Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003725.4
Sequence Length
1512 nt
GC Content
0.4484
AGCAGUUGGGGCAGGAGGAAGCCGACUGCUGCCUGGUCUGCAAAGAAGUCCUUUCAAGUCUCUAGGACUGGACUCUUCCUAAGCAAGUCCGAGAAGGAAGCACCCUCACUAUGUGGCUCUACCUGGCGGCCUUCGUGGGCCUGUACUACCUUCUGCACUGGUACCGGGAGAGGCAGGUGGUGAGCCACCUCCAAGACAAGUAUGUCUUUAUCACGGGCUGUGACUCGGGCUUUGGGAACCUGCUGGCCAGACAGCUGGAUGCACGAGGCUUGAGAGUGCUGGCUGCGUGUCUGACGGAGAAGGGGGCCGAGCAGCUGAGGGGCCAGACGUCUGACAGGCUGGAGACGGUGACCCUGGAUGUUACCAAGAUGGAGAGCAUCGCUGCAGCUACUCAGUGGGUGAAGGAGCAUGUGGGGGACAGAGGACUCUGGGGACUGGUGAACAAUGCAGGCAUUCUUACACCAAUUACCUUAUGUGAGUGGCUGAACACUGAGGACUCUAUGAAUAUGCUCAAAGUGAACCUCAUUGGUGUGAUCCAGGUGACCUUGAGCAUGCUUCCUUUGGUGAGGAGAGCACGGGGAAGAAUUGUCAAUGUCUCCAGCAUUCUGGGAAGAGUUGCUUUCUUUGUAGGAGGCUACUGUGUCUCCAAGUAUGGAGUGGAAGCCUUUUCAGAUAUUCUGAGGCGUGAGAUUCAACAUUUUGGGGUGAAAAUCAGCAUAGUUGAACCUGGCUACUUCAGAACGGGAAUGACAAACAUGACACAGUCCUUAGAGCGAAUGAAGCAAAGUUGGAAAGAAGCCCCCAAGCAUAUUAAGGAGACCUAUGGACAGCAGUAUUUUGAUGCCCUUUACAAUAUCAUGAAGGAAGGGCUGUUGAAUUGUAGCACAAACCUGAACCUGGUCACUGACUGCAUGGAACAUGCUCUGACAUCGGUGCAUCCGCGAACUCGAUAUUCAGCUGGCUGGGAUGCUAAAUUUUUCUUCAUCCCUCUAUCUUAUUUACCUACAUCACUGGCAGACUACAUUUUGACUAGAUCUUGGCCCAAACCAGCCCAGGCAGUCUAAAGAAAACUGGGUUGGUGCUUCUUGGAAUGAAGGCAAAAAUCUGAAAUUGUUAGUGUCUCAGUAAUCCUGAUUUAGAACCCAGGCUUUUUGUAACAAUGUGUUUUCUUGCCUAAAUUCAUUUAUCUGGCAUCAUCAGAGUACUAACAUGUUUAUAUUUCAGAUAUCCAAAGCUUACCACUUUAGGUGAUGAAUCUUUACUAUUUUAGCCCUUUUUUGAUGAGACUAUUUGUCUAAAGUGAAUCAUUUGUUCUUGCCUUAUUAAACAGAGUAGAUGGAAAACAAUUUAACCUAUUUUGAAGUCAUUUCUUUAUGAAUAUGAAUAAUUGUUCUAUGCUUUAAUAAUCUAUUGUGAGGAAACUACUAAGAAAUAUGUUGGUGUGUUUGUCCUUACUUGAAAUGGGUCUGUAUUAUGGUACUUUUAAUAAAUAUUUGAUUUUUCUUUCUCUUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-471.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -497.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 436.47
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((.(.((((((.((........)).)))))).).)))).....((((((...........))))))((((((((...)))..)))))((((((((((....((((((((.((.((((.(((((.(((((....))))).....((((.........))))))))))))).)).)))))))).(((.....(((((((((.(((((.((((.((((((...((((((((((((.(.((.((((......)))).)).).).)))))))))))..((((((((.(.(.(((.....)))).).)))).))))(((..(((((......((((((..((((((((((.(((((((((((..((((((((((.....))))....((((((((((..((((((.(((((.(.((.....)).).).))))......(((((((.((((....)))).)).))))).))))))....)))))))))).....(((((...((.(((......))).))....)))))))))))..)))))))...(((((....(((((((((....))))).))))))))).......)))).))))))))))(((((....)))))((((((.(((((..((((..(((((((((((.....(((((((...(((...(((((...))))))))((.((.((((((((.((((........)))).)).)))))).)).))))))))).....)))...........))))))))))))...))))).))))))..)))))).....)))))..))).......(((((..((((((((..((((((((((((.((((((........))))))..(((((((((((((((((((...(((.......)))...)).))))).(((...(((.(((....))).)))))).((....))..)))))))(((..((((((.............)))))).)))..................((((((((......)))).)))).....)))))..((((((((((....((....))...))))))))))(((.....((((((((((((.((......(((((((......(((.((.((((..........)))).)).)))))))))).....)).))))))....))))))....)))..))))))))))))....))))))))..)).....))).....(((((......)))))................)))))).....))))))))))))))))))...)))...((((((((((.............))))))))))...(((((((...(.((((((((((......))))).))))).)...)))))))...((((.((((((((((((((((((((((((((((........)))))).)))..)))))))....)))))))...))))).))))....................))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((.{.((((((.((........)).)))))).}.)))).....((((((...........))))))((((({{,...,})..)))))((((((((({....((((((((.((.((((.(((((.(((((....))))).....((((.........))))))))))))).)).)))))))).{{{.....(((((((((.((((({((((.((((((.,.((((((((((((.(.((.((((......)))).)).).).)))))))))))..{{(({{((.(,(.{{{.,,,.)),,,),||||{||||(((,,(((((,,..,,((({{{..(((({((|{{,{|{|||(((((,.{((({,((((..,,,|}}}..{,((({{{{((({{((((({{{({({.{,(({{(,.||.,,,.||||{{{,,|(((((,,.,(((...,||||{||.|||||.|}}}},....})||||}}}}..}}}|((((.{.({.(((......))).)).,..))))}})))))..}}}}))),.|||{((|.,|{,(((((((..,{|,}},.}}))}})))}}}..,.,))),,)))}))}}},{(((,,,.||}||((((((,(((((,,((((,.{(({{{{((((...|.|||||{||.,||||}}|||||..,|||||||,((.((.((((((,,.{(({,.,.....)))}.},.)))))).)).)),,)))))}}}..)))|||.,...}}})})))))))))),,,)}}}}.}}}}}}..)))})}.....}))))},,})......,{(,,,}||{{{,,{{{,(({{{{(((({({(((((,,.......)),,,)}}||||{||||||.{{{{{{{...{||,...,,.}}},,,)),))))).,|}..}|||}||{.,}}}))}})})))}{{....)}...,))))}}}|,.((((((...,....,,.,.)))))).,,,..................((((((((......)))).))))..}}})))))..((((((((((....((....))...))))))))))((({,.,.{,,,||||||,...({({(((((((((({((.{{(,{..{,((,({{...{{{...|{{{.....,.{{{|...,)}).....))))...})).}..}}}.)),,,.}}},)))))))}})},,,,,,,)))))}))).,,,|,,||(((((......))))}.,......,.....,.)))))).....))))))))))))))))))...}}}{((((,,((((..,{,,.{{,,,.,,||{|||,{{(({..((((((...,.((((((((((......))))).))))).}...)))))))))}}|||.{{{{{(((((((((((((((((((((((.,....,.)))))).)))..)))))))....))))))).,,)}}}).))))....,}},,))}}..))))}})))))))))...
Back