Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005122.5
Sequence Length
1371 nt
GC Content
0.5419
AGACAUCUCUUGUUUUCCAGAUACUACGGGUCAUAAUCCCUAACUCCAAUCACUGGCAACUCCUGAGAUCAGAGGAAAACCAGCAACAGCGUGGGAGUUUGGGGAGAGGCAUUCCAUACCAGAUUCUGUGGCCUGCAGGUGACAUGCUGCCUAAGAGAAGCAGGAGUCUGUGACAGCCACCCCAACACGUGACGUCAUGGCCAGUAGGGAAGAUGAGCUGAGGAACUGUGUGGUAUGUGGGGACCAAGCCACAGGCUACCACUUUAAUGCGCUGACUUGUGAGGGCUGCAAGGGUUUCUUCAGGAGAACAGUCAGCAAAAGCAUUGGUCCCACCUGCCCCUUUGCUGGAAGCUGUGAAGUCAGCAAGACUCAGAGGCGCCACUGCCCAGCCUGCAGGUUGCAGAAGUGCUUAGAUGCUGGCAUGAGGAAAGACAUGAUACUGUCGGCAGAAGCCCUGGCAUUGCGGCGAGCAAAGCAGGCCCAGCGGCGGGCACAGCAAACACCUGUGCAACUGAGUAAGGAGCAAGAAGAGCUGAUCCGGACACUCCUGGGGGCCCACACCCGCCACAUGGGCACCAUGUUUGAACAGUUUGUGCAGUUUAGGCCUCCAGCUCAUCUGUUCAUCCAUCACCAGCCCUUGCCCACCCUGGCCCCUGUGCUGCCUCUGGUCACACACUUCGCAGACAUCAACACUUUCAUGGUACUGCAAGUCAUCAAGUUUACUAAGGACCUGCCCGUCUUCCGUUCCCUGCCCAUUGAAGACCAGAUCUCCCUUCUCAAGGGAGCAGCUGUGGAAAUCUGUCACAUCGUACUCAAUACCACUUUCUGUCUCCAAACACAAAACUUCCUCUGCGGGCCUCUUCGCUACACAAUUGAAGAUGGAGCCCGUGUGGGGUUCCAGGUAGAGUUUUUGGAGUUGCUCUUUCACUUCCAUGGAACACUACGAAAACUGCAGCUCCAAGAGCCUGAGUAUGUGCUCUUGGCUGCCAUGGCCCUCUUCUCUCCUGACCGACCUGGAGUUACCCAGAGAGAUGAGAUUGAUCAGCUGCAAGAGGAGAUGGCACUGACUCUGCAAAGCUACAUCAAGGGCCAGCAGCGAAGGCCCCGGGAUCGGUUUCUGUAUGCGAAGUUGCUAGGCCUGCUGGCUGAGCUCCGGAGCAUUAAUGAGGCCUACGGGUACCAAAUCCAGCACAUCCAGGGCCUGUCUGCCAUGAUGCCGCUGCUCCAGGAGAUCUGCAGCUGAGGCCAUGCUCACUUCCUUCCCCAGCUCACCUGGAACACCCUGGAUACACUGGAGUGGGAAAAUGCUGGGACCAAAGAUUGGGCCGGGUUCAAAGGGAGCCCAGUGGUUGCAAUGAAAGACUAAAGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-474.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -503.15
Frequency: 0.0000
Diversity: 340.23
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........((((((.(((...((.(((.((((..(((((..........((((((...((((........))))...(((((....)).)))....((((((...(((..((.....((((((((((..(((((((........))))...)).)..))).))))))).))..))).))))))..((((....)))))))))))))))..)))).)))))...)))...((((.(((((.((((((((...)))).........(((((((((((.((.....(((.(((.....))))))....)))))))))....))))))))))))).))))((......))...(((((((((..(...(((.((((((((.(((..(((((((.(((....(((....))).....))).))).)).))...((((......))))(((....)))...((.((((.....)))).)).((((.((.((.((((((((.......))))((...(((.....(((((.((.((((((..((((......))))(((((((...........))))).))..((((((((.((....)).))))))))...)))))).))))))).....)))...))....)))).))))))))...))).))))))))))).)..))))))))).........(((((((.....(((((.((((...(((..((..(((((((((((((((..((.(((.((..(((((..((((((((((((((...)))))))...........))))).......))..))))).(((((((.(((.((((.................(((((((((((((.........))))))..).))))))..((((((((((((.((((((((((((((((..((((..................))))...))))))))))))...((((((((.((.(((((((((...(((((((((.(((((((...(((.....)))...))).)))).))))(((((.(((((((.(((.((......))..))))))..))))..))))))))))(((((((.((((((..((((.((((((...((((...(..(((.((((....)))).)))..)...))))....))))))...((((.....)))).....)))).))))))(((......)))..)))))))...........)))))))))))))))))))............))))))))))))).))))))).)))..)))))))......)).)))))..)))).)))).)))))))..))..)))...))))))))))))))))...)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,,.....||||{{,(((...{{.{((,({{{..{|||{.....,,,,,((((({..,((((..,,,,,,|||,...{((((..,,|},|}|..{{((((((...(((..{{,....((((((((((..((({{(({{......|})),,.}).)..))))}))))))})}..))).)))))},.{{{{....)))}}||||}}}|}}..}}}},}}|}},..}}|.{.((((.((((((((({((((...))))........,((((((((((({{(,,,,,(((.{{{,,..,)))))},...}})))))))....))))))))))))).)))),|.,{{||||,.{((({{{{({,,|,..{((,(((((((({(,({{{{{{(((,(({,.,,((|...,|||,....|||,|||,}}.|,...{{{{......))))|||,...))},,}||,|{{{.}}.,|)},.))||||{|||.||,|{((({((.......})))))..,{{|,,..,((((,{((.((((((..((((......))))((((({{...........})))).))..((((((((.((....)).))))))))...)))))).))))))).....)}}.,,)}...}}))).}}))))}),}})))}))))))))))).,..||||}||||.,.,,....{{{{{{{....,|||||,|{{{...{{{..{{..(((((((((((((((..({((((.((..,{(({.,{{{{{,,(((((({...}))))))....|{{{{...,,,.})}},..},..,},,,.(((((((.(((.((((................,(((((((((((({.........}))))).}).)))))),.((((((((((((.((((((((((((((((..((((........,,........)))}...)))))))))))}|..((((((((.((.(((((((((..,(((((((,({(((({((...{{{...,.)))...)))})))).))},{((((.((((((,{(((.,(......,)..)))))),.})))..))))))))))|((((((.((((((..((((.((((((...((((...(..(((.((((....)))).)))..)...))))....))))))...((((.....)))).....)))).)))))){((......)))..))))))}...,.....,.)))))))))))))))))))............))))))))))))).))))))).)))..)))))))......)).)))))..)))),,)))},))))))..}),}))},,,)))))))}}}))))))....,}}}}.
Back