Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003643.4
Sequence Length
2780 nt
GC Content
0.4619
AGAAAAUGACCAGAGCCUGCUGGGACUUGAACCAGCAGUAAGAUUUUCACGACACAGUGCUGUCUGCUUCUCCGUAAGAAGUUAGAAGCCCUAGAAAACAAUCUCCUGGUCCAAGGUGCUUGAGUGGGCCGAUCCAGCUAUAUCAAGAACCUUUGAGAACAAAAUUCUCAAGCAUUUCUGAGGGGAGUCGAAUAGGUGAAAACCUUGGCUGGCCUGACCUUAUCAUGGAACCUGACGACUUUGAUUCUGAAGACAAAGAGAUAUUAAGCUGGGAUAUUAAUGAUGUGAAACUGCCACAGAACGUGAAAAAAACCGACUGGUUCCAGGAGUGGCCAGAUUCCUAUGCCAAACACAUCUACAGCUCGGAGGACAAGAAUGCGCAGCGGCACCUGAGCAGCUGGGCCAUGCGCAAUACCAACAACCACAACUCCCGCAUCCUCAAGAAGUCCUGCCUGGGUGUGGUGGUGUGCGGCCGCGACUGUCUCGCAGAGGAGGGGCGCAAGAUCUACCUGAGACCUGCCAUCUGUGACAAGGCCCGGCAGAAGCAGCAGCGGAAACGCUGUCCCAACUGUGACGGGCCUCUGAAGCUCAUCCCUUGCCGAGGUCAUGGGGGCUUCCCGGUCACCAACUUCUGGAGGCACGACGGACGCUUUAUAUUUUUCCAGUCAAAGGGAGAGCAUGAUCAUCCAAAACCAGAAACCAAGUUAGAAGCUGAGGCAAGAAGAGCCAUGAAGAAAGUGAACACAGCACCUUCCUCCGUCUCAUUGAGCCUGAAGGGGAGCACAGAGACCAGGUCUCUUCCAGGUGAAACACAAAGUCAGGGGAGUUUACCUUUAACUUGGUCUUUCCAGGAAGGCGUCCAAUUGCCUGGUAGUUACAGUGGACAUUUAAUAGCUAACACUCCUCAGCAGAACUCACUAAAUGAUUGCUUUUCCUUCUCCAAGAGUUAUGGUCUGGGAGGAAUCACAGAUCUGACUGACCAGACUUCCACUGUGGACCCCAUGAAGCUCUAUGAAAAGCGCAAAUUGUCCAGUAGCAGAACCUACAGUAGUGGAGACCUGCUUCCUCCUUCUGCCUCCGGAGUCUACUCUGAUCAUGGCGAUCUACAAGCGUGGAGUAAAAAUGCUGCUUUGGGGAGAAAUCAUCUUGCUGACAACUGUUAUUCCAAUUAUCCUUUUCCUCUGACCAGCUGGCCUUGCAGCUUCUCUCCUUCCCAAAACUCUUCAGAACCCUUUUACCAGCAGCUUCCAUUGGAGCCACCUGCAGCCAAAACUGGCUGUCCCCCAUUAUGGCCAAAUCCAGCGGGUAAUCUUUAUGAAGAGAAAGUACAUGUGGAUUUUAACAGCUACGUCCAGUCUCCUGCAUACCAUUCACCUCAAGAAGACCCCUUUCUCUUCACCUACGCCUCUCAUCCUCAUCAGCAAUAUUCACUGCCAAGCAAGAGCAGCAAAUGGGAUUUUGAGGAAGAAAUGACAUACUUGGGUUUGGAUCACUGCAACAAUGAUAUGCUUCUGAACCUGUGUCCUUUGAGAUGACCCAAAUCUUUCACUAUGUGCACCCCAGCCCCUCAAAAAUGGGGAAGGGCUGAAAGAAUUUCCUUAGGAAAUAAUUUUUAAAACAUAACCACAGAUAAAUGAGAAUCAUGAUAAGCAGUAGACAAGGCUUUUUUCUUUUUCUUUUUUCCUUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGACAGAGUCUUGCUCUUUUGCCCAGGCAGGAAUGCAGUGGCGCCAUCUCGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCGGGUUUGAGUGAUUCUCCUGCGUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGAUUACAGGCACCUGCCACUGCGCCUGGCUAAUUUUUCUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUUGCCAUGUUGGUCAGGCUGCUCUCAAACUCCUGAUCUCAAGUGAUCUGCCCACCUCACCAUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCAUUGUGCCCGGCUGACAAGGCUUUUUUCUUCACAUGAGUAAUUUUUUUGGCUUCUUCUCCUCCACUCUAGUAUUUCCACCCUCAGUAAGGAAUGGAAACCUGUCCCGUCUGGGGUGUGAAGUGCCCUCUGCUUUUUCCCCCACAUUGUUUGGGGUUCCCAGCACCUCAGCCACAUUGCAUGCUGGGUUUUCAUUGUCAUUGUUGCAAAUGAAAUGGAGUAGACAUGUGAAAUGCUAACCUAUCUAGGACCUGAUCUAUGCCUUCUUGGGAACUGAGAAUGAAGAAACAGAAAUAGAUGGUGGAAGAACUGCCUAAGGUGUGAAAAGCUGAAGAUUCUACCACUGAAGUACUGAAUAUGUUGUCUAGUUGUGAGACUAGUGUGUAAAAUAUAUGUUUUCUAGAUGAUUUCUGAGACUUGUGAUGACAAGGAACCUGACCUAACCCCAUUUUUCAUAAAGACAAAGAACAGCAAUGUUAAAUUGCCAUAUGAAGAGAAACACUAGUGAUGUGCGUGGUCUCCUUGCCUCUUGUUUCCUUCCCUCUUCCUCACUGACUUCCCCUUGCACAGGGGCUUCUGUUUUAUCCCAUUUAUUAUUUGUGGCACCUAUAUCAAUGUGGGGUUUGUAAUAGGUGAGAAAUAUUUGCUUGGAGAAGCUCUUGUGCAAUUAGCCUGGCAAUGAUUGGCCGGCCAUGUUUGAAUGCCAGUUUCUCUUCUUUGCUGAAGUACUUUAUGAUAAAAGUAAGCCUAGACAUAAAAUCUGGAGAGAACCAUGCAAUAAACAAGUAUUUUUGAAAUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-818.04 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -875.24
Frequency: 0.0000
Diversity: 614.86
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((((...(((((((........)))))))............((((......)))).((((((............))))))...(((......))).)))))).((((((((((.((.((((((((..((((..(((.(((..((((((((.....))))))))...))))))(((((((((((.(((.(((...(((((((((.........((((((...(((...((((.....(((........))).......(((((..........((((((.......(((.....)))............((((...((((((......))))))..))))..))))))..))))).((((((......((((((..(((.((.........))))).))))))((((((.............((((((((...((.....))....))))))))))))))(((.(((((..((((((.(((((((((((((.....((.....))....)))).)))(((((.(((((((((((..(..((((((....))))))..)..))))..)))))))..((((((...(((.(((....).)).)))))))))...)))))...)))))))))))))).))).))).......))))))))))...)))....)))))).........))))...)))))...(((((.((((((((.(((.(((((..(((.(((.......))).)))....(((((..((..(((....)))..))..))))).(((((..((((..((.(..(((((.(((..(((((((.........(((((.....))))).(((((......)))))((((.((.((((((........(((((..(((.(((..(((((((((...........................)))))..(((((((..((..(((......)))))..)))))))(((((((((((.(((((((.((.((......)).))..........(..((((((.....(((((.(....))))))......))))))..)(((((....))))).)))))).).))))))...)))))........((((.((.((((((((......(((.((((....))))...)))......)))))))).)).)))).((((((((((((................(((((((........(((((.((.(((((....))))).....(((((((....))))))).........(((......))))).)))))......)))))))...(((((.((((.......(((..((.....))...))).................(((((........)))))...(((((((...((((....(((((.......(((((......).))))....((((((..(((((...............(((((..(((((((((((.........))).((((....(((((..(((((((.........(((((((..........(((..((((........))))..))).)))))))((((((...))))))...))))))))))))....))))....(((((.(((......((((.((((((((((((((((..........................................)))).))))))))).))).))))..(((((((..((((((((.(((.....)))))))))))..).))))))...((((((((((((((((.((((.((........))))))..)))))))).(((....)))...(((((((((((((.((((((((...))))))))..((......))..))))))))))).))..)))))))).))))))))))))))))))))))))))..))))))...)))))))))...)))))))..)))))))))..))))).)))))))...((((((.(((.(...((((((.(..((((((((((((((.....((((((((((((.(((...(((..((...))..)))...)))))))).))))))).............(((((.......)))))..(((((((...(((.....)))..))))))).(((((((..((....))..))))))))))))(((.(((.....)))))).((((...(((............)))...))))....))))).))))..).))))))...).)))))))))))))...))).)))...))))).........)))))))).)))).........((((((....(((((..((((.....))))..))))))))))))))))))..)))))))).).))..))))...)))))........((((((((..(.(((..((((....))))...))))..))))))))....(((.......))))))))))).))))))))..))))).)))))).)))......)))))))).((((((((((((((((........(((.....(((((....(((((((..(((........)))..)))))))..)))))......)))))))))))))))))))......))))...)))))))).))))((((((..(((..(.((((((((..(((((...((((((......))))))....))).))........)))))))).)..))).)))))))))))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......((((((.,.(((((((........)))))))..,{,,,.,{..{{{{..,.,.}))),((((((.....}}}}),.}))))).,,,||......,)).)))))){((((((((((.((.(((((((({{((((..{{,{(((..((((((((.....))))))))...))))}|(((((((({...((((....)))},((((((((,..((...,,.(((((((.,.((.(((((.,({,...,.}}})),|{{{{{.,,..,,,}}}}}.,,,.{(((.......)}))...,}}........,)).}.)))))))}),..))})))...}}...|||,.,{{{..{{{{,.{{.{(((((,.....{(((((..(((.((.......}.))))).)))))}..........,,,,..,,.,{{{{{{,....|..},})).},.))}))))).})))),.))}.((((.....))))((((((((((.((((((.......(((((((((((((.{{,,{,(((((((((((..,..((((((....))))))..,..))))..))))))).,|{{{{{...{((,({(.,,,},,}.}})}||}}},.||}},},,.|,,},)),},(((((((((({{{{(((,,{,((((((((..((((((.((((((((((((.,,,.{{{{........{((({(..((((..(((((((((({((((((((,.....((((.((((((.((((....(((((...{..((((.(((((((((...(({{((((,.(((((((.......(,(((((((,,..,{,.....{{(((.....)))||{(((,(.....,|||}}(({{({,.(((,(((....{{,{.{.{{{{{.,..(((((((,..........{{{{,...,{{,.,((((({(((((...(((((((..((..(({......)))))..))))))){((((((((((.{((((((.((,,,......)),||..........(..((((({.....{((((.(....})))))......})))))..,(((((....))))).)))))).).))))))...))))|{{,....,})}}))))))))))}))}}})}}})))))..,.)))))...}.}}}}......))),)))},.||||{.,,..,)))}}...,.,,,,,,.....(((((((........(((((.((.(((((....))))).....(((((((....)))))))...,.....|||......}}})).)))))......)))))))...{,,..{{({{,.....,,}..})}}}.,},}}}}))),......))))))).,})})))}},,,.))))}...........,,{{.((((((....,..((((..(((((......).))))..)))).,....)))))).)},,.(((((....(((((((((.{{..,({....})...}}..)))))))))))))).,,,(((({,......})))),,....,)))).))))..,..)))))..)))))))))))))){((,,((((((...))))))..})},,............,.,......(((((((((..(((((((.(((((((((((({{((,,........................................)))).))))))))).))).}))|(((((((((..((((((((.(((.....)))))))))))..},))))))...))},))).))))))))){|..((((((((((({......})))).....(((((..{||...((((((({{{{{..{((((((,...}))))))}..((((...,}|.{},,|||||||,.|,.......,.}}})|}}....}})},,.}}}}..,,,...((((((......))))))..})))}))}.)},...))))).))))))).,}}},.}))))))))...............))))}})))))))))..}}}}}((((((((((((.(((...(((..((...))..)))...)))))))).)))))))..))}),)))}..(((((.......)))))..(((((((...{{{.....,,)..))))))).,((((((,,((,,..,},.))))))}|||,|(((.(((.....)))))).,}},,...)))..))))).))))))))))..),}))).)))}}}}}...(({...{((.(((((({(,,,{{.,...,{.{......,,)}..}}.))))})))))}...,.))).,,,}}.))))).))))))..((((((((......,.,..,.{{((,(((.....)))))))(((((....)))))..................,((((((((..{.{{,..((((....))))...))))..)))))))),..)))))))))))).))).))))))......)))))).))))))))))),},}}..}))))))))}|(((((((((((((((.,....,,,(({{{{{((({{.,.{({(((((,.,,,,}}}}},,}})},))))))),,)}}},.......),)))))))))))))))}.}}},,))),...}))))))).))||{{{(({..(((..(.((((((((,.,(((,...((((((......)))))),,,.})),,,........)))))))).}..))).}}}}))))))))))}}.......
Back