Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_004209.6

Sequence Length

2026 nt

GC Content

0.6397

GAGGCGGCAGCGGCUGCAGCGUUGGUAGCAUCAGCAUCAGCAUCAGCGGCAGCGGCAGCGGCCUCGGGCGGGGCCGGCCGGACGGACAGGCGGACAGAAGGCGCCAGGGGCGCGCGUCCCGCCCGGGCCGGCCAUGGAGGGCGCCUCCUUCGGCGCGGGCCGCGCAGGGGCCGCCCUGGACCCCGUGAGCUUUGCGCGGCGGCCCCAGACCCUGCUCCGGGUCGCGUCCUGGGUGUUCUCCAUCGCCGUCUUCGGGCCCAUCGUCAACGAGGGCUACGUGAACACCGACAGCGGCCCCGAGCUGCGCUGCGUGUUCAACGGGAACGCGGGCGCCUGCCGCUUCGGCGUCGCGCUGGGCCUCGGAGCCUUCCUCGCCUGCGCCGCCUUCCUGCUGCUCGAUGUGCGCUUCCAGCAAAUCAGCAGCGUCCGCGACCGCCGGCGCGCGGUGUUGCUGGACCUGGGCUUCUCAGGACUCUGGUCCUUCCUGUGGUUCGUGGGCUUCUGCUUCCUCACCAAUCAGUGGCAGCGCACGGCGCCAGGGCCGGCCACGACGCAGGCGGGGGACGCGGCGCGGGCCGCCAUCGCCUUCAGCUUCUUCUCCAUCCUCAGCUGGGUGGCGCUCACCGUGAAGGCCCUGCAGCGGUUCCGCCUGGGCACCGACAUGUCACUCUUCGCCACCGAACAGCUGAGCACCGGGGCGAGCCAGGCCUACCCCGGCUAUCCGGUGGGCAGCGGCGUGGAGGGCACCGAGACCUACCAGAGCCCGCCCUUCACCGAGACCCUGGACACCAGCCCCAAAGGGUACCAGGUGCCCGCCUACUAGCGGCUGGCAGGCACAGACCAGGGCUCCAAGGCCACCCCACCAACGCAGGCCCCAGGGUCUCCGGGACCUCCCUUGGGUCCUUCCAGCUCAGUGCCGCGGACAGAGUAGGUGGCCGCUUUGCGCCAUCCGGGGCCAAGAGGGGGUGGACCCGCGUGUCUGGGCUGCCCCUGCCAAGUUCCCCCAGUCCCUCAGCACCUGGCCCCAGGACUGAGGUCCUGAGAAGGGGAUAGCACUGCCCAGGACGUGUGUCCCUAGCCUGGAAUGGACUGGCCUGGGGAAGGCUUUCCCCUCUUGGGCCACACCUGCUCACUCUGGGGUUGGGGGUCCAGCUGCCCUCUACGAUCAGGUGCAGGGGCUGCCCAGGACAAAGCGGGGGCAGGGGAAAGACACCACCCUCGCCCCAAGACUGGGGAUCCUGGCCACUGUUCCCAUCCCAUGUCCCUGUGGGUAGUGACUGUCUCGUUUCUGUCAUGGUGGUGCGUCCCGUCCGGAGCCACUCUCCACUUUCUCUCACAGGCUGCUAGAACAGCCCAGCCCUGUCAGUGUUGUGAUCAUGGUCCAGUCUUCGGGUUUCACCUCCUAGUACUCCACAAGCUGCUCCUCUCUCUGUGGCCCCGGCCCCUGCCCAGGUGUGGGUGGUUCUGGCCAGGAAGGCACAAGGUAGCUGUGGGCCAAGACACCAGCCCUGUCCUAGCCCUUCAGUAAGACCUUGCCAGGAGAGGAGAAGGAUGCCUGGGUGCCAGGCAAGACAAGCCCCUCAGCAGGAGAGAGGCCCAGAGGCUCCAGCUGGCCACCGUGCCCCACAAGAUGGCCCCUGUGUGGUUCCCUUUACCUUGGCUUCCUGGCCCAGUCCCUGCCUCUCCACCUGCACCCUGCUUCCUGGCCCAGUCCCAGGUUGGAGUCCCUCUGCAUAGCUGACUACUCAUGCAUUGCUCAAAGCUGGCUUUUCACAUUAAGUCAACACCAAACGUGGUUGCCACAUUUCAUCAGACAGACACCUCCCUCUGGAGAUGCAGUUGAGUGACAACCUUGUUACAUUGUAGCCUAGACCAAUUCUGUGUGGAUAUUUAAGUGAACAUGUUUACAAUUUUUGUAUAUAUCACUCUCUCCCUCUCCUGAAAGACCAGAGAUUGUGUAUUUUCAGUGUCCCAUGUUCCGACUGCACCUUCUUUACAAUAAAGACUGUAACUGAGCUGACUGUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-904.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -937.15

Frequency: 0.0000

Diversity: 764.92

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((.((.((.(((((.((((((((.((....))))))))....)).))))).)).)).)))))((((((((((((((.(.......(((((((.....(((((...)))))..)).)))))).)))))))).(((((((((((......)))))(((((((.(((((....))))).....((((.......)))))))))))..(((((......))))).....((.(((((((((((.((((((..(((((((((.......(((((.((((((((.(.((((.((((((....((..(((((.(((((((.....)))))))))))))))))))))))).)))))).))).)))))..((.(((((((((((((.((.......((((((.(((.(((.......))).)))))))))(((((((((.((((.....))))))))).))))(((((...))))).....(((((..(((((.(..(((((.(((.(((((............))))).))).)))))..))))))..))))))).))))))))))))).))((((.(((((((((..(((((((.......(.((((((......)))))).).......)))))))..))..)))))))))))))))).))))..........((((((.(((....((...))..)))))))))....(((((((..((....))))))))).))))))))))))))))).)).))).)))....)))))).((((.((((((((((.....(((((....((((((...))))))((((.((((...)))).))))........)))))....((((..............)))))))))))))).(((((((.....)))))))..(((((((((((((((((.((((..((((((..(((.((.((....)).)).)))((((((((((((((...(.((((.((((((((((...((((...((((((((..(((((((((((((((....(((((((((((.(((((.(((..(.((((((.(((.(((.((......)).))).)).).)))))).)..))).))))))))))))....))))......)))))))).((((((......))))))......)))))))))))))))....))))...))))))))))((((..(.(((((((...((((((.(((..(((((...((........)).)))))..)))..)).)))).(((((.(........).))))))))))))).))))....((((.....)))).............(((((......)))))..(((.(((((......))).)).))))))).)..)))).))))))))))............)))))).)))).))))))))((.((((.(((((((....)))))))....)))).))......((((((.((((.((((...((((.......))))...))))..))))...)))))).((((((((((((.(((((((((((.((((((......((((......(((((.(((((((..((.((((((((..(((((..(((((.((((.(......).)))).))).......))..)))))..))))...)))).)))))))))..))))).....)))))))))).....)))))))....)))).)))(((..(((((....))).))..))).......((((((........)))))).........((((...)))).......((.(((((........(((((.(.((((((...((((((....)))))))))))).)))))).....))))).))........(((((...(((.(((((...))))).)))))))).....)))))))))........((.((((........)))).))............((((...((((((...)))))).)))))))))))))...))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

,,,((,(({(({(((((,({((((({,(({,.,{|,|,,||{{{{||{||||,{||.||{|||||(((((((({{((((,(,.((.{,((((({,.(,{{(((,({(({((|{({{{{{||||{({({((((,{{((((((((((,.....|||||(({((({((((((((({{{.{({.{{|{{.{.,....||}|}}|||||}|.,(({(||...|))|))|}}}}{{}|||||||||||,{||||,},||||((((,,,,....|||||,{{{{((((((,((({.((((((....,|..{|{{|.{||||||...,,)))))))}))}))))}))))))}}.)))))),))).))))},.||,{{|||||||||{||}||,.||||||||||.|||||{{|||,{{{|||,,,||{(|((({({((,..,}}.})}})})})},)))))))}((((((...}}}))).{{{{(({({{{((((.,({{((((.(({.{((({............))))).))).)))))}|{|||||{{|}|{{{}.|}}}||||||||,.}}((((,(((((((((..(((((((.......{.((((((......)))))).}.......)))))))..}}..}||}}}})))}})))}.))}}...,...,,.{{(({{.{{{....{{{{.}|,,||||},}||{,.{({{{,,|},||,,.,))))))}}).}})))|||||||||}}}.,|,}||.,,,,.||},}}}}.,|||.((((((((((.....{((((....|(((.,...||{{(|(((,.((,,..,,})),,))),,..,,,.)))))....((((..,........}..)))))))))))))).(((((((.....)))))))..,,}|}},}}}}}}))}},}},}}.}||||}}}|,.,))))}.}|||||||||((((((((((((((((,.,({(((((({((((((((...({(({,,((((((({.,((({{(((((((((({,.,{{||||||((,{(((((.(((..(.((((((.({,.{((,((......)).},),)).},)))))).)..))).))))))))})))}},.,,,),}}...,))))))),((((({......})))}}......}))))))))))))}),,,,)))),..)))))||}||((((..(.(((((((...((((((.(((..(((((...((.....,..,}.)))))..)))..)).)))).(((((.{........}.))))))))))))}.)))).,,,((((.....))))||,..,,||.{{{(((((,,....,))),.}}||,}||,||,.,,|||,.||,||}}|||,|,,}||||||}}))|}||,{{,,,......}|}}||||||||}||,})))||}||||}|||||,,.,,}))),)))}}}}))))}))}})|,.((((((.((((.((((.,.((((.......)))).,.))))..))))...)))))).|{{||(|({|{{.{{{((((((({.{|||||,,....{{({......(((((.((((((|.,{(,(({{{{{(,,(((((..||({{.{|||,{..,,,,}})))),))).,.....})..)))))..)))),,.}))),)))))))))..)))))...,.)))}}))))),..},))))))).,..)}}}.,}}(((..({{{{....)}),))..})),....|.((((((........)))))).,,,,,...{|{|,.,))}}......{((,(((({...,,,,.{{{||,|.((((((,,.((((((....))))))}}}))}.}}}|}|.....))))).))}.......{({((,.{(({.{(((,...,}))}.}}}}}}}},|||,}}||}}}})...))}}))))|,||,},,,...}}))}}..,))))))))))})}|,,.((((((...}))))}.)))},}})))))).})))..