Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_004040.4

Sequence Length

2367 nt

GC Content

0.5746

AUCUGCCACCGCAGUCUGGUUGGAGCUGUUGUCUUGUAUGCUCAGCGAGGCCCGGAGAGACCCGGGAGAGAGCUAGGCCGAGUCCACCGCCCGAGUCUGCUGCCCGAGCCCGCGUUACGCACAAAGCCGCCGAUCCCCGGCCUGGGGUGAGCAGAGCGACCACCGCCCGGGAGCAGCGCGGCGAGACGCACGGUGCGCCCUAUGCCCCCGCGCCCCCACCGCCCCCGCCGCGGCAGCCGAAGCGCAGCGAGAGAACGCGCCACCGCGGGGCCCGGGUGCAGCUAGCGACCCUCUCGCCACCUGCGCGCAGCCCGAGGUGAGCAGUGAGCGGCGAGCGGGAGGGCAGCGAGGCGUUCGCGGGCCCCCUCCUGCUGCCCGGGCCCGGCCCGCUCAUGGCGGCCAUCCGCAAGAAGCUGGUGGUGGUGGGCGACGGCGCGUGUGGCAAGACGUGCCUGCUGAUCGUGUUCAGUAAGGACGAGUUCCCCGAGGUGUACGUGCCCACCGUCUUCGAGAACUAUGUGGCCGACAUUGAGGUGGACGGCAAGCAGGUGGAGCUGGCGCUGUGGGACACGGCGGGCCAGGAGGACUACGACCGCCUGCGGCCGCUCUCCUACCCGGACACCGACGUCAUUCUCAUGUGCUUCUCGGUGGACAGCCCGGACUCGCUGGAGAACAUCCCCGAGAAGUGGGUCCCCGAGGUGAAGCACUUCUGUCCCAAUGUGCCCAUCAUCCUGGUGGCCAACAAAAAAGACCUGCGCAGCGACGAGCAUGUCCGCACAGAGCUGGCCCGCAUGAAGCAGGAACCCGUGCGCACGGAUGACGGCCGCGCCAUGGCCGUGCGCAUCCAAGCCUACGACUACCUCGAGUGCUCUGCCAAGACCAAGGAAGGCGUGCGCGAGGUCUUCGAGACGGCCACGCGCGCCGCGCUGCAGAAGCGCUACGGCUCCCAGAACGGCUGCAUCAACUGCUGCAAGGUGCUAUGAGGGCCGCGCCCGUCGCGCCUGCCCCUGCCGGCACGGCUCCCCCUCCUGGACCAGUCCCCCGCGAGCCCGGAGAAGGGGAGACCCGUGUCCCACAAGGACCCCACCGGCCUGCCUGGCAUCUGUCUGCUGACGCCUCUGGCUUGCGCCAGGACUUGGCGUGGGCACCGGGCGCCCCCAUCCCAGUGUCUGUGUGCGUCCAGCUGUGUUGCACAGGCCUGGGCUCCCCACUGAGUGCCAAGGGUCCCCUGAGCAUGCUUUUCUGAAGAGCCGGGCCUCAGAGUGUGUGGCUGUGUGUCUGUUCGACUCCCCUCGCCCCAUUUUCACCCCACCCCCGCCUCUGAUCCCCGGGGGCGAGAUUGGCGCGGGAGUGUGGCCGCGCCCCAUCAGAUGUUCGCCCUUCACCAGCGGGAGCUUGAUAUCCCUUGUCUGUAACAUAGACCCCGGGUACUGCGGGAGGGGAGGGCUGCUGGGGAGGAUGGGGGGAUGUUAUAUAAAUAUAGAUAUAAUUUUAUUUUCGGAGCUAAGAUGGUGUUAUUUAAGGGUGGUGAUGGGUGAGCGCUCUGGCCCAGGCUGGGCCAGACUCCCGCCCAAGCAUGAACAGGACUUGACCAUCUUUCCAACCCCUGGGGAAGACAUUUGCAACUGACUUGGGGAGGACACAGCUUCAGCACAGCCUCUCCUGCGGGCCAGCCCGCUGCGAACCCUCCACCAGCUACCGGAGGGAGGAGGGAGGAUGCGCUGUGGGGUUGUUUUUGCCAUAAGCGAACUUUGUGCCUGUCCUAGAAGUGAAAAUUGUUCAGUCCAAGAAACUGAUGUUAUUUGAUUUAUUUAAAGGCUAAAAUUUGUUUUUUUAUUCUUUGCACAAUUGUUUCAUUGUUUGACACUUAAUGCACUCGUCAUUUGCAUACGACAGUAGCAUUCUGACCACACUUGUACGCUGUAACCUCAUCUACUUCUGAUGUUUUUAAAAAAUGACUUUUAACAAGGAGAGGGAAAAGAAACCCACUAAAUUUUGCUUUGUUUCCUUGAAGAAUGUGGCAACACUGUUUUGUGAUUUUAUUUGUGCAGGUCAUGCACACAGUUUUGAUAAAGGGCAGUAACAAGUAUUGGGGCCUAUUUUUUUUUUUUCCACAAGGCAUUCUCUAAAGCUAUGUGAAAUUUUCUCUGCACCUCUGUACAGAGAAUACACCUGCCCCUGUAUAUCCUUUUUUCCCCUCCCCUCCCUCCCAGUGGUACUUCUACUAAAUUGUUGUCUUGUUUUUUAUUUUUUAAAUAAACUGACAAAUGACAAAAUGGUGAGCUUAUGAUGUUUACAUAAAAGUUCUAUAAGCUGUGUAUACAGUUUUUUAUGUAAAAUAUUAAAAGACUAUGAUGAUGACAUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-935.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -975.17

Frequency: 0.0000

Diversity: 584.99

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((((((.(((.((((..(((.(.((.((.((((.((....(((.(((.(((((((((.((((...(.(((......))).)....)))).)))).))..))).))))))....)).)))).)).)).).))))))).))).)))).))))).....(((((..((((.((((((((.((.......)).)))))....))).))))(((((((((((((...((((.(((..(((..(.((((((.(((...(((....)))((((((((.(.((.(((.((..((((((((((.((.((.(((.((.(.....).)).))).)))).).)))))))))..))..))))).).))))))))))).)))))))))))))))))..(((....((((....))))....))).)))))))).)))))((((((.((((((..(((.((((.(((((.((((((...(((((((((((((((((..(((((.((.(((((...(((...)))....)).))))))))))..)).))).(((.(.((((..((...(((((..(((((((.(((((.(((((.((.......)).)))).).))))).........((((.((.((((.......))))(((((((((.(((...(((((.....)))).)....))))))))))))))))))..((((((...)))))))))))))..)))))..))..)))).).)))..((((((.(((((.(((((((((......)))((((..(.(((((((((((.((.(((.(....).)))(((((..(((.(((((((((.(((((((((........))((.(((..((((((.(((((((.((........)).))).)))).))))))..)))))))))))).).)))).(((((.....)))))..((((((.(((((.((((((.(((......(((.(((((...((((((...)))).)))))))))).......(((((((((((((((((.((.(..((.....))..))).))))..))))))..)))))))......((((((....(((..((((((........((((.(((((((((((....))))))....))))).))))))))))))).....(((((.((((((((((.....))......)))))))))))))(((......)))......))))))..)))))).))).)))))..)))))))))))))...)))))((((((((..((((....((((((((.((((((((((.(((......((((((((.....)))))))).(((.(((((((........)))))))..)))....((..(((((((.((...((((........))))..((((((...))))))((((.......)))).))))))))).)).))))))))))))).)).(((((((........))))))).........(((...((((((((...........(((.(..((((((.(.(.(((((((((...)))))))))).).))))))).)))............)))))))))))..(((...)))(((.((........)).)))))))))...)))).....))))))))..)).))))))))))).)..))))..((((((.((..((...))..)).)))))).......))))))))))).))))))....(((((((.((((.((((.......((((.(((.....(((((.......))))).....))).))))......)))))))).)))))))...........(((.....((.(((.....))).))....)))))))))).)))))))))))))))))))))))..)))))).....)))))).....((((.......))))...((((((......))))))...((((.(((((((((.............(((((....(((......)))...))))).((((((((........(((((((((.....)))))).)))........)))))))).....((((.(((((................((((.(((..........))).)))).....(((((((.((....)).))))))).......))))).))))....)))))))))))))..........(((((.....)))))...(((((((.(((((.(((((((...)))))))..))))))))))))..)))))(((((.(((((((((((((((((........(((((....)))))))))))))).)))))))).))).))................

Thermodynamic Ensemble Prediction

.{((((((((.(((.((((..(((.{.((.((.((((.{(,...(((.(((.(((((((((.((((.{.{.(((......))).,..,.)))).)))).))..))).))))))....,),)))).)).)).}.))))))).))).)))).))))|({..(((((({,,(((.(((,((.{(((...||}.}}.)))})}}..|({{,{(((((((((((((((.{,((((.(((..(((..(.((((((.(((...(((....)))((((((((.(.((.(((.((..((((((((({.{(,((.(((.((.(.....).)).))).)))).).)))))))))..))..))))).).))))))))))).))))))}))))))))))..(((..,.((((....))))....))).)),)))))}))),,.,))}))|,|,||},,{{{(({({((((({,,,,,,}}}||||}||||,({(((((..(((((.((.(((((..{(({...})},}..)).))))))))))..)).))),|||..,|,||}}|.}},(((((..(((((((.(((((.(((((.((.......)).)))).).)))))..,,.....|{{{.{{,,.|,,........||(((((((((.(((...(((({.,,,{}}||,,....)))}))))}}}))))))),,||{{{{.,,)))}}})))))))..))))){{||{{||||{|{|,,..,,,,,..(((,{.(((((({.,,.||,.}}}((({..(.(((((((((((.{{.((({(....},|||(((({,.(((.((({{{|||.{{{||||||||,,....}){{.(((..((((((.(((({((.((........)).})).)))).))))))..)))}}|||||||,||||||,(((((.....)))))..((((((.(((((.((((((.(((...,..((,{(((((...{.((((...)))).}.))))))))....|..(((((((((((((((((.((.{..((.....))..}}),))))..))))))..)))))))......((((((....(((.,((((((........((((.(((((((((((....))))))....))))).))))))))))),,.....(((((.(((((((((({....,,.,},..)))))))))))))(((......))),}}}..))))))..)))))).))).)))))..)))))))))}}}}..))))))||||||(({,((((....((((((((.((((((((((.(((((,{{{(,((((({...{{||||||||{(((.(((((((........)))))))..,}}..,..,}}||||,,,.,,...((((........))))..((((((...))))))||||}}.....}}))})))),))),,)..))))))))))))).)).(((((((........))))))}.........(((,..{(((((((...........{({{(,.((((((.(.(.(((((((({...}))))))))).).))))))..)))......,,....)))))))))))..{{{..,)))|{{.{{........}}.}},)))))),..)))),....))})}))),,)).))))))))))).),.))))..,,{{||}||}}((,,.||{{||{||||||{{{,{,||||||||,|,,..,,,),}}}}|||||,{.{((({,,(({{{{{..,{((.((({{,{,(((((.......})))}.,,..}}},}},,....,{||||||||,,,,}}}}}}..,.,,..|(((.....((.{({.....))).)}....}))}||,|||.,,|||,|||}}}}))))))}},)}.)||||}.,,..}}}}}}.....((((.......))))...{{{{({......})))},{{{(((({{((({{(((...........,}||,{|}}.}||}}}}},|}|}}||}}}}.||{,{||||}|,.....,,.{(((((.....))))))})))}}}.))..))))))),.}}}}{(((.(((((.............,,.((((.(((..........))).)))),,,..(((((((.((....)).))))))).......))))).)))),,,,),,,,,,)))))),}))))}}}..}}))}....,|{({{..(((((((.(((((.(((((({...}))))))..))))))))))))..))))){{(((.((((((((((((((({.......,{(((((....))))))))))))))))))))))).))).}}..}}}}}}}.......