Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003667.4
Sequence Length
4583 nt
GC Content
0.4377
GCUCCACACCGCUCAGGCCGCGAGCAGCAGCAAGGCGCACCGCCACUGUCGCCGCUGCAGCCAGGGCUGCUCCGAAGGCCGGCGUGGCGGCAACCGGCACCUCUGUCCCCGCCGCGCUUCUCCUCGCCGCCCACGCCGUGGGGUCAGGAACGCGGCGUCUGGCGCUGCAGACGCCCGCUGAGUUGCAGAAGCCCACGGAGCGGCGCCCGGCGCGCCACGGCCCGUAGCAGUCCGGUGCUGCUCUCCGCCCGCGUCCGGCUCGUGGCCCCCUACUUCGGGCACCAUGGACACCUCCCGGCUCGGUGUGCUCCUGUCCUUGCCUGUGCUGCUGCAGCUGGCGACCGGGGGCAGCUCUCCCAGGUCUGGUGUGUUGCUGAGGGGCUGCCCCACACACUGUCAUUGCGAGCCCGACGGCAGGAUGUUGCUCAGGGUGGACUGCUCCGACCUGGGGCUCUCGGAGCUGCCUUCCAACCUCAGCGUCUUCACCUCCUACCUAGACCUCAGUAUGAACAACAUCAGUCAGCUGCUCCCGAAUCCCCUGCCCAGUCUCCGCUUCCUGGAGGAGUUACGUCUUGCGGGAAACGCUCUGACAUACAUUCCCAAGGGAGCAUUCACUGGCCUUUACAGUCUUAAAGUUCUUAUGCUGCAGAAUAAUCAGCUAAGACACGUACCCACAGAAGCUCUGCAGAAUUUGCGAAGCCUUCAAUCCCUGCGUCUGGAUGCUAACCACAUCAGCUAUGUGCCCCCAAGCUGUUUCAGUGGCCUGCAUUCCCUGAGGCACCUGUGGCUGGAUGACAAUGCGUUAACAGAAAUCCCCGUCCAGGCUUUUAGAAGUUUAUCGGCAUUGCAAGCCAUGACCUUGGCCCUGAACAAAAUACACCACAUACCAGACUAUGCCUUUGGAAACCUCUCCAGCUUGGUAGUUCUACAUCUCCAUAACAAUAGAAUCCACUCCCUGGGAAAGAAAUGCUUUGAUGGGCUCCACAGCCUAGAGACUUUAGAUUUAAAUUACAAUAACCUUGAUGAAUUCCCCACUGCAAUUAGGACACUCUCCAACCUUAAAGAACUAGGAUUUCAUAGCAACAAUAUCAGGUCGAUACCUGAGAAAGCAUUUGUAGGCAACCCUUCUCUUAUUACAAUACAUUUCUAUGACAAUCCCAUCCAGUUUGUUGGGAGAUCUGCUUUUCAACAUUUACCUGAACUAAGAACACUGACUCUGAAUGGUGCCUCACAAAUAACUGAAUUUCCUGAUUUAACUGGAACUGCAAACCUGGAGAGUCUGACUUUAACUGGAGCACAGAUCUCAUCUCUUCCUCAAACCGUCUGCAAUCAGUUACCUAAUCUCCAAGUGCUAGAUCUGUCUUACAACCUAUUAGAAGAUUUACCCAGUUUUUCAGUCUGCCAAAAGCUUCAGAAAAUUGACCUAAGACAUAAUGAAAUCUACGAAAUUAAAGUUGACACUUUCCAGCAGUUGCUUAGCCUCCGAUCGCUGAAUUUGGCUUGGAACAAAAUUGCUAUUAUUCACCCCAAUGCAUUUUCCACUUUGCCAUCCCUAAUAAAGCUGGACCUAUCGUCCAACCUCCUGUCGUCUUUUCCUAUAACUGGGUUACAUGGUUUAACUCACUUAAAAUUAACAGGAAAUCAUGCCUUACAGAGCUUGAUAUCAUCUGAAAACUUUCCAGAACUCAAGGUUAUAGAAAUGCCUUAUGCUUACCAGUGCUGUGCAUUUGGAGUGUGUGAGAAUGCCUAUAAGAUUUCUAAUCAAUGGAAUAAAGGUGACAACAGCAGUAUGGACGACCUUCAUAAGAAAGAUGCUGGAAUGUUUCAGGCUCAAGAUGAACGUGACCUUGAAGAUUUCCUGCUUGACUUUGAGGAAGACCUGAAAGCCCUUCAUUCAGUGCAGUGUUCACCUUCCCCAGGCCCCUUCAAACCCUGUGAACACCUGCUUGAUGGCUGGCUGAUCAGAAUUGGAGUGUGGACCAUAGCAGUUCUGGCACUUACUUGUAAUGCUUUGGUGACUUCAACAGUUUUCAGAUCCCCUCUGUACAUUUCCCCCAUUAAACUGUUAAUUGGGGUCAUCGCAGCAGUGAACAUGCUCACGGGAGUCUCCAGUGCCGUGCUGGCUGGUGUGGAUGCGUUCACUUUUGGCAGCUUUGCACGACAUGGUGCCUGGUGGGAGAAUGGGGUUGGUUGCCAUGUCAUUGGUUUUUUGUCCAUUUUUGCUUCAGAAUCAUCUGUUUUCCUGCUUACUCUGGCAGCCCUGGAGCGUGGGUUCUCUGUGAAAUAUUCUGCAAAAUUUGAAACGAAAGCUCCAUUUUCUAGCCUGAAAGUAAUCAUUUUGCUCUGUGCCCUGCUGGCCUUGACCAUGGCCGCAGUUCCCCUGCUGGGUGGCAGCAAGUAUGGCGCCUCCCCUCUCUGCCUGCCUUUGCCUUUUGGGGAGCCCAGCACCAUGGGCUACAUGGUCGCUCUCAUCUUGCUCAAUUCCCUUUGCUUCCUCAUGAUGACCAUUGCCUACACCAAGCUCUACUGCAAUUUGGACAAGGGAGACCUGGAGAAUAUUUGGGACUGCUCUAUGGUAAAACACAUUGCCCUGUUGCUCUUCACCAACUGCAUCCUAAACUGCCCUGUGGCUUUCUUGUCCUUCUCCUCUUUAAUAAACCUUACAUUUAUCAGUCCUGAAGUAAUUAAGUUUAUCCUUCUGGUGGUAGUCCCACUUCCUGCAUGUCUCAAUCCCCUUCUCUACAUCUUGUUCAAUCCUCACUUUAAGGAGGAUCUGGUGAGCCUGAGAAAGCAAACCUACGUCUGGACAAGAUCAAAACACCCAAGCUUGAUGUCAAUUAACUCUGAUGAUGUCGAAAAACAGUCCUGUGACUCAACUCAAGCCUUGGUAACCUUUACCAGCUCCAGCAUCACUUAUGACCUGCCUCCCAGUUCCGUGCCAUCACCAGCUUAUCCAGUGACUGAGAGCUGCCAUCUUUCCUCUGUGGCAUUUGUCCCAUGUCUCUAAUUAAUAUGUGAAGGAAAAUGUUUUCAAAGGUUGAGAACCUGAAAAUGUGAGAUUGAGUAUAUCAGAGCAGUAAUUAAUAAGAAGAGCUGAGGUGAAACUCGGUUUAAAAACCAAAAAAGAAUCUCUCAGUUAGUAAGAAAAGGCUGAAAACCUCUUGAUACUUGAGAGUGAAUAUAAGUCUAAAUGCUGCUUUGUAUAAUUUGUUCAGCUAAGGGAUAGAUCGAUCACACUAUUUAAGUGAGCCCAGAUCAAAAAAGCAGAUUGAAAUUUUCUUUAGAAAAGAUUCUCCAUGAUUUGAAUUGCAUUCUCUUUAAACUCACCAAUGUAAUCAUUUUGGGAGGAGGGAGAACCCACUUGCUUUCCAAAUGGGUUUAUUUAAACCCACAAACUCAAGAGGUUGUUGGGGGAAUUAGGAAAAUAAGGGUUUUCAAUGACCUACAUUGCUAGGUAGAGGCUGUGAUCCAUGGGAUUUCAUUCUAAUGACCAUGUGAAGAUGUUUGAGUCCUCCUUUGCCUUUCCUCAGAAAGAAUCCUUCUAAGGCACAAAUCCCUUAGAUGGAUAAUGUAAGGUAUUGUUAACUCACUCAUAUUGAGAUCAUUUUUAGAGAUACCAGGUUUUAUGUAUCAGCACUAGAUGGUUCCACCCUCAUGGGAUAAAACUGCUUACAAGUAUUUUGAAAGAAAAACUGACCAAAAUUCUUAAAUUGUUACUAAGGCAAUCAUGCACAGGUGACGUAUGUCUUAUCUGAUUUGUUUUUAACUCCUUGGUGCCCAAAGCUCAGAAGGGAAUUCCACUGCCAGCAAUGAACAUACCUGGAAAAGAAAGUAAGCAAUCUGGGAUUUUUUUUCUGGGUUAGUAAAGAAUUUUUGCAAUAAGUUUUAUCAGUUGAUUCAAACUGAUGUGCAUCUUAAUGAUCAAAUGUGCACAUUACAUAAAUUAAGUCCACUGAUACAACUUCUUACACAUGUAUCUCUAGUAGCUCUGGCAAACCCAAUAUCUGACACCACUUUGGACUCAAGAGACUCAGUAACGUAUUAUCCUGUUUAUUUAGCUUGGUUUUAGCUGUGUUCUCUCUGGAUAACCCACUUGAUGUUAGGAACAUUACUUCUCUGCUUAUUCCAUAUUAAUACUGUGUUAGGUAUUUUAAGAAGCAAGUUAUUAAAUAAGAAAAGUCAAAGUAUUAAUUCUUACCUUCUAUUAUCCUAUAUUAGCUUCAAUACAUCCAAACCAAAUGGCUGUUAGGUAGAUUUAUUUUUAUAUAAGCAUGUUUAUUUUGAUCAGAUGUUUUAACUUGGAUUUGAAAAAAUACAUUUAUGAGAUGUUUUAUAAGAUGUGUAAAUAUAGAACUGUAUUUAUUACUAUAGUAAAGGUUCAGUAACAUUAAGGACCAUGAUAAUGAUAAUAAACCUUGUACAGUGGCAUAUUCUUUGAUUUAUAUUGUGUUUCUCUGCCCAUUUUCUUUAAAUUCAUUAACUGUAUAUAUGUAAAUAUAUAGUACUUGUAAAUAGAUUCCAAAUUUGCUUUUCUAUUGGGUAAAAAAUAAAUUUGUAAUAAAAUGUGUGACUAUGAAACAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1259.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1352.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 1452.54
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((.((((.......)))).(((((..((((((.......)).))))))))).((((((((((((.....((((((((((((((....(((((((.((((..(((.((((((......((((((.....(((((((.((.(.(((((((((((((......)))))).))))...))).).))..))))))).))))))...))))))...)))......))))...)))))))....))).))))).)))))).((((....))))...((((((((.(((.......((((.(((.((((....))....))))).))))(((((((.((.((.(((((((((((.....((((((((.(((.(((((..(((((((...(((...)))....)).)))))..)))))((((((((...(((.((((..(((((((((...))...))))))).....)))).)))))))))))........)))))))))))..(..(((......)))..))))))))))))..)).))...(((((....(((((((.(.(((((((.(((..(((.....)))...))).)).)))))).)))))))....))))).(((((......))))).......)))))))...((((((.(((((((..(((((((((..(((.((((.....)))).)))..........(((.((.((((((...((((..(((((.((......))))))).....))))...))))))...)).))).))))))(((((((......................)))))))(((..(((....)))..))).......((((......))))......((((((((....((((......))))....((((......))))((((((((.((((((((((.((((.((.((((((....((((..(((.......((((....))))..((((((((....((((.((....................(((((.(((......((((..((((((.............(((((((((.....(((.(((((.....(((((....)))))(((((....((((((...............))))))....)))))....(((((((((.(((..(((((((((......))))))))).....)))......((((((((.(.((((((((.((.(((........)))..((((..........))))((.((....)).)).(((((.((((....))))..))))).(((..(((((((((((((((((((.....(((((((...(((((((((((((..(((..........((((((.((((((.....(((((((((((((..........))))...))))...)))))......))))))........(((((....))))).((((.((((.........)))).))))....((((.(((((......(((................)))..)))))....))))...))))))(((((((((.....)))))...((((((.....(((....(((.(((((((.......))))))).))))))...)))))).((((.((((...)).)).))))....((((.........))))....(((((.........)))))..))))..)))..))).)))))))))).((((....)))).......(((((........)))))..)))))))....)))).))))......(((....)))....((.((((..(((((((.(((.(.....).))).)))))))..)))).)).....)))))))))))..)))..))...)))))))).)))))))))..(((((((((((.((.....(((((((((.((((.(((....))).)).))..((((((((..(((.....)))..))))))))(((.(((((......(((.((((((((((((((((((.((((.....))))...............)))))))....))))))))))).))))))))...)))))))))).)).....(((.(((((.(((((.((((((....)))))....).)))))..))))).))))).)))))).))))).)))))))))))))).)))...)))))))))))))).)..))))....))))))))((((((((((.(..(((((((((((((.(((.(((((((((((((......(((..........)))......))....((((((((...((((((..(((.((((((.......((((.((((........)))))))).((((..((((((.(((((((...((((.((((((((.....((........)).....))))))....)).))))((((...(((((((.((.......((............))........))))))))).)))).((((.(((((((((((.....(((((((((((.((.((.(....(((((((.(((.....(((((......)))))..((((........)))).))))))))))...)))...)))))))))))))............((((((.(((......(((....)))......)))))))))......(((((.....)))))..(((.(((((((((((.(((((.....((((((((((((((((........))))))..(((..((........))..)))......))))))))))..............(((((((((.(((....)))))))))))).....((((....))))............((((((...))))))(((((((..(((((.((((.(((.......((.....))......))).))))..)))))))).))))((((((.........)))))).......(((((.........))))).)))))...(((((((((..((((...)))))))))))))..))))))).))))))).)))))...........))))))..))))......((((....))))..........((((((...((((..((.(((.......))).))..))))))))))................)))))))............))))))...))))..((((..((((.........)))).....)))).....)))))).))).)))))).))))))))..((((((..((..(((.(((((((...............))))))))))..)).)))))).)))))))))))............(((((((....)))))))....))).)).)))))))))))..).)))))))))).(((((......)))))......))))))..)))))))).)))..))))....)))))).))....)))).)))))..(((((.(..(((((((((((....))))).((((.(((((((........))))))).))))...))))))....)...)))))((((...))))........))))).))))))))....((((..((((.......((((((......)))))).....)))))))).)))))))).(((((.............))))).....((((((...(((....)))...)))))))))))))))).))))))..........))).))))))))..(((((((((((((((((((.(((..((.......................))..)))...))))).)))))))))))))).(((((.....)))))...(((((.(((((((.((((.....((((((((((.((........)).)))))))))).........)))).))))))).)))))..(((....))).....))))))))))))..((((((((..(((..(((...)))..)))((((((.((((.....((((..(((......)))..))))....)))).).))))).(((.....)))((((((((((.((((.(((((..((((((((.........((((((......))))))....(((((.(((......((((...(((...(((........)))..)))...)))).....))).)))))...(((.(((.......))).))))))))))).....(((((((.((((((.((((((((..((((((.(........).)))))).)))))).......)).))))))))))))).(((((((((((....)))))))).)))...)))))..))))..))))))))))........((((((...((((...((..(((.((((((...............))))))...)))..)).....))))...))))))(((((((((......)))))))))....((((((.........)))))).....)))))))).........((((......)))))))))..............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,({(((.{{{{.{{{,{{||||.(((((..((((,(,......}),))))))))).((({(((((((({{(..(((,((((((((((..,.,(({{,,.|{||..}}|}|||||}..,{{{{((({(,,,,.{,|||||,|{,|,|{(({((((((((......))))))))))|,,.}}}.).)..})),,)))})))))}}}.})|||||..|||,..|,{|||}...,,)))))},..)))}}}))),)}))))}||||}}..|,,|...(((((((({({({{{{..{((((.(((((,((((({{{....((.{{{(({{((((,((.((.({.(((((((((((.....,(({(((({((({((((({{(((((((...(({...}))....)).)))))..,||}|((((((((,,.(((.((((,.((((((({{...}}...))))))).}...)))}.))))))))})}...}.,,,},}),}}})))}}|}.,,|,,..}})))}.))))))))))))..}}.)}.}}(((((....(((((((,(.((((({{.(((..(((.....)))...))).}}.}))))).)))))))....))))).{{{{{......}}}}}.,{{{{.||||.{,,..,,||||}|||||,,..,..(((((({{(((.((((,...,)))).))).}},......(((.((.((((((...((((..(((((.((......))))))).....))))...)))}})}..)).))).})))))(((((((....,.................))))))){{{..,.({{({{{{{{((((({{{{{((((......)))).,,{..,.........,.{{{.,{{|.,,|}},...|||{...{{{||||(,({,((({(((((,{{{{,{{,..,,.,{{{,(,,..{,,,.,|||......,((((,..,||||{.,,,|||||}..,{,,,,,,..................,,{(((({,((,.....,{{,..{(({,,..........,..,{|,,,,,|}|.,}|||.{{{{,....{(((((....)))))},|||,,,,(((((({,..,{.,,,.....,,,}}}....|}}},,,,.,{{{{{{{,.{{{..{((((((({......}}}})}}}}.....})).....,({,{,{{{.,.|||||,||}||}|,}},......{{{{{(,,,.}}}}},..,))))}}}}....}))}))}|{{{{.{{{{....|}}}..}))}|,||...(((((((((({{{((({((.....(({{{{{....{{{({{{{{((({{{({(((,,.........,||||||||,..{(((((((,{{,{{{.....,}}}.,,)},,})))...,}}}}}.....{||||||.........,,{{,|,.|},||{{(((,,,,,.{{(((........))))}...{|||.||||,...,{,{((..,..........,,,}}},}}||||{,.,|}},.......,,,}},||||{...,,|||||..,(,((((.{{,.{{,.,,,(((,(((((({...,,..}}}}}}}.}}},,....}}}}||.((((.(({{...,}.)).)))).,,.{(((,,.....,,)))),,,,|{|||}}}}}..,.,,|||{{{{...{{||{{|.,.)))))))),}.)})}))}.,,||{{....,|{{||.......,)))},..))))))).,,,)})).}))),,,,.,(((....}},.}..((.((((..(((((((.(((.{.....}.))).)))))))..)))).))....,))))))))))).{|||.{||{..||||||||.|||||||||{,,,,,,,{(((,.,........|||||||}|}||}|||}}}})),.))}),.||||{{|||}.|||}},..}}}..)}))))}))|,.,..,}}}}}}||||.,|||||||||{{{|{{,,.((((.....))))........{{{.{,{||,,,,)}},,})))),}}},)}))))))..})}.)),,)))))})}.....,{|}||.||}||,,|}}||{({....,})}}...,|{||}},.,))})),)))))}))))))}))))).||||||||,||||}{|||{{,|}||||,}}}||||,,..}}|}.,,{||,,,,}}((((((((((.(..(((((((((((((,((({(((((((((((.{,,....,||.{{....,,{|,...,,........((((((((...((((((..(((.(((((({{{.((.((((.((((........)))))))).,((((....(((((((((({((...((.{...{|||...,}||,}}}}...))}}...))))||{{{(,,,,,.||}}},.,,|||{{|,{{{.{{{,,|,......,,,{({((({.{{({.{.{.{{{|,.{,...,,,,.,((......))....{((((((((((({(,{(,{(....,,((((({(((,....(((({......,}}}}..{{{{......,,))}}.)}},,,,,,,.,|}|,...}}},,,,,,)))}............{((({,,(((.,{{{.{{{....,)}||,,,.,,})})))}.,....}|,||}}}}}))),,,.}}.}}.}|}}|,,.............,|||||||||((((((.,,...,,)))))).,|||.,{|.}}}}.}}))},)||...,.,|||||||}}}............,,(((((((({,(({....})))))))))}}...,,{,,,..,}}|||{,{{{||,,,.,{((((,...}))))|(((((((..(((((.((((.(((.......,,...,||,...,,.))).))))..)))))))).))))|((((,,........)))))}....{{,{{{{{.........}}))).)},)),..{{(((((({.,((({...))))))))))))))}),)))))||{{,((((((((((.{{,.......((((((((......)))))))).................(((((({.,(,(({{(..{((.......)))})),.)),)))))))..........,.}}}.))))))))))})),.,}}}}}))))..))))),}||,|},|||((((.....)))).}}.}})),}.....}))))).))).)))))).))))))))..,(((((.,((..(({{(((((((...............))))))))))..))})))))).)))))))))))..}}...,,...(((((((....)))))))....,,,.}).)))))))))))..).)))))))))).(((((..{{{{||{((({{{{,|,||||{{||||||}|,|||{,||}}..,,||}},,.}),,,})),),,})),,.,||||}}.}}},|||((({{....}}}}}.((((.(((((((........))))))).)))),}}))}}))))}})..})))).((({...})))........{|||{{|||,}|||....{(({,,{({{,,.,,,,(({{{{,,,...,)))}}..,,,||||,,}|{|}|{||||..{|,,..,}}...}|||||||||....,({(((({{{({,....,||,{{|||||}},.,)))}})})))},.})).......,))})))))}}}..{((((((((((((((((((.{{(,,({...........,|},........}}..}}}...)))))))))))))))))))}.{{{{||...})))))...{((({.(((((((.((({..,..((((((((((.{(........)).)))))))))}......,,.)))).))))))).))))}..,||....)))}}}}}))}}}}}}}|))....|||{{{|||||,,{.....||||,...((((({.{(((,,.,,{{{({{({(......}}),.,})}..,,)))).)},}))}.{||.....)}}((((((((({.((({.|{{{|..|{{{{{{{.,|||....{{{{{{,,,,,,)))))}....(((((,{{,{{,..,(((((({,,({..,{(,,......}}},..}}|,,||||..,|||||.}}}}},..,,{,{{{.....,|})),|||}}}}}|||.....{({{{{{.||{{{{,||||{{{{..{(((({.{........).)))))).}}}}||,,,,,,,||.}}}}))))))))),||||{{{{{{|....|}}}}}}},.}}.,,)))}}.,|}}}..}}}}))))})))))}})))}})),}}}}.}},,}}}),,{{||{{{{{||.,|,...|||||.,.|||||,,.{(((({.............,,...(((((((((......)))))))))....,..{(({{{...,,.,..}}....}})))))))))..,,,,,.,,,|,,,,..})))))))},,,...........
Back