Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003811.4
Sequence Length
1634 nt
GC Content
0.5704
AGUCUCUCGUCAUGGAAUACGCCUCUGACGCUUCACUGGACCCCGAAGCCCCGUGGCCUCCCGCGCCCCGCGCUCGCGCCUGCCGCGUACUGCCUUGGGCCCUGGUCGCGGGGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUCGCUGCCGCCUGCGCCGUCUUCCUCGCCUGCCCCUGGGCCGUGUCCGGGGCUCGCGCCUCGCCCGGCUCCGCGGCCAGCCCGAGACUCCGCGAGGGUCCCGAGCUUUCGCCCGACGAUCCCGCCGGCCUCUUGGACCUGCGGCAGGGCAUGUUUGCGCAGCUGGUGGCCCAAAAUGUUCUGCUGAUCGAUGGGCCCCUGAGCUGGUACAGUGACCCAGGCCUGGCAGGCGUGUCCCUGACGGGGGGCCUGAGCUACAAAGAGGACACGAAGGAGCUGGUGGUGGCCAAGGCUGGAGUCUACUAUGUCUUCUUUCAACUAGAGCUGCGGCGCGUGGUGGCCGGCGAGGGCUCAGGCUCCGUUUCACUUGCGCUGCACCUGCAGCCACUGCGCUCUGCUGCUGGGGCCGCCGCCCUGGCUUUGACCGUGGACCUGCCACCCGCCUCCUCCGAGGCUCGGAACUCGGCCUUCGGUUUCCAGGGCCGCUUGCUGCACCUGAGUGCCGGCCAGCGCCUGGGCGUCCAUCUUCACACUGAGGCCAGGGCACGCCAUGCCUGGCAGCUUACCCAGGGCGCCACAGUCUUGGGACUCUUCCGGGUGACCCCCGAAAUCCCAGCCGGACUCCCUUCACCGAGGUCGGAAUAACGUCCAGCCUGGGUGCAGCCCACCUGGACAGAGUCCGAAUCCUACUCCAUCCUUCAUGGAGACCCCUGGUGCUGGGUCCCUGCUGCUUUCUCUACCUCAAGGGGCUUGGCAGGGGUCCCUGCUGCUGACCUCCCCUUGAGGACCCUCCUCACCCACUCCUUCCCCAAGUUGGACCUUGAUAUUUAUUCUGAGCCUGAGCUCAGAUAAUAUAUUAUAUAUAUUAUAUAUAUAUAUAUAUUUCUAUUUAAAGAGGAUCCUGAGUUUGUGAAUGGACUUUUUUAGAGGAGUUGUUUUGGGGGGGGGGGGGUCUUCGACAUUGCCGAGGCUGGUCUUGAACUCCUGGACUUAGACGAUCCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAGCAACUGGGAUUCAUCCUUUCUAUUAAUUCAUUGUACUUAUUUGCUUAUUUGUGUGUAUUGAGCAUCUGUAAUGUGCCAGCAUUGUGCCCAGGCUAGGGGGCUAUAGAAACAUCUAGAAAUAGACUGAAAGAAAAUCUGAGUUAUGGUAAUACGUGAGGAAUUUAAAGACUCAUCCCCAGCCUCCACCUCCUGUGUGAUACUUGGGGGCUAGCUUUUUUCUUUCUUUCUUUUUUUUGAGAUGGUCUUGUUCUGUCAACCAGGCUAGAAUGCAGCGGUGCAAUCAUGAGUCAAUGCAGCCUCCAGCCUCGACCUCCCGAGGCUCAGGUGAUCCUCCCAUCUCAGCCUCUCGAGUAGCUGGGACCACAGUUGUGUGCCACCACACUUGGCUAACUUUUUAAUUUUUUUGCGGAGACGGUAUUGCUAUGUUGCCAAGGUUGUUUACAUGCCAGUACAAUUUAUAAUAAACACUCAUUUUUCCUCCC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-650.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -678.47
Frequency: 0.0000
Diversity: 359.70
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((((.((......))..)))))......((((.((.((.(((((((((((..((((((.((((((((((((.....))))...(((((((((((((....)))))))...((.((....)).))..(((((((((.((.((.((.((((((((.(((((....((((...(((((..(((((((.(((.((((((((((...(.((((((..(((((.(((((.((.((....)).))..))))))).)))..)))))).)))))))..((((((...(((.(((((((.((((((...((.((....)).)).))))))))..))))))))..))).))).)))).)))))))))).))))))))))))))..).))......)))))...)).)).)).))))))))))))))).((((.(......).)))).........)))).)))).)))))).)))).))).)))))).)).)))).......((.(((((....)))))))..((((((((((((((((...((.(((((((((((((..((((((..(((....(((((....)))))..((((.(((.....))).)))).((((.(((.(((((((....))).)))).))))))).)))))))))..))).....))))))))))..))....)))))))))......)))))))...((..((.(((((((((((((((....(((..........))).....((.((((.((((.(((......))).)))).)))).))..)))))))).))))))).))..)).((((((.....))))))(((...)))((((((((((.(((((((......((((((((((.(((((((.((...)).)))))))...))))))))))..((((((((.(.(((((((...((((......))))........(((((((....))))))).(((((((.((((((((...)))))))))))))))......((((((((.(((.............)))))))))))))))))).)...))))))))((((((((............((((((((..(((........((((((((.(..((..((((...((((.(((.(((..(((((.................................((((((...........))))))....((((((....))))))..)))))))).)))))))..(((..((((((((((.(((..(((((((((...((((..((((.....(((((...........)))))((((((..(((((.....))).))...)))))))))))))))))))))))..))).)))))..))))).))).((((((((.....))).))))))))).))..)..)).))))))....)))...))))))))))))))))((((((.(((((.......))))).))))))..))))))).)))))).)))).((..((((.......))))..))................)))))).((((((.(((((...((....))...))))).))))))..............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((((((.((,{((((((({(.,.(((((((((.,({....((((((((((((....(.((((.(((..((((,....})))...,))...))))}..))))))))))))((,((((((.(((((((..((((((((..(.((((.......(((..(((((.((((...)))))))))..))).......)))).}.))))},)))((((((..(((((.(((((.((.((....)).))..)))))))},))..))))))....))))))))))).}}..}},|((({((.((((((...((.((....)).)).))))))))..})))))}.))))))....))).}}).)))))))))).)))))))))))............(((((...(((,(((.((((((((((((.((((({{(.{......|.},,.........||{({(((((((({.(((((..{(((.((((....)))))))})))))})))))))).,,{|||,,.}}|}|||||(((((((((,{.((.(((((((((((((..((((((..(((....(((((....)))))..((((,,(({...,))),)))|,(({,{(((.(((((((....)))},))).))))))),)))))))))..))}....,))))))))))..))...})))))))))...,{{{||||,.....)}}||}||(((({{{(((({(...,|{{,....,|,,,}||,..,.({.((((.((((,(((.....,|||,|}}|,|||}.,),,))}))))),})))))),}......((((((.....)))))){{{..,))){(((((((((.(((((((......((((((((((.(((((((.((...)).)))))))...)))))))))).(((((((((.,.(((((({...((((......))))........(((((((....))))))).|{{{{{{{((((((({...}})))))))))))},......((((((((.(((.............)))))))))))))))))).)...})))))))|(((((({...,,....,..((((((((..,{(..,,,..,((({{({{.{..((..((((.,.((((,(((.(((..(((((........................(((({(({.((((((...........))))))...)))}.)))}.,},}}}},,)))))))).)))))))..{({..((((({((((.(((..(((((((((...((((({.{{,.....(((((...........)))))((((((..(((((.....)}).)}..,})))))}})))))))))))))))..))).,)))),.))))).))}.((((((((.....))).))))}}|}}.}},,)..)).}))))),..,})),,,)))))}))))))))))((((((.(((((.......))))).))))))..))))))).)))))).))))..}).)))))))).(((,((...,............,.)},}}}...((((((.{((((.|,||....|}...))))).))))))..,..........}}))).,}}.)))))..
Back