Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004895.5
Sequence Length
4187 nt
GC Content
0.5149
GUUCCUGAGGCUGGCAUCUGGAUGAGGAAACUGAAGUUGAGGAAUAGUGAAGAGUUUGUCCAAUGUCAUAGCCCCGUAAUCAACGGGACAAAAAUUUUCUUGCUGAUGGGUCAAGAUGGCAUCGUGAAGUGGUUGUUCACCGUAAACUGUAAUACAAUCCUGUUUAUGGAUUUGUUUGCAUAUUUUUCCCUCCAUAGGGAAACCUUUCUUCCAUGGCUCAGGACACACUCCUGGAUCGAGCCAACAGGAGAACUUUCUGGUAAGCAUUUGGCUAACUUUUUUUUUUUUGAGAUGGAGUCUUGCUGUGUCGCCUAGGCUGGAGUGCAGUGGCGUGAUCUUGGCUCACUGCAGCCUCCACUUCCCGGGUUCAAUCAAUUCUCCUACCUCAACUUCCUGAGUAGCUGGGAUUACAGGCGCCCGCCACCACACCCGGCUCAUUUUUGUACUUUUAGUAGAGACACAGUUUUGCCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUUGAAUUCCUCAGCUCAGGUGAUCUGCCUGCCUUGGCCUCUCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACUGUGCCCGGCCUUGGCUAACUUUUCAAAAUUAAAGAUUUUGACUUGUUACAGUCAUGUGACAUUUUUUUCUUUCUGUUUGCUGAGUUUUUGAUAAUUUAUAUCUCUCAAAGUGGAGACUUUAAAAAAGACUCAUCCGUGUGCCGUGUUCACUGCCUGGUAUCUUAGUGUGGACCGAAGCCUAAGGACCCUGAAAACAGCUGCAGAUGAAGAUGGCAAGCACCCGCUGCAAGCUGGCCAGGUACCUGGAGGACCUGGAGGAUGUGGACUUGAAGAAAUUUAAGAUGCACUUAGAGGACUAUCCUCCCCAGAAGGGCUGCAUCCCCCUCCCGAGGGGUCAGACAGAGAAGGCAGACCAUGUGGAUCUAGCCACGCUAAUGAUCGACUUCAAUGGGGAGGAGAAGGCGUGGGCCAUGGCCGUGUGGAUCUUCGCUGCGAUCAACAGGAGAGACCUUUAUGAGAAAGCAAAAAGAGAUGAGCCGAAGUGGGGUUCAGAUAAUGCACGUGUUUCGAAUCCCACUGUGAUAUGCCAGGAAGACAGCAUUGAAGAGGAGUGGAUGGGUUUACUGGAGUACCUUUCGAGAAUCUCUAUUUGUAAAAUGAAGAAAGAUUACCGUAAGAAGUACAGAAAGUACGUGAGAAGCAGAUUCCAGUGCAUUGAAGACAGGAAUGCCCGUCUGGGUGAGAGUGUGAGCCUCAACAAACGCUACACACGACUGCGUCUCAUCAAGGAGCACCGGAGCCAGCAGGAGAGGGAGCAGGAGCUUCUGGCCAUCGGCAAGACCAAGACGUGUGAGAGCCCCGUGAGUCCCAUUAAGAUGGAGUUGCUGUUUGACCCCGAUGAUGAGCAUUCUGAGCCUGUGCACACCGUGGUGUUCCAGGGGGCGGCAGGGAUUGGGAAAACAAUCCUGGCCAGGAAGAUGAUGUUGGACUGGGCGUCGGGGACACUCUACCAAGACAGGUUUGACUAUCUGUUCUAUAUCCACUGUCGAGAGGUGAGCCUUGUGACACAGAGGAGCCUGGGGGACCUGAUCAUGAGCUGCUGCCCCGACCCAAACCCACCCAUCCACAAGAUCGUGAGAAAACCCUCCAGAAUCCUCUUCCUCAUGGACGGCUUCGAUGAGCUGCAAGGUGCCUUUGACGAGCACAUAGGACCGCUCUGCACUGACUGGCAGAAGGCCGAGCGGGGAGACAUUCUCCUGAGCAGCCUCAUCAGAAAGAAGCUGCUUCCCGAGGCCUCUCUGCUCAUCACCACGAGACCUGUGGCCCUGGAGAAACUGCAGCACUUGCUGGACCAUCCUCGGCAUGUGGAGAUCCUGGGUUUCUCCGAGGCCAAAAGGAAAGAGUACUUCUUCAAGUACUUCUCUGAUGAGGCCCAAGCCAGGGCAGCCUUCAGUCUGAUUCAGGAGAACGAGGUCCUCUUCACCAUGUGCUUCAUCCCCCUGGUCUGCUGGAUCGUGUGCACUGGACUGAAACAGCAGAUGGAGAGUGGCAAGAGCCUUGCCCAGACAUCCAAGACCACCACCGCGGUGUACGUCUUCUUCCUUUCCAGUUUGCUGCAGCCCCGGGGAGGGAGCCAGGAGCACGGCCUCUGCGCCCACCUCUGGGGGCUCUGCUCUUUGGCUGCAGAUGGAAUCUGGAACCAGAAAAUCCUGUUUGAGGAGUCCGACCUCAGGAAUCAUGGACUGCAGAAGGCGGAUGUGUCUGCUUUCCUGAGGAUGAACCUGUUCCAAAAGGAAGUGGACUGCGAGAAGUUCUACAGCUUCAUCCACAUGACUUUCCAGGAGUUCUUUGCCGCCAUGUACUACCUGCUGGAAGAGGAAAAGGAAGGAAGGACGAACGUUCCAGGGAGUCGUUUGAAGCUUCCCAGCCGAGACGUGACAGUCCUUCUGGAAAACUAUGGCAAAUUCGAAAAGGGGUAUUUGAUUUUUGUUGUACGUUUCCUCUUUGGCCUGGUAAACCAGGAGAGGACCUCCUACUUGGAGAAGAAAUUAAGUUGCAAGAUCUCUCAGCAAAUCAGGCUGGAGCUGCUGAAAUGGAUUGAAGUGAAAGCCAAAGCUAAAAAGCUGCAGAUCCAGCCCAGCCAGCUGGAAUUGUUCUACUGUUUGUACGAGAUGCAGGAGGAGGACUUCGUGCAAAGGGCCAUGGACUAUUUCCCCAAGAUUGAGAUCAAUCUCUCCACCAGAAUGGACCACAUGGUUUCUUCCUUUUGCAUUGAGAACUGUCAUCGGGUGGAGUCACUGUCCCUGGGGUUUCUCCAUAACAUGCCCAAGGAGGAAGAGGAGGAGGAAAAGGAAGGCCGACACCUUGAUAUGGUGCAGUGUGUCCUCCCAAGCUCCUCUCAUGCUGCCUGUUCUCAUGGAUUGGUGAACAGCCACCUCACUUCCAGUUUUUGCCGGGGCCUCUUUUCAGUUCUGAGCACCAGCCAGAGUCUAACUGAAUUGGACCUCAGUGACAAUUCUCUGGGGGACCCAGGGAUGAGAGUGUUGUGUGAAACGCUCCAGCAUCCUGGCUGUAACAUUCGGAGAUUGUGGUUGGGGCGCUGUGGCCUCUCGCAUGAGUGCUGCUUCGACAUCUCCUUGGUCCUCAGCAGCAACCAGAAGCUGGUGGAGCUGGACCUGAGUGACAACGCCCUCGGUGACUUCGGAAUCAGACUUCUGUGUGUGGGACUGAAGCACCUGUUGUGCAAUCUGAAGAAGCUCUGGUUGGUCAGCUGCUGCCUCACAUCAGCAUGUUGUCAGGAUCUUGCAUCAGUAUUGAGCACCAGCCAUUCCCUGACCAGACUCUAUGUGGGGGAGAAUGCCUUGGGAGACUCAGGAGUCGCAAUUUUAUGUGAAAAAGCCAAGAAUCCACAGUGUAACCUGCAGAAACUGGGGUUGGUGAAUUCUGGCCUUACGUCAGUCUGUUGUUCAGCUUUGUCCUCGGUACUCAGCACUAAUCAGAAUCUCACGCACCUUUACCUGCGAGGCAACACUCUCGGAGACAAGGGGAUCAAACUACUCUGUGAGGGACUCUUGCACCCCGACUGCAAGCUUCAGGUGUUGGAAUUAGACAACUGCAACCUCACGUCACACUGCUGCUGGGAUCUUUCCACACUUCUGACCUCCAGCCAGAGCCUGCGAAAGCUGAGCCUGGGCAACAAUGACCUGGGCGACCUGGGGGUCAUGAUGUUCUGUGAAGUGCUGAAACAGCAGAGCUGCCUCCUGCAGAACCUGGGGUUGUCUGAAAUGUAUUUCAAUUAUGAGACAAAAAGUGCGUUAGAAACACUUCAAGAAGAAAAGCCUGAGCUGACCGUCGUCUUUGAGCCUUCUUGGUAGGAGUGGAAACGGGGCUGCCAGACGCCAGUGUUCUCCGGUCCCUCCAGCUGGGGGCCCUCAGGUGGAGAGAGCUGCGAUCCAUCCAGGCCAAGACCACAGCUCUGUGAUCCUUCCGGUGGAGUGUCGGAGAAGAGAGCUUGCCGACGAUGCCUUCCUGUGCAGAGCUUGGGCAUCUCCUUUACGCCAGGGUGAGGAAGACACCAGGACAAUGACAGCAUCGGGUGUUGUUGUCAUCACAGCGCCUCAGUUAGAGGAUGUUCCUCUUGGUGACCUCAUGUAAUUAGCUCAUUCAAUAAAGCACUUUCUUUAUUUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1504.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1578.53
Frequency: 0.0000
Diversity: 1072.63
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((.((((....((.((((((..(((((....((((((((((((((((..(((((((((.(((((.(((((.....)))))..........(((((((....)).))))).((((((((((.((((((((((((((.....(((((.(((((((.......))).)))))))))....(((((((....))))))).......(((((((..((((.....((((((...........))))))..((((((((((.((((((((((..((((((((.((((...((((((((((.(((((((((...(((((.((((.(((.(.(....).).))))))).)))))(((((...(((((((((.....(((((((.(((((....((((((((((((((......(((....)))......)))))))........((((...))))(((((.((((((.((((...)))).)))))))))))..........)))))))((.(((((((...((((((.....(((.((((((..(((((((....)))..)))))))))))))))))))....((((((((...))))))))..(((((((....)))))))........((((((((((((((((((((..(((......(((((......)))))..)))..)))))))))...((.((((((.((((((((..(((.((((((.((........)))))))))))(((....)))..)))).)))).)))))).)).((.(((...))).))((((((.((....)))))))).((((((((.((((((....)))))).........(((((...)))))(((....)))))))))))((((....))))).))))))))))))))))).)).((.((((((((...))))..)))).)).....))))))))))))....)))))).)))....)))))........)))))..))))..)))).))))))...)))).))))))))...))))))(((((((((((((((.......))))).))))))))))))).).)))))))))).((((((.((.(((((((...((((...((((((((..(((.((..(((((...(((((...)))))...)))))..)).)))..((((.....))))((.....))..))))))))((((........(((((((.((((((((((((.((....)))))).((((((((.((((((.((..((((.....((((((.((.(..((..(....)..))..).)).)))))).(((...))).))))..)).))))))..)))...((((.(((.........))).)))).)))))..))))..)))).)))))))......))))(((((((((((..((((((((.(((.(((((((......))))))).)))(((((((.(((.(((((..(((.(((((((.((......((.(((((((((..(((...(((((...((...(((((.((((....)))).)))))..))))))).))).))))))).)).))......))))))))).............(((((......))).))...)))))))).))).)))))))......((((((....))))))(((((...)))))..((((((((((((((..(((.(.((((..(((.((((((.((((((((((....((((..(((((((.((........)).)))))))...)))).))))))))))............(((.(((((.((((((((((.((((((.((((((.......)))))).)))......))))))))))))).)))))..)))...((((((((....))))))))(((....)))((((......)))).)))))).)))....))))))))....)))))).......))))))))...))))))))(((((((..(((.((.(...).)))))..)))))))((((..((((((((...))))))...)).)))).......)))))))))))...((((((((((((((..((((..(((((((((((((.(((((((((((((.(((((((............))))))).))))).)))))).(((((((..((((((((.......((((.....))))((((..(((((((((....((((.(((.........)))))))...))))))))).....(((.(((((..(((.((((.(..(((((((.((((......((((....))))......)))).))))....)))..).)))).)))..))))).)))............))))....))))))))...))))))).......(((.((((....(((((((((....))..((((((((((((.(((((........)))))..))))))))).)))((((((....(((((....))))))))))).((((.....))))...........((((.((....))..))))....(((((((.((((.....(((.((........))))).((((....)))))))).)))))))(((.(((.(((((...)))))))).)))..(..(((((((((((((((..(((((....((.(((((((.....)))...((((((....))))))..........)))).)).)))))..)))))))))))))))..).))))))))))).))).....)).))))))))))............))).))))..)).))))))))))))..((((..(((..((((.......))))..).)).)))))))).)))))))))))))))))))..).)))))).)))))))))))))).)))).............((((((((((((((..(((((((((((((((((.(((..(((((........))))))))...((((((((...))))))))((.(((((((......))))))))).....)))))))(((((((.((((.((((((((((((.((...((.((((((((.(((((.((.......(((((((((((((((((((((.(((((...)))))...))))...))))).))).........((((.((((((..(((.((......)).)))..))))))))))....((((....(((.((...((((((((((..((((((.((((((((.((...(((((((((..(((((.(((....))))))..))......))))))..))).)))))))))).)).....((((((...))))))..(((((......)))))....(((.((....((.(((..(((..(((((..((((.((.(((........)))..)).))))))))).)))..))).))..)).)))...)))))))))))))).))))).))))......((.(((((......))))).)).)))))))))))...))))))))))))).))...)).)))))))))))).)))).)))))))...((((((((((.((.............((((((.(.((..((((.((.((.((((((((((((....(((........)))..(((((((((....)).)))))))...)))))))))).)).))..)).))))..)).)..))))))..((((.....))))....)).))))))))))......(((((....)))))......)))).))))))((((((((.((((....((..((((((......(((((.(.((((...(((..(((.((((((((.(((........)))..)))).)))).)))(((((.(((((....))))).)))))...........)))...))))))))))..)))))).))....))))...))))))))..)))))))).)))..)))..))))))...)))))))....))))))).)).)))))).((..((((.......)))).))...(((((((((........))))))))).......((((.....)))).)))))))))))))..)))))).)).))))))))...(((((((......)))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
....,{((((({(((.{(((,,((((({..,{(((((((((.(((((.(((((.{((((({..,,,....,.,{{{{.....}}}))))}}}..}})))..((((((((((({{((...((((((((.((((((((((((({.....(((((.(((((((.......)))))})))))))....(((((((....))))))).......(((((((..((((.....((((((...........))))))..((((((((((.,({{((((((..(((((((({((((...((((((((((.(((((((((...(((((,((((,(((,(,,....,.}.))})))),))}))|((((...(({((((((.....(((((((.(((((....((((((((((((((......(((....)))......)))))))......,.((({...}))){((((.((((((.((({...}))).))))))))))}{{.....,}.))))))){(.(((((((...((((((.....(((.((((((..{(({(((....)))..)))}))))))))))))))}....((((((((...))))))))..(((((((....)))))))........((((((((((.(((((((((..{{,...,..(((((,.....)))))..}))..)))))))))...((.((((((.((((((((..(((.((((((.((........)))))))))))(((....)))..)))).)))).)))))).)).{(.(((...))).))((((((.((....)))))))).{(((((((.((((((....)))))).........(((((...)))))(((....))))))))))|((((....))))).))))))))))))))))).)}.((.((((((((...))))..)))).)).....))))))))))))....)))))).}))....))))}.....,,,))))}..))))..))))}})))))..})))).)))))))).,.))))))(((((((((((((((.......))))).))))))))))})}...)))))))))).((((({,(,{(((((((...((((...((((((((..(((.((..(((((...((({{...}})))...)))))..)).}))..((((.....)))),{.....}}..))))))))((((....,.,.(((((((.((((,(((({((.((,,..}}}}},.{{{{{(((.((((((.(({.((((.....((((((.((.(..((..(....)..))..).)).)))))).(((...))).))))}.}).))))))..)))...((((.({({{{....})))).)))).})))}}})),},,)}}).)))))))....,.))))(((((((((((..((((((((.(((.(((((((......))))))).))),(({(((.(((,(({({,.,||.|||{{({.|,,}}..}|..(((((((,,..,.}}}}|||||...,,...,((({{(((({..{||||{|},,,.{|{|||,.{{||{{|,,,},.||{{|{.{{,.||,,,,,,,..............,||,.,}.}})))}......))))))).,))})))||||...}|}{(((({....))))))}}}}|}}})))))}}((((((((((((((.,(((.(.((((,.(((.((((((.((((((((((....{(((..(((((((.((........)).)))))))...)))).)))))))))).,{.....,,,.(((.(((((.((((((((((.((((((.((((((......,,))))).)))......))))))))))))).)))))..)))...((((((((....))))))))(((....)))((((......)))).)))))).))).,..))))})))..,.)))))).......))))))))...))))))))(((((((..(((.((.{...}.)))))..)))))))((((...(((((((...)))))),}..,.)))).......)))))))))))...((((((((((((((..((((..(((((((((((((.(((((((((((((.(((((((,.,........}))))))).)))))}}})))).(((((((,.(((({{{{|||,...|||{,,,,,}|||{{{{..((((((({,.,.,{,,,.{{{{,,{{{{{,.,,.))))}}))))))))}.,,..(((.(((({..{||.{((({{{,{{{{({{,{{|{...|.,((({,,..}}}},.,,,,}})}.}}}},|}|,}}},,.}}}}.)))..))))).)))....,,,,||,,||||..,{||||},||||,}}}}}}}..|||}}|{{.((({,,,|{{{{{|||||||,||{{((((((((((((.(((((........)))))..))))))))).)))|||(((,,..(((((....)))))}))))).((((.....))))..........,{{{{.,{,..,||{{||,.....(((((((.((((.....(((.((.......,},))}.((((....)))))))).))))))),,|.|||}||||,.,,}}||}|}}.}}}|,{..(((((((((((((((..{{{{{....{({{{{{({,....,},},..((((((....)))))).{{{,...,.,))),}}.))))),.))))))))))))))).,).})})))))))).)))}}}..)).)))))))))),....,......})}.)))),,)))))))))))))))..((((,.(({..((((.......))))..).}).)))))))).)))))))))))))))))))..}.)))))).,))))))))))))).)))),{(((((((((((,((({,,{{..,,,,....,}}||.(((((((.(((({..(((({{.(..((((((.((....}).))))))..)((((({{((.(((((((......)))))))...}})))))).......})))))))))).))))))),(((((((((..(((((((((({(((.(((((.,..((((((.(((,{,(((({{(.(((((..,}))}}|,.|||},}}}.{{|{{{{{{{{.....((((.((((((..(((.((......)).)))..))))))))))}||||}.||,||.|,...}}}))})))}||,||||||{(,((((((({.{{..,|||((((((,.,,(((.(({....))))))..}},...,,}})))}.|,,,.}}}))))))),))...}}}..)))))).,,.))))).)))..}))))))))........,))..)))))))))..))}))))))))))))}..))))..,))))))),..}))))))))))).))))))))}}))))),,,..((((((((...((((((.(((.,,.(((((..((.(((({......})))).))..))))).............|(((((({{..((((((.......))))))..)).{{{((((........))}).||..))))})|.......,,||.{{(({...,)))}}},...((((((((((....,{{..,,....))}..(((((((((....)).)))))))...))))))))))})).))))))...))))))))..},||}}}}||}||||{,}|,,.,{|||||||(((((.{{((........}}}.}.))))),.{((((,........))))|{{{{{,(,...({,,{{|||{,,.,}}||}}},}}{||||||||||,|||,{({{,{{{.{{||,,,,,,.))),,}}}|,||||{|||({|||.{{|||}}}})))))|})))).|,}}}|},.}}}}}}},}))),,||,{{||||||||||.|,,,|||||}}}}}.|{{|{,,{|{.,.,))).}})))|{{{{{{..,,,,.,,.})},,))))}})|{{{{,{|....,}||||||,.,.||||{||{,.{((((({({...,.,},))))))))}.,,||{|||((,...,||||.}}})}})))})))}.)))))}.,...,})}}},...{((((((......))))))}..
Back