Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004203.5
Sequence Length
2061 nt
GC Content
0.6730
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Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-978.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1009.80
Frequency: 0.0000
Diversity: 504.32
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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