Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004951.5
Sequence Length
1685 nt
GC Content
0.3804
ACUUCAGUUUGGACAACUACUCACAGCUACUACACAGAGACCCGAACGAGUCACUGAUAUACACCUGGACCACCACCAAUGGAUAUACAAAUGGCAAACAAUUUUACUCCGCCCUCUGCAACUCCUCAGGGAAAUGACUGUGACCUCUAUGCACAUCACAGCACGGCCAGGAUAGUAAUGCCUCUGCAUUACAGCCUCGUCUUCAUCAUUGGGCUCGUGGGAAACUUACUAGCCUUGGUCGUCAUUGUUCAAAACAGGAAAAAAAUCAACUCUACCACCCUCUAUUCAACAAAUUUGGUGAUUUCUGAUAUACUUUUUACCACCGCUUUGCCUACACGAAUAGCCUACUAUGCAAUGGGCUUUGACUGGAGAAUCGGAGAUGCCUUGUGUAGGAUAACUGCGCUAGUGUUUUACAUCAACACAUAUGCAGGUGUGAACUUUAUGACCUGCCUGAGUAUUGACCGCUUCAUUGCUGUGGUGCACCCUCUACGCUACAACAAGAUAAAAAGGAUUGAACAUGCAAAAGGCGUGUGCAUAUUUGUCUGGAUUCUAGUAUUUGCUCAGACACUCCCACUCCUCAUCAACCCUAUGUCAAAGCAGGAGGCUGAAAGGAUUACAUGCAUGGAGUAUCCAAACUUUGAAGAAACUAAAUCUCUUCCCUGGAUUCUGCUUGGGGCAUGUUUCAUAGGAUAUGUACUUCCACUUAUAAUCAUUCUCAUCUGCUAUUCUCAGAUCUGCUGCAAACUCUUCAGAACUGCCAAACAAAACCCACUCACUGAGAAAUCUGGUGUAAACAAAAAGGCUCUCAACACAAUUAUUCUUAUUAUUGUUGUGUUUGUUCUCUGUUUCACACCUUACCAUGUUGCAAUUAUUCAACAUAUGAUUAAGAAGCUUCGUUUCUCUAAUUUCCUGGAAUGUAGCCAAAGACAUUCGUUCCAGAUUUCUCUGCACUUUACAGUAUGCCUGAUGAACUUCAAUUGCUGCAUGGACCCUUUUAUCUACUUCUUUGCAUGUAAAGGGUAUAAGAGAAAGGUUAUGAGGAUGCUGAAACGGCAAGUCAGUGUAUCGAUUUCUAGUGCUGUGAAGUCAGCCCCUGAAGAAAAUUCACGUGAAAUGACAGAAACGCAGAUGAUGAUACAUUCCAAGUCUUCAAAUGGAAAGUGAAAUGGAUUGUAUUUUGGUUUAUAGUGACGUAAACUGUAUGACAAACUUUGCAGGACUUCCCUUAUAAAGCAAAAUAAUUGUUCAGCUUCCAAUUAGUAUUCUUUUAUAUUUCUUUCAUUGGGCACUUUCCCAUCUCCAACUCGGAAGUAAGCCCAAGAGAACAACAUAAAGCAAACAACAUAAAGCACAAUAAAAAUGCAAAUAAAUAUUUCAUUUUUAUUUGUAAACGAAUACACCAAAAGGAGGCGCUCUUAAUAACUCCCAAUGUAAAAAGUUUUGUUUUAAUAAAAAAUUUAAUUAUUAUUUCUUGCCAACAAAUGGCUAGAAAGGACUGAAUAGAUUAUAUAUUGCCAGAUGUUAAUACUGUAACAUACUUUUUAAAUAACAUAUUUCUUAAAUCCAAAUUUCUCUCAAUGUUAGAUUUAAUUCCCUCAAUAACACCAAUGUUUUGUUUUGUUUCGUUCUGGGUCAUAAAACUUUGUUAAGGAACUCUUUUGGAAUAAAGAGCAGGAUGCUGCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-380.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -416.29
Frequency: 0.0000
Diversity: 527.19
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((........))).))))..........((((((((((((((((((.........((((((((((....)))..........(((...............))).(((((...((.((((((...((((((((.(......)))).((((((((((((.(((...(((((((....)))))))..))).)))...((((..(((((.(((((...))))).)))))))))..((.(((((...)))))))..............((((..................))))((..((.(((((((((((((((.((((((((.(.........((((((........))))))((((..((((....((((.((....((((((.....))))))..(((((.......)))))....((((((((((...)))).))))))(((((((...((.((......))(((((((.........)))))))...(((((((......((.((((((.....)))))).))..)))))))........))...))))))).))))))..))))...))))......).)))))).)).)).))))).((..((((((.(.(((((((((......(((((.........)))))..)))))...)))).).)))))).))...(((........))).(((((((((.(((((........(((((((.((((..(......)..))))......................)))))))....((((((((((...(((..(..((((((((.............)))))))).).))).))))).)))))...((((((.((((((...........(((((((((((...)))))).)))))..((((((((..............))))))))..(((((.(((..........)))..)).)))....)))))).))))))(((((((((((.........).))).)))))))....))))).)))))))))..(((((...)))))....))))))))))..))..))))))))))))))..)))))).))........((......))......)))))....((((((.((((..(((((.....)))...))..)))).)))))).)))))))))))))).....(((((..........)))))..........(((((((((((((.(((....((((((.....((((((.((((((....((((.((((((((((((.............))))))..))))))))))..........((............))..((((((((((.((((....)))))))))))))))))))).)))))).......))))))....................((((((((..((((.((((((.........))))))(((((.((((.....)))).))))).......((((((((.(((((....))))))))).)))))))).)))))))).............(((((((...(((......)))....)))))))...............)))))))))))))))).)))))).)))))......(((((((..((((...))))..))))))).((((....))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(({,{((........}},,}}|,.,,.......((((((((((({,(({{({{,.,.,..(((....||,,,,.|||,....,,..{({{,,.............(((((..(({.....,{(((({{.,({((((((.......,,,..}}|||||{(((({(((.,.(((((((....))))))){,|||.||,.........|||||.(((((...))))).)})))})))}}|,.,((({...,}}}||,................,........,{{,.,{{,,{{((||{{{{{{(,{,,,(((((((((.((((((((,,.,.....,,(({{{{,,,,....})))}}{{({..((((....((((.{{,,,.((((((.....))))))..(((({.......}))))....(((((({(({...,))}.)))))),||{||{,,,|{.{{.,,..,|}(((((((.........))))))).|,|{{{,,,.,,|..((.((((((.....)))))).}}..,,|||||{{......,,...,)}))))})}))))..))))...}}},.,,..})})))))).)).)).)))})}|,..,,||||},}||||,,|||,,.,,}|,{||.......,,,,)))}})))}...))),.})})),|||.,,...(((........))).,,{{{{(((,,{{((((((((..((((((,.(({(.,(.....{|{{|||,.,||..............,.,,||||{{{{{{.((((((((((...(((..,..((((((((.{,.......},.)))))))).).))).))))).)))))...{{(((({(,{{,,...}}}}},..(((((((((((...)))))).))))}..{(((((((..............)))))))),,}}|||,({{{{,,,{{|{{{,|.{|{||},..,.}}||}|,}|||}}((((((({{{,,,,..,,,,|...,,)))))))...,)))}},)))))}}}),,{((({...})))}.})}})))},}))}}}}},,)))}))))}}))}},,,.))))))}...,,}}.},}}..)}},,))}..)))))))}.||{(((.((((..(({{,....,}},..,))..)))).)))}||{{|,|{|||||}||,{{...{((({........,.)))}|,,,.,,,}},|||||{|||||||,{{{||||(||{{{.....((((((.((((({.,,,((({.(((((((((((({............))))))..))))))))))..........{{............}},.((((((((((.((((....)))))))))))))))))}}}.)))))).......||||,,...........}}}}...,||,,,{{{{{{{{{..,.,,,,}}}|}}|,.,|,,..(((((.((((.....)))).)))))}}},)))})}}}}},},,,}}},,|{((((((......)))))).,,....,,,,,...,.....{{{{{{{..,,,,......,}}}},.))))))}..........,,,,.}},}))}})))},))},)))))).)))))......(((((((..(({,...})))..))))))).((((....))))...
Back