,,....,,,..
Back