Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003810.4
Sequence Length
1876 nt
GC Content
0.4025
GACCGGCUGCCUGGCUGACUUACAGCAGUCAGACUCUGACAGGAUCAUGGCUAUGAUGGAGGUCCAGGGGGGACCCAGCCUGGGACAGACCUGCGUGCUGAUCGUGAUCUUCACAGUGCUCCUGCAGUCUCUCUGUGUGGCUGUAACUUACGUGUACUUUACCAACGAGCUGAAGCAGAUGCAGGACAAGUACUCCAAAAGUGGCAUUGCUUGUUUCUUAAAAGAAGAUGACAGUUAUUGGGACCCCAAUGACGAAGAGAGUAUGAACAGCCCCUGCUGGCAAGUCAAGUGGCAACUCCGUCAGCUCGUUAGAAAGAUGAUUUUGAGAACCUCUGAGGAAACCAUUUCUACAGUUCAAGAAAAGCAACAAAAUAUUUCUCCCCUAGUGAGAGAAAGAGGUCCUCAGAGAGUAGCAGCUCACAUAACUGGGACCAGAGGAAGAAGCAACACAUUGUCUUCUCCAAACUCCAAGAAUGAAAAGGCUCUGGGCCGCAAAAUAAACUCCUGGGAAUCAUCAAGGAGUGGGCAUUCAUUCCUGAGCAACUUGCACUUGAGGAAUGGUGAACUGGUCAUCCAUGAAAAAGGGUUUUACUACAUCUAUUCCCAAACAUACUUUCGAUUUCAGGAGGAAAUAAAAGAAAACACAAAGAACGACAAACAAAUGGUCCAAUAUAUUUACAAAUACACAAGUUAUCCUGACCCUAUAUUGUUGAUGAAAAGUGCUAGAAAUAGUUGUUGGUCUAAAGAUGCAGAAUAUGGACUCUAUUCCAUCUAUCAAGGGGGAAUAUUUGAGCUUAAGGAAAAUGACAGAAUUUUUGUUUCUGUAACAAAUGAGCACUUGAUAGACAUGGACCAUGAAGCCAGUUUUUUUGGGGCCUUUUUAGUUGGCUAACUGACCUGGAAAGAAAAAGCAAUAACCUCAAAGUGACUAUUCAGUUUUCAGGAUGAUACACUAUGAAGAUGUUUCAAAAAAUCUGACCAAAACAAACAAACAGAAAACAGAAAACAAAAAAACCUCUAUGCAAUCUGAGUAGAGCAGCCACAACCAAAAAAUUCUACAACACACACUGUUCUGAAAGUGACUCACUUAUCCCAAGAGAAUGAAAUUGCUGAAAGAUCUUUCAGGACUCUACCUCAUAUCAGUUUGCUAGCAGAAAUCUAGAAGACUGUCAGCUUCCAAACAUUAAUGCAAUGGUUAACAUCUUCUGUCUUUAUAAUCUACUCCUUGUAAAGACUGUAGAAGAAAGAGCAACAAUCCAUCUCUCAAGUAGUGUAUCACAGUAGUAGCCUCCAGGUUUCCUUAAGGGACAACAUCCUUAAGUCAAAAGAGAGAAGAGGCACCACUAAAAGAUCGCAGUUUGCCUGGUGCAGUGGCUCACACCUGUAAUCCCAACAUUUUGGGAACCCAAGGUGGGUAGAUCACGAGAUCAAGAGAUCAAGACCAUAGUGACCAACAUAGUGAAACCCCAUCUCUACUGAAAGUACAAAAAUUAGCUGGGUGUGUUGGCACAUGCCUGUAGUCCCAGCUACUUGAGAGGCUGAGGCAAGAGAAUUGUUUGAACCCGGGAGGCAGAGGUUGCAGUGUGGUGAGAUCAUGCCACUACACUCCAGCCUGGCGACAGAGCGAGACUUGGUUUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACUUCAGUAAGUACGUGUUAUUUUUUUCAAUAAAAUUCUAUUACAGUAUGUCAUGUUUGCUGUAGUGCUCAUAUUUAUUGUUGUUUUUGUUUUAGUACUCACUUGUUUCAUAAUAUCAAGAUUACUAAAAAUGGGGGAAAAGACUUCUAAUCUUUUUUUCAUAAUAUCUUUGACACAUAUUACAGAAGAAAUAAAUUUCUUACUUUUAAUUUAAUAUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-482.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -522.24
Frequency: 0.0000
Diversity: 530.66
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((((((((........))))))).(.(((..((((((((((.((..(((.(((((((((.((...))..))))).....)))).)))..)).))))))))))..))).).....))))))(((((((((((((((.((((.......((((.(.((((((((((.(.((.(((..((((((((.((((....))).).))))))))((((.....)))).....((((((((....)))))))).....((.(.((..((((....)))).))).)).....))).)).).)))))))))).))))).....((((((.((((((..((...)).(((((........)))))............(((((((....).)))))).)))))).)))))))))).))))).))))))...)))).....(((.(((((((....))).)))))))....((.((((((((((((((((((.(((..........((((((((.....(((.(((((((....))))))))))....((.((((((..(((((((((...((((.((((........))))...)))))).)))))))........((((..(((((.....))))).)))).............((((((......((((......((((..........))))......)))).....)))))).....)))))).)).....(((((((.(((.....((((....(((..(((((((((.(((....))).))))))...))).....((((..((((((..((((.((((((((........((((.((((((((..((((...........((((((((((((.((((((((((((....)))).))))))))..............(((.(((((.(((((........))))).).)))).)))...(((((.......((((...............)))).......))))).......(((..........)))((((((((............................)))))))).(((((...))))).)))))))))))).....(.((((((....)))))).).))))..)).))))))..)))).))))))))..))))..))))))..))))...)))...))))..........((((((((((((((((........))))))))))...)))))).))).))))))).(((((((((((((.(((((..((((((.((......(((((((((((((........)))))))........(((..(..((((((...(((........)))...))))))..)..))).(((((....((((((....)))))).....)))))(((.((((.(........).))))...)))...((.....)).....))))))....))))))))...))))).......((((((..((..(((....)))..))..))))))))))))))))).))((((((.....))))))...))))))))....((((((.(((((((((.(......)))))))))).)))))))))..))))))(((((...)))))...............((((((..(((((((((.(.((.....................(((((((((.........))))))))))).).)))))))))..)))))).((((((((.((...((((....))))....)).)))))))).((((((......)))))).....))))))))....)))).))..(((((((.((((((((....)))))).)).......))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,,{(({{({(((((((.{,...,}))))))).{,{((,.{(((((((((.((..(((.(((((((((.({...))..))))).....)))).)))..)).)))))))))),,}))||{....)}}(((((..(((((((((((.((({.....,.((((.(.((((((((((.{.((.(((.,((((((((.,(((....))).,.)))))))){(({.....)}},,,,,.((((((((....)))))))).....,,.,.{{..((((....)))).},.})),....))).)).}.)))))))))).))))).,...,,{{{{.{{(((((((({..{{.{((((.,......|||||............{{((((.......),))))}),,)))})))))))))).))))).))))))...}}}}},,,.(({{(((((({....})).)))))))....,,,,.,..,,...,,((((((.(((..........((((((((..,,.{{,{(((((({....})))))))}|{{,.,,,||,,(({.((((((({{...((((.((((........))))...)))}}},)})))))}},.....((((..{{{{{.,,,,)}}}}.}}}}......,......((((((......((((,,,,{.{{{,...........,,||||...}||}.....}})))).},...,)))|,|....,,|{{{{{|,{|{...,,{{{{....,{{{,,{{{{{(((,((({{{{||,.}},,||{{{|,|{..,,,((({{(.,,,,.}|}}}},}}|||}}..}}}|||,,|,||}}}||||.,|||||,,|(((((((((((((((({{{,{{((((,((((({.,{||||{(({{{{{{{...{{{{,,....{,,.{{{{,.,.||{,.||||||))||{{,{||||.|||||,{{{{||......((((...............))))....,|,,,.,........((({,{,{,...|},||||||{,{............................}))))))},||{||..,)))))..,...,||}..,,..,,|,||{{{,..,,))))))},.,}....,,...))))}},)))}))))}}}}}}))})}}))),,,}}))),...,,,,..},,,,}}}},..,.((((((((((((((((........))))))))))...)))))).}}).)}}}}}}.{||((((({({||,|({{|,.{{{({{.{(,,,,..(((((((((((((,......,))))))),,....,,(({..{..((((((...{{(........)))...)))))).,},.))).(((((,...((((({....})))))...,.))))){{{.({((.{..||||..}.))))...,,|,,.(({.....)}}.,,)}}}})...,))))})))...}))}}.....,{((((((..{{..(((....)))..}}..))))))))))))))))),)}{{((((.....))))))}}.)))))))),,..((((((.(((((((((.{......}))))))))).)))))))))..))))))|||||,,}))))),..............((((((..(((((((((.{.{{,,{{,,,....,,}},....,(((((((((.........))))))))))}.}.)))))))))..)))))).{(((((((.{{.,{((,,....,,,}.}}})}.)))))))}.|{(((({{{{{{.......})))))))))}}....,,,,,,...(((((((.{{((((({....,))))).}}.......))))))).
Back