Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003998.4
Sequence Length
4055 nt
GC Content
0.5009
GAAGUGCACCAGCGAGCCGGGGCAGGAAGAGGAGGUUUCGCCACCGGAGCGGCCCGGCGACGCGCUGACAGCUUCCCCUGCCCUUCCCGUCGGUCGGGCCGCCAGCCGCCGCAGCCCUCGGCCUGCACGCAGCCACCGGCCCCGCUCCCGGAGCCCAGCGCCGCCGAGGCCGCAGCCGCCCGGCCAGUAAGGCGGCGCCGCCGCCCGGCCACCGCGCGCCCUGCGCUUCCCUCCGCCCGCGCUGCGGCCAUGGCGCGGCGCUGACUGGCCUGGCCCGGCCCCGCCGCGCUCCCGCUCGCCCCGACCCGCACUCGGGCCCGCCCGGGCUCCGGCCUGCCGCCGCCUCUUCCUUCUCCAGCCGGCAGGCCCGCGCCGCUUAGGAGGGAGAGCCCACCCGCGCCAGGAGGCCGAACGCGGACUCGCCACCCGGCUUCAGAAUGGCAGAAGAUGAUCCAUAUUUGGGAAGGCCUGAACAAAUGUUUCAUUUGGAUCCUUCUUUGACUCAUACAAUAUUUAAUCCAGAAGUAUUUCAACCACAGAUGGCACUGCCAACAGCAGAUGGCCCAUACCUUCAAAUAUUAGAGCAACCUAAACAGAGAGGAUUUCGUUUCCGUUAUGUAUGUGAAGGCCCAUCCCAUGGUGGACUACCUGGUGCCUCUAGUGAAAAGAACAAGAAGUCUUACCCUCAGGUCAAAAUCUGCAACUAUGUGGGACCAGCAAAGGUUAUUGUUCAGUUGGUCACAAAUGGAAAAAAUAUCCACCUGCAUGCCCACAGCCUGGUGGGAAAACACUGUGAGGAUGGGAUCUGCACUGUAACUGCUGGACCCAAGGACAUGGUGGUCGGCUUCGCAAACCUGGGUAUACUUCAUGUGACAAAGAAAAAAGUAUUUGAAACACUGGAAGCACGAAUGACAGAGGCGUGUAUAAGGGGCUAUAAUCCUGGACUCUUGGUGCACCCUGACCUUGCCUAUUUGCAAGCAGAAGGUGGAGGGGACCGGCAGCUGGGAGAUCGGGAAAAAGAGCUAAUCCGCCAAGCAGCUCUGCAGCAGACCAAGGAGAUGGACCUCAGCGUGGUGCGGCUCAUGUUUACAGCUUUUCUUCCGGAUAGCACUGGCAGCUUCACAAGGCGCCUGGAACCCGUGGUAUCAGACGCCAUCUAUGACAGUAAAGCCCCCAAUGCAUCCAACUUGAAAAUUGUAAGAAUGGACAGGACAGCUGGAUGUGUGACUGGAGGGGAGGAAAUUUAUCUUCUUUGUGACAAAGUUCAGAAAGAUGACAUCCAGAUUCGAUUUUAUGAAGAGGAAGAAAAUGGUGGAGUCUGGGAAGGAUUUGGAGAUUUUUCCCCCACAGAUGUUCAUAGACAAUUUGCCAUUGUCUUCAAAACUCCAAAGUAUAAAGAUAUUAAUAUUACAAAACCAGCCUCUGUGUUUGUCCAGCUUCGGAGGAAAUCUGACUUGGAAACUAGUGAACCAAAACCUUUCCUCUACUAUCCUGAAAUCAAAGAUAAAGAAGAAGUGCAGAGGAAACGUCAGAAGCUCAUGCCCAAUUUUUCGGAUAGUUUCGGCGGUGGUAGUGGUGCUGGAGCUGGAGGCGGAGGCAUGUUUGGUAGUGGCGGUGGAGGAGGGGGCACUGGAAGUACAGGUCCAGGGUAUAGCUUCCCACACUAUGGAUUUCCUACUUAUGGUGGGAUUACUUUCCAUCCUGGAACUACUAAAUCUAAUGCUGGGAUGAAGCAUGGAACCAUGGACACUGAAUCUAAAAAGGACCCUGAAGGUUGUGACAAAAGUGAUGACAAAAACACUGUAAACCUCUUUGGGAAAGUUAUUGAAACCACAGAGCAAGAUCAGGAGCCCAGCGAGGCCACCGUUGGGAAUGGUGAGGUCACUCUAACGUAUGCAACAGGAACAAAAGAAGAGAGUGCUGGAGUUCAGGAUAACCUCUUUCUAGAGAAGGCUAUGCAGCUUGCAAAGAGGCAUGCCAAUGCCCUUUUCGACUACGCGGUGACAGGAGACGUGAAGAUGCUGCUGGCCGUCCAGCGCCAUCUCACUGCUGUGCAGGAUGAGAAUGGGGACAGUGUCUUACACUUAGCAAUCAUCCACCUUCAUUCUCAACUUGUGAGGGAUCUACUAGAAGUCACAUCUGGUUUGAUUUCUGAUGACAUUAUCAACAUGAGAAAUGAUCUGUACCAGACGCCCUUGCACUUGGCAGUGAUCACUAAGCAGGAAGAUGUGGUGGAGGAUUUGCUGAGGGCUGGGGCCGACCUGAGCCUUCUGGACCGCUUGGGUAACUCUGUUUUGCACCUAGCUGCCAAAGAAGGACAUGAUAAAGUUCUCAGUAUCUUACUCAAGCACAAAAAGGCAGCACUACUUCUUGACCACCCCAACGGGGACGGUCUGAAUGCCAUUCAUCUAGCCAUGAUGAGCAAUAGCCUGCCAUGUUUGCUGCUGCUGGUGGCCGCUGGGGCUGACGUCAAUGCUCAGGAGCAGAAGUCCGGGCGCACAGCACUGCACCUGGCUGUGGAGCACGACAACAUCUCAUUGGCAGGCUGCCUGCUCCUGGAGGGUGAUGCCCAUGUGGACAGUACUACCUACGAUGGAACCACACCCCUGCAUAUAGCAGCUGGGAGAGGGUCCACCAGGCUGGCAGCUCUUCUCAAAGCAGCAGGAGCAGAUCCCCUGGUGGAGAACUUUGAGCCUCUCUAUGACCUGGAUGACUCUUGGGAAAAUGCAGGAGAGGAUGAAGGAGUUGUGCCUGGAACCACGCCUCUAGAUAUGGCCACCAGCUGGCAGGUAUUUGACAUAUUAAAUGGGAAACCAUAUGAGCCAGAGUUUACAUCUGAUGAUUUACUAGCACAAGGAGACAUGAAACAGCUGGCUGAAGAUGUGAAGCUGCAGCUGUAUAAGUUACUAGAAAUUCCUGAUCCAGACAAAAACUGGGCUACUCUGGCGCAGAAAUUAGGUCUGGGGAUACUUAAUAAUGCCUUCCGGCUGAGUCCUGCUCCUUCCAAAACACUUAUGGACAACUAUGAGGUCUCUGGGGGUACAGUCAGAGAGCUGGUGGAGGCCCUGAGACAAAUGGGCUACACCGAAGCAAUUGAAGUGAUCCAGGCAGCCUCCAGCCCAGUGAAGACCACCUCUCAGGCCCACUCGCUGCCUCUCUCGCCUGCCUCCACAAGGCAGCAAAUAGACGAGCUCCGAGACAGUGACAGUGUCUGCGACAGCGGCGUGGAGACAUCCUUCCGCAAACUCAGCUUUACCGAGUCUCUGACCAGUGGUGCCUCACUGCUAACUCUCAACAAAAUGCCCCAUGAUUAUGGGCAGGAAGGACCUCUAGAAGGCAAAAUUUAGCCUGCUGACAAUUUCCCACACCGUGUAAACCAAAGCCCUAAAAUUCCACUGCGUUGUCCACAAGACAGAAGCUGAAGUGCAUCCAAAGGUGCUCAGAGAGCCGGCCCGCCUGAAUCAUUCUCGAUUUAACUCGAGACCUUUUCAACUUGGCUUCCUUUCUUGGUUCAUAAAUGAAUUUUAGUUUGGUUCACUUACAGAUAGUAUCUAGCAAUCACAACACUGGCUGAGCGGAUGCAUCUGGGGAUGAGGUUGCUUACUAAGCUUUGCCAGCUGCUGCUGGAUCACAGCUGCUUUCUGUUGUCAUUGCUGUUGUCCCUCUGCUACGUUCCUAUUGUCAUUAAAGGUAUCACGGUCGCCACCUGGCAUUCCUUCUGACCACAGCAUCAUUUUGCAUUCAAAUUAAGGGUUAAGAAAAGAGAUAUUUUAAAAUGAGAGUCACUUGAUGUGCCAUUUUAAAAAAAAAGGCAUAUUGCUUUUUCUAAUGUGGUUAUUUCUCUGAUUUGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAUACUUGUCAAUAUUUAAACAUGGUUACAAUCAUUGCUGAAAAUGGUAUUUUCCCCCUUUUCUGCAUUUUGCUAUUGUAAAUAUGUUUUUUAGAUCAAAUACUUUAAAGGAAAAAAUGUUGGAUUUAUAAAUGCUAUUUUUUAUUUUACUUUUAUAAUAAAAGGAAAAGCAAAUUGAUGACCUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1349.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1429.42
Frequency: 0.0000
Diversity: 1399.88
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((......(((((((((((((((((((((.(((...((..((((((((((((((((..((((((...(((.............(((..(((.((((((...((.((.((((((...)).))))..)).))...)))))).)))..)))))).))))))))))).)))))).((((((.(((((((....(((((((((.(((.((((.(.(((((....(((........))).))))).).))))..))))))))))))))))))).)))..)))((((..(((..((((...((........))...))))..))).)))).)))))...)).))).)))))))))(((((..(((((.(((....))))))..))..)))))))))...((.(((....)))))....))).)))))......))))).......((((((((((.(((((((.((((((((.....((((((...))))))(((((((.(((((..................((((((................(((.((((.....))))...)))....((((((.(((((((......)))(((.((((.(....).)))).)))..)))).))))))......(((.(((((.(.(((((((((((((((((......(((.(((((..(((((.(((((....)))))..((((((((((.((((((...(((((.((.((((((....))).............((((((((((((((((......)))))....)).))).))).)))...))).)).))))))))))).)))....)))))))(((..((...))..))).))))).))))).)))..((((..........))))...)))))))......(((((((((((((((((..((((((.....((((((.((((((((((.((((..((..((((.((((....)))))))))).))))....))).))))))).))))))......((......))..((((((..(((((((((..((((((.((.(((.......))).)).))).......(((((.....(((((.(((((((((((((((((...((((.((((.(((...))).)))).)))).................(((((((((((((..((((...(((.....)))...)))).(((((((.((((((((((..(((((((((.(((.((.(((((.(((......))).))))).))...((((((((.(((...................))).))))))))..........))).)))))))))..)))..(((...(((((((.....)))))))....)))............((((((((.((((((.((((..((((((((.(((.((((((.(((((.....))))).((((...........)))).......((.(((((((((((((((..........((((((..((((((.............))).)))....)))))).....))))))).)))))))).)).))))))...))).))))))))..)))).))))))(((((((((...(((((..(((.....((((((((.(((.((((((((((((...(((((((((((((...))))))).....(((((...)))))......)))))).)).)))))...))).))..))).))))).)))..(((.....)))........(((((.((....)).))))).......(((((..((((((((((((.((((((..(((..(((.((...((((....(((((((.(....))))))))..))))...))((((((..........................)))))))))..)))...))))))...))))))))).)))...))))).(((.((((.(((((....))))))))).))).(((((((((((((.(...((((.((((.((((((....)))))).))))))))).))))(((((.(((((((((((..(((((...)))))..............))))))))))).))))).(((((((.((((((.......))))))..)))))))((((....))))....(((((.....((((...)))).((....))..((((((((((.((((.(((((..(((((((((((.(...((((((((((((.(((....))).)))))))......((((((((((..((((((((((......)).))))).(((((........))))))))....)))))))))).......((((.......(((..((((.((((...))))..)))).)))))))...((((.......)))))))))...)))))))))))).)))))((((((.(((((((..((.(((((((.(((((.(((((...((.(((((.(((......))).)))))))((((.((.........((.((..((((((...))))))..))))(((((.((.((((((((..........)))).))))...)))))))((((.....))))(((((((..(((((((..(((((((((((((((((((((((.((((.........)))).)).....)))))))(((((((((..((.(((....))).))....))...)))))))....))))))))((((((((..((((((.........)))...(((((((.(((((((.....((((..((((....))))...((((((..(((((((((......((((((((..................))))).)))))))))))).)))..)))(((.....)))(((......))).(((((((..((.(((.((((...)))).)))...))..)))))))))))......))))))).)))))))..(((((((.((((((.....(((((((....))))))).....))))))...)).))).))(((((((..(((((..........))))).))))..))).......))).))))))))....))))))..)))..))))..)))))))))))))..(((((((..................)))))))..........)))))))).)).))))...))).))..)))))))((((((......))))))..((((.........)))).....))))))))))..)))))))))).)))))......(((((.........)))))(((((....((.((.((((........)))).))))...)))))..)))))))))..)))..)))))....))))))))).(((((.....)))))...((((((((.(.(((((...(((.((((((..((((....((((....((((((......))))))....))))....))))..)))))).))).................))))).)))))).))).)))))))).....)))).))))))))))...)))))))).))))).)))))).((((...))))..)))))).))))))))))....))))))))))))))).))..)))))))))))).))).)))..))).))))))))...))))))).))).))))))))).....))))))......(((......)))..)))))..))))))).....(((.(((.(((......))).))).)))((((((((.((((....)))).)))))))))))))))).))))))))))))).)))).............................((((((((....(((((((.(((((((((.(((.(((((.((........)).))))).)))...))..))))))).)))))))..((((((.((((.(((.......))).)))).))))))....((((.(((((((((..........)))))))))...)))).)))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
(({(({{{,{{({((((((((({(((,,((((.(((..,({,.{(((,{{{{{||||{{..{||{{|.,.({|||..,}||||,,,{{{,,((({((((((...((.((.((((((...)),})))..)).))...)))))).|,,.,||)||||||||||}||||.|||||}.(({(({.(((((((....(((((((({{(((.((((.(.(((((....(((........))).))))).).))))..))))))))))))))))))).))).})))}{{||.||||}{{{({..(({,,{,...|...,)))),.|}}.|)))}))))){{{||{|||{|||||||||(((,,{{(((((.{,,....)))))).,))}}))))||{{{...{|||{|,,{{|||||...|{|,.,,)))....}})))))....,{{(({,{{.,(,(((((...(((((.(((((..{((.((({..|,,,||(({{{{|{{(((........,{{{{{{......{|||||||,.........{{(((,((((.....)))).}}}}},,,.,,,|,.....{{{{......}}}}.|}}||}}|},,,},..,,.},.}))).))),.)))})..))))}.{||||},.|{||,((((,(((((((......(((.(((((..(((((.{((((....}}|||,.((((((((((.((((({..{(((((.((.(({{({....}},.||||.......||||{{{{({,{(((({..,..,|||}}....}}})}},})).)))).,))),)).))))))))))).))),...})))))){|{,,|{...}}..))),))))).))))).)))..((((..........))))...))))))).}}}}.,.,,.,,,{||}|||{,,.,{||||{,...,}}))).)))))}))))))}||,,{({((({{...,||||,..(((.((((((((((,,((((((...((.(.(((({,...,((((.{((({,,.{((((((.,({{{|.{{((((((({,.(({||{(((.((((.,((((((.{,....{({(((({{....((((.(((((..(((((((....((((.((((.(((...))).)))).)))).,,{,{{,,.,,....|{,{{{{((((((((.{{,{....(({{........})))..|}}.)))))))))..,||}.|||(((((,.,,,.{(,(((((.(((......))).))))},},..,((({{(((.{({,,......,,...,,..,|})),}}))))||{{{{{{{,...,}}))))))))}..}}}.,|||,,,||||,,|..,..}}||||||....|||....|||,,.,,,))},,..{(((((.,(((..((((((({.{,,.{((((({((((({,....,|,{,{{({...,.,,,..,|||,.,{,|||((|((((({((((,,,{{,...,,,...{{{|{||,{{||||,,,.{,,,.|,,,||}.}}},...}}}}}}}}}}})))))))})}})))}},)},}))))))))))).))))))))..)))}.))))))(((((((((...(((((..(((..,,.((((((((.(((.((((((((((((...(((((((((((((...})))))}.....{((({...})))}.....,)))))).)).))))}...))).))..))).))))).)))..,{{.....,||,({{,..,{((((.((....||,}|}}}.......{(({,..{((((,(((,,,.,,...,....}}}.||}|....{{{|,{,,(((((((.(....||||}}}}.,}|}}{,{,,|,|||{..,,,.,,,...,,,..,....{,,{||}||}||||.}}})}},))...}}})))}}}||||{||,|.}||||{{({.{{{{.{||{|,...))))))))),)},.(((((((((,,,({(({.{({,{((((.((((((....)))))).)))))|||{{{{(((((((.(((((((((((,.{((((...,}}}|.,,,,,.,.|,|,||,}}))))))}.{{(((,{(({{((.{{{||{.,||,|.{(((({..|((((((.(((..........))).))))}},,||.,.}))))).,..}}))})),,}}}))))},|{{{.{((((,.||{{{((((||,{,..{{{{|(((((((.(((....))).))))))).,,...((((((((((..{{,,,{|{{{,...,,})),},}}.{{{{{........)))))))}....)))))))))).......((((.,.....{((..((((.{(((...})))..)))).)}}))))..{((((.......))))))))}..,})})))}}})}}.,}})}|||||||(((((((..((.(((((((.(((((.(((((,..,{{(((((.((({{{{.{|||.}}|||}|(({,.{,....,..,,.,,|,..||||})))}}})))}}})))}(((((.((.((((((((.......,..)))).})))...)))))))((((.....)))){{{{(((.,({(((((,,((({{({{((((((((({{{{((,{(((,|......,)))).)),,...}}}}}}}(((((({,{..(({(((,...|}}.}}|...,}.,,}))))))....}}}}}}}}|||||||{..|{{|||.},,,...,))),||(((((((.{(((({{,,.....,{,.((((....)))).|,|{{((({{{,,.,,|||,.,{.,,,.{{,,,...,|,,|,|.},..{{{{||||{|..|..,,},.)}),.}})))}}..,,||}.,|||....,,}},.,((((((..,,.(((.((({...)))).)))...}}..))))))}||.,,}},..})))))).))))))).}},|||}||{||{|{..,,.(((((((....)))))))}|,|,|||}}}..,,}|}}}}},(((((((..(((((..........))))).)))),.}))...,,,.))},))))))}}||,,))}}}},.|||..}}}).,}}}}}}}||,,.,{{{{{{|{({,{{,{,{(((((.....)))))),.....}.,},))}})))).)).)))}...))).))..))))))){(((((...{{{||||||..,,{{.|,......}}}}...,,,,{(((({|,..,)))))}}....,.........((((({({....}))))))}}}}))}.,}}|{(.((((........)))).))},...}))))..)))))))))..)))..)))))....))))))))).,((((.....))))))))))).))))))))),}))}))},}},,)))))),,)))))))}.....((((((......)))))).....,,.....)),,}})))))))))}},.....,|||||,,|||,,||||||{{,.(((((.((((((.((..,{{{,....}},.}},))))))))))))),}}.}))|,|,}}}.,}}})))},})),))))))))})))))...)))).})))))).).))...))))))))))),)).)))).)))...)))}))},..})))},}}.))),|||,,,,))}...,}|||||{||,..(((......)))...,......,}))}}.,||,,{{,{{{.{{{{,...,|||||||.,..{(((((((.((({....,))},)))))))))}}})))}...}|}|||||||,,,,,{{{({{{.................,,,,,....{{{{{||||{((((((.(((((((((.(((.(((((.((........)).))))).)))...))..))))))).))))))|,,(((({{.,{{{.|||,,,,....))})))),)}}}}}....,,,|,}}}}}|.{{{|.((((({...)))))),.},})))))})))))}}},}.
Back