Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004867.5
Sequence Length
1616 nt
GC Content
0.3985
AGUAGUGUUAGACUGAAGAUAAAGUAAGUGCUGUUUGGGCUAACAGGAUCUCCUCUUGCAGUCUGCAGCCCAGGACGCUGAUUCCAGCAGCGCCUUACCGCGCAGCCCGAAGAUUCACUAUGGUGAAAAUCGCCUUCAAUACCCCUACCGCCGUGCAAAAGGAGGAGGCGCGGCAAGACGUGGAGGCCCUCCUGAGCCGCACGGUCAGAACUCAGAUACUGACCGGCAAGGAGCUCCGAGUUGCCACCCAGGAAAAAGAGGGCUCCUCUGGGAGAUGUAUGCUUACUCUCUUAGGCCUUUCAUUCAUCUUGGCAGGACUUAUUGUUGGUGGAGCCUGCAUUUACAAGUACUUCAUGCCCAAGAGCACCAUUUACCGUGGAGAGAUGUGCUUUUUUGAUUCUGAGGAUCCUGCAAAUUCCCUUCGUGGAGGAGAGCCUAACUUCCUGCCUGUGACUGAGGAGGCUGACAUUCGUGAGGAUGACAACAUUGCAAUCAUUGAUGUGCCUGUCCCCAGUUUCUCUGAUAGUGACCCUGCAGCAAUUAUUCAUGACUUUGAAAAGGGAAUGACUGCUUACCUGGACUUGUUGCUGGGGAACUGCUAUCUGAUGCCCCUCAAUACUUCUAUUGUUAUGCCUCCAAAAAAUCUGGUAGAGCUCUUUGGCAAACUGGCGAGUGGCAGAUAUCUGCCUCAAACUUAUGUGGUUCGAGAAGACCUAGUUGCUGUGGAGGAAAUUCGUGAUGUUAGUAACCUUGGCAUCUUUAUUUACCAACUUUGCAAUAACAGAAAGUCCUUCCGCCUUCGUCGCAGAGACCUCUUGCUGGGUUUCAACAAACGUGCCAUUGAUAAAUGCUGGAAGAUUAGACACUUCCCCAACGAAUUUAUUGUUGAGACCAAGAUCUGUCAAGAGUAAGAGGCAACAGAUAGAGUGUCCUUGGUAAUAAGAAGUCAGAGAUUUACAAUAUGACUUUAACAUUAAGGUUUAUGGGAUACUCAAGAUAUUUACUCAUGCAUUUACUCUAUUGCUUAUGCUUUAAAAAAAGGAAAAAAAAAAACUACUAACCACUGCAAGCUCUUGUCAAAUUUUAGUUUAAUUGGCAUUGCUUGUUUUUUGAAACUGAAAUUACAUGAGUUUCAUUUUUUCUUUGAAUUUAUAGGGUUUAGAUUUCUGAAAGCAGCAUGAAUAUAUCACCUAACAUCCUGACAAUAAAUUCCAUCCGUUGUUUUUUUUGUUUGUUUGUUUUUUCUUUUCCUUUAAGUAAGCUCUUUAUUCAUCUUAUGGUGGAGCAAUUUUAAAAUUUGAAAUAUUUUAAAUUGUUUUUGAACUUUUUGUGUAAAAUAUAUCAGAUCUCAACAUUGUUGGUUUCUUUUGUUUUUCAUUUUGUACAACUUUCUUGAAUUUAGAAAUUACAUCUUUGCAGUUCUGUUAGGUGCUCUGUAAUUAACCUGACUUAUAUGUGAACAAUUUUCAUGAGACAGUCAUUUUUAACUAAUGCAGUGAUUCUUUCUCACUACUAUCUGUAUUGUGGAAUGCACAAAAUUGUGUAGGUGCUGAAUGCUGUAAGGAGUUUAGGUUGUAUGAAUUCUACAACCCUAUAAUAAAUUUUACUCUAUACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-425.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -459.73
Frequency: 0.0000
Diversity: 463.38
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((..(((((.....((((((((.((((..((((((((((.(((((..(((....(((.((.(((((.((((....)))).((((......))))..........(((((....)))))....(((((((......((...(((((((...........))))))).))...)))))))..))))).)).)))(((((((..........))))))))))))))).)))((((..((..((((((....((((((....((((((((.(((....)))))))))))))))))......))))))..))))))..))))))).))))..)))))))).....)))))......((((((((........((.(((((((((.(((((.(((((((((..(((((((.((((((((...(((((((........))))).)).(.(((((.((((((..(((((.((((...((.((....)))).)))).))))))))..))).))))).).(((.(((.....))))))......((((......))))))))))))...)))....((((.(((((((((((((((((.(((((((.((((.(((((((....)))))...((((............))))..((((((.((((....((((((.((......((((((((.((((.....)))).)))..(((..((.....((((((((..(((.((.((((.((((..((((.(........).))))..)))))))).)))))..))).)))))))..))))))))..)).)))))).(((((((((((....((.(((....))))).(((((........)))))............)))))))))))......)))))))))).)).)))).)))))))))).))))))))))))))...)))).............(((((((....)))))))...))))..))))..............(((..........)))....((((.....(((((((((.(((((((.((.(((...((.((((((.(((..(((((((((((....((((.....)))).....)))))))))))))).))))))))..........(((((((((((((((((....(((....)))..(((.....))).)))).)))))....)))))))).................))).))..))))))).)))))))))....))))........((((....))))(((((((((.(((((.......)))))))))))))).........((((((((((((((..(((..(((((...)))))..)))..))).....))))))))))).......))))).))))).))))))))).)).........)))))))).........)))))......(((((.....)))))((((.(((((((.(........).)))))))...))))))))))....(((((..(.(.((((((....))))))..).)..)))))((((.(((((...(((((((.......)))))))..............))))).)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((((,,(({.(((((.....((((((((,{((({((((,,(((({.,{{{|.|{{{.,,,|||,|{.{||||,((((....)))).((((......)))),||,,},,.,{((((....)))},..}|(((,,{{.....,{{...(((({{{.....,..,.,))))})).,|,,.|||||}}.{||||,.||,||.(((((((..........))))))))).}))))|)))|.|||,{{..{{{{({..,.{(((({,...((((((((.(((....))))))))))))))))},.},..)))))),})}}}})}}))},))),}}}}..))))))))..,,,})))}.{,...((((((((........((.(((((((((.(((((.(((((,(((,{{{{((({,{.{{({,..,.({(((((.,.....,))))).)}.,.(((((.((((((..(((((.((((.,{((.,..}},},},.)))).)))))))),.})).))))}{(((((((.,....,|.|,(({{.,{,{(({...,,,|...,))))))))).)))}...,.}}.(((((((((((((((((.(((((((.((((.(({{{((....}}}))...,{((,,,,.......,))})}.{|(({{(((({...,(((({(.(((((....))))).|.,{{,.....||||......}}}).,|}.,..((((((((..(((.((.((((.((((..((((.{........}.))))..)))))))).)))))..)))}})))),,,,}}}||||||},||}}|}}|,(((((((((({...,{,{(((....))))}.(((((........)))))...,,,......)))))))))))..,...}))))))))).)).)))).)))))))))).))))))))))))))..}))))))}.......,,.(((((((....))))))),}})))),.}}}},{,...........(((..........}}}....{({{.....(((((((((.(((((((.{{.,{{...{(.((((((.(((..((((((((((({{..((((.....))))..}}})))))))))))))).))))))}}.........,((((({{,,||||||||},,,,,{|{{{|||{,{{{|,.,,|,..,,,,.,...,|,,,|}}.}}}}.,...}})))},,,...))}.))..))))))).)))))))))..,}))))......,,((((....))))||(((((((((((((.......))))))))))))},.,,,,....,{{{{|{((({({{..(((..(((((...)))))..)))..))),,...)}})))))}},..}}},.))))).))))).))))))))).)).....,...)))))))),.........{((((....,(((((.....)))))|,,..))))|...,...,...,|,||}}},},,.},,))}}}}}....|||{{,,{,,.((((((....)))))),,.,),,)))))||{{.(((((,,{(((((((.,....,)))))))...........,..))))).)))}.
Back