Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005130.5
Sequence Length
1351 nt
GC Content
0.4848
GAAUCAUUGCACUCCCUACUAGAGCGGAUGUGAUGAGGGAAAAGGAGAACUCAGCACUUUCCCUGCAGGAACCGGCUCCCUCGGAGGGGCGUGGCUGGGAGGAGCUGUGAGUAACGUGCCACAGUGUUGUAAAAACCCAGUGAGUGUUAUAAAAACCCAGUCAGCCUGGCUCCUGUUGAAUAGUCUACCCCCCUUGCACUCUACCUGACACAGCUGCAGCCUGCAAUUCACUCGCACUGCCUGGGAUUGCACUGGAUCCGUGUGCUCAGAACAAGGUGAACGCCCAGCUGCAGCCAUGAAGAUCUGUAGCCUCACCCUGCUCUCCUUCCUCCUACUGGCUGCUCAGGUGCUCCUGGUGGAGGGGAAAAAAAAAGUGAAGAAUGGACUUCACAGCAAAGUGGUCUCAGAACAAAAGGACACUCUGGGCAACACCCAGAUUAAGCAGAAAAGCAGGCCCGGGAACAAAGGCAAGUUUGUCACCAAAGACCAAGCCAACUGCAGAUGGGCUGCUACUGAGCAGGAGGAGGGCAUCUCUCUCAAGGUUGAGUGCACUCAAUUGGACCAUGAAUUUUCCUGUGUCUUUGCUGGCAAUCCAACCUCAUGCCUAAAGCUCAAGGAUGAGAGAGUCUAUUGGAAACAAGUUGCCCGGAAUCUGCGCUCACAGAAAGACAUCUGUAGAUAUUCCAAGACAGCUGUGAAAACCAGAGUGUGCAGAAAGGAUUUUCCAGAAUCCAGUCUUAAGCUAGUCAGCUCCACUCUAUUUGGGAACACAAAGCCCAGGAAGGAGAAAACAGAGAUGUCCCCCAGGGAGCACAUCAAAGGCAAAGAGACCACCCCCUCUAGCCUAGCAGUGACCCAGACCAUGGCCACCAAAGCUCCCGAGUGUGUGGAGGACCCAGAUAUGGCAAACCAGAGGAAGACUGCCCUGGAGUUCUGUGGAGAGACUUGGAGCUCUCUCUGCACAUUCUUCCUCAGCAUAGUGCAGGACACGUCAUGCUAAUGAGGUCAAAAGAGAACGGGUUCCCUUAAGAGAUGUCAUGUCGUAAGUCCCUCUGUAUACUUUAAAGCUCUCUACAGUCCCCCCAAAAUAUGAACUUUUGUGCUUAGUGAGUGCAACGAAAUAUUUAAACAAGUUUUGUAUUUUUUGCUUUUGUGUUUUGGAAUUUGCCUUAUUUUUCUUGGAUGCGAUGUUCAGAGGCUGUUUCCUGCAGCAUGUAUUUCCAUGGCCCACACAGCUAUGUGUUUGAGCAGCGAAGAGUCUUUGAGCUGAAUGAGCCAGAGUGAUAAUUUCAGUGCAACGAACUUUCUGCUGAAUUAAUGGUAAUAAAACUCUGGGUGUUUUUCAGAAAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-412.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -437.23
Frequency: 0.0000
Diversity: 338.17
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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