Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003765.3
Sequence Length
1304 nt
GC Content
0.6135
GCCCACAACCAAGAUGGCUGAGGAGAGGGCGGAAGUGUCCGCACGUCGGGCCUCCGAGGCUUCUCUUUCUCCCCUGGCGGUCCGGCUCUCGAUGGUGGCGUGACGGGGGCGGGGGUGGCGGCGCGUUCUCCUCGGUUGGGAGGGAACCAGCCCGCGAACCCAGGCCGGGAGGGGGGUUCGGCCUGGGGGGGAAGGGACUGACAUGUCUCUCGAAGACCCCUUUUUUGUAGUCCGAGGCGAGGUGCAGAAGGCGGUGAACACGGCCCGCGGGCUGUACCAGCGCUGGUGCGAGCUCCUGCAGGAAAGCGCGGCGGUCGGACGCGAGGAGCUGGACUGGACGACCAAUGAGCUGCGGAAUGGCCUGCGCAGCAUCGAGUGGGACCUCGAGGACCUGGAAGAGACCAUCGGUAUAGUGGAAGCCAACCCAGGCAAGUUCAAGCUCCCAGCCGGGGACCUGCAGGAGAGAAAGGUGUUCGUGGAGCGGAUGCGAGAGGCAGUCCAGGAAAUGAAGGACCAUAUGGUCAGCCCAACAGCCGUAGCAUUUUUGGAGAGGAAUAACAGAGAGAUACUCGCAGGCAAGCCAGCUGCCCAGAAGUCACCCAGCGACCUGCUGGAUGCCAGCGCAGUCUCGGCCACAUCUCGCUACAUCGAGGAGCAGCAGGCCACACAGCAGCUGAUCAUGGAUGAACAGGAUCAACAGCUGGAGAUGGUGUCUGGGAGCAUCCAGGUUCUGAAGCACAUGUCCGGCCGCGUUGGAGAAGAGCUGGACGAGCAGGGCAUCAUGCUGGAUGCCUUCGCCCAAGAGAUGGACCACACCCAGUCCCGCAUGGACGGGGUCCUCAGGAAGUUGGCCAAAGUAUCCCACAUGACGAGUGACCGCCGACAGUGGUGUGCCAUCGCCGUGCUAGUGGGGGUGCUUCUCCUCGUUCUCAUCUUACUAUUCUCUCUCUGACCCCAGCCCUCCCUGGCAGGCUGGUCCCUUAAGCCUGGGGAGCCACCAAGCACUUUGGAGCUGGCCUCGCCCCCUAGGAGGAGAGGGUCCCUCCUGGGUAGCUGGAGAGUAGAGGGUCCCGCCUGGGGAGCUGUCCCCAUGGCUCUCCCCUAGAGCCAGUGGGACCCUUCAGGACCCUGGGCUGGAACCACCACCACUGGUCCUGUCUCAAGUGCACUUAGGGGGUGGUGGAGGCAGGGACACCUGAGACACACCUGUCUCCAUUUCCAGUUCCAGGACCCCAAAGCCAUUUGCCCCUGUGCCUUAUACACGUGCCAACCUGGAAAUAAAAUGUCAGCCUUUUUUAUACGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-549.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -574.60
Frequency: 0.0000
Diversity: 332.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........((((.((((((.(.....(((((....)))))..((((((((.((.(((.............))))).))))))))..((.(.(((((((((..(((.(((((((((((((.(.(((((((..((((..((((((.((((((.((...(((((((((((.......)))))))))))(((((.(((.(((....(.((((((((.(((.((((((((((((((..(((..(((((((...((((.(.......)))))...))))))).(((((..((((......))))....))))).(((......)))..(((((((((((((....)).....((((((.(......).)))))).(((((......)))))..((((((......)))..))).........(((......))).))))).))))))..)))..))).)))))))))))...))).)))).)))))((((((....(((.((...((........((((....))))..))..)).)))...))))))(((((((((((((..(((((((....((.(((...(((((((.((..((((.((.(((((((((((((.(...(((((....((((((((.(.(((((......))))).).....))))...((((.(((((((.((......)).)))))...((((((.(((.(((.(.(((((......))))).).)))))).)))))).))))))))))...))))).).))))))...))..))))).)).))))........((.(((((....((.((((.....))))))))))))).)).)))))))..(((((((((.(((((((.(((((((((......)))).)...))))))).)..))))))))))))..))))).)))).)))...))))).))))))))...))))))))))).)).)))))))))))).)))).)))))))).))......(((((((((((((((.((((...)).)).))))...((((((((((.(((.((((...(((((((((((.((((((....))))))(((((((.....))))))))))))))))))(((((((...((.(((.....)))))...))))))))))).)))..)))))))))).((((((((((((...............)))))))))))).)))))))))))........)))....)))))))).)))....)))..))).)))).)).......).)))))).))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..........{(((.((((((.(,,,,,(((((....))))).,((((((((.(({{((............,),))).))))))))}}||..{((({(((((..(((.(((((((((((((.(.(((((((..((((..(((((,,((((((..(((((((...((....}}.)))))))(((.(((((((..(((.((({{.(((((((((,,.(((,(((((((((({(((..{((..(((((((...((((,,....,.,|}}))...))))))).{{{{|,,||||..{{{{{|||{{..,,|,|{(({.{{{..}})},(((((((((((((....)).....((((((.(......).)))))).{((({.,,...)}}}}...(((((..,...{{{{,,,,...}}}}..,||...))}))}.})))),}))))),.)))}.),,))))))))))}}...}}}||||||}}.))||||||}}}}})))}},,}},....,...((((....)))).,|,...,.}},...}),,,.{((((((((((((..(((((((....{(.(((...(((((((.{({.{,,,.{,.((((({.{{{|||||.{{((((({{..((((((((...,(({{|,....}})))})..,..))))...{{{(.{,(((((.((......)).))))).,.||||((.{{,|(({.{.(((((......))))).}.))))}}.)))))).,})))))}}}...))))),},,|||||{{{{{...,,,)))))))),}}.,....{{.(((({...{((.((((.....))))))))))))).)).)))))))..(((((((((((,.,(((.(((({((((,....,)))).)...))))))).,..))))))))))))..)))}),)))).)))...))))).)))))))}.)))..))))))).))).)))))))))))).)))).)))))))).))......{(((((((((({{{(,((((,,,||,||.}}}}..,||||||((((.(({.((((...(((((((((((.((((((....))))))(((((((.....))))))))))))))))))(((((((..,((.(((.....)))))...))))))))))).)))..)))))))))),}(((((((((((...............)))))))))))..))))))))))}........))),...)))))))).)))....))))})))).}},.,,.......,.)))))).)))}........
Back