Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004635.5
Sequence Length
2522 nt
GC Content
0.5702
ACUCUCGGCCCUGGGAUUUCUGCGGCCGCCAGCUCCCGCGACCGCCUCUCCUGCCCCUCGCCGGUACCUCAGCAAGGUGCCACUAGAAGCGCCAGGCUGGGGCCGCCUCUGAGCGCCCCGCGGGGGCCAUGGAUGGUGAAACAGCAGAGGAGCAGGGGGGCCCUGUGCCCCCGCCAGUUGCACCCGGCGGACCCGGCUUGGGCGGUGCUCCGGGGGGGCGGCGGGAGCCCAAGAAGUACGCAGUGACCGACGACUACCAGUUGUCCAAGCAGGUGCUGGGCCUGGGUGUGAACGGCAAAGUGCUGGAGUGCUUCCAUCGGCGCACUGGACAGAAGUGUGCCCUGAAGCUCCUGUAUGACAGCCCCAAGGCCCGGCAGGAGGUAGACCAUCACUGGCAGGCUUCUGGCGGCCCCCAUAUUGUCUGCAUCCUGGAUGUGUAUGAGAACAUGCACCAUGGCAAGCGCUGUCUCCUCAUCAUCAUGGAAUGCAUGGAAGGUGGUGAGUUGUUCAGCAGGAUUCAGGAGCGUGGCGACCAGGCUUUCACUGAGAGAGAAGCUGCAGAGAUAAUGCGGGAUAUUGGCACUGCCAUCCAGUUUCUGCACAGCCAUAACAUUGCCCACCGAGAUGUCAAGCCUGAAAACCUACUCUACACAUCUAAGGAGAAAGACGCAGUGCUUAAGCUCACCGAUUUUGGCUUUGCUAAGGAGACCACCCAAAAUGCCCUGCAGACACCCUGCUAUACUCCCUAUUAUGUGGCCCCUGAGGUCCUGGGUCCAGAGAAGUAUGACAAGUCAUGUGACAUGUGGUCCCUGGGUGUCAUCAUGUACAUCCUCCUUUGUGGCUUCCCACCCUUCUACUCCAACACGGGCCAGGCCAUCUCCCCGGGGAUGAAGAGGAGGAUUCGCCUGGGCCAGUACGGCUUCCCCAAUCCUGAGUGGUCAGAAGUCUCUGAGGAUGCCAAGCAGCUGAUCCGCCUCCUGUUGAAGACAGACCCCACAGAGAGGCUGACCAUCACUCAGUUCAUGAACCACCCCUGGAUCAACCAAUCGAUGGUAGUGCCACAGACCCCACUCCACACGGCCCGAGUGCUGCAGGAGGACAAAGACCACUGGGACGAAGUCAAGGAGGAGAUGACCAGUGCCUUGGCCACUAUGCGGGUAGACUACGACCAGGUGAAGAUCAAGGACCUGAAGACCUCUAACAACCGGCUCCUCAACAAGAGGAGAAAAAAGCAGGCAGGCAGCUCCUCUGCCUCACAGGGCUGCAACAACCAGUAGCUCAUGGGGCCUUGGAGGAGCCUGGCCUCUCAGCCUGCAUAACAGACUGAAAUGUGCUCAGGCCCUGGCCAGGAGGGCCCAGGGUCAUUCUUUUAACAAAAGGAUUAUUUUGUUGUGUUUUAAUUUGUCACUCGGAACUUCAGGAUGGAGGACCCUGACCCUAAACCUCCUUCAGAUCUCUGGCCCAGGCUCAAGCCCUAGAGAUGGGCAGGGCCUAGGGGCUGGGAGCUGCCUGCUGCCAUAGCAGCACCUUUAGCUAGGUUGGCCCGAGUGAGGCCUCUGUGCUGUCCUGCCCUGGUGCAUGGCCUUAGCUUUCUAGGCCACUGGGAGUUGUGGCUGGGCUUCCCAUCUUCCACAGAGACAUCUCCCUGUGGGAUGGGCAGAUGGGCCUGGCCUUGAGAAAGGCAUUGGCCAUUGGUUGCCAUGGUGACCAGGGACCACGUUGCUGCCUGUGAAUGCUGAGUGAGCGAGUAAGGGAGGAGGGGCGAUUGAGGGUUCACCUCUGCCUUGGGGAGGCUGAUUUCUCACACACUGGCUGGCCCUCUCAUUCUCACUCCUCCUUGGGCCCUGAGGCUGCUGGAUCCGGUCUGCCUGCCUCCCUGUGCAGUCCAGCCCUGCCUUGCUGCAGCCCCAGCCCAGAUGGCACUCAGCGCUCUCCCCUGAGGGAGUCCCUGGGCCUAGCCAUCCCCUCACUAUUCCCGACCCAAAGGGUGACUUUUCAUCUGAACUUAAGGUGGGAGAUAUUUUUAACUUUUUUCCACUUUGGAAAAUGUCACUGUGACAAAAGCCAGCAUACUUUCCCUGCACCCAUCUGCUCACCAGAUCUCAGGCAGGAAAGCCCCUCUCUGUUGAAGUCAGGGGCUAUCUUUUGGUAUACUUGUGUGAAAGUGGCUGGUUGGGAGCAGAGCUAAGUGGCUUCCCAUUAACCUGAGGUCUCUUUCUUUACUCUGGGUCAGACCUGAGGUUGGGGAAGGCGACUGAGCCAUGCUCAGAAUGUCUGGUCCUGGCUUGGGCCUGAGUAGGGCAGAGAGGGCCUUUCCUGGCUGAUCAGAGCUUACCAGCCCCACCCCACCAUGGUAGCCUUAGGGUGCUGAGUGCCUGAUACUGCCUGACAAGUGCCUGACACGCAGCCUAGUUCCUUCCUGGCCCCUCUCUCACUGGCUGGGAAACCCUAGACCAUGUCAGAUAGGACAACACUGCUGGGUUUUACAUCCAGAUAGUAAUAAACACCAUUUCAUCAUUUUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1016.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1062.27
Frequency: 0.0000
Diversity: 656.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((..((((.....(((((((((((..(((.(((.((((((((((.((.((((((((..(((((((..(((((........)))))..)))))))))).(((((.((.((((.((((((((((.(((((.((...(((((.((.((((((((((.....))))(((((.(......).))))).......(((((.(((.((((.(((((.((.((((((((...........((((((..(((((((...)))))))........((((((((((.((.......(((...((((.(((..(((((....((((((((.......))))))))..)))))))).))))....))))).))))))))))...((....)).))))))...)))))))).)).))))).....((((...(((((((((((((.(((....(((......)))...((((.(..((((((((((((.....))))....))))))))..)..))))(((.((((((....(((((....(((((((.....)))))..(((((((((.....((.(((...((((...))))))).))))))))..)))..............))....)))))..))))))..))).)))))))))))).))))...))))((((.(((.(((........))).))).))))...))))))).)))))....)))))).....)))))))....)).)))))..)))))))))).))....)))).))))).(((((.(((.(.((.(((((..(((((((((((...((((((((....(((((((...((((((((((.((((((.(....((.((((((.((((.((((...((((.....((((.(((((.((((.((((((...((((((.(((........)))...)))))).))).....))).))..)).))))).))))(((((...))))).))))...)))))))).((((((.....((...(((.(((....))).))))).....))))))((((..........))))......)))))).))...).))))))...........)))))...))))))))))))((((.(((((((((((((((.(((..((((((........(((((...........)))))....((..........))((((((.....))))))......((((.((((((((((((..(((((.(((((((((........))))))).))(((((((((((((((((((((.....(((((....(((........)))...)))))...)))))))((((..(((((((((((((((...))))))))..(((((..(((...........))).)))))(((((...)))))))))))).))))....)))))))))......)))))((((((..((((.......)))).)))))).))))).))))))))))))))))....(((((((.........((..(((((....).)))).))))))))).))))))..)))..))))).((((((.((((....)))))))))).((((((((((((((((..((((((.((....)).)))))))))))).....))))))))))......)))))))))).))))......))))))))))))))))))))))))))).)))..)))))......)))))...)).)))))))))).))).))).((((((((.(...).))))).)))...........))))).))))..............((.....))((((((((((((((((....((.(((.(((((.....).))))..)))))((((((((((.((((((.((((..((((((.(((((.(..(((((....)))))..))))))....))))))...........(((.(((..((((((((....)))))....)))..))))))(((((((((......(((((((...)))))))(((((...)))))..(((((((.((((((((((((....(((((.....))))).....)))))..(((((((..((.....))..)))))))(((....)))..........))))))))))))))..(((((..(((.(((.(((((((..((((((.((((((..(((........)))..)))))).))))))))))).)).))).)))..))))))))))))))......)))).))).)))))))))))))...((((.......((((......)))).....)))).......))..))))))))))))))((((.(((.(.(.((((........)))).).).))).))))...))....))))))))(((.(((.((((((((((....))))).))).)).))).))).....((((((((((.....)))))).))))........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{(({.(((((.(((((({(.(.((((((,,(({(({{(...(((({{((({{(((({(((,(({.((({(({..(((((,.......}}}}}..)))|||}||{{{{{{{.|||||||,|||||||||,}||,||}|....,||,|.||,||((((((((.....))))(((((.{......}.)))))....{{{(((((.(((.((((.(((((.((.((((((((...........((((((..(((((((...)))))))...,,...(((((((((((((.,{...,{{(...{{((.(((,.(((((....((((((((.......))))))))..)))))))).))})..,,}}))),}))))))))},,.{{....}}.)))))).,.)))))))).)).))))).....((((...(((((((((((((.(((..{.(((.....,}}}...((((.(..((((((((((((.....))))....))))))))..)..))))(((.((((((,{(.(((...}}}.}||(((.....,}}}}..(((((((((({...{{,(({...{(((...))))))).))))))))}.,))....(((({.,.....,.)))))....))))))..))).)))))))))))),})))...))))((({.(((.{({,,,...},,}}.))).})))...))))))).)))))...})),,||{{...,,)))),....,},}},,,..))))))}),)}))}}}})))})})))).{((((.({{.(.({.(((((..(((((((((((...((((((((..{{.({.,,...((((((.....,({(({{.,,....,..((((((((((((((..((((((,.{,,{.(((((.,((((.((((((({...(({,..,,,....((((((((((((,..{{||||,(({{({...,},||.,,}},{||{{(((({,..},}},...}},)))}))}})}}}}}},}})))))....{((.(({....})).))}..........((((((.((.(((.((((.........((((.(((..(((.((((((........((((((......|((......},},},.)))))),((((((((.....,((((,{....,...({(((...........}))))....,,.,,.......,,((((((.....))))))......(((((((((({((((((((((((((..(((((((........))))))).))))))...)))))))},|,})))....))))))...,,,..,,,,..,}}..}))))}}}})))))))((((..(((((((,{((({{{,,,||||}}},..|||||,,{{{.........,.}}}.}}}},(((({...}))))))))))).))))...)))))).)))..))).)))).((((((..((((.......)))).)))))).))))))))).)))))){(((((....)))))|({{......})}}))))))).))))}.)))))...}},}},,.)))})).{{.,((((.(((({{{((((....)))))))))).))))|,))..((((((..((((((.((....)).)))))))))))).)))))))))))))))}})),)}))....)))))).)).}).))))))))))))))))))))))))})},)}}.,}}))},{{{{{|,|||..,||{||||||||,|.,.(((((,(({((,{(,,..,|{||||}.,,,,}))))}..}},,)),.))))}}}.....}}}.}}}}}}}},{{((({{{{(((((({({....((.(((.(((({.....).)))).,)))))((((((((((.((((((.((((..((((((.(((((.(..(((((....)))))..))))))....))))))..........,(((.{((..,,{(((((....}}}}}|....,}.,)))}))|(({{,,,.......{((((({...))))))}(((({...}))))..(((((((.((((((((((((....(((((.....))))).....)))))..(((((((..((.....))..)))))))(((....)))..,,....,,)))))))))))))),,(((((..(((.(((.(((((((..((((((.((((((..{((........)))..)))))).))))))))))))}).))).)))..)))))|}}}}})))}....,)))).))),})))))))))))).,.(((((({,,..(((.{(((((.((..{{((((((({{{.......))}.......))).)))).}}))))))).}.))).}..})).)))),.},,})))))}}}...,.....))))}}}}.}}}|}|(((((((....))))).))},||{,,,.,,))}}..((((((((((.....)))))).))))..............,.........
Back