Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004469.5
Sequence Length
2069 nt
GC Content
0.4345
AAGACACAUGCUUCUGCAAGCUUCCAUGAAGGUUGUGCAAAAAAGUUUCAAUCCAGAGUUGGGUUCCAGCUUUCUGUAGCUGUAAGCAUUGGUGGCCACACCACCUCCUUACAAAGCAACUAGAACCUGCGGCAUACAUUGGAGAGAUUUUUUUAAUUUUCUGGACAUGAAGUAAAUUUAGAGUGCUUUCUAAUUUCAGGUAGAAGACAUGUCCACCUUCUGAUUAUUUUUGGAGAACAUUUUGAUUUUUUUCAUCUCUCUCUCCCCACCCCUAAGAUUGUGCAAAAAAAGCGUACCUUGCCUAAUUGAAAUAAUUUCAUUGGAUUUUGAUCAGAACUGAUUAUUUGGUUUUCUGUGUGAAGUUUUGAGGUUUCAAACUUUCCUUCUGGAGAAUGCCUUUUGAAACAAUUUUCUCUAGCUGCCUGAUGUCAACUGCUUAGUAAUCAGUGGAUAUUGAAAUAUUCAAAAUGUACAGAGAGUGGGUAGUGGUGAAUGUUUUCAUGAUGUUGUACGUCCAGCUGGUGCAGGGCUCCAGUAAUGAACAUGGACCAGUGAAGCGAUCAUCUCAGUCCACAUUGGAACGAUCUGAACAGCAGAUCAGGGCUGCUUCUAGUUUGGAGGAACUACUUCGAAUUACUCACUCUGAGGACUGGAAGCUGUGGAGAUGCAGGCUGAGGCUCAAAAGUUUUACCAGUAUGGACUCUCGCUCAGCAUCCCAUCGGUCCACUAGGUUUGCGGCAACUUUCUAUGACAUUGAAACACUAAAAGUUAUAGAUGAAGAAUGGCAAAGAACUCAGUGCAGCCCUAGAGAAACGUGCGUGGAGGUGGCCAGUGAGCUGGGGAAGAGUACCAACACAUUCUUCAAGCCCCCUUGUGUGAACGUGUUCCGAUGUGGUGGCUGUUGCAAUGAAGAGAGCCUUAUCUGUAUGAACACCAGCACCUCGUACAUUUCCAAACAGCUCUUUGAGAUAUCAGUGCCUUUGACAUCAGUACCUGAAUUAGUGCCUGUUAAAGUUGCCAAUCAUACAGGUUGUAAGUGCUUGCCAACAGCCCCCCGCCAUCCAUACUCAAUUAUCAGAAGAUCCAUCCAGAUCCCUGAAGAAGAUCGCUGUUCCCAUUCCAAGAAACUCUGUCCUAUUGACAUGCUAUGGGAUAGCAACAAAUGUAAAUGUGUUUUGCAGGAGGAAAAUCCACUUGCUGGAACAGAAGACCACUCUCAUCUCCAGGAACCAGCUCUCUGUGGGCCACACAUGAUGUUUGACGAAGAUCGUUGCGAGUGUGUCUGUAAAACACCAUGUCCCAAAGAUCUAAUCCAGCACCCCAAAAACUGCAGUUGCUUUGAGUGCAAAGAAAGUCUGGAGACCUGCUGCCAGAAGCACAAGCUAUUUCACCCAGACACCUGCAGCUGUGAGGACAGAUGCCCCUUUCAUACCAGACCAUGUGCAAGUGGCAAAACAGCAUGUGCAAAGCAUUGCCGCUUUCCAAAGGAGAAAAGGGCUGCCCAGGGGCCCCACAGCCGAAAGAAUCCUUGAUUCAGCGUUCCAAGUUCCCCAUCCCUGUCAUUUUUAACAGCAUGCUGCUUUGCCAAGUUGCUGUCACUGUUUUUUUCCCAGGUGUUAAAAAAAAAAUCCAUUUUACACAGCACCACAGUGAAUCCAGACCAACCUUCCAUUCACACCAGCUAAGGAGUCCCUGGUUCAUUGAUGGAUGUCUUCUAGCUGCAGAUGCCUCUGCGCACCAAGGAAUGGAGAGGAGGGGACCCAUGUAAUCCUUUUGUUUAGUUUUGUUUUUGUUUUUUGGUGAAUGAGAAAGGUGUGCUGGUCAUGGAAUGGCAGGUGUCAUAUGACUGAUUACUCAGAGCAGAUGAGGAAAACUGUAGUCUCUGAGUCCUUUGCUAAUCGCAACUCUUGUGAAUUAUUCUGAUUCUUUUUUAUGCAGAAUUUGAUUCGUAUGAUCAGUACUGACUUUCUGAUUACUGUCCAGCUUAUAGUCUUCCAGUUUAAUGAACUACCAUCUGAUGUUUCAUAUUUAAGUGUAUUUAAAGAAAAUAAACACCAUUAUUCAAGCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-580.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -621.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 469.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((((((((.....((((.((((((((....((((((((((..(((((.((..(.(..(((..((((((.((((((((....(((((.....)))))..)))))..))).)).)))).))).).)..)).)))))))))))))))))))))))))))..((((((.....(((((....))))))))))).))))))).))))).....(((((((((.....(((((......(((......)))......))))).......((((...((((.........)))))))).(((((.((((...)))))))))....))))))))).........(((((((((.((((..(((((((.(((((((....(((..((((((((.................))))))))....(((((..(.........)..))))).)))..)))))))..))))))).)))).))))((((((((((((..(((((((..(((((...))))).((((((.((((((.((((((.....)).)))))).(((((((((....(((((((((...))))..((((((.....))))))((((((((...((((((((((......))))))))))..........((((((((.((((.((((((.((.(((((((((....)))))...)))).)).).)))).).)))).)))....)))))(((.(((((...((..(((((((((((.((.........)).))))))))..)))....))...))))).)))))))))))........((((.((((.((((((((.(((((((....(((((..(((((.(((..((((....))))...))).)))))..(((((((.((((((((((........((((((((((((((((....((((.....((((...((((((......)))).)).....)))).(((((((...((((........)))).)))))))))))....))))))))...))))).))))).))))))))..))).))))..)))))...........((((......))))((((.((((((((.(((((((..............(((((((((.........))))))))).((((.((....)).))))..(((((.(((...))).))))).)))))))..))....)))..))).))))..))))))).))...))))))(((((.(((((((((....(((...)))...))))....))))).))))).............)))))))).......(((((((((((((((((((.......((((..((.(((((((.(((((((((((..((.(((((..((((((.(((((((((.(((((((.......(((.((((........)))).)))(((((((.(((((((.((((....))))((((.....(((((......(((((((....))).....)))).......))))).....)))).................((((........))))))))))).))))))).((((((((((((((..........((((((....((((......))))....)))))))))))))...)))..))))..((((((...(((((....((...))))))).....)))))))))))))))))))))).))..))))..((((((((((((((((.(((((((.........))))..........))).))))))))))))))))..))))).)).))))))..)).)))...))))))).))....))))...)))))))))))..........))))))))..)))))....)))))..)))).((....))(((((((((((((........)).))))))..)))))...(((((((..........)))))))))))))))))...........(((((...)))))......(((....)))..(((((......))))))))))))..)))))))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....((((((((((((.....((((.((((((({...,((((((((((..(((((.((..,{(,.(((..((((((.((((((((....(((((.....)))))..))))),.,)).)).)))).))).)})..)).)))))))))))))))))))))))))))..((((({....,(((((....))))))))))}.))))))).))))).,...{((((((((.....(((((......(((......)))......)))))........,{{..,{({(.......|||,,.,,))}((({,{((({...}))))))))....))))))))}.,,......{((({{(((.((((..((((((({(((((({....{((..((((((((.................))))))))....{{(((,,(.,,,,....,..)}))),})),,))))))).}))))))).)))).))),{(((((((((((..(((((((..(((((...})))).((((((.((((((.(((({{.....}}.)))))).(((((((((....(((((((({...})))..((((((.....))))))((((((((...((((((((((......)))))))))).{{,...})}((((((((.((((.((((((,({,(((((((((....))))),.,)})).)).}.)))).).)))).)))....)))))(((.(((((,,.({..(({((((((((.{(.........}}.))))))))..}))..,.)),..})))).)))))))))))........((((.((((,((((((((.(((((((,(((((((....{{{{}|||},|,,,....}}}},|,}}}.}}|}},.(((((((.(((((((((,.......,((((((((((((((((....,,(({,...({{,,{,(({(({......})))}))},,..))))((((((((...((((........)))).)))))))).,}....))))))))}..,)))).))))),})))))))..))),})))..,,,,,.....{{{{..((((......)))).||}},||.|,,,{((({{(((((..({.......,((((.....)))}}}..)))))))))}.,,...,,,..,|.||||||(((((.(({...))).))))},||}}}}|,,||....}})}.}})})))}..))))))).))...)))))){|{{{.{{{{{{{{{.,{{((,|{{,||,,{|||,....,,))),}}}})}.}},.}}}},..))}))))}.......(((((((((((((((((((.......((((,,((.(((((((.((({,((((({..((.(((((.,((((((.(((((((((.(((((((..,{{{.(({.((({........)))).}}},||||{,.(((((((.(((({{{,,|||((((.,...(((((......((((({,..{,}},.,..,)))).......))))),....}))).................((((........))))})))))),))))))).,||}|||(((((((..........((((((....{(({......))))....)))))))))))))...}}|...,.,..(((({{{{.,,,(({{,.{{....})))))}...})))))))))))))))))))))).))..)))).,((((((((((((((((.(((((((.........))))},,.,,....,}}.})))))))))))))))..})))).)).))))))..}}.)))..,))))))).))....))))..,)))))))))))..........))))))))..)))))....)))))..)))).,.....||((((((((((({{........)}.))))),.,))))),..{((((((..........)))))))))))))))))....,......{{{{,.,,|||}}......{{{.,..))),.{{{{{,....,}}}},)))))))..))))))))))))}))),
Back