Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003850.3
Sequence Length
2111 nt
GC Content
0.3837
AGAAAUGGCGGCCUCCAUGUUCUACGGCAGGCUAGUGGCCGUGGCCACCCUUCGGAACCACCGGCCUCGGACGGCCCAGCGGGCUGCUGCUCAGGUUCUGGGAAGUUCUGGAUUGUUUAAUAACCAUGGACUCCAAGUACAGCAGCAACAGCAAAGGAAUCUCUCACUACAUGAAUACAUGAGUAUGGAAUUAUUGCAAGAAGCUGGUGUCUCCGUUCCCAAAGGAUAUGUGGCAAAGUCACCAGAUGAAGCUUAUGCAAUUGCCAAAAAAUUAGGUUCAAAAGAUGUCGUGAUAAAGGCACAGGUUUUAGCUGGUGGUAGAGGAAAAGGAACAUUUGAAAGUGGCCUCAAAGGAGGAGUGAAGAUAGUUUUCUCUCCAGAAGAAGCAAAAGCUGUUUCUUCACAAAUGAUUGGGAAAAAAUUGUUUACCAAGCAAACGGGAGAAAAGGGCAGAAUAUGCAAUCAAGUAUUGGUCUGUGAGCGAAAAUAUCCCAGGAGAGAAUACUACUUUGCAAUAACAAUGGAAAGGUCAUUUCAAGGUCCUGUAUUAAUAGGAAGUUCACAUGGUGGUGUCAACAUUGAAGAUGUUGCUGCUGAGUCUCCUGAAGCAAUAAUUAAAGAACCUAUUGAUAUUGAAGAAGGCAUCAAAAAGGAACAAGCUCUCCAGCUUGCACAGAAGAUGGGAUUUCCACCUAAUAUUGUGGAAUCAGCAGCAGAAAACAUGGUCAAGCUUUACAGCCUUUUUCUGAAAUACGAUGCAACCAUGAUAGAAAUAAAUCCAAUGGUGGAAGAUUCAGAUGGAGCUGUAUUGUGUAUGGAUGCAAAGAUCAAUUUUGACUCUAAUUCAGCCUAUCGCCAAAAGAAAAUCUUUGAUCUACAGGACUGGACCCAGGAAGAUGAAAGGGACAAAGAUGCUGCUAAGGCAAAUCUCAACUACAUUGGCCUCGAUGGAAAUAUAGGCUGCCUAGUAAAUGGUGCUGGUUUGGCUAUGGCCACAAUGGAUAUAAUAAAACUUCAUGGAGGGACUCCAGCCAACUUCCUUGAUGUUGGUGGUGGUGCUACAGUCCAUCAAGUAACAGAAGCAUUUAAGCUUAUCACUUCAGAUAAAAAGGUACUGGCUAUUCUGGUCAACAUUUUUGGAGGAAUCAUGCGCUGUGAUGUUAUUGCACAGGGUAUAGUCAUGGCAGUAAAAGACUUGGAAAUUAAAAUACCUGUUGUGGUACGGUUACAAGGUACACGAGUCGAUGAUGCUAAGGCACUGAUAGCGGACAGUGGACUUAAAAUACUUGCUUGUGAUGACUUGGAUGAAGCUGCUAGAAUGGUUGUAAAGCUCUCUGAAAUAGUGACCUUAGCGAAGCAAGCACAUGUGGAUGUGAAAUUUCAGUUGCCAAUAUGAUCUGAAAACCCAGUGGAUGGCUGAAGGUGUUAAAUGUGCUAUAAUCAUUAAGAAUACUGUGUUCUGUGUUAUUGUUCUUUUUCUUUUUAGUGUGUGGAGAUUGUAAUUGCCAUCUAGGCACACAAACAUUUAAAAGGAUUUGGACUGCAUUUAAUUGUACCAUUCAGAAUGGACUGUUUGUACGAAGCAUGUAUAAUGCAGUUAUCUUCUUUCUUUUGUCGCAGCCAGUCUUUUUUGCUUCUCCUACAAAACGUAACUUGCAAUUUGCCAGUUUAUUAUUGUUGGAUACAAAGUUCUUCAUUGAUAAGAGUCCUAUAAAUAAGAUAAAUACGAAGAUAAAGCUUUAUUCUUUAGUGUUAAAAUACAGUAUAUCUAAUAACUAGCCUCAUUAGUAGAGCAGUAUAUUAAAACAAUGUUUUAUGUAAAAAGUGUUUAUCUUCAGCACCAAAUACAUGAUAAAUGUAUCAAUCACUAUUUAUAAACAGAGCUUUCAAACACUCCUCAGAAUAUUCUUCUAAGUAUUUUGAUGAAGUAACUUUGUAAUUAUUUGAACAUUGUUUUAAUCAUUAGGAAACACUGAUUAACUGCAAGUCUUCAUGAUUCUGUCAUAUUAAGAAACACCUGUAGGUUUGCUUCAAAUAAAGGCAUAUAUACCAAGGACUUACAGACAAAAUUAAGAAUGUCAAUUUAAGUUAAUAAAAAUCUCCCAAUAUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-546.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -586.26
Frequency: 0.0000
Diversity: 531.56
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((((.....(((((..(.(((((((((....(((((((((((.((((((((((((.((....(((((...)))))((((((...((.((.(((.(((((((.((((...))))))).))))))).)).))))))))....((((..((.((.(..(((.((((....)))))))..))).)).))))..)).))))))).....)))))..))))....))))).....((((((.((((((((.(((..(((.((....(((..........)))....)).)))..))).)))))))).))))))(((..((((((((....(((((((.((((((((..(..(..((((((.((((.((((((((.(((((((((.....))))))))).........(((((.....((((((((..(.(((((..((.......(((.....)))..))..)).))).)..)))))))).....))))))))))))).))))))))))..)..)..))...))))))))))))).((((((....)))))).(((.((((....)))).))).((((..(((((((((((((....(((....(((((.((((........)))))))))....)))((((......(..((((((....))))))..)....))))....((((((........)))))))))))))))....))))..))))(((....)))))))))))....)))..((((.(((((...((.(((..((((.(((........)))..))))..))).))...))))).)))).((((((....))).)))..((((((((.......(((((...))))).......))).)))))(((............)))....((((..(((....))).))))))....))))))))))..)))))....)))))))).........(((((.((((.((((.(((((...)))..........((((.(((((((.((((((.(((((.((...)).)))))))).))).))....))))).)))).....((((......)))).((((((((((........(((.(((((((((((.((.(.((.((.(((..((((((.((((((((..(((((((..((((((((((............))))...........))))))..)))))))..))))))(((((...(((((.((..(((((.........)))))....)).)))))....))))))).))))))..))).)).)).).))))))))))))))))......)))))...))))))).)))).)))).))))).((.(((........(((((((((((.......(((......)))))).))))))))((((((.((((((.((.((((((.((((((((((((((.(((.(((((.......(((((.((((((...(((..(((((..((((.....))))...........(((((((((.((.((((...........(((((...)))))(((((((((((.......)))))).)))))..................)))))))))))))))......(((.((((.....((((.(((...))).)))).....)))).))))))))..)))..)))))).))))).......))))).)))((((((((((...........))))).)))))..))))))))))........(((((.....)))))...(((((..(((((((((((((((((((((....(((((.......)))))....))))))(((((((..........)))))))..((((((.(((((........((((((((((......)))))))))))))))...))))))........))))))))))))))).(((((......)))))..)))))...)))).)))))).)).))))))....))))))(((((((((((((.......)))))...........))))))))((((..........))))....................)))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
......((((((((..,{{(((((,.{.(((((((((,,,{(((((((((({.(((,|(((((((.{(....{((((...))))|((((((...((.((.((,{(((((((.((((...))))))).))))))).)).)))))))),...((((..{(.(({{..(((.((((....)))))))..))).)).))))..}}.)))))))..,,,),}}}..}}))....}}}}}....{((((((.((((((((.(((..{((,(,....{{{..,..,....}}}....)).}}}..))).)))))))).))))))}..,,,,...,,,.,,.,(((((((((((((({..{..,..((((((.((((.((((((((.(((((((((.....))))))))).........(((((.....((((((((..(.(((((..((.......(((.....)))..))..)).))).)..)))))))).....))))))))))))).))))))))))..,..}..}},..})))))))))))|((((((({...,.|(({..(((...((((((({,.,,,.((((..{((((((((((((.,,.(((....((((,,((((........)))))))))....))){{{{......|..((((((....)))))),.|,...},}|,...{{((((........)))))})))))))))....}))}..}}}}((..((((({{(({.((((((.,.{..,.(,{(((({{{........}))..)))))).,.}.)))))).)))))))))..)),,.,{{{|,|,,{{,|||..,}))}})}}..,,||,,,}})))))}...))}..)))),....})))))))|{..(((.......,....))}.}..((((..(((....))).)))),,....))))))))})..)))}},},,)))))))).........{((({.((((.((((.(({({...})}..........((((.(((((((.((((({,(((((.{{...)).)))))))).))).))....))))).)))).....((((......)))).((((((((((........(((.{((((((((((,{{.{.{{.((.(((..(((((({((((((((..(((({{|,,|||||{,|||,|,||,,,....|||||,.........,|||||,.|||}}}}..}))))}|||||..||||||.{,..{{{((,{.{{{{{.,,,,,..}}))},,))),...),})})).})))))..))).)).}}.}.})))))))))))})))......))))),..})))))).)))).)))).})))|{{{,{({,,,....,{(((((({(({.......{{{......)))))).)))))))|((((({.{(((((.{{.((((((.{(((((((((((({.{{{.(({{{,,,,,,,{{{{|.{({(((,{,{{({,({((,..,||{,,,,.}))),,}........{{(((((,,,{(,((((,,....,{{{{{{(,.,{{,},,|{|||{,||||||,....|}}}}))})))))}...,,,,,...,,}},,))))))))))))))),}....(((.((((.....((((.(({...})).)))).....)))).)))}}}}}..})),.))}))).))))).......}}})).))}(((((((((({{,....}}}.})))).)))))..}))))))))).|||....{{{||.....,)}))}}}(((((..((((((((((((((({(((((....(((((.......)))))....|||||}{{{,||||,,......,,,}}}}}..((((((.(({({.....,..((((((((((......))))))))))})))),..))))))........))))))))))))))).(((((......)))))..)))))...}))}.)))))}.}).)))))}....})))))|((({(({(((((.......)))))....,.,....||||||},((({..........))))....},}}}}..........}})},......
Back