Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004485.4
Sequence Length
4722 nt
GC Content
0.4776
AGCAACGUCGGGUCAGCCUUCGCCGGGUUAGUGGCGACGCGGCCGCGCGAAUUCGCACAGGGGCAGUAGAAUGAAAGAGGGCAUGUCUAAUAACAGCACCACUAGCAUCUCCCAAGCCAGGAAAGCUGUGGAGCAGCUAAAGAUGGAAGCCUGUAUGGACAGGGUCAAGGUCUCCCAGGCAGCUGCGGACCUCCUGGCCUACUGUGAAGCUCACGUGCGGGAAGAUCCUCUCAUCAUUCCAGUGCCUGCAUCAGAAAACCCCUUUCGCGAGAAGAAGUUCUUUUGUACCAUUCUCUAACUCCGUGUGUGAUGAAAACGCCUCCUUUUCUGACCUUCAAAGUCCCCUGUAGAGACCAUGCAUGCUCUAAGCCUUAGGGAGUGAGACCAACACCCAUCCCUGCCCAGCCAACAGUGGCCGGGGCUUGUCUUAUGUUUCCAUCUGUUUUCUUCGUGGCAUUCAAUUUCAUUUUUUUCCUUUUCAUUUUCAUGUUAUUUUCAUUAUUGGCAAAGAAAAUCAAAAUGUUUAUAGCCAAAUAACAAAUGUGCCAUGUAAAAGUAAGUCUGGACUUAAGAGUUUAAAAUUUUUAAACAUCAGUUUCCAAGUUUAUAUCAUAUUAAUACAUUUCAGUGGAUAAUUUAUUUUAAAAAAAAAACUAUGCCUAAAUAUCCCUUAUUUGCAAUAUUCAGUAUCAAAUUAGAGCAUUUUGACCAACUGAAACAUAUAACGUUUUCAUCUCCUUUCCUGGAGAAAGCAGCUGCAGAGGUUCUGUAUUUCCUGCAUUUCCAUCAUCCUAGUAAAAAGACAACAACCCACAGGAUUGGAAUGGUUUUCUUUUGUUUUUUUUUUGUUGUUGUUGUUGUUUUGAGAUGGAGUCUCGCUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCAAUGGCGUGACCUCAGCUCACUGCGACCUCCACCUCCUGGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGAUCAUAGGCACGCGCCACCACACCCAGCUAAUUUUUUGUAUUUUUAGUAAAGACGGGGUUUCACCAUGUUGGUCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGACCUCGUGAUCCACCCGCCUCGGCCUCCCAAAGCGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCACACCCGGCCGUGGAAUGGUUUUCUUAGCAUAUCCUCCUGGGGCCGUGGCGCCCCGGCUGUGGGCCGUGGUGGAUGUCCCUUGUUUCAGUGGUCCUACAAAGGUAGAUGGUGGGCGGACACCGAAGUCAACUUGACUGUAAAAGUACCCCAUACCGUUGACGCGCUGUGGCAGACCUGUGGGUGCGGUCUCCCCUCUCCAAAUGCCACCUCUUCCUGCUCCCUCCUCUUUUGGCUCCUACUCAGUAGUUCCAUUGUGGGCUGCAGUAAUAUAAGGACCUGUUCUGGACACAGCACUGGGCCCGCUGGGGUUUUAGUAGGGCAGCCCCUUCCCUGCAGGAGUGAGGCAUGGUGACAGCAGUCCCCUAUGUGCCCCCAAGUCAUCUGAGCAUUGGUGUGCAUUAAGGUACUCAAUCUUCCAACAAUAAAUACCAUAAGUGCAUGUCUGUUUUAUUUUAUUUAUUUAUCUUUUUGAGACAGAGUCUUGCUCUGUCGCCCGGGCUGGAAUGCAAUGGCACAAUCUCAGCUCACCGCAACCUCCACUCGCAGGUUCAAGUGAUCCUCAUGUCUCAGCCUCCCUAGUAGCUGGGAUGACAAGCACACGCCAACAUGCCUGGCUCAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUGUCGGCCAGGCUGGUCUCCAACUACUGGCCUCGAGUGAUCUGCCCACCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUGCAGGUGUGAGCCAGUGCACCCGGCCGUAUGUCUUAGAGUGAGGGGAAACUGAGGCACAAAGCGUUUAUGUAGUUUGCCCAAGGUUACACAUGGUAAGCAGAAAAACUGGGAUUUGAGGGCAGGCAGCCCGGCCCCAGAGUUCCCUUAGCCCCCUGAACUGUGCUACCUUCCAGGUCUACCUGUUUGCAGGUAGGGAGACCCACAAACUAUCAUAACUGCACACCGUGAAGCAAACACCUUUGUUGCAGUAACCCGUGGCACACUUCACUUCCCACAUUCUCCAGGAGGAAGCCGUAUUCUGGUAGUUUAAGGAAGGUGAUUCAUGGAUGCCCCAAGGAAAGGCUAGACAUCGAUGAAUUAGCUCUUGGAUUGUCUAAGAUCAACCUGAAGGUCCUACCUAAACCAAACUCAUAUGAUCCCGAUGAAAGAGGAGAAUACACAGUGGGAGCAGAGCUCUUUGUGUAAGUUUGUUCUAUUCUGUUUAUUUGGAAACUGCCUCUCUCCCUAGUUCUGAAAGAGACUUGCUGUGUGAUAGAGAACAGGCCAUUUGUGCCUGAAAUGUUCUAACCUGCAAAUUGGGUUUAAUGGUAAUUAUCCUGCCUUUCUGUCUGGGAGGAAACAGAGAUGCUACAUAGAUGAAAGCUCUGAUUAUCAUUUAAAACAAAUAAAUGUACUAAAUGCCGUGGUAUAAUAUAGGGAAGAAUGGAUGACUUCAAAGAGACCAUGGUUCCGUUGGAGGCAUAAAAUUGCCUGCAAAGAGGCAAAUGUAAUUUCCAGACCAAUUAAUGACUUGCUGCCCUCGUAAAUGGAUUUAGGACAUCUUUGUUCCUUGCUUCUUUUGUUAAAACUCAUUCUUAGUUUCAUUAUCAGCUCACUAAUAAUACCAGUGUUGUUAAGAUGCUCAAACUAGAGCAGAAUUGUAUGCUGGAUGUGACGCUAGGACCUCAGAUCCUUUGAUAGUGCAGUUAUGACCAGGAUCUCUUUAUUCUGUGCUUCACGUCAACAUCAUUAACCCGAUGAAGCGAAGCACAAGUCAUAAAGGCACAUCAGAGAAGCCGAGAAAGCGGGGCCGUACAGAGAGCAUCAAAAUCAGGUCAGAAAAAUGCUGCUUUCCUCUUCCACCAAACCUUCUCCCUGUUGUUUUUACAUGCCCCGUCCCUCCAGAUUCAGCCUCCGUUUUGUUCUCUCUCCUUUUCCUUUUCCUCCUCUCUUCCUUACCUUCCCCUGUGAGAUGCUUUUCUGUCCUUUUACUGCACCUCUUCCAGACCUAUGGCAUUUGGGGACGGGUCACCCUUCCUAGAGUGAUCCUGAAUCCAGCUGCCUCUUCUUUUUUUGUUUUUGUUUUUGUUUUUGAGACAGAGUCUCUUUCUGUCGUCCAGGCUGGAGUGCAGUAGCGCAAUCUUGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCUGGGUUCAAGCGAUUCUUGUGCCUCAACCUCACGAGGAGCUGGGAUUGCAGGCGCCCGCCACCACACCCGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGAGUUUCACCAUGUUGGCCACGCUGGUCUUGAAGCCCAGACCUCAAGUGAUCCGCCCGCCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACCGCGCCUGGCCUAGUUCCCUCUUCUUAGAUGGAGAUUUCUGCACAUGAGCUGUGAGAUCCACAGACAUGUCACUGAGCUCCCCCACUCUGUCAGUGGAAGAUGAAUGGAAUAAAGCCUGCUUGCAUUGUGGAGUGCAGCUGUGGGGACAGUUGUCAUUUUUGUGUUUUCAGCUUAACUGUCCAGCAUCUCCCCUCCCUUCCUACAGCAGGGACAUCAUGCCUUAGAUAUAAACUUAGUGGUGUGCAGUACCCACCGUGGAAGCUGAAGAAGGGAAGUAUUUCCUGUCUCUCAGGCACACCCCGCUUCCAGCCCCAUACCAGUCGGGAAGUGGUCAUUGACCUGGGGUGGACUACCUGGACCCUUGCUUGGGGCUAUGAGCCUGGAGAAUGUGACACAAAUGAAGGGAUGCUGAGACUCAUUUCAAGGAAGCCACCGUGGUCCGGGGUUGGUAGUCAUACAGCAAGGCAGGUGGGUAGGGCUGGCAGGCUGCAGGGAUGGUGUGUCCACUGGUAGCAAUGUCCAGGGAUGGCAGCGUCCUGGGAAUGUCAUUUCUGCUCCACUCCUUGGACUCGCUGAGCUGUCUCCGCCUCCACCUAUCUUCCUACAGACCUCCCUUCUAGUUUUCUGUCAAUUCUUUGAGCCAGCAAACUCCAUCCAGUACAUUCUUUCUUCUUUCAUGAAAGAGCUUGAGUUGGAUGUAAAUAUAUAUGACCUAACAAUUCCACCCCUAGGUGUAUACCCUACAGAAAUGUGUACAUGUGUUCAUCCAGAGACAUGCUCUAAAUCUUCACAAAAACACUCUCCAUAAUAACCCCGAACAGGAAAGCACCCCAAUGCCCAUGUUGGCUGGAUAAGCACAUUAGGGUAUAUUCACACGAUGGAAUCCCAGACUGCAAUGGGAAUGAGCUGCAACUCCACCCCCAACUUGGAGUGUAUUCACCAACCCUAGUGUUGAACGAGAUAAGGCAAAAAUGCACCAUAGGAUUCCAUUUAUAUAAAGUUUAAAACCCAGCAAAAUUCAUCCAUGCGGUUGCAAGUAGAGAUCAGUCCUAAGAAGACAGUAACCAGAAGCGGGCAUGAGGUGGUGCUUCUGGGGUGUUCUGUUUCUUGAUCUGGUUGCCGGUUACCUGGGUGCUUUCCGUUUGUGAACAUUCUUGGAGCUGUACACUUUUGAUCUGGGCACUUUUCUGUGUGUAUGUUAUACUUCAAUAAAAAGUUGGGCUUUGUGACUAGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1473.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1571.48
Frequency: 0.0000
Diversity: 1172.29
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((...((((((((((...((((((......))))))((((....))))...(((((((.(((.((.((((((((((.(((..((((((...(((((.((((((((..((((..(((.......)))..))))..)))..)).)))..).)))).))))))((((((((((((..(((....))).))))))..))))))...((((...))))((((.(((((((......))).)))).))))(((...)))....))))))))((.((((((...))))))))...)))))))...))).))))))).................))))))).(((((((((((((.(((((((.(((((((((((.....((((((((.......)))...)))))((((.((((....))))..))))...(((((....((((.((........((((((((..................((((.((((((.(((((..........)))))..)))))).))))((((...........))))...))))))))........))..))))..)))))(((((((...)))))))...(((((.....((((......((((.(((......)))..))))......))))....))))).(((..(((((.....))))))))...............))))))))).(((((((((((((((......((((((..(((((......)))))..((((.((((((...))))))....))))................(((((.(((((((((..((((((..(((((((.......)))))))..)))))).))))))))).)))))....((((..(((((.((..(((((((.(((((((((.((((.((....)))).)).))))..)))))...))))))).)))))))..))))...(((((....)))))((((((((......(((....)))......))))))))...................))))))..))))))....)))))))))))))))))).......((((.(((((.(((.((((((((.((((.....(.(((((((((....(((((...(((((((.(((((((..((((((.(......).))).)))....(((((......)))))))))).))...))))))))))))....))))))))).).......)))).)).)))))).))))).))).)))).((((.(((((..(.((((....(((.(.(((.(((.(((((...(((((((((.((((.((((.((......((.(((.(((((..((((..........(((((((...(((((..((((((.(((((((((.............((.((.(((....))).)).))((((((((((.......(((((((......((((((((((((.((((...(((((((((.((((((((..(((.............(((.(((((.((((......)))))))))))).............((((((.((((.((..((((((((((((((((((.((.....))((((((((...))))))))((..((((((((.(((....)))...)).))))))...))....((((((.(((((.((....)).)))...((((((((..(....)..))))))))((((.((....(((....((((((((((((.((((((.....(((((....((((....((((.(((.....)))))))))))..)))))((((..(.(((.......))))..))))(((((......))))).)))))).))))))))).)))...))).)).))))..((((((.(((((...((((((((((..(((((.((((((..(((.((((((.(.(..((...((((((((...((((((((.((((.((....)).))))))))..)))).........((((.((((((((.((((....(((((((....))))))))))).................((((((((..(((.......)))...)).)))))).....)))))))).)))).......(((.(((((((.((((((((.....))).....((((((((.((((((((.(((((.((.......))...).)))).))))))))..(((((((...))))))).........((((...)))).........((((.((....)))))).(((((((...((((((((((((.((((............((...(((((...........)))))...))))))))))).(((.((.....))))).)))))))((((((((.(((((((((...((((((..(((........)))..))))))..))))).......))))..)))))))).(((((((((..((((....(((.(((((...((((((.....((((((..(((......)))..)))))).((.(((((((((((((((.(((.((.........(((((...((((((((((((.(((((......))))).)((((((((((..........(((..(((........)))))).((........)).....(((((....))))).)))))))))).............(((((((.((((...((((..((((((((((....))))))))...(((((......))))).....))..))))...)))).))))))).(((.(...(((((((.((((..(((((((.(((((......)))))(((((((.(.....((((........))))..).)))))))..)))))))..)))))))))))...).)))..)))))))))))...(((((((.((...((......))....)).))))))))))))........))))))))))).)))).....))))).))......))))....))...))))))))....))))..))))))))).))))))))))))))).))))))))).)))))).))))))))))...((((((((....(((((.(((..((((.(((((...(((((((.((....)).)))))))....))))).))))..............................(((((((((.....))))))).)).))))))))))))))))).).)))))))))..))))))......((((...))))..)))))....)))))))))).........(((((((((....(((((((..(((.........))).......((((.((((((((.....((((.....(((.((.((((((...(((((.(....).)))))....)))....))).))..))).)))).....)))))))).))))(((....)))...))))))).))))))))).(((((......)))))....((.(((((..(((((.....))))).)))))))......))))))))))))).))))))))))))))))))))))))..)).))))))))))...)))..)).)))))).)))))))))...(((((..(((.....)))...)))))....)))).).))))...))))))).....)))))))........)))))))).))))))..))))).)))))))))))(((.(((((....))))).))).(((((..((((((((((((.((.........))..))))))((((...)))).)))))).....)))))..........))))))).))))..)))))..))).)).....)).)))).))))..))))))....)))..))))).)))))).).))).)))).)..))))))))))))))(((((.((((((((((((((.(((((.(((.(((.....(((((....((((((((((((.(((.....((((((...)))))))))))).)))))))))..((.(((....))).))......))))).....))).))))))))..))))))....((((....)))))))))).....)))))))......((((((.........))))))((((..((((((.(((((((((((..............((((....))))....(((.....(((.(((((((((((.......((((.....)))).......))))........(((((........((((((.(((((((((((..((((((.((.(((((.....))).)).))))))))........((((((((((.....((((.(((...((((.((((.(((((.........))))))))))))))))..(((.((.((....)).)).)))......)))).....))))))))))....................(((...........)))(((.((..((...((((((..(.((((.(((((...(((((((((..(((...))).)))))))))......))))))))))..))))))))..)).))).)))))))))))))))).)........))))).))))))).))).....)))(((......))))))))))).)))))))))...)))).)))))))).)))..))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((...((((((((((...((((((......|))))}{{{{....})))...(((((((,(((.((.(((((({{((,(((..((((((...(((((.((((((((..((((,.(((.......))),.))))..))),.}).)))..},}))),))))))((((((((((({,.(((....))).))))))..))))))..,{(((.,.}}}}((((.((({(((......))).)))).)))){{|,.,))},...}))))))}{{{(((({,..,))))}))}..})))))))..}))).))))))).,,,,........,,,,))))))).((((((((((((.((((((...,.{{(((...{{{...{((((({((((((..(((((((..((((((((((..({((((..(((({,,.(((((.{,.((((.((..,{,...((((((((..................,{{,.((({{{.(((((,,........}|||}..}}}}}}.}}}}||||,...,..}})))}}}...))))))))...}},..))..))))}.)))))(((((({...}))))))...{{{{{,{{,{{{{{,,,...,,,,.,,{,.....}}}|||}}|....,.|,,,....,},,,,((({{(({{{,....,|||||,.,|,,...||,|,,,,}}}}.}}},.,,((((,|((((((((....,{{{.....(((((......)))))..((((.((((((...})))))....))))...,{{{,{.{,....,{{{{.(((((((((..((((((..(((((((.......)))))))..)))))).))))))))).))))),}}}|(((..(((((.((..(((((((.(((((((((.((((.{(....)})).)).)))}..)))))...))))))).)))))))..))))...(((((....)))))((((((((......(((....)))......))))))))...,,,,{{,,,..,,.,}))}}||(((,...,,{{{(..(((((((..({{.....,),))))))).}))),..,,}||(((.((((((({{{....,,||||}..,,,({({.,.|||{{..,.{{{{{|,{.((((((.(......).))).))).,}})))||.),)))}}}}))}))},)))}}),)))))}}}},...)))))))))))))((((....)))).,((((......)))),.(((({...)))))....,,},.))))...))))))..}.)))).)))))....))))))).))))))..}}}.},....}}..........,|||||||....,,.,}|}|,((,({{{{{,,{(((((.((((({((({,........,,.{(|{{.(((....))).}}.})||((((((((,|{....(((((((......((((((((((((.((((...(((((((((.((((((,,.,(((...,.,,.....,{((.(((({.((((......))))}}})),}}.............(((({((((((.((..((((((((((((((((((.{{.....},((((((((...))))))))({..((((((((.(((....)))...)).))))))...}}....((((((.{{(((.((....)).)))...((((((((..(....)..)))))))){{{{.(({.{{(((....((((((((((((.((((((.((((((({..({{((({,..,||}.}}}}((((((,.(((,..,,,.,,,)))))).,|,|}},...||}}},,||||},,,|||...}))))))).)))))).))))))))).)))...))).)).)))).,((((((.(((((...((((((((((,,(((((.{(((((..({({((((((.{.,..{{...((((((((...((((((({.((((.((....)).))))}}))},)))).........((((.((((((((.,,,..{,,(((((((....)))))))||,}.,}..............((((((((..(((.......)))...))}}))))).....)))))))).)))).......{{.{(((((((.((((((({.....})),....((((((((.((((((((.(((({,{{..,....}},..).)))).))))))))..(((((((...))))))),|.....,,((((...}))).........((({.{{....}})))}.(((((((...((((((((((((.((((|.,,,,.,||,{{{...||||,..,.....,,.})})}}},)}})))))))).{{,{({....,)))}}.)))))))((((((((.(((((((((.,.((((((..(((........)))..))))))..))))).......})))..)))))))).{((((((((.,((((.,..(((.{((((...((({((.....((((((..(((......)))..)))))).((,({{({((((((((({{(((.((.{.......(((((...((((((((((((.(((((......))))).){(((((((({.........,,{,.{{{.{{.,{{{..........}}}},}.))).....(((((....)))}),)))))))))}.,...........(((((((.((((.,{((((..((((((((((....))))))))...(((((......))))).....))..)))),,,)))).))))))).(((.(...(((((((.((((..(((((((.{((({......})))|(((((((.(.,...((((........))))..).))))))),.)))))))..)))))))))))...).)))..}))))))))))...(((((((.((...((......))....)).))))))))))))........)))))))))))},)))....,))))).}}......)))}...})).,.)))))))).,},)))}..)))))))}}.))))))))))))))).})))))))).))))}).))))))))}}..,((((((((....(((((.(((..((((.(((((..{(((((((.((....)).))))})),}..))))).))))..............................{{(((((((.....))))))).,,.))))))))))))))))).}.)))))))))..)))))}{{{,,.,,,....))))..)))))....))))))))))..,,...|.(((((((((.,,,{{((({{..|||...,..,,.}|}.,,..,,{{{,,{{,.,||||||||||||,}},.||..||}|||{,,{{,(((((.{....,,)))))....(((((((...(((.((((....)))).)))...))))))).(((....)))...)))))))}))))))}}},((({{......))))}...,{(.(((((..(((((.....))))).)))))}}.,}}}.))))))))))))}.))))))))))))))))))))))))..)).)))))))))).),)))..,,.)))))).)))))))),...(((({..(((.....)))...})))}....)))).}}})))...))))))).....)))))))..,,.},,)))))))).})}))),.))))).)))))))))))}).}))||}}}}}..,,,))))))))))......((((((((.({.........),..))))))))......((((((((((((.....{((.{((,.....}}|{{|.,{,{{,{(((((((.(((((.((({(((((((,((((.(({{,..,||.,(({,({{,..{|||,,|{|||.,|||}}|}...}}}||(((.{((((((({((({{((((,{((,((((((({.{{{||||.|||{||||...{{|||||||{{{,|{||,,,}|||,.},}}).))))))}))),)))))))))..,}}},}))}})}}})}}.),))}}}})),))).,,,.,.)))))))..}}))..))))))))))))}.})))}}......(((((((,.(({((((((.........)))))))..)).,)))))))..............},,.....)))))))).)))),{{{{(,,.{((((((.((((,(({({{.,,,...{{{{|||.{||||{,{{.,{||||,.......{{{{,.........{{{((.(((((((((((..((((((.((.(((((.....))).)).}}))))))........((((((((((.,...((({.,(({..((((.(((,,(((((.........))))))))))))),,..}||{.{(,{{.......,}.}}},.....)))).....))))))))))..............,,,,..(({...........)))|||.((,.{{,.,((((((....{(((({((((...(((((((((..({{...))}.)))))))))......))))))))))},)))}))))..}}.}}}.)))))))))))))))),),,.,,,..)))))}))),},},,,}},..})})}||.}}}}}))),||}},..,,||.........,}}}.)))))))).))),.))..
Back