Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005016.6
Sequence Length
3171 nt
GC Content
0.4885
CCCAGACCAGCAGAGGCAGCAGCCGGAGCAGCCGCAGCCUGCGCCCUCUCCCGCCCGCCCGCCCUCCGCCCGCCCGCCCGCCCUCCGCCGCCCUCCACCCGCCCCGGGGUCUCUUUCCCCCUUCCUCCUCCUCCUCCUCCACCCCCCCUUCCUCCUCCGCCCGCCCGCGGGGCCCCCCUCGCCUUCCCGCCCGCCCCUAUUGUUCCGCCCCCGGCCUCCCGCCCUUCCCCUUCCCGCCCGCUCCCCUUUUCCCCUCAGUCGCCUCGCGCCUGCAGUUUUUGGCUUUCACCCCCAACCAGUGACCAAAGACUUGACCACUCAAAGUCCAGCUCCCCAGAACACUGCUCGACAUGGACACCGGUGUGAUUGAAGGUGGAUUAAAUGUCACUCUCACCAUCCGGCUACUUAUGCAUGGAAAGGAAGUUGGCAGUAUCAUCGGAAAGAAAGGAGAAUCAGUUAAGAAGAUGCGCGAGGAGAGUGGUGCACGUAUCAACAUCUCAGAAGGGAAUUGUCCUGAGAGAAUUAUCACUUUGGCUGGACCCACUAAUGCCAUCUUCAAAGCCUUUGCUAUGAUCAUUGACAAACUGGAAGAGGACAUAAGCAGCUCUAUGACCAAUAGCACAGCUGCCAGUAGACCCCCGGUCACCCUGAGGCUGGUGGUCCCUGCUAGUCAGUGUGGCUCUCUCAUUGGAAAAGGUGGAUGCAAGAUCAAGGAAAUACGAGAGAGUACAGGGGCUCAGGUCCAGGUGGCAGGGGAUAUGCUACCCAACUCAACUGAGCGGGCCAUCACUAUUGCUGGCAUUCCACAAUCCAUCAUUGAGUGUGUCAAACAGAUCUGCGUGGUCAUGUUGGAGACUCUCUCCCAGUCCCCCCCGAAGGGCGUGACCAUCCCGUACCGGCCCAAGCCGUCCAGCUCUCCGGUCAUCUUUGCAGGUGGUCAGGACAGGUACAGCACAGGCAGCGACAGUGCGAGCUUUCCCCACACCACCCCGUCCAUGUGCCUCAACCCUGACCUGGAGGGACCACCUCUAGAGGCCUAUACCAUUCAAGGACAGUAUGCCAUUCCACAGCCAGAUUUGACCAAGCUGCACCAGUUGGCAAUGCAACAGUCUCAUUUUCCCAUGACGCAUGGCAACACCGGAUUCAGUGGCAUUGAAUCCAGCUCUCCAGAGGUGAAAGGCUAUUGGGCAGGUUUGGAUGCAUCUGCUCAGACUACUUCUCAUGAACUCACCAUUCCAAACGAUUUGAUUGGCUGCAUAAUCGGGCGUCAAGGCGCCAAAAUCAAUGAGAUCCGUCAGAUGUCUGGGGCGCAGAUCAAAAUUGCGAACCCAGUGGAAGGAUCUACUGAUAGGCAGGUUACCAUCACUGGAUCUGCUGCCAGCAUUAGCCUGGCUCAAUAUCUAAUCAAUGUCAGGCUUUCCUCGGAGACGGGUGGCAUGGGGAGCAGCUAGAACAAUGCAGAUUCAUCCAUAAUCCCUUUCUGCUGUUCACCACCACCCAUGAUCCAUCUGUGUAGUUUCUGAACAGUCAGCGAUUCCAGGUUUUAAAUAGUUUGUAAAUUUUCAGUUUCUACACACUUUAUCAUCCACUCGUGAUUUUUUAAUUAAAGCGUUUUAAUUCCUUUCUCUGUUCAGCUGUUGAUGCUGAGAUCCAUAUUUAGUUUUAUAAGCUUCUCCCUGGUUUUUUUUUUUUGGCUCAUGAAUUUUUCUGUUUGUCAUGGAAAUGUAAGAGUGGAAUAUUAAUACAUUUCAGUUUAGUUCUGUAAUGUCAGGAAUUUUUCAAAAAAAUUAAAAGAUGGACUGGAGCUUUUUCUUUGUGAAUAGAAACUGGAUGCCACAGUGAUUCAUGUGGGUUUUAUUCCUCUUGUCUUGCUGUUAUUUUUGUACCUUUUAUCCCUCAAAGGACCCUUCUUGGGUUUUGAAUGGAAGCCUUUAUUCCGGUUAAGAUGUUUUCUUCUAUUUUACCACUUCCAUCUUUUUUUGUGGCCCUCGAUCCUAUUUUUCCCUGACUCCAUGCUUGGUUGGCCCUUAUAAAACUUGUGCCCAAAAGAUUGAGGAUUAGACUUUCCGAGGACUUACCUGUCCUAGGGGAGUAGGCAAGCACUUCCACUAGGGAGGGGGUGGGGGAAAGGAAUGACACAUGACAUACAUGGCAUACACAUUAAGCAGUUGAUCAUAUGUCUGACUGGGUUCCAGUUUCUUGGGAAUGUUGGUCCCCUUGUUCAGGCUUGCAUAUUUUAAACUAAAAAUUUCAGUCUAUUGUUUUUAGUAACUUCAUUUAUAGUCCUCCAUAACAAGUUAGAAGGAUGUAUCUGCUACCAUUUAUUCCUAUAAUUUUAGAAAGUUGGGGCUUGACAUUAUACUCAUUUAGUGAGAGUAGAUGCAAAAAAGUGGAGGGGCAGGAGAACUUCUCCAGACACCUCAGAUAAAGUCCGGAGCCCAAGGCUUUAUCUUAACCAUGUAUGGUACCCCAUUCAUUCAUCAAGAAAACCCUCAACAGCUGGGCCUGCAUGGAGUGUUAUAUUUCAAGGUUUUUCACAGGGGUUACAGUAGGACAGUCCCCACCCCAAUCAGGCACCAGGAUAAAAGCAGGGACUUAAACAGCACCCCGGUUCUUCAGCCUGAGCCAUCACAUGCUAUCAGUCUCCUAACCUCCCCCUGGGCCUUAAGACAGGGCUUGGGCAGAGAAGAUAAAUGGUGGGACAAAAAAAUGAGUUACAUUGCCACCUGAGAAACCUCAGAGGGGAGGACCCAGCCUUAGCCUCCCUCCUCCCAAGUGCAAAAUGUGUAAACAGAGUAAACGGAACAGAAAAGUGCAGUCUAAGUGGUUUUCUCUCCUGCCCCUCCCACCGCCCCUCCCCCCACCCCCUAUUAUUUGGGGAUAAAGAAUAUAAAGACAACCCUGGCUUUUCUAUUGCCUUGUUGCUUGCUGAAUAUAAGGAAUGGGGUGGGGCAGGAAGGGGCUUGCCCUUAGCCACAGCUCUACGGCUGUGCCUCAUUCAUUUCCACAGCUGCCAGUGUCCCUAGAGUUUAUCAGGUGAAUUGGUCAGGGGAUCAGUCUCCCUCGAGCCUGACUUACGGCUGGGACAGCCCCAUCUUUCUGUUGAUUAUGUGGCGCAUAUAUAUAUAUAUAUGUAUAUAUAUAUAAUUUAUAUAAAUAUUUCUCUAUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-962.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1022.31
Frequency: 0.0000
Diversity: 1015.35
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((.((.(((((.((.((.((((.((.((((...))))..)))))).))..))..).)))).)).((((((((((.((((.((((((....(((.(((((..(..(((((((....(((((....((.....((((((..(((((((((((((((..((..(((((((.......))...)))))..)).(((.((.(((((.....(((.....)))..((((((((.((((((...............(((.(((...))).))).(((((((((...((((.........)))))))))))))(((....)))..(((((..((..(((....)))...))..)))))..))).)))...))))).))).....(((((..((..(..((((((.......)).))))..)..)).))))).......))))).)).)))...(((.........)))))).)))))).(.((((..........)))).).)))))).....((((((((((....((((.((((((((........(((((.(((((..((..(((((..........).)))))).))))))).)))..((((((((((.....))))...))))))(((..((((.((((((.......)))))).)))).))))))))))).)))).)))))))..)))...))))))....))....)))))....)))))))..).)))))...)))...)))))).)))).(((((...((((.((((((((((((((((.((....)).))))....((((.((.......)).))))...((((((((.....)))).))))(((((...)))))..((((.(((....))).).)))(((((...(((.(((((((((...((.((((..(((((..((((...(((((((((..((((((((.((.((..(.(...(((.(........)))).))..)).)).).)))))))....))))))(((((((.....))))))).(((.(((.((......))...))).)))....)))...))))..))))).((((......((((.((.(((....(((............)))))))).))))...(((((((((...)))))))))))))....)))).))...))))..))))).)))..)))))...)))))))).....(((....)))..................))))))))..)))))..))))))....)))).....((((...((((((.((......(((((.(((((.......)))))..)))))..)).))))))..)))).(((((((..(((....))))))))))((((((....).)))))................(((((((((.....((((((((((((..(((.(((((((.((((.......((((.......))))...))))))))))).)))))))))(((((.....(((((((...(((((.(((..((((..................))))..))))))))...)))))))....)))))(((((.(((((((((.....(((((.((..(((......(((((((((((((((((.((((((.......)))))).....((((((((((....(((..(((((((((..(((((.............)))))((((((((..((((...))))..)))))))).......(((((......))))).....)))))))))..)))....)))..)))))))((((((.((((((((((((((((.(((.((((.(..((((((((.......))....(((..((((((.....(((((((((........)))))((((.....))))...(((((((((....((((........))))....)))))))))..((((..............))))...(((.((((....((((((.(((((.((((((.((...(((((.....(((........)))..))))).....(((((((.(((((......))))).))))))))).))))))(((((....)))))))))).)))))))))).)))..((((.....))))...)))).....)))))).)))))))))..).)))))))))))))))))((((((((.((((...((((((.(((((............(((((((((...........)))))))))............)).)))....)))))).((((........))))..))))..))))))))........(((...(((((.(((.((((.(((((.........)))))))))))).......(((((...(((((...)))))...).))))((((((((((..(....)..))))))))))..((((....)))).)))))))))))))).))))))....)))))))))))))......))))......)))..)).)))))....)))))))))))).))...((((((...(((((....((((..((((((..(((((((.....((((.....(((((........)))))....(((..((((..((((....((...(((((..........)))))...))...)))).)))).)))((((((......((((((............(((((....)))))..(((((((....((....)).....)))))))(((.((((..(((....)))........(((..((((((.(((.......))).)))))).))).((((((.((...(((((.((((((..((((........))))............(((.((((...(((.........)))..)))))))...........))...)))).))))).)).)))))))))).)))...(((((((....))))))).))))))...)))))).)))).....)))))).)..)))))).)))).)))))...))))))..))))))...)))))))))....)))))))...((.((((...((....))....)))).))((((((((((((....))))))))))))..........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,(({(({(,{(((((.((,((.((((,{(.{(({...}))},,||}|||.|}{{((({(..{{{((,.,(({((({{{{((((.((((((....(((.(((((..(..(((((((....(((((....,{...,.((((((..(((((((((((((((..({..(((((({.......}},..}}}))..}}.,,,.,,.,,{{(,,...|||{{{{.,,}.,{{{.......(((.(((..{(((((({...,(({,(({{{({|{|.}.(((((((((...((((.........))))))))))))}{({....})}..(((((..((..(((....)))...))..)))))..,))})))}.{((.(((((,.......}}}}}.})),}.}},))}.}},...}...))))))).))).))).,......,)))).},.,))})..,{......,..},.))).)))))).{{((((....,,,,..),,,...)))))).....((((((((((.{{{.((({{((((,(({,,,{{{,,,(((.(({((..{({.{({{{|,,,......}.}}},,},)}})))).},,..((((((((((.....))))...))))))(((..((((.,,||||...,,}.))))))}))))},.))))),,))))))).)))))))..)))...)))))).}..,)....)))))....)))))))..).)))))...)))...)))))).)))).,,,{{...,{,,.{{..,,||||||||,,.,.....{|{||||....,,,,.,...,,,.,|{{||||{{.,,((((({,{{{{||||{|||,(((((...)))))..{,{{{({,....)))})})))|||,({{.(((.(((((((((,,.({,((({,,(((((..{{{({,.(((({({((..{((({{{,.,,.((,.(,{...{||,,.},,.....,,,,},..,}.)},}.)}))))}....}}))))|{|||||,..,,|||||}|,(((.{{{.((......))...||},|||,...}}}.|,,}|}..}}}}}.|||||...,,||||}|||{{|....(({,.........,|)},)))))}))}}...(((((((((...))))))))),}},},,.})))}))...))))..))))).))).}))}}),,,)))}}}})}}.,,,{|,,}|)}.........,......,,,}}}}}}}}..}}}}}.,))||||{...,)))}}...{(({.,,((((((.{(......(((((.(((({.......}))))..))))),,)}.))))))..)))}.(((((((..(({....)))))))))))))}}}}..{(((((((................)))))))|.....,})}).}||||||,.{||||||{{||.,((({,..({{((................,)))))))))).,|||,,}}}|{({{.....(((((((...(((((.(((..((((..................))))..))))))))...)))))))....|||||......)))}}.....{{{{(({....}}}}}}}.......||||{{({{,,,,,,.||||||.......,|||}}.,,,.,|}}||||,.}}}}|||..,...,,((((.,(((.(({(({{{{.{{{{,|||((,,{{((.{(((({{,,|||..,|||||,|{{.....,,|||.,}}},,}}}}||,,,}},.,}}}||||||{{{{{|{{{||||.|{{(,.,,,,,|||,{(((((((((.(((.((((.(..((((((({.......}}...|{({.|(|((({,{{{,({{,,,{{{..,,{,,,||||{((((.....)))))}}||,{(({({,,....||,.||},{{((||....},},)}}}},,{(((....,.........))))...{{{.{{{,....((((((.(((((.{(((((.({{,.(({({.....,{{,....,,.,,}.,))))).....(((((((.(((((......))))).)))))))}}.)))))}(((((....)))))))))).))))))))))|))}},||{|,,,..}}})}..,,,,.,...|}}||}.}}}})))))..}.))))))))))))))))}.{{{||,.,.||}})),.,{{..,}},,.}}},,,,,,,,|,,||||||}}}}}}}}}}},})))))))...|,,,,}},}},,..}}}}}.)))),.))))))))).}}}.,)))}.....,,,,||{({((((.{{{{{{(.(((((((((.((((.(((((.{.....)}))))))))))),....((((((((((((((({....,,,,.,,....,.((((((((((.,(...,)..))))))))))..,{{(,,.,|||,..{||||.|||,.,,,.,{{{,,,{,,.....,{(((({(((,,({{.{((,...,|,....,||,|..|||,(((({....,,.{,...,|}}}}}}|)),..}||||.||||{........(((((((.....((((....(((((........)))))......)))).,.)))).)))...{{{..|||||||||{.....})))))})))..)))..}}}.,,,}||||},.......,||..||,|,,||}}|||((((....))))}.{((((((,....,,....})}}}}})))))}}..}|{|....|||}.,,))}..},,...}}},,|,,,,,}|||}}}}},,)))})))))))))))))))))}}}}}.((((({(((({{{{((({{..,,,{|||}|,,..........|{(.((((...(((.........)))..))))})}.}}}},,}..})},..})))})))),.)),})))))..,|,|,.{{|{{(((({....})))))).},........,,|,|||||{(((((.(((((.((.....))))).)}))))),},|{|||,,,|,|})),,.)))})))},....))))))),.})))}}}.}}})))}..))}}))),)).,,{(((((((((((,...}))))))))))),...,|||||.,,.......,,}},.
Back