Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004970.3
Sequence Length
2058 nt
GC Content
0.6827
ACAGCAGACGUACCCUCCCUCGCUGCCUGCCUGCAGCCUGCCCUGCAUGCAGGAUGGCCCUGAGGAAAGGAGGCCUGGCCCUGGCGCUGCUGCUGCUGUCCUGGGUGGCACUGGGCCCCCGCAGCCUGGAGGGAGCAGACCCCGGAACGCCGGGGGAAGCCGAGGGCCCAGCGUGCCCGGCCGCCUGUGUCUGCAGCUACGAUGACGACGCGGAUGAGCUCAGCGUCUUCUGCAGCUCCAGGAACCUCACGCGCCUGCCUGAUGGAGUCCCGGGCGGCACCCAAGCCCUGUGGCUGGACGGCAACAACCUCUCGUCCGUCCCCCCGGCAGCCUUCCAGAACCUCUCCAGCCUGGGCUUCCUCAACCUGCAGGGCGGCCAGCUGGGCAGCCUGGAGCCACAGGCGCUGCUGGGCCUAGAGAACCUGUGCCACCUGCACCUGGAGCGGAACCAGCUGCGCAGCCUGGCACUCGGCACGUUUGCACACACGCCCGCGCUGGCCUCGCUCGGCCUCAGCAACAACCGUCUGAGCAGGCUGGAGGACGGGCUCUUCGAGGGCCUCGGCAGCCUCUGGGACCUCAACCUCGGCUGGAAUAGCCUGGCGGUGCUCCCCGAUGCGGCGUUCCGCGGCCUGGGCAGCCUGCGCGAGCUGGUGCUGGCGGGCAACAGGCUGGCCUACCUGCAGCCCGCGCUCUUCAGCGGCCUGGCCGAGCUCCGGGAGCUGGACCUGAGCAGGAACGCGCUGCGGGCCAUCAAGGCAAACGUGUUCGUGCAGCUGCCCCGGCUCCAGAAACUCUACCUGGACCGCAACCUCAUCGCUGCCGUGGCCCCGGGCGCCUUCCUGGGCCUGAAGGCGCUGCGAUGGCUGGACCUGUCCCACAACCGCGUGGCUGGCCUCCUGGAGGACACGUUCCCCGGUCUGCUGGGCCUGCGUGUGCUGCGGCUGUCCCACAACGCCAUCGCCAGCCUGCGGCCCCGCACCUUCAAGGACCUGCACUUCCUGGAGGAGCUGCAGCUGGGCCACAACCGCAUCCGGCAGCUGGCUGAGCGCAGCUUUGAGGGCCUGGGGCAGCUUGAGGUGCUCACGCUAGACCACAACCAGCUCCAGGAGGUCAAGGCGGGCGCUUUCCUCGGCCUCACCAACGUGGCGGUCAUGAACCUCUCUGGGAACUGUCUCCGGAACCUUCCGGAGCAGGUGUUCCGGGGCCUGGGCAAGCUGCACAGCCUGCACCUGGAGGGCAGCUGCCUGGGACGCAUCCGCCCGCACACCUUCACCGGCCUCUCGGGGCUCCGCCGACUCUUCCUCAAGGACAACGGCCUCGUGGGCAUUGAGGAGCAGAGCCUGUGGGGGCUGGCGGAGCUGCUGGAGCUCGACCUGACCUCCAACCAGCUCACGCACCUGCCCCACCGCCUCUUCCAGGGCCUGGGCAAGCUGGAGUACCUGCUGCUCUCCCGCAACCGCCUGGCAGAGCUGCCGGCGGACGCCCUGGGCCCCCUGCAGCGGGCCUUCUGGCUGGACGUCUCGCACAACCGCCUGGAGGCAUUGCCCAACAGCCUCUUGGCACCACUGGGGCGGCUGCGCUACCUCAGCCUCAGGAACAACUCACUGCGGACCUUCACGCCGCAGCCCCCGGGCCUGGAGCGCCUGUGGCUGGAGGGUAACCCCUGGGACUGUGGCUGCCCUCUCAAGGCGCUGCGGGACUUCGCCCUGCAGAACCCCAGUGCUGUGCCCCGCUUCGUCCAGGCCAUCUGUGAGGGGGACGAUUGCCAGCCGCCCGCGUACACCUACAACAACAUCACCUGUGCCAGCCCGCCCGAGGUCGUGGGGCUCGACCUGCGGGACCUCAGCGAGGCCCACUUUGCUCCCUGCUGACCAGGUCCCCGGACUCAAGCCCCGGACUCAGGCCCCCACCUGGCUCACCUUGUGCUGGGGACAGGUCCUCAGUGUCCUCAGGGGCCUGCCCAGUGCACUUGCUGGAAGACGCAAGGGCCUGAUGGGGUGGAAGGCAUGGCGGCCCCCCCAGCUGUCAUCAAUUAAAGGCAAAGGCAAUCGAAUCUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-988.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1023.34
Frequency: 0.0000
Diversity: 597.72
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..............(((((((((..(((((.(((((......))))).)))))...(((((((((..((((((((((((.((((.((((((((((((.((((((((.((...((....)))).)))))).)).))))).((((((....))))))..((((((((((...(.(((((.(.(((.(((((((..((.......))..)))))))..((((((((......))).)))))..(((.(((((.((....)).))).))..)))))).)))))))...))))).)))))((((((..((........))))))))...)))))))...))))..........))).)))))))))...))).))))))(((((((.((((((((((((((((((((((((.((((((((.((((.((..((((.(..((.((((((.(((.(((((((((((((.(((.(.(((((((....)))......((((((.(((((((.((((((.(............).)))))))))))))..).)))))....))))((((.(((..(((((.((((.(.(..((..(((((...))))).))..).).)))).))...)))...))).))))..).))).)))))).))))))).)))((((((..((((........))))..))))))(((((((((..(((((((.((((((((((((((((...(((..(((...(((..(((((((.....)))....((((((..((((((((((.((.(((((.........)))))))(((.(((((..((((((.(((((((((((.((.....))))))).((((...((((((((.((((((((..((((..((((.((((.((...((((.(((.....)))))))...))..))))))))))))..))))..))))......))))))))..))))(((....))).((((((.(((........)))))))))((((((.(((.((((((..(((....)))..).))))).)))))))))....))))).).)))))).))))))))....(((.(........))))((((((..((..((((.(((((((.(((.((((((.....((.((.(((.....))).)).))(((((((.(((((((....)))))))))...))))))))))).))).)))).)).).)))))).))))))))))))))))...))))))..)))).)))...)))))))))).)))))))))))).)))......(((....)))..(((....))))))).)))))))))((((.(.((((((....(((((((((.(((((.((.....)).)))))..)))))).))).....)))))).).))))))))))))..)))))((((((((..((((((((...(((((..(((((.((((....)))))))))..))...)))......))))))))..))))))))))...))))........(((.((((((...........)))))).))).......(((.((((((((........((.(((((.....)).))).))........).)))))))))))))))))))))))))))))))((((((((.((.(.......).)).))))))))...((..(((((((.......)))))))..)))))).))..))))).))).......))))....))))))))).((((((((.(((......(((....))).(((........)))(((...((((((.(((((.(((((((.((.(((.((((((((((((.((..((...))..)).))))))...)))))))))..)).)))))))))))(((((((((((..((....))..))).((((((((.........))))))))))))))))..(((.((.(((((........))))).))))).).))))))..)))((((((((.......))))))))........)))...)))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..............(((((((((..(((((.(((((......))))).)))))..((((..((((((((((((((.(((....((((.(((({({((,({{{((((((((((((((((..(((((((((,(({..|.,.{{{{{{...,||||||,.{((({{((((...(.((({{{({(,{((((,(,((((((....{,{(..((|((.,....}}}}.|))))..)))}))},,))))..||,||||{,{{,||,|||.||...|||})|)})},,....)))}}.})))}((((((..,,.......,)))))))),,))})).,}}}}}}}|......{{{{(||{|{,{,|{{{||....),)))),).))})))))),,|{|||}.,,,.}))))))))).))))))),.......}))))))))}.....)})))))...)))).)))).))).))).))),(((....))).....(((((((..((((((((((((((({(((,.......),))))|{{(((({{((((.((((,{{,((.(((((.(((((((.((.((((.{.(..((..(((((...})))).))..).).)))).)),((((|...})))}(((.(((((({{(((((((((,{.((({.(({(((..{{{|,,..,,..)))).,)))))}((({{{{{{{,,({{{{,,.,,,.}}}}),))}|}}...}}||,{(..(((,.,))).|||.....)))}..)}.)))))))))))))))).)))(((((.........))))},,},.....,...))))))).)))))))||,|||||}}}{||||.}.||||,,,(((((((({(((({{((,.(({,.,((((.(((((((...((((.(((.....)))))))...)))})))}})))}))}.,)})),.))}).,....)))))))),}))))|}))}},.}}.((((({{(((........)))))))))((((((.(((.((((((..(((....)))..).))))).))))))))),}|,))}||{|||||,|}|||}|||||,,..,,..,}}}.,,,,)})))))}))))))))..))))))))))))))))))),(((....)))}.(({.....}))...((((((,(((.(((((((....)))))))))).,.))))))(((((((((((((.((((((((((,.{{((((((((((((((,{((({((,.,(({{{{,{{...,....,((((({{{.{((((((.((.......(((((((,,.,.{((....))),,.|.)))))))}}.)))}}},,}|||}},|(((((((((.(((((.((,...,)).)))))..)))))).)))...{{|||,,..((({......|}}}.,|||}}{(({((((..((((((((...(({((..(((((.((((....)))))))))..))...)))......)))))))),,}}}})))}||,,||,,},.}}..,,|((.{(|((|.,{{{{{..{{|||,|,.|||.,,,{{,|||,||{|||||..,,,,,|{(.((({{.....,,.}}|,||.,......}})))))))))},)),.))),}.})),).)))))},))))}.,}))})))...))))))))))))},.,||.,(((((((.......)))))))..,,.))).)))))))...)))).)))))))))....))))))))).((((((((.((({{{...(({....,,}............}||(((...((((((.{{(((.(((((((.((.(((.((((((((((((.((..{,...,)..}).)))))}..,)))))))))..)).))))))))))|(((((({,,....||....,,.(((((((((..((((((((..,,,..,,},))))))))))))))))),((((.,......))))))))))),}.))))))..)))|{((((((.......))))))}}........)))...)))))))).......
Back