Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003651.5
Sequence Length
1931 nt
GC Content
0.5463
AGUAAGAUCGAGCGAGGAGCCCAAGAGAGAGCGCGCAGCACGAAGCUCGAGCCGCCUCCGCCGCGCGACCCCACCUCGGCCGCCGCCGCCUGCGCCGCGAGAUCCGCCCCGGCCUCCCCGAGAGCGAGCCCCGGCCGCCGCGACCACCAGCCGCGCUAACCGCCGACCAACCGCCACCGAGGCGCCUGAGCGAGAGCAGAGGAGGAGGAGGCAUGAGUGAGGCGGGCGAGGCCACCACCACCACCACCACCACCCUCCCGCAGGCUCCGACGGAGGCGGCCGCCGCGGCUCCCCAGGACCCCGCGCCCAAGAGCCCGGUGGGCAGCGGUGCGCCCCAGGCCGCGGCCCCGGCGCCCGCCGCCCACGUCGCAGGAAACCCCGGUGGGGACGCGGCCCCCGCAGCCACGGGCACCGCGGCCGCCGCCUCUUUAGCCACCGCCGCCGGCAGCGAAGACGCGGAGAAAAAAGUUCUCGCCACCAAAGUCCUUGGCACUGUCAAAUGGUUCAACGUCAGAAAUGGAUAUGGAUUUAUAAAUCGAAAUGACACCAAAGAAGAUGUAUUUGUACAUCAGACUGCCAUCAAGAAGAAUAACCCACGGAAAUAUCUGCGCAGUGUAGGAGAUGGAGAAACUGUAGAGUUUGAUGUGGUUGAAGGAGAGAAGGGUGCAGAAGCUGCCAAUGUGACUGGCCCGGAUGGAGUUCCUGUGGAAGGGAGUCGUUACGCUGCAGAUCGGCGCCGUUACAGACGUGGCUACUAUGGAAGGCGCCGUGGCCCUCCCCGGAAUUACGCUGGGGAGGAGGAGGAGGAAGGGAGCGGCAGCAGUGAAGGAUUUGACCCCCCUGCCACUGAUAGGCAGUUCUCUGGGGCCCGGAAUCAGCUGCGCCGCCCCCAGUAUCGCCCUCAGUACCGGCAGCGGCGGUUCCCGCCUUACCACGUGGGACAGACCUUUGACCGUCGCUCACGGGUCUUACCCCAUCCCAACAGAAUACAGGCUGGUGAGAUUGGAGAGAUGAAGGAUGGAGUCCCAGAGGGAGCACAACUUCAGGGACCGGUUCAUCGAAAUCCAACUUACCGCCCAAGGUACCGUAGCAGGGGACCUCCUCGCCCACGACCUGCCCCAGCAGUUGGAGAGGCUGAAGAUAAAGAAAAUCAGCAAGCCACCAGUGGUCCAAACCAGCCGUCUGUUCGCCGUGGAUACCGGCGUCCCUACAAUUACCGGCGUCGCCCGCGUCCUCCUAACGCUCCUUCACAAGAUGGCAAAGAGGCCAAGGCAGGUGAAGCACCAACUGAGAACCCUGCUCCACCCACCCAGCAGAGCAGUGCUGAGUAACACCAGGCUCCUCAGGCACCUUCACCAUCGGCAGGUGACCUAAAGAAUUAAUGACCAUUCAGAAAUAAAGCAAAAAGCAGGCCACAACCUUAACCAACACCAAAGAAACAUCCAAGCAAUAAAGUGGAAGACUAACCAAGAUUUGGACAUUGGAAUGUUUACUGUUAUUCUUUAAGAAACAACUACAAAAAGAAAAUGUCAACAAAUUUUUCCAGCAAGCUGAGAACCUGGGAAUUCCUGCACGGAAGACAAGAGAGUAGCCUCUCCAGUUUCAGCAACCGCUAGGUUUCUAUUUUUUUUCCUGGUUUUUACUGUUUUGGUAAUAUAUAUAUUGAAACAAGAAAUAUUAAUACCACAUGGGGAGAACCCCAACCAAAGAAAUCUGAAAUAUAUAGUAAAUGCUUUUUUUUCCGUUUUUGUUCAUUUUGGAUGCUGGUGCUAAACCUCCAAGUGUCAUGAUUUAAAAAAAAAAAAAAUUUAUGUCCUUCUUAUUUAUUUCUAGGAUGAGGGGAGGAUAACAUUUUUGCUUUCUUAUGUGACUCUCUUUGAAAAUGUGCAGUAAGAAAUUCCUCAAAAAUAAAAUUUUUACCCUUCAGAGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-654.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -687.42
Frequency: 0.0000
Diversity: 463.75
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((...(((((.((((..(.((.(((((((((.((.((.(((...))).)).))(((.((.(((((.........((((....))))..))))).)))))((((.(((((((((......(((.(((((.(((((((.((........)).)))......))))......((((.....))))(((..((....))..))).(((((((....(((.((.((((((((.(((...................((((.((((((((((((.((((((((((.(((((((..(((..((.((((((........((...((((((.((((.(((((...(((....)))..))))))))).))))))...)).((.....)).))))))..((((...))))..))..)))..))))))).))))))).....((((.(((....((((((......(((.((((.....)))))))((((....(((((((((..(((...((((.....((((....(.(((.((......)).))).)..)))))))).....((((((....)))))).)))))))...............(((((..((..(((..(((((...............))))))))..))..)))))...)))))......)))).....))))))...)))..)))))))..)))))..))))))).)))).((.(..((((((...(((.(((.((..((((((..((((....((((..((...((((((((((((((.......)))))))))..((((..((.(((.(((((.(((((...((.((((..(((((((((.......)))))......))))..)))).)).)))))))))).)))....))..))))((..(((..(((((((((((((((........))))))..........)))))))))..)))..)).......(((((((........(((.((((((.(((((....(((.((((.(.(((((.((((........)))).)))))).)))).)))...))))))))))))))..((((..(((.((.((((....))))))..)))))))((....)).))))).)).(((((............)))))..)))))..))..))))....)))))))))).)).))).)))..))))))..).)).......))).)))))))).)))))......)))))))......((((......)))).((..((((.((((..............)))).))))..))(((((......)))))..........))))))))((((((((((......)).))))).)))...((((........)))).........((.....))))))).........................(((((.((.((((((..(((((((......(((((..(((((((((..(((((.((((..(((...)))))))..........((((((........))))))(((((....((((((((.(((((((((.....))))(((..(((((....)))))..)))..((.((((....)))).))......))))).)))))))).((((((((((.......))))))))))..................(((((....))))).........(((((((((..((((.(((((..........)))))))))..))))))))))))))...))))).))).))))))..)))))...................)).)))))..)))))).)).))))).)))).))))........))))))))).)).)..))))))))).....)))..........(((((.......................)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((...{{(((.(((((((,{{.((((((((({({,((.{{,.,,))).)},)){({{((.(((((.........((((....))))..})))).)))}}{,((,{{{|||(((,.,,..(((.(((((.(((({({.((........)).)))......))))......((((.....))))(((..((....))..))).(((((((,...(((.((.((((((((.(((...................((((.((((((((((((.((((((((((.(((((((..(((..((.{{(((({{,.....{{...((((((.((((.(((((...(((....)))..))))))))).))))))..,}}.((....,)},))))))..((((...))))..))..)))..))))))).)))))))},...((((.,({{,,.((((((......{{,(((((.....)))))}}((((....(((((((((..(((...((((.....((((....{,(((.{{...,,,),.})).,..)))})))).....((((((....)))))).))}}))),,,..........,.{{(((..{{..{({|.||||{.,......,,.....||}}}}}),,))..)))))}}})))))......)))),....))))))...))).,))))}))..)))))..))))))).)))).{{.{..((((((...(((.(((.((..((((((..((((....((((..{(,,.((((((((((((((.......)))))))))..(((((((..(((.(((((.(((((....({((((..(((((((((.......)))))......))))..}})),)).)))))))))).)))....{{.{{{{{.({{(((..(((((((((((((((........)))))).........,)))))))))..)||{,,...}}},..,.............(((.((((((.(((((..{{(((.,{((.(.(((((.((((........)))).)))))).))))})),...))))))))))))))...}))}).}..,.,)))),))))))),{{,.(((,{(((....))))))),.).,(((({............)))))..)))))..))}.))))....)))))))))).)).))).)))..))))))..}.}}.......))).)))))))).)))))....,.)))))))......((((......)))).((..((((.((({..............)))).))))..}}(((((......))))).,,.......))))))))((((((((,{.,....)).))))).)))...{{((,..{{{..||}},........((.....))|||,,....,}}..................(((((,((.((((((..(((((({....,,{{{{{,,(((((((({.,((({{,{(({.{(({...}}}},,,..........{{{{||,,...,,.)))))}{{(((,,(,((((((((.(((({{(((.....)))|(((..(((((....)))))..)))}.{(.((((....)))).}}......,)))),))))))))}}|||.(((((.,{,{{,{,(({...},,...)))),,.))))}..(((((....)))))..,,.,,..{{{{{{{{{..{{{{,{{{{|.,...,,}},))})))))),.}}))))))))})))|,.,,,}}.)))}}))))),,))}}}..............,}}.,}}||)))}..)))))}.)).))))).))))}))))........,)))))))).)).}.}})}}}}})}.....}}}.,,.,,,...{((((..,,......,,}}},...,,..))))}
Back