Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004508.4
Sequence Length
2739 nt
GC Content
0.3793
CAGGUUCCCGGUGCUUCGCGCGUCUGCCGUUGUCACAGGCCAGGGAGGUGGCACCACCAGGCGAAGCUUGGCGAGAUUGUGUCGUCAAGCGCGUACGGGCGCCAAUUGGCCGGGCGAUGUGGCGUGGACUGGCGCUGGCGCGAGCGAUUGGCUGCGCGGCCCGGGGGCGGGGCCAGUGGGCGGUGCGCGCCGCAGACUGUGCUCAAAGCGGGCGCCAUCCGGGACCGGCGGUUGUCUGUGGCCGGAGGCUGAUCAGUGUUCUAGAACAGAUCAGACAUUUUGUAAUGAUGCCUGAAAUAAACACUAACCACCUCGACAAGCAACAGGUUCAACUCCUGGCAGAGAUGUGUAUCCUUAUUGAUGAAAAUGACAAUAAAAUUGGAGCUGAGACCAAGAAGAAUUGUCACCUGAACGAGAACAUUGAGAAAGGAUUAUUGCAUCGAGCUUUUAGUGUCUUCUUAUUCAACACCGAAAAUAAGCUUCUGCUACAGCAAAGAUCAGAUGCUAAGAUUACCUUUCCAGGUUGUUUUACGAAUACGUGUUGUAGUCAUCCAUUAAGCAAUCCAGCCGAGCUUGAGGAAAGUGACGCCCUUGGAGUGAGGCGAGCAGCACAGAGACGGCUGAAAGCUGAGCUAGGAAUUCCCUUGGAAGAGGUUCCUCCAGAAGAAAUUAAUUAUUUAACACGAAUUCACUACAAAGCUCAGUCUGAUGGUAUCUGGGGUGAACAUGAAAUUGAUUACAUUUUGUUGGUGAGGAAGAAUGUAACUUUGAAUCCAGAUCCCAAUGAGAUUAAAAGCUAUUGUUAUGUGUCAAAGGAAGAACUAAAAGAACUUCUGAAAAAAGCAGCCAGUGGUGAAAUUAAGAUAACGCCAUGGUUUAAAAUUAUUGCAGCGACUUUUCUCUUUAAAUGGUGGGAUAACUUAAAUCAUUUGAAUCAGUUUGUUGACCAUGAGAAAAUAUACAGAAUGUGAAUAUGUAGGUAAAUGAUUACAGAAAAAUUUAUCUGCUUAACAAACUUAGAAUGACUUUUUCCUUUUAAAUUUAGUUCUAUCAUUAAUUUAUCAUUAAAUUUAGUUCUAUCAUUUGGUACUAUCAUUAAUGUAUUAUAUACACUGAUACUUUAAAACUUGUGUGGAAAAAACUAACUUAUAAUUUUGUAUCACACACCCUGGAUAUGUGUUCUGUUUCUAAGCGACAUUUGUGAGAGAUUAUUGUAAAAUGAGAGCGAGCAAAUAAAACUUAAUUUAAUCUUUGCAGAUACAUACUUAUGGGAAAUUUGAACAAAUGAGUGAAACUCUGUUUUUAGUAGGCUGUGAUAAACAUUUCCGGAGCACUUGCAGAGGACUUGCUAUUUGCCAGGUGCUUUAUGUAUCAUUAAAUUUUUCUCAUAGUUCAGAAAAAUGUGCAAAGGAAACUAUUGUCUCGCUCCUUCAAAACAGUCUUAAUUAACUUUCAUAUUAGCAGAUUAAACUAGCAGAGCAGGUUCAAGGGAAAUUAAAUGAUAUGGACCCUAAUUUGUAUCAUUCUGAGUUGAUUGUGUGGUUUAUUCAUUCUGGAAACAUGUUGAUACUUACAGUCAGCCACUGCUUUUGAUAAGUGAUAUUGAUUAGGUUGAAUCUUCUUGUAAAUAGUAUUUACCAGUUAGCAAAGUCUGUGUUUUCAGAAUUACAGUGAGCACAGAGGUGUUCAUAAAAUGGGAAUUGAGUCCCACUCGGUAAGAGUUGCUUAAACUUGACACUGUUGACAUUUGGGCUGGAUAAAACCCCUGUGGUGGGGUCUGUGCUGUGCAUUGCAGGAUGGUGAGCAGCGUCCCUCUCAUGUGACACCCACAGUUAUGCCGGAUGUUGCCAGAUGCCCCUAGGGGACAGAGUCAACCCCCAACUGAGGACCACUGUCCUACAGAGUCAGGAAAUAUUGUAGGGAGAAAAAAAUAACAACAACAAAGGCCUGUGUUAAUGUUAAAUAGAUGAGAUUAUGGAAUGUGUAUAUUAAUGUUAAAAAUUGUACCUUGAUCAAUGUACUUUUUAUAAACUUGCCAUAGAUAUCUCAGAUUUGAAACCUCAAGACAGAUUUAUUAUUCUUAAAUGCUGUAUGAUAAUGAAGAAAAAUAAAAAUUUAUUUCUUGCAAAGUUAAAUGUUUGUUAAAUUCAAUAGAAUGACUCAUUUAUGGUUAACUUUGGGCAAUUUAUAAUUUCAGACAAGACUGUUUAGCAAGUAUUUUAUUGAAAAGUAAAAAAAAUUGCAAUUUAAUACUGUGUUUAGUUUGUUAAAAUUUUGAUACACUAAUAGGAUAUUGCCUGUAUAGUUUCCGUUGCAUUUAUAAUAUUGUUUCUAAUUUUUUUAGUUUUAUUUUCUAGGAAGUUUUAGGCUGAAAGCCACAUAUAAUUAGUUAUGUGAUAACUAUGAGUUGCCAUGGCUACUGAAUUGGACAUGGGACCCUUAGACUGCUACCCAGCACCUUGUUAAGUACUUAGCAAGAGUUAGAUACUACUGUUGUAAUAUUACUAGGAUGCCAUCCAGAAAAUGUAAGGAAUGUCUUUUGACCUGAUAAACUCCUUAGAACUCCUUCAUCUUUUAUAAAGAGGAGUAUCCCUCUCCUAGAUAUAGCUGCUUCUGACCCCAAAGGCAGAUGUGUUGGUUUUCAACUAGAAAGCUAAAUGGUACCUAUAAAUUUUUUUUUUCUUAAACUGUUUUAAACUCUUAAUCUUCAAAAUAUAUACUUCUUUGAUUCUGGUCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-713.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -770.53
Frequency: 0.0000
Diversity: 695.17
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((.(((((((......((((((((..(((.((((((((.((....((((.((.....(((..(((((((((.......))))))))).)))...)).)))).....)).)))..(((((((((.((((.(((((((((((((.....))).)))..((((....)))))))))))..)))).)))))))))..)))))..))).)))))))))).)))))))).....(((.(((((((.(((((((..((.(((((..((((....((((.((((.......)))).)))).....(((((((....(((((...((((((((.......))))(((......)))((((((.((((((....(((((((....((((........)))).....))))))).((.....))..))))))..))))))..)))).)))))...))))))).)))).....))))).)).....))))))))))))))))).(((((((..(.((((..((((....)))).....((((....))))..((.((((....((((((((((..((((((...(((((((((..(((......(((..(((...((((.(......)))))...)))..)))(((((...((((....))))))))).((((((...((..(((.((....(.....(((.((((((((.(((((.((((.(((((((................(((((((((...........))))))))).......))))))).)).)).)))))...)))).))))...))).....)....)).)))..)).))))))......(((((((.(((((............)))))))))..........))).)))))))))))).....(((((.((..((((....((....))...))))..)).)))))(((.((((.((((.(((........((((((((((............))))))))))......((((((((((((...........((((((((((..((.........))..))))))))))(((((((((((((((.......((((.((((((.......)))))).))))....(((((((..((((.((.....)).))))...)))))))((((.((.((.((((((((((((..((......((((((((((((((((....(((((((((((((................((((((((((((((((.((((((.......(((((...((((...)))))))))........))))))............(((((((((((((..........)))).))))))))))))))))).....((((((((........)))))))).))))))))......))).)))))))..)))..)))))...)))...))))))))...))))).......))))))))).)))).))))..))))))))))).))))...........)))))))))))).))).)))))))).)))(((((((((((((((((((.......))))))((((..........)))).....((((..(((((.....((.((((((...)))))).)))))))..)))).)))))))))))))....((((((((....))))))))....(((((......)))))))))))..)).))))))))...))))))......((.(((((...(((....((((((.((.((.(((((.(((((.(......).)))))..(((((((((......((((.....))))........)))))))))))))).)))))))))).....)))....))))).))(((((....)))))..(((((...((((((...(((((((((((((((....((((((((((((((((((....((((((...(((((((((((...((.((((..((.((.....((((.........))))..))))..)))).))...)))))...)))))).))))))....(((..(((((((((.......))))).)))).))).....((((((.(........).)))))).((((((((((((..((....((((....))))....))..)))..)))))))))(((((((((((.((((((.(((((((.(((((.((((((((((((....))))))).....((((((.....(((((...((((.((((((....)))))).))))(((((......))))))))))....))))))...............((((.....))))...))))).))))).)))))).).))))))..((((((........)))))).....)))))))))))...............))))))))..))))....((((....)))).((((((((....))))))))(((.....)))..))))))........((((.((((((........(.((((((.((((.........))))...)))))).)(((((((.............))))))).............(((((.((((((.((....)).)))))).)))))((((((((.....)))))))).))))))))))...)))))))))))))))...))))))..)))))....................)))).)..)))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(({{(((((((....,.((((((((..(((.((((((((.((..{{(({(.((.,...(({..(((((((((.,...,.))))))))).)|}..,)),))),.,},,)),)))}.{((((((((.((((.(((((((((((((.....))).)))..((((....))))))))))},.)))).)))))))))..)))))..}}}.))))))))),.)))))))).....(((.(((((({,(((((((..((.(((((..,{{,.,{,((((.((((.......)))).)))).....(((((((....(((((...((({((((.......))))(((....,,)}}((((((.((((((....(((((((....((((........)))).....))))))).((.....})..))))))..))))))..}))).)))))...))))))).,}}}..,,.))))).)).....))))))))))))))))}.(((((((..{{(((({.((((....)))).}}}}}||{,,,.,{{{{{{,,((((,,,.(((((({{({..{{{{{|,,,||||{{{{|,.|((,,,,,.{((..(((...((((.(......}))))...)))..))){((((,,,{{{{,,,.|}}}})))),|||{{{...,,.....,||,,,.,|,,,,|{|.((({((((.(((((.((((.(((((((.,.,,,,.......|.(((((((((.,{.....,..))))))))),.,}...))))))).))}}).)))))...)))).))))...}|||,,..|{{{{..,|...,,..)))))}......,,(((({.(((((............))))))))),.........}}},||||}}|}}}}}{(({{(((((,({...,||...}|}}}}})),..||||..}}}}},||{{{,{{{{,((((.,,{,|,..|,.((((((((((............)))))))))).,,,|,((((((((((((...........((((((,,(({{(({{{{{{{{{{,..|||||,,,{{((,(((,,,,,||}.}}}}...|{{|,((((((.......)))))).,}},....(((((((..{(({.,,.....,,.})))...)))))))((((.((.((.(((((((((..({,.(......(((((((({(((((((....,({((((((((((.{{........,},..{(((((((((((((({....,,(((({{,,{,(({...((((...}}}},}}}},,,.,.,..|||,....},}}}})),((((((((((((({,.....},.))))},)))))))))))))))).....((((((((........)))))))).)))))))}.....,))).)))))))..,,,..))))}..,}}}...))))))))...}..).,}}....))))))))).)))).)))),,)))}))))))).))))...}}}}}}..))))))))))))..})})))}}}}}.}}}{((((((((((((((((((.......)))))),,,({{{.{{{.{{||||.{{{{,{{{{{(,,,,....,||.||,|||}.,))))),})),,))),.,,,,.))))))))))))}....((((((((....))))))))....{((((......)))))))}))}..))})))))))}..})))))).,,}},||.{{(((.||({{....((((((.((.((.((((({{((((.{...,,,).)}}}},.(((((((((......((((.....)))).....}..)))))))))))))).)))))))))).....})),...))))}.||(((((....))))).,(((((...((((((...(((((((((((((((.,{{(((,{,,,((((((((((..,,(({,,{,,.(((((((((((...((.((((..,,.{{.....{,,(,,,.,,...,))}}})),},,)))}.))...))))),..})))))..}||||....|||..(((((((((.......))))).)))).}}}.....((((({,({,,....}),)))))).(((((((((,{{..{(....((((....))))....))..,}}..)))))))))(((((((((((.{(((((.{{(((((.{{(((.((((({{{{((({,,,||||,,,.,,,,{(((({..,,.{((((,.{((((.((((({....}))))).))))|((((......)))))))))),,..)))))).}}.......,,,..,{{{.,|||||||,..}}}}}.))))).)))))).),))))))..((((((........)))))).....))))))))))).,,.},,.,,..,,,)))))))).,)}}}....((((....)))).((((((((....)))))))){{{.....}}},,))))))....,,,.((((.((((((........{.((((((.((((.........))))...)))))),}{{{{{||,.,,{{,....,})|||||}......}},,..,{((({.((((((.((....)).)))))).})))}|(((((((.....)))))))}.))))))))))...)))))))))))))))...))))))..))))}......,,,,,.........,,)),),.)))))))...
Back