Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004760.3
Sequence Length
3918 nt
GC Content
0.3925
GCAGUCCGAGCGCCGCGCUGGGGAGAGCGGGUGUUUGAAGGCUCCGCGGACCGGCACUAGGAGCCGGGGGCGGGUCCGUGACCCUCCGGCUGCUCGGAGUGAACAGGCGGCCAGGAAAGAAGCGGGCCUGAACACCAUGAUCCCUUUGGAGAAGCCAGGCAGCGGCGGCUCCUCCCCAGGCGCCACCUCAGGCUCGGGCCGGGCAGGCCGGGGUCUGAGCGGGCCGUGCCGGCCGCCGCCGCCGCCCCAGGCCCGCGGGCUGCUGACAGAGAUACGCGCCGUGGUGCGCACCGAGCCCUUCCAGGACGGCUACAGCCUGUGCCCGGGCCGGGAGCUGGGCAGGGGGAAAUUUGCAGUGGUGAGAAAAUGUAUAAAGAAAGAUUCUGGGAAAGAAUUUGCUGCAAAGUUCAUGAGAAAAAGAAGAAAAGGCCAAGAUUGUCGGAUGGAAAUAAUUCAUGAGAUUGCUGUACUUGAACUAGCACAAGACAAUCCUUGGGUCAUUAAUUUACAUGAAGUUUAUGAGACUGCAUCAGAAAUGAUCUUAGUUCUGGAAUAUGCUGCUGGGGGUGAAAUCUUUGACCAGUGUGUUGCAGACAGAGAAGAAGCCUUUAAAGAAAAAGAUGUUCAAAGACUUAUGCGACAGAUUUUAGAAGGUGUUCACUUUUUACACACUCGUGAUGUAGUUCAUCUUGAUUUGAAGCCUCAGAAUAUUCUGUUGACAAGUGAAUCUCCAUUGGGUGACAUUAAGAUUGUUGAUUUUGGCCUUUCAAGAAUAUUGAAGAACAGUGAAGAGCUCCGAGAAAUUAUGGGUACCCCUGAAUAUGUGGCUCCUGAAAUUCUUAGUUAUGAUCCUAUAAGCAUGGCAACAGAUAUGUGGAGCAUUGGAGUGUUAACAUAUGUCAUGCUUACAGGAAUAUCACCUUUCUUAGGCAAUGAUAAACAAGAAACAUUCUUAAACAUCUCACAGAUGAAUUUAAGUUAUUCUGAGGAAGAAUUUGAUGUUUUGUCUGAGUCGGCUGUUGAUUUCAUCAGGACACUUUUAGUUAAGAAACCUGAAGAUCGAGCCACUGCUGAAGAAUGUCUAAAGCACCCCUGGUUGACACAGAGCAGUAUUCAAGAGCCUUCUUUCAGGAUGGAAAAGGCACUAGAAGAAGCAAAUGCCCUCCAAGAAGGUCAUUCUGUGCCUGAAAUUAAUUCGGAUACCGACAAAUCAGAAACCAAGGAAUCCAUUGUAACCGAAGAGUUAAUUGUAGUUACUUCAUAUACUCUAGGACAAUGCAGACAGUCUGAAAAAGAGAAAAUGGAGCAAAAGGCCAUUUCCAAACGAUUUAAAUUUGAGGAACCUUUGCUACAAGAAAUUCCAGGAGAAUUUAUCUACUGAGCAAUAUUUCCCUUUAGAACUUCAAGAUUUCUACAUUGAAAAUGUUAAUAUUAUUUAUGGACCUCUGGCCAAAUGGUACAUGUACUGGAAGUGGAUAACCAGUAUCACUUACACAAACAAAAAUAACUUUGUCAAAUUUGUGGAGUUAGGUGGAAGCCAGAUUUUAAAAGUUGCCAACCAGGAGAUUUAACAGGUACAGUUACCCGUUUCAAUGUUAUUUUUAAGAAGGGAGAUGUUGGCACCUUUGAAUUCUACAUCCUGUUUCUCCAGAAUGAGAAUUUGUGUACAAAGAUAUUUGUAUUCACUUUCUUUAAAAAAUCCAAGUAAAAGUGCCAAAACUACACUUCUGUAAAUCUCUUGCAUUAUUCAUAUGUGUAUCUAUAUCUGCAUAAUGUUUGUUAAUGUCUACUAAAAUUGCUACUUUUUCACUUUGGAUUUGUUUUUGGCAAAAUUUUAGUCUAAACAGACAUCUAAAUUUUCGAGACUUAGAAUAACAUUCACUAAAGUUUGAUAAUGUCUUUUUUAAAUAUUUUCUUACUGCUUUAUAGUGACUUGAUUUGGUUUCUGUUGUGUUUUUGCCUAAAUACUAGUAACAUAUCAGUGAAAAACCCUAAUUUUUUUUCUCUUCAAUGUCACUAGUAAGAGAGGUGGUAAUUUUUCACCUCUGAAAUUAUUCUGGGUUUAGGUGUCAGCUCUUGAGCUGCUUCCCUCAUCACACCACACUCACAUGCAUCUGUUCUCUCUCACACUCUAUACCCCUGCCACUUCCUGGCACCUCCCCCCAUGCUUGUCAUUUAAUUUUGGCCACUUGUAGGUAUCAGUGUGAUCUGAUCAACACUCUGGUUACCUUGGUCAGUGAAAAGAUGCUACUAUAUUGCUUUUGUCCCAAAGUGAGUAAAAUCCCCUAGAGCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGUGUCUUCAUGCCAACCACAGCCUGUUUCUGCUGAGUUUCUUAUCAGCCCUCAAGCUAUGCUAGGAAAAGUUAUAAAAUGCCAAAAUAUUUAUAAACAUUUACUUUGUCCAUAAAAAAUUUACAUUGGAUACUCUGUAAGUAGGAGGUACUUUGUCCCAAAAAGAUGUAUAAGAAUGUACUAAUAGUUUUAUUUGAUUAGGAUUGAACAGUUCAGUUGUAUCUAUGCCCCACAGUGACCAGUAAAGUCCAAUUAAAAUAUGGAAAUGUAAAAGUGUAUGCCGAAUACCUUAAAGUAACUAAUUAUCCUUACACACAAAAGGCUCAGUGCAUUAAAUAUUUGCCUAUCACCUGUGUGCUGUGUACCGUGGCCAUGCCUCGCUCUGCACUAUGAACAACUCAGACCUGUCCCUUCACGGUCUGAUUAGGGUGUCACACAAAGCUCUCUCCCUAACAUGGUUUCUCAACUGUCAAAAUCAUGAAAAUGACAGCACCUAACCACUAUUUUAAAGUAUGUACAGUAAAUACCCAAAUGUGUGUAAAUGUCAUAGACAUAUACAAAGUCAGUAAUCUCACCCAGUCCUGCUGUGUGAACCUGUCAAAGCACCUGGGAGUGCCCUUUACACCAUUAGGUGAAAUUCAUCAGGCACUUCAGACAACCAGGUUGCACUGUUUUCUCACUAAAUUGGCUUUAUUUAUACAGUUUCCUGGAACCUAGCAUUCCUAAACAAGCUCCAAAAUGCAGAAGAAGAAAUUGUGCCACAGUGAUAGAGUUUUUAAUGAAUAUCCAUGGCCACAGUUUUGAGUCUCAGGUAAGUCUUGGAAGAAGUUAAACACAGUAUUAGGCAAAUAUUUAUCUCUCUGAAAAAAUAGGGAGGAGGUGACCAGGAAAAAAUAACCACUAUUGAAUGACACGUUUGUACUUGAUGGAUCUGUCAUCAAGUUUUAAAAUCAGAAUCAUUUGGGCUUUUUAAAAACCAUUUUAUACUCGUAAUAAAUAUAUUUAAUAUAAUUGCUGUAUUUGUGAGAAAGAUCUGUUUUCUUUUAGCUGGCCACUUCAGUUUGCUGCGUAUCUUUAGCUGCUGUUGUGCUUAAAUACUGAGUCAUAGGGUGCUUUUUUAAGAGGCCCUUCAGAAUAUACUUGUAAAGGUGUAUUGGCAUUUUUUGGUUUAUAAGAUAAAAACAGGGCAUGAAGAGCCUUCAUAGUAUUAGGCCAAAUAAAAUCUAUUAAUAACUGCCAGCUAGCUCUACACUUAUCUAAAGCUGUUAAUGUUCCUUUUUUUCUAUCACCAAAUUUAUAAAGGACUAAACAGUACUAUUGAGUUUACUCGGUUUAUAAAUCCAGUUUUAACUAUAAUUCAACAAUAUUUUGGUGUGGUGAAACGUUGUUUAUGAAAUGUAUAAAAUGUAUAAGUUUUAAUCAACUGGGAAAUGAUAUUUGAUUGAUCUUGUGUUUUGUUGUUUUCAAAUGAAAACUAGGAGGUAAUUAAUACCUUUCUCUAGUAGUGGUAUAGAGGAAGGACAGAUGCUCAUUGUUGAAUCUCUUAAAUUUUUCCAGCUAACCUCAGUUUGGAAGAAAAAUGUAUUAAAGGGUUAUAAAGAUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1063.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1141.43
Frequency: 0.0000
Diversity: 861.91
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((((((.((((......))))))))))))..((((((((......))....))))))(((..(((((((((..(..((((((((((.(.......).))))))).)))..)..)))))))))..).))((((.((((((((((..(((.......)))..))))(((((..((.(((.(((.((((((((((((((.(((((...((((.((((((((((.((((....)))).)))....)))))))((((((.((.........(((((....))))))).).)))))...)))).)))))...))))).)))))))))..))).)))))..)))))(((((.(((.(((((((((............(((((((.....)))))))(((....)))((((((....(((((....((((((((((((((..(((((.....)))))..)))((((((......)).))))...(((((((.((((((((((..((((.((.(((...(((((.((((((((((.....((((.((.(((.(((((((((.(.((((......)))).).))))))))).))))).)))).(((((((((.....((((..((((((........)).))))..)))).)))))).))).............)).)))))))))))))))).)).)))).(..((((....))))..)...((((......)))).)))))).))))))))))))))))))))))(((((.....)))))...(((....(((((.((....(((..(((...)))..))).)).))))))))...)))))..))))))((((.(((((((((((.....(((((..(((((....))))).)))))))))))))))).)))).(((((((((((((((((((.((((((((.(((((....((((.(((((...))))).......(((((((((((..(((((((((((((((((((((((.((((..((((((..(((((...(((......)))...))))))))))))))))))(((..(((...)))..)))..((.(((((..((((((((....(((.((.(((((.(((((...)))))))))).)).)))...))..(((.(((......))).))))))))).((((.......((((...))))....)))).))))).))....((((((..((..(((((....((.........))...))))).)))))))))))))).((((.....((((((.((.((((((.((....((((...(((.......))).)))))))))))).))........((((((((((((.....((..(((((((((((((.....(((.(((((....((((((((...(((.(((.....))).))).((((((............(((((((..........)))))))((((((((((((((((......))))).....)))))....))))))...))))))......(((((.((.....)).))))).((.((((....)))).)))))))))).))))).)))))))))))))))).))....)))))))....)))))))))))))))..(((((..((.(((((((....))))))).))..)))))....(((((((((((((((((.(((...((((....))))........((((((..(((.((((((........))))))))).....)))))).........))).)))))))..)).))))))))((((..(((.........))).))))))))))).))))))).....)))))))))))..((((((((((..((.(((((.........))))).)).....))))..)))))).))))....))))))))).)))).)))))))..(((((((.((((...((.((((((.........)))))).))...)))).))))))))))))))))))).))))))))).))))))))....(((((...((((((((((....)))))...........)))))..)))))...(((((((((((.((.....(((((((((.((((...((((((((((((((.(((.(((((..........(((((((((((.((.((...((((((((...))).)))))((((((((..(((...(((...((((((.(((..((((.(((.((((.....((((((((((((((((..((((((..........(((((.((..(((.............)))..)).)))))(((((........)))))(((..(((...)))))).....(((((((((......)).)))))))..........((((((..............))))))))))))...)))).))..((((.......))))..(((((....))))).....))))))))))....)))).)))))))..))).)))))).))).)))..)))))))).....((((.........)))).)).)).)))))...)))))).......))))).........((((........)))).((((.(...((((((((((((((........(((((((((...(((((((((....((((((((((.((......(((((((((......)).)))))))((((((.(..............).))))))((((((((((...((((((............))))))........(((.((((....((((.........))))..)))))))((((.(((((...))))).))))..((.((....)).))((((....((((((((((...(((((.(((((((((((((((.(((.((((....))))))).......))))))).......))))).)))..((......)).....)))))....))))))))))...))))...((.(((((................)))))))....)))))))))).)).)))).))))))..............)))))))))..(((((((.((......)).)))))))........)))))))))))))))))))))))...).)))).......))).))))))).)))))))...............((((((...((((..(((((((((.....)))))))))....)))).....))))))((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((..............)))))))))..((((((.......))))))....(((.((..((((..((((........)))).))))..)))))....))).)))).))))))))..)))))))))))))).....(((((((((....)))))))))((((((.(((((((((....(((.....(((((.......))))).....)))))))))))).))..............)))).......................((((((...((.(((((....................)))))))..))))))...((((((....))))))((((((((...((((((.(((((..((((.......)))))))))))))))...)))))))).....(((((((..(((((..((((((((.((........)).)))))))).)))))))))))).((((((....))))))..(((((((.....))))))).....)))).))))))))))))))))))))))(((....)))..........(((((((((((......)).))))))))).........))))))))))...)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{((((((((((.((((......))))))))))))..(((((({(,.....}}....))))))(((..(((((((((..{..((((((((((.(.......).))))))).)))..,..)))))))))..).)){{((.((((({((((..(((.{....|)))..)))){((((..((.(((.(((.((((((((((((((.(((((||||(((,|,(((({{{{,{(({.,,,))))}}))}.,,)))))})({(({||{.....,|...{((((....}})))},.,.}}}|}...}}}}.)))))...))))).)))))))))..))).)))))..))))}(((((.(((.(((((((({............(((((((.....))))))){{{.,..}}|(({(((....,,{{,..,{((((((((((({((.{(((((.....|||||{,|||((((((......,}.))}}|,,(,{{{{,||||{((((({..{{{..{{{|{{{|.|{{|||{{((((({|,,.||,|{{,.{,{(((.(((((((((.(.((((......)))).).))))))))).))))}.|}||.({,((((((.....,{{{..(((({{........)).))))..)))}.}))))}.,}}.,},,,,......)},)))})))))))))}}|,||{||,..,..((({....))))..}.},||||,,..,,}}}}.))}}||,,,,,}}}))))))))))))))))||{,...,.}}},,...|||,...(((((.{,,.,.{((..(((...)))..)}}.}}.)))))}}}...}))))..))))}}((((.(((((((((((.....(((((..(((((....))))).)))))))))))))))).)))).(((((((((((((((((((.(((((((,{(((((...,{(((,(((((...)))))..,}}},(((((((((((,.(((((((((((((((((((((((.((({..((((((..(((((...(((......)))...)))))})))))))))))}(((..(((...)))..)))..{(,(((((..((((((({....{{{.{(.(((((,(({{,...,||}}}}}||.}}.}}}...))..{{{,|{||,.,},))),)}))))))).((((...,...((((...))))....)))).))))).))....((((((..((..(((((....{(.........}}...))))).)))))))))))))),((((.....((((({.{(.(((((((((....((((...{((.......))).)))))))))))}.)}........((((((((((((.....{{..((((((((((((({..,.,{{.,{{{.....(((((((({,,(,..,{{,,,,,,.{{{.{{,,,|||},,,|||||..,(((((((..........)))))))|((({,((((((((((......))))).....)))))|}}|},|||,...))),}}......{((({.((.....)).})))).,{.((({....)))).)))))))))).,,}}},}})))))))))))))).)}....))))))),...})))))))))))))}..(((((..((.(((((((....))))))).))..)))))....{((((((((((((((((.(({...((({....})))........((((((,.((,{(((({{..,,,,,.))}))))))}..,.}}}}},.........})).)))))))..))}}))))))}((((..(((.......,.))).))))})))))).)))))))}....)))))))))))..((((((((((..((.(((((.,.....,.))))).)).....)))),.})))))...},....))))))))).)))).)))))))..(((((((.((((...((.((((((.........)))))).))...)))).)))))))}))))))))))).))))))))).))))))))....{((((.,.((((((((((....)))))...........))))),.))))}...(((((((((((.{{.....(((((((((.((((...((((((((((((((.(((.,,,,,{{{{.......,||||,((((..(((((({(((((({{...})),,)))}((((((((..(((...(({...((((((.(((..((((.(((.((((.,{{,((((((((((((((((..((((((.,,,,.,,,,(((((.{{..{{|,,....,......,},.,)).)))))(((((........)))))(((..(((...)))))).,,.((((((((((......,}.))))))},}.,},....((((((..............))))))))))))...)))).))..{{{{,......}}}}..(((({....})))).....)))))))))}.}}.)))).)))))))..))).)))))).}}}.)))..)))))))).....((((.........))))....,,.,}},}..,}},},)))}}}..))))..........((((........)))).((((.{...((((((((((((((....,,,,((((((((,,(.(((((((((....((((((((((.((......(((((((((......)).))))))){(((((.(..............}.)))))}..(((((......((((((............)))))).....))))}..,,,.....{{{{,,,,,,,..||||.....,}}|{(((.(((((...))))).)))}..{,,{{....,|,||{(((....||||{||||{...{{{{,.(((((((((((((((.,((.((((....)))),)}.......))))))).......))))),,))..,{......,,.....)))))....}})))}))}},..}}}}...,,.({{{{.........,,.....,}}))},.....}}}}))))),)).)))).)))))).......},.....))))))))).)}.{{,{,{({((((.....))))},,,...,...)))))))}}))))))))))))))...,.)))).......))).))))))).)))))))...,..........,{({(((,.,{{{{,.(((((((((.....)))))))))...,}|||,,|,.|||||}((((((((((((({.(((((((((((({{,(((((((((..,,{,...,}}}.))))))))),,((((({....,,,))))}|,,,,(({(((..((((..((((........)))).))))..)))}}....,,},)))).)))))))).,|}}}}))))))))),...,{((((((((....))))))))|(({({{,(((((((({...,(((.....(((((.......))))).....)))))))))))}.,},.............})))}},,||,.....,,,,|..,...((((((...(.((((((....................))))))},.))))))...,,{(({....))))}|((((((((...(((((,{(((((..{(((.......)))))))))))))))...)))))))),..},|||||||,,{{(((..{(((((({.{{........)}.)))))))).))))))}},},,.((((((....)))))).{(((((((.....))))))}...,.)))).))))))))))))))))))))))(((....)))..........(((((((((((......))}})))))))).........}))))))))}...}},..
Back