Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004619.4
Sequence Length
3958 nt
GC Content
0.4136
AGAUGACUGGACUUGUAGAUACUAACGGUUCUGAAGCGGAAUGGCUUAUUCAGAAGAGCAUAAAGGUAUGCCCUGUGGUUUCAUCCGCCAGAAUUCCGGCAACUCCAUUUCCUUGGACUUUGAGCCCAGUAUAGAGUACCAGUUUGUGGAGCGGUUGGAAGAGCGCUACAAAUGUGCCUUCUGCCACUCGGUGCUUCACAACCCCCACCAGACAGGAUGUGGGCACCGCUUCUGCCAGCACUGCAUCCUGUCCCUGAGAGAAUUAAACACAGUGCCAAUCUGCCCUGUAGAUAAAGAGGUCAUCAAAUCUCAGGAGGUUUUUAAAGACAAUUGUUGCAAAAGAGAAGUCCUCAACUUAUAUGUAUAUUGCAGCAAUGCUCCUGGAUGUAAUGCCAAGGUUAUUCUGGGCCGGUACCAGGAUCACCUUCAGCAGUGCUUAUUUCAACCUGUGCAGUGUUCUAAUGAGAAGUGCCGGGAGCCAGUCCUACGGAAAGACCUGAAAGAGCAUUUGAGUGCAUCCUGUCAGUUUCGAAAGGAAAAAUGCCUUUAUUGCAAAAAGGAUGUGGUAGUCAUCAAUCUACAGAAUCAUGAGGAAAACUUGUGUCCUGAAUACCCAGUAUUUUGUCCCAACAAUUGUGCGAAGAUUAUUCUAAAAACUGAGGUAGAUGAACACCUGGCUGUAUGUCCUGAAGCUGAGCAAGACUGUCCUUUUAAGCACUAUGGCUGUGCUGUAACGGAUAAACGGAGGAACCUGCAGCAACAUGAGCAUUCAGCCUUACGGGAGCACAUGCGUUUGGUUUUAGAAAAGAAUGUCCAAUUAGAAGAACAGAUUUCUGACUUACACAAGAGCCUAGAACAGAAAGAAAGUAAAAUCCAGCAGCUAGCAGAAACUAUAAAGAAACUUGAAAAGGAGUUCAAGCAGUUUGCACAGUUGUUUGGCAAAAAUGGAAGCUUCCUCCCAAACAUCCAGGUUUUUGCCAGUCACAUUGACAAGUCAGCUUGGCUAGAAGCUCAAGUGCAUCAAUUAUUACAAAUGGUUAACCAGCAACAAAAUAAAUUUGACCUGAGACCUUUGAUGGAAGCAGUUGAUACAGUGAAACAGAAAAUUACCCUGCUAGAAAACAAUGAUCAAAGAUUAGCCGUUUUAGAAGAGGAAACUAACAAACAUGAUACCCACAUUAAUAUUCAUAAAGCACAGCUGAGUAAAAAUGAAGAGCGAUUUAAACUGCUGGAGGGUACUUGCUAUAAUGGAAAGCUCAUUUGGAAGGUGACAGAUUACAAGAUGAAGAAGAGAGAGGCGGUGGAUGGGCACACAGUGUCCAUCUUCAGCCAGUCCUUCUACACCAGCCGCUGUGGCUACCGGCUCUGUGCUAGAGCAUACCUGAAUGGGGAUGGGUCAGGGAGGGGGUCACACCUGUCCCUAUACUUUGUGGUCAUGCGAGGAGAGUUUGACUCACUGUUGCAGUGGCCAUUCAGGCAGAGGGUGACCCUGAUGCUUCUGGACCAGAGUGGCAAAAAGAACAUUAUGGAGACCUUCAAACCUGACCCCAAUAGCAGCAGCUUUAAAAGACCUGAUGGGGAGAUGAACAUUGCAUCUGGCUGUCCCCGCUUUGUGGCUCAUUCUGUUUUGGAGAAUGCCAAGAACGCCUACAUUAAAGAUGACACUCUGUUCUUGAAAGUGGCCGUGGACUUAACUGACCUGGAGGAUCUCUAGUCACUGUUAUGGGGUGAUAAGAGGACUUCUUGGGGCCAGAACUGUGGAGGAGAGCACAUUUGAUUAUCAUAUUGACCUGGAUUUAGACUCAAAGCACAUUUGUAUUUGCCUUUUUCCUUAACGUUUGAAGUCAGUUUAAAACUUCUGAAGUGCUGUCUUUUUACAUUUUACUCUGUCCCAGUUUGAAACUUAAAACUCUUAGAAUAUUCUCUUAUUAUUUAUAUUUUUAUAUUUCUUGAAAGAUGGUAAGUUUCUUGAAGUUUUUGGGGCGUUUCUCUUUUACUGGUGCUUAGCGCAGUGUCUCGGGCACUCUAAAUAUUGAGUGUUAUGGAGGACACAGAGGUAGCAGAAUCCCAGUUGAAAAUGUUUUGAUAUUUUAUUGUUUGGCCUAUUGAUUCUAGACCUGGCCUUAAGUCUGCAAAAGCCAUCUUUAUAAGGUAGGCUGUUCCAGUUAAGUAGUGGGUGAUGUAGUUACAAAGAUAAUAUGCUCAGUUUGGACCUUUUUUUCAGUUAAAUGCUAAAUAUAUGAAAAUUACUAUACCUCUAAGUAUUUUCAUGAAAUUCACCAGCAGUUUGCAAGCACAGUUUUGCAAGGCUGCAUAAGAACUGGUGAAUGGGGUAAGCAUUUUCAUUCUUCCUGCUGAAGUAAAGCAGAAAGUACUGCAUAGUAUAUGAGAUAUAGCCAGCUAGCUAAAGUUCAGAUUUUGUUAGGUUCAACCCUAUGAAAAAAACUAUUUUCAUAGGUCAAAAAUGGUAAAAAAUUAGCAGUUUCAUAAGAUUCAACCAAAUAAAUAUAUAUAUACACACACACAUACAUAUACACCUAUAUAUGUGUGUAUACAAACAGUUCGAAUGUAUUUUGGUGACAGUAAUAAAUCAAUGUGAGGAUGGAUAGAAUUUAGUAUAUGAUAGAGAAAAUGUCAUAAAUGGAUAAAAGGAAUUUACAACUUGAGGAGAAAACCUUUACAAUUUCCUAUGGGUGUCAGAAGUACUCUCAGCGAAAACUGAUGGCUAAAACAGUAUCUACUAUUCUCUGAUAACUUUUUUUUUGAGACAGAGUUUCAUUGUCACCCAGGCUGGAGUACAGUGGCAUGAUCUCAGCUCACUGCAAACUCUGCCUCCCGAAUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGAUUACAGGCGCCCGUCACCACACCCAGGUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGAGUUUUGCCAUGUUGGCCAAGCUGAUCUCAAACUCCUGACCUCAAGUGAUCUGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGAGAUUACAGGCAUGACCCACCGCGUCAAGCCUCUGACAACUAUUGAAUUUGUAAGCUGCUAUGCAAAUGGGCAUUUAUAUAAACUUGUGAUGUUUCUUGUCAGAAUUCUGAGUACUCUGUGAAGAACAGAAAUGAUCAUAUUCUUAUGCAUCUAUCUGUAUGGGUCUGAAGGUGUAUAUACAAACUGAGAUGAGUCCUUAUGACUCUUGAUAAGCCUGAGUUUAACAACAACAAAAAUGCCAAGUUGUCCUGAGCCCUUCUGCGUUGUUAUGCCACUUCCCUACUGCUCAUAUGCACGCUGGCUCCCCUGGGCACGCAAGGAUGAGUAUGGGCCAUGGGCCCCUGUAGAGCUGCUUACCUGGUGAUGACCAUGCACCUUACAAUUUCUGAACAGUUAACCCUAUAGAAGCAUGCUUUAUAUGAGUGUCUUCUGGGAAGAGGAACCUUCUUAAUCUCUUCUGUGGGAUUUUCAAAAUGCUAAAGACUCACACUGCAGCAAUCAUCCCAGAUGAUUAAAUUCAAAGAAAUAGGUUCACAACAGGAAUAUACUGAAGAACUAGAGUGUCACUGCUGGUGAACUGUGGCACGGUUGCUCAACACAUCACCUCGGACAAAUUCAGGAAGCAUUUCUUUAGCCCACAAGUCCAGACCCAGGUGCUCUGUAUGUUUGUUUUUAAUAUUCAUCAUAUCCAAGUUCACUCUGUCUUCCUGAGCAGUGGAAGAUCAUAUUGCUGUAACUUCUUUUAAGUAGUUGAUGUGGAAAACAUUUUAAAGUGAAUUUGUCAAAAUGCUGGUUUUGUGUUUUAUCCAACUUUUGUGCAUAUAUAUAAAGUAUGUCAUGGCAUGGUUUGCUUAGGAGUUCAGAGUUCCUUCAUCAUCGAAAUAGUGAUUAAGUGAUCCCAGAACAAGGAAUACUAGAGUAAAAAGCACCUCUUUUUCACAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1097.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1178.07
Frequency: 0.0000
Diversity: 933.09
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((((((.(........((((.(((((((((.((((......(((((.(((((...((((((.((((((......))).)))..(((((((..((((((....((((((((((.((...)).)))))).))))...))))))..)))))))..))).)))...)))))))))))))).))..))))))).)))).......((((((((((((((...((....))..)).))))))))))))(((((((.........((((.((......)).)))).(((......)))......)))))))((((((((...(((.((((((((((..(((.....))).((......))...))))))))))((((((((......(((.(((((.(((((((.......))))))).)))))..)))...((((((..(((((....)).)))..)))))).....))))))))..)))......))))))))......(((...(((.(((((((.((......)).))))....))))))...)))......(((...((((........))))...))).((((((((...(((.((((((((.....((((.((((....))))..))))..(((....))).....(((((((.((((.....((((((((((.((.....((((.(((..(((((((.((..(((((.......)))))..)).)))).......((((((...(((..((((.((.(((........))).)).)))).))).)))))).((((((((.((((((((((((........))))))....((((.(((((..........((.(((((...(((((((((((((((............(((((......)))))(((((.(((((..((((((.((((((((((((((................))))..)))))))))).)).)))).)))).).)))))(((...)))((((.(((.((.((.....((((.((((...(((...((((.....))))..))).)))))))))).)).))).))))....((((.........)))).)))))))(((((..(((((...)))))...))))).....((....)).................((((..((((((....((...))))))))..))))..............))))))))...))))).)).....((..(((.(((.(((..((((................(((((.((..(((...((((((((((...))))))))))...)))..))))))).))))..)))..)))))).)))))))))))...(((((((.......(((((..(((((((((.(((......))).))))).......((((((((((((((.((((...)))).)).))))).)))))))(((((..((((((..((.(((((.((((...(((...))).....))))))))).))..))))))...)))))(((((.(((.................))).)))))(((((.......))))))))).))))).(((((((((((((....((((((......)))))).(((((((.((((....((((.(((..(((((((((((((.((((((((((....((.(((((.(((((.((((((.......)))))).))))).))))).))((((((...(((((((((.(((((.((.((.......((((((..(((...((...(((((((....))).)))).))...)))............))))))........)).)).))))).)).))))))).........(((((((...((((((((....(((((((((((.....(((.....))).....))).))))...))))...)))))))).........)))))))((((((((.......((((...)))).(((((((.(((((((........))))))..).)).)))))))))).)))((((((((((...(((((((....))))))).....))))......))))))....))))))))))))))))....)))).)))).))))).))).))))....))))...)))))))))).))))))))))....)))))))...)))))).))))))))....(((((((.....(((((((((.(((.........))))))))))))..((((((((((((((((((((......))))))).)))))........))))))))......))))))).........(((((.......)))))..)))..))).))))....)).)))))))))).(((((...(((((((..((((.((((.((..((((((((((......))))))))))........((((.......((((((((..................................(((((((((.(((......))).)))))))))(((((...........)))))...(((((((((.....((((....((((((((.(((((((((...(((((((.......)))))))..)))))...(((((..........((((......))))......)))))..(((((.(....))))))((((......))))..(((.....))).))))))))))))))))............(((((...)))))))))))))).((((.(((((.(((((((.((....)))).)))))...)))))))))...(((((.....)))))(((((((((((....)))))..)).)))).((((((.((((((.(((.......)))......((((.((((((((.....((((....(((..((.(((...(((((..(((......)))..)).))).....))).))...))))))).....)))))))).))))((((((((....((((..(((.(((.(((((((.....(((((((........))))))).(((((((........((.(((((.....))))).)).(((.(((..(((((.....)))))...((......)).(((((((((((((....))))....))))))))).....))).))).(((((.....)))))(((.(((((....))))).)))......))))))).)))))))..)))..))).))))..)))))))).....((((.(((((((......((..((((....))))..))....)))))))))))..)))))).))))))))))))))))))((((....)))))).)))).))))..)))))))))))).(((...(((((.((((((.....))))))))))))))..(((.((((.....((((((......))))))........(((..((.......))..)))(((((((...)))))))...............(((((....(((.......)))..)))))...(((((((............))))))))))).)))....)))))))))))....)))))))).)))))))))))..).))))))))))....(((((((.((.(((..((((...))))..)))))..(((..((((((((((..((((((((((.....(.((((.((((((.............)))))))))).)(((((((((.....(((..((((....)))))))......))))))..)))((((..(((.(((((((((...)))))).)))))).))))))))))))))..))))))(((((.(((((.......))))).))).)).....))))..))).(((....)))...))))))).............
Thermodynamic Ensemble Prediction
......((((((((((.,........((((.(((((((((.((((......(((((.(((((...((({((.((((((......)))},))..(((((((..((((((....((((((((((.((...)).)))))).))))...))))))..)))))))..)}),)))...)))))))))))))).))..))))))).)))).......((((((((((((((...((....))..)).))))))))))))(((((((.........{({{.{{..,,,,||.}})),|||......)},......))))))).(({...((((((..,{((((((((..(((.....))).{{......}}...))))))))||((((((((((.....,(((((((.(((((((.......))))))).))))).((((((({,((((({..((((,(((,(,(((....})}.},|||||||,{,,(((((({((({{,{,.{{,,,,..{{{|,,,||,(((((((.,,.{{...,{{|||,....,,))))}...))....}|||}||(((,.{{{{(,((,,.(((,,.{{({((,,.,,||||||.,{{({{(,{{{{((,{,((((..,,|,,...),))}}||,.,{|||......|||||||{|}}||,{|||(((((((((.((.{,..((((.(((..{((((((.((..(((((.......)))))..)).)))),...{{{{({{,||{|,{{..{{{|.{|,{{|,|||..,{|}|.}}.,,}}}}},,)))},,.((((((((.(((((((((((({......,))))))....(((,{(((((..........((.{((((...(((((((((((((((...,,.......,,(((,,,...}}}))||||{.{{(({{.{{({{{.{(((((((((((((.{.,,......,,.,.)))}.,)))))))))|,||.,,)),),}|.|.||||}{{{...})){(((.(((.((.,{{,...{{{{.((((...(((...((({.....})))..))).))))))))}},)).))).)))}....{{{,.........,,,,.)))))))(({{{..(((((...)))))...})))).....,{,...,,........,,.......{{{{..((((({...,{{...))))))))..}}))........,,....))))))))...))))}.))....,{{..,{{,|||,{((..((({.,,..,.....,.||.(((((.((..(((.,.((((((((((...)))))))))).,.)))..))))))).))})..}}},,))}))).,}))))))))),{.(((((((......,(((((({({(((((((.(((......))).))))).......(((((((((((({(.((((...)))).}).))))).)))))))(((((..((((((..((.(((((.((((...(({...})).....))))))))).))..))))))...)))))(((((.{(({....,||,....,}..))).)))))(((((.......)))))))))))))))}((((((((((((({..,((((((......))))))||((((((.,(((({{{(,(({(,{...,,,,|,||||{{.((((((((((....((.(((((.(((((.((((((.,...,.)))))).))))).))))).))((((((...(((((((((.(((((.({.((.......{(((({.,(({,,{((,,.,((((({.....}}.},)).,}...,,}.....}}}}}}})))))}........)).}).))))).))))))))))........,(((((((,,.((((((((....(((((((((((.....(({.....}}}.....))),}}}}.,.})))...))))))))..,},....)))))))|......,...{{({((((,.{,|.|.(((((((.(((((((........)))))),.,.))}))))).}.).})))},,,,,|||}}.,{((((({....))))))}...{{||||.,....},,,))}}}}))))))))))))))))....}}))}))))}.,,,)))))),,,|{{{.|.....}.)))).)))).))))))))))....))))))),,.)))))).))))))))..,,|||||||.....{((((((({,(((.........)))))))))))}..((((((((((((((((((((......}))))))})))))........))))))))|,,|}.})})}}},},},}||,(((((.......)))))..})}.,))).)))).},.)).)))))))))},(((({,,,(({{{{{,,|{||,||{{.{,..((((((((((......)))))))))).......,((((......,{{{{({{{,.,..,,,,...,.....................{{{{(((((.((({,....}})}))))))))),{{,,....,,..,..)))}}...(((((((({.....,,{,....((((((((.(((({((((...(((((((.......)))))))..)}}}}...((({{.,,.......((((......))))......)))))..(({(({(,...||}}||,{{{.,,..,))}}},|}|.....,,,.))))))))))))}|}},,,,,,.,....{{||{,,,)))))))))))))).((((.(((((.(((((((.((....)))).)))))...)))))))))...|||||...}})}))),,|||||||||....}}))),,)),)))),|{||||,||{{({..,,.....,,((({{(((,{(({,{{{{,{{.((((...(((((.((({...}))).)))))..))))..,,,......(((,,((.....,..((((((((,,,{{({.{(((((.(((....,(((.((((,....}.)))).)))|(((((((.......(((((((........))))))){(((({({(((......))))))))},.}))))))}..))).)))))|{{,...,,.(((((...(((((((....)))).)))..))))).,))).))),})))).........))))))..(((((.....))))){((.(((((....))))).))}..}}))))))))})))))}})))}}|.,,}}}}}{||}},.,)))},,.,,|,...(((,,,,..}}}.||}}||||,,..,)))}}}},,,,,}}}}},.||||,,,}))),)}}||}|}}})))}}}}}{(((....)))},).)))}.)))}..}}))}}},))},.|{{,..(((((.((((((.....)))))))))))}||((((((...)))))}..||}|}))}}})))))}.......,{{{..{{.....,.)),,)})|((((((...)))))),.........}}}}},|((((....(((.......)))..}}}}).,}}}).)))))))|((((..(((((({....))),,.}))..)))))..))....)))))))},))},.)))))))}),))))))))))....(((((((.{(,(({..((({...,}}}..}}},,..{((..((((((((((..((((((((((,....,.((((.((((((..{{......,..)))))))))).|(((((((((.....(((..{(((....)))))))......))))))..)))},{,..{(((({((((({{...)))))).}},)))})},}))))))))))..)))))){((((.(((({,......))))).))).)).....))))..))).|||..,.},,...))))))).............
Back