Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004637.6
Sequence Length
2185 nt
GC Content
0.4668
AGUCUUGGCCAUAAAGCCUGAGGCGGCGGCAGCGGCGGAGUUGGCGGCUUGGAGAGCUCGGGAGAGUUCCCUGGAACCAGAACUUGGACCUUCUCGCUUCUGUCCUCCGUUUAGUCUCCUCCUCGGCGGGAGCCCUCGCGACGCGCCCGGCCCGGAGCCCCCAGCGCAGCGGCCGCGUUUGAAGGAUGACCUCUAGGAAGAAAGUGUUGCUGAAGGUUAUCAUCCUGGGAGAUUCUGGAGUCGGGAAGACAUCACUCAUGAACCAGUAUGUGAAUAAGAAAUUCAGCAAUCAGUACAAAGCCACAAUAGGAGCUGACUUUCUGACCAAGGAGGUGAUGGUGGAUGACAGGCUAGUCACAAUGCAGAUAUGGGACACAGCAGGACAGGAACGGUUCCAGUCUCUCGGUGUGGCCUUCUACAGAGGUGCAGACUGCUGCGUUCUGGUAUUUGAUGUGACUGCCCCCAACACAUUCAAAACCCUAGAUAGCUGGAGAGAUGAGUUUCUCAUCCAGGCCAGUCCCCGAGAUCCUGAAAACUUCCCAUUUGUUGUGUUGGGAAACAAGAUUGACCUCGAAAACAGACAAGUGGCCACAAAGCGGGCACAGGCCUGGUGCUACAGCAAAAACAACAUUCCCUACUUUGAGACCAGUGCCAAGGAGGCCAUCAACGUGGAGCAGGCGUUCCAGACGAUUGCACGGAAUGCACUUAAGCAGGAAACGGAGGUGGAGCUGUACAACGAAUUUCCUGAACCUAUCAAACUGGACAAGAAUGACCGGGCCAAGGCCUCGGCAGAAAGCUGCAGUUGCUGAGGGGGCAGUGAGAGUUGAGCACAGAGUCCUUCACAAACCAAGAACACACGUAGGCCUUCAACACAAUUCCCCUCUCCUCUUCCAAACAAAACAUACAUUGAUCUCUCACAUCCAGCUGCCAAAAGAAAACCCCAUCAAACACAGUUACACCCCACAUAUCUCUCACACACACACACACACGCACACACACACACACAGAUCUGACGUAAUCAAACUCCAGCCCUUGCCCGUGAUGGCUCCUUGGGGUCUGCCUGCCCACCCACAUGAGCCCGCGAGUAUGGCAGCAGGACAAGCCAGCGGUGGAAGUCAUUCUGAUAUGGAGUUGGCAUUGGAAGCUUAUUCUUUUUGUUCACUGGAGAGAGAGAGAACUGUUUACAGUUAAUCUGUGUCUAAUUAUCUGAUUUUUUUUAUUGGUCUUGUGGUCUUUUUACCCCCCCUUUCCCCUCCCUCCUUGAAGGCUACCCCUUGGGAAGGCUGGUGCCCCAUGCCCCAUUACAGGCUCACACCCAGUCUGAUCAGGCUGAGUUUUGUAUGUAUCUAUCUGUUAAUGCUUGUUACUUUUAACUAAUCAGAUCUUUUUACAGUAUCCAUUUAUUAUGUAAUGCUUCUUAGAAAAGAAUCUUAUAGUACAUGUUAAUAUAUGCAACCAAUUAAAAUGUAUAAAUUAGUGUAAGAAAUUCUUGGAUUAUGUGUUUAAGUCCUGUAAUGCAGGCCUGUAAGGUGGAGGGUUGAACCCUGUUUGGAUUGCAGAGUGUUACUCAGAAUUGGGAAAUCCAGCUAGCGGCAGUAUUCUGUACAGUAGACACAAGAAUUAUGUACGCCUUUUAUCAAAGACUUAAGAGCCAAAAAGCUUUUCAUCUCUCCAGGGGGAAAACUGUCUAGUUCCCUUCUGUGUCUAAAUUUUCCAAAACGUUGAUUUGCAUAAUACAGUGGUAUGUGCAAUGGAUAAAUUGCCGUUAUUUCAAAAAUUAAAAUUCUCAUUUUCUUUCUUUUUUUUCCCCCCUGCUCCACACUUCAAAACUCCCGUUAGAUCAGCAUUCUACUACAAGAGUGAAAGGAAAACCCUAACAGAUCUGUCCUAGUGAUUUUACCUUUGUUCUAGAAGGCGCUCCUUUCAGGGUUGUGGUAUUCUUAGGUUAGCGGAGCUUUUUCCUCUUUUCCCCACCCAUCUCCCCAAUAUUGCCCAUUAUUAAUUAACCUCUUUCUUUGGUUGGAACCCUGGCAGUUCUGCUCCCUUCCUAGGAUCUGCCCCUGCAUUGUAGCUUGCUUAACGGAGCACUUCUCCUUUUUCCAAAGGUCUACAUUCUAGGGUGUGGGCUGAGUUCUUCUGUAAAGAGAUGAACGCAAUGCCAAUAAAAUUGAACAAGAACAAUGAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-610.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -653.51
Frequency: 0.0000
Diversity: 559.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((..((.......(((((.((.((((((((.(((...(((((...((.((((((....)))))))).((..(((.....))).))...)))))....))).)))))..))).)).)))))(((((....)))))..((((((((((.....)))(((((((((((((............((((((((.(((.((.......)).))).))))))))....((((((.(((.(((.(((((..(((.((((..((......))..))))...(((((.(((((........................))))).))))).....(((...(((..(((..((...(((.(((((((...(((((((.(((((((.((((((.((((...)))).))).)).).))))(((((.....)))))((((....))))..))).))))))).))))))))))..)).)))..)))....)))......(((((((((......)))).)))))....))))))))..))).)))...)))))).))))))))))))).....(((..(((((.(((((..((.(((((.((...(((((((((((((((((((.((.(((....................)))))))))).)))(((((((((.((...((((((((((((((((............))))))).........(((.(((((((.(((((((.(((.....((((((............(((((..(((.(((((((((....))).))).((((.(((((.(((((((((((((..(((((((..((.((((.((.((........(((.(((((...((((((.(((((..(((((((..((....(((((...............(((....)))..(((.(((((((...........................................................................((..(((..((......))..)))..))(((.((((..(((((..((((((..........)))).)).))))))))).)))))))))).)))...(((...)))))))).......))...)))))))...))))).))))))......)))))..)))(((.(.(((.(((((....)))))..))).).))).....................)).)))))).))))))))).))))))...((((((..(((((.(((((.(((...)))..((((((....))).))).(((((((((((.((((.((((((....))))))....((((((((((..((.(((..................((((...((((((((((..((....((((........))))...))..)))))).))))..))))))).))..))))))))))...................((((.(((((...))))).)))).))))...)).)))))))))..))))).))))).))))))...((((((((.......)))).).))).((((....)))).....)))).))).))))).))))(((((..(..(....)..)..)))))..((((....)))).....(((((......))))))))))).)))))))))))...))).)))))))))))))).))).(((((((((..........(((((((.(((....)))))))))))))).)))))..................................................))))))))).......(((....))).......((((((......))))))(((((((((.(((((((....)))..))).).)))).)))))......)).))).)))))).(((((..((((...(((((((..(((((((((....((....((((..............((((........))))....((((.........))))))))....)).))))))))).....))))))).)))))))))...))).))))))))...))..))))).))..)))))...))))).....))).)))))))(((((.((((.(((......))).)))).))..)))........))..)))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,(((((,,{,....|||.((((.((.((({((((.(((...(((({,,.((.((((((....)))))))).||..(((,...,))).,,...}))))....))).))))}..))).)).))))||((((.{{.,}}})..|{||||(((({,{.,|||(((((((((((({...,,,..,.,{((((((((.(((.((.,...,.)).))).)))}}}})}}}}|(((((.(((.(((.(((((..{{{.((((..,{.....,},..)))}...{(({{.(((((..,,.........,.......}}.))))).)))))...,.{((,|,(((..(((..{{...(((.(((((((...(((((((.((((.(((((((((.((({...}))).)))},,.{{(,(((((((,....))))}.)}.})))))).)}))).))))))).))))))))))..}}.)))..))}....}}}.,...,(((((((((......)))).)))}}.},.))})))))..))).)}}...})))},.}}))))))))))).....,{{..(((((.(((((..((.{((((.((...{((((((((({((((((((.({.{{|....................,}}}}))))).))){((((((((.{{...((((((((((((((((...,........))))))}......,,,(((.(((((((.(((((((.(((.....(((((({,.....,,...(((((..(({,((,((((((....))).))),((((.(((((.(((((((((((((..(((((({..((.(((({{(.{{.......,,,{({{{,,,,.,({({......{{{{{......(((((((({{((((((((({.......{({....}},..((({({(((((...,.........,,.......,,...................................,...............,{..,{{..{{......}}..|}|,,,.(((.((((..(((((..((((((..,.......)))).}).))))))))).))),))),}}.}|}...,||,||,}}}|,,|,...,,})},.}}}.)))))),)))}|,,....,.,.}))))))...))))))).)))))(((((....)))))....))))),,.....,,}}...........,)),)))))).))})))))).))))))...((((((..(((((.(((((.(((...)))..((((((....))).))).(((((((((((.((((.((((((....)))))).{,.,{((((((((..{,.,{{..,,,,..,,,|.....,||{,,,.((((((((((,.((,(,.(((,....,,}.}))),,,}}..))))))}}))).,}}}||||,}|,,||}}}}}}},...,,,...,}},,,....((((.(((({...))))).)))).))))...)).)))))))))..))))).))))).))))))..,,,(((,(({{.{...|||,.,}}}..,|||,,,,,))).....)))).))).))))).))))|((((..{..,....,..,..))))}..((({....})))....,(((((......))))))))))).)))))})))))...))).)))))))))))))).))).,,,,,,,{{......,,..{(((((,{(((....)))))))))||||,..,,,,.}}}},.......,,,..,,,,......,,,,.................,)))))))))........,{,,..|||{{{.,..((((((......}))))){{((({{{{.||{{,{{,,.,})}..}}}.}.}))}.}}}}},,,,,,)).))).)))))).(((((..((((.,.(((((((..((,(((((,....{{....{{{{,.,.,,,.......,..{,,,........,...,{{{{.........)))}))}}....)).))},,})))}}}}.))))))).)))))))))...})).))))))))...))..))))).))..)))))...)))))...,.}}).))})}))|||||.((((.(((......))).)))).}}..))).......,}}..})))}.}......
Back