Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005168.5
Sequence Length
2684 nt
GC Content
0.3931
GCAGUCGGCUCGGAAUUGGACUUGGGAGGCGCGGUGAGGAGUCAGGCUUAAAACUUGUUGGAGGGGAGUAACCAGCCUGCUCCUCUCGCUCUCCUCCUCGUCUGCGCCGCGUUUCAGAGAGAAAAUUCCUGUUCCAAGAGAAAAUAAGGCAACAUCAAUGAAGGAGAGAAGAGCCAGCCAGAAAUUAUCCAGCAAAUCUAUCAUGGAUCCUAAUCAGAACGUGAAAUGCAAGAUAGUUGUGGUGGGAGACAGUCAGUGUGGAAAAACUGCGCUGCUCCAUGUCUUCGCCAAGGACUGCUUCCCCGAGAAUUACGUUCCUACAGUGUUUGAGAAUUACACGGCCAGUUUUGAAAUCGACACACAAAGAAUAGAGUUGAGCCUGUGGGACACUUCGGGUUCUCCUUACUAUGACAAUGUCCGCCCCCUCUCUUACCCUGAUUCGGAUGCUGUGCUGAUUUGCUUUGACAUCAGUAGACCAGAGACCCUGGACAGUGUCCUCAAAAAGUGGAAAGGUGAAAUCCAGGAAUUUUGUCCAAAUACCAAAAUGCUCUUGGUCGGCUGCAAGUCUGAUCUGCGGACAGAUGUUAGUACAUUAGUAGAGCUCUCCAAUCACAGGCAGACGCCAGUGUCCUAUGACCAGGGGGCAAAUAUGGCCAAACAGAUUGGAGCAGCUACUUAUAUCGAAUGCUCAGCUUUACAGUCGGAAAAUAGCGUCAGAGACAUUUUUCACGUUGCCACCUUGGCAUGUGUAAAUAAGACAAAUAAAAACGUUAAGCGGAACAAAUCACAGAGAGCCACAAAGCGGAUUUCACACAUGCCUAGCAGACCAGAACUCUCGGCAGUUGCUACGGACUUACGAAAGGACAAAGCGAAGAGCUGCACUGUGAUGUGAAUCUUUCAUUAUCUUUAAUGAAGACAAAGGAAUCUAGUGUAAAAAACAACAGCAAACAAAAAGGUGAAGUCUAAAUGAAGUGCACAGCCAAAGUCAUGUAUACCAGAGGCUUAGGAGGCGUUUGAGAGGAUACUCAUCUUUUUGGAAUCCUGACCUUAGGUUCGGCAUGUAGACCAAGUGAUGAGAAGUGAAUACAUGGAAGAGUUUUUAAGUGUGACUUGAAAAAUAUGCCAAAAAAUGAGAGAUACAAAUGAGCUAGAGGAAGAUGAGGGGGGAUGCGAGUACCUCCAAGAAGAAAAAUCACACUCUGAAUGGUGCUUGCAUUUUUGGGUUUUUUUUUUUUGUUAUAAUCUAUUCAUGGAUCUCCACUUUGAUUUAAUUUUUAAAUGUUUUAAUCUCCUUUACAAAAAGUAUACGUUAAUAUACCGUCCUCAAGGGGGAACUGGCACUGUGACCUUAGCAUUUAGUUUUCUAGAGGAUGUGAUCUAAUUUCUUUCUAGCUCAUCAUUAAAAAGGAAAUUGUAUCAGGACCCAUGGGAUAUAUCCAGAGGCAAACUUUAUGAGGCUUUGAAAUCUUGCCUUCCUGAAGAUAGCUGAGUAGGAUGGUUCUAAGGAAAGCCUUUGCAAUCUUGCAAGAUUUGUAGACCAGCACUACAAAGAUCGCAUAGAUCAAAUAGGAAAAAAAAUGUCGAUUUUUAUUCAGUCUGAUGGUUCUGUUCUUCAUUGUGAUUGUCAUUAAAAAGUGGUAAAUUGCUCAAUGUAAUAUUUUUGUGCGCUGUUUAGAAGUUGUGUGAUUUUUUGCCAUCGUUGAUAAAAAUGCAAAGUCAAAUAAAAGGUGUCUUGGUUUGAUGUCAUAGAAUGAUCCAAGGAGAGAAAAAAGGUAGUUACUGUUUUCACCAGAAAAGGUAAUGAGUGAAGGAAAGAAUAGUAGCAGAAAGCACAGUUUGUGAGUAAAGCUGUCUGGAAUUAAGUUACCAAAAAUACAAAGCAAAAGGACUAUUAUUUUGGGUUGAAGCUCCAAAACUGACAGCAUCUGAUAAUCUGUUGGUUUAUUUCACUUUUCAUUAAAUGAACAUUGAUGAGAGAAGAUGCCACUUACCCAAGCUUUAGAGAAUCCCUAGUGGAAGAUUAUAUGAUAAACUUUCAGUCCUGACAUAACACUAGGGCAUUUCUAGAGUGUCAUUGCUAAAACCUCACUGAACAGAUGCAGCCAAGGUCUGUGUUCAGCACUUGGUCUCUGUUGUUACGUAAAAUAAUAAGCAUUUAAAAUAGUUUACAGAUAUUUUUGACCAGUUCCUUUUAGAGAUUCUUUCAGAGAAGAAACCAGAUCUGACCUGUUUAUUGUUGGCGCUUGUUGAAAACGAGCUUUCUUUCCCAUGAUAGUGCUUCGUUUUUGAAGUGUUGAAGCUGUGCUCCCCUUAAAUCGUGGCAGGAGAGAUUAAGGUAAUUACAACACUCAGUUCUAUGUCUUACAAGCACUUUGUCUUGUCUCUGCAAGAAAAUUCGAUUCCAGUCAUUUCCCAUAAAAUACAGACAUUUUACCAACAUAAUAUGCUUUGAUUGAUGCAGCAUUAUGCUUUGGGCAGUAUUACAAAAUAGCUGGCGAGUGCUUUCUGUAUUUAAAUAUUGUAAAAAGAAAAUAAGUUAUAACUGUUAUAAAGCAGAACUUUUGUUGCAUUUUUUAAACUGUUGAAGUCACUGUGUAUGUUUGUUUGGUCAAUGUUUCCGCAGUAUUUAUUAAAACAUACUUUUUUUUUCUUCAAAUAAAAAAGUAACCAUGUCUUUGUCUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-708.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -756.95
Frequency: 0.0000
Diversity: 531.47
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(.((((.((((...(((....(((((.((((.((((((.((((((....((((.((...)).))))....))))))))))))))))))))))))...)))).)))))....((((((.....(((((......)).))).....(((((((.((((((((((.(((...((((..((((....(((((............))))).....(((.....)))..((((((((((((.((((((.(((((..((((((((.....)))))))).....)))))))))))..))))((((.((..(((((((...((((((.(((((.(((..(((((..((((((...................(((((((...(((((((.((....)).))))))).......((((((((......(((((((((((.(((((.((((((.(((.(((((((.((((..(((((((((.((((((((..((((((((.(.(((.(.....).)))..).))...)))))).((((((.........)))))).))).))))).)))....(((((.....))))).)))))))))).))))))).)))..))).(((((((((((.(((...((((((....(((((((((((...((......))((((((((((((..............)))..))))..)))))(((((((..(......)..)))))))...))))).))))))(((((((..................(((...)))............((((.((.......)).)))))))))))((((((((.((((....)).))...)))))).)).........))))))..))).....)))).))))))).((.((((((((((.(((((...))))).....((((((((.((.........(((....(((((((((((.((((...(.((((((....((.(((((.((.....))..))))).))..)))))).)..))))..))))))))))).....))))).))))))))(((((((....(((((.(((.....((((.((........)).))))..))).)))))....)))))))....)))))))))).))...))).))).)))))).)))))))((((((((((((....(((.............)))....))))))))))))................)))))))).))))))).((((((........)))))).................((((((((.......(((((......))))).......))))))))))))))..))))).))))))))((((((.(((..(((((.((((.((((((((((................)))))))))).)))).).((..((((.....))))..))...........((((...........))))))))..))).)))))))))))))))))))..)).)))).......))))))))...(((((((.......)))))))((((.....))))......(((.((((((....)))))).)))..)))).))))))).)))))))))))).)))))........(((((..(((((.....)))))(((((((((((.((...(((((((....)))))))...)).)))..)))))))).....(((((((..(((....))).)))))))(((((...)))))....((((((((((((((((((((((.(((((....)))))))))))((((((.((((.((((....((((((((.((((((((((((((.(((((..((......(((((((..........(((((...(((.......((((((....((((..((((((((((.((......)))))))))))).......((((((((((.......))))))))))..)).)).....))))))((((((((((..((((((((..(..(((..(((.......)))....)))..)..))))))))..))))))))))))).))))).........((((((....(((((....).))))))))))...(((((((((.((((((((..........(((((....((((((..((((.....((((....(((.(((((.((((...))))..))))).)))))))......))))..))))))(((((((...((((((((((..((........))....)).)))))))).)))))))......)))))..........)))))))).))))))))))))))))....))..)))))...)).)))))))))....))))))...)))))......))))..))))..))))))......(((((((((((((..(((((((..((((((..((((((((((((((.....((((..((((((((..((.((((..(((....)))..)))).))..))))))))..)))).....(((((....(((((....)))))))))).)))))))))..............)))))..))))))...)).))))).))))))).....)))))).........)))))))))))))))).............))))).))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,.((((.((((...(({...{(((((.((((.((((((.((((((....((((.{,...|}.))))....))))))))))))))))))))))))...)))).))))}.,..((({((.,...{{{{{......)).}},.....(((((((.((((((((((.(({...((((..(((({{{{(((..(((......{({((,,{........,..}})))..}))..)))}|||.(((({((((((({.((((((((.....)))))))).....))))))))))}..|}|,((((.((..(((((((...((((((.(((({{(((..(((((..(((((({{,,....,,,........((((((({..(((((((.((....)).)))))))..},...((((((({..,{{.(((((((((((.(((((.((((((.(((.(((((((.((({..(((((((((.((((((((..((((((((.{.(((.{.....}.)))..}.))...)))))).((((((.........)))))).)))}})))).)))....(((((.....))))).)))))))))).))))))).)))..))).(((((((((((.(((...((((((....,{(((((((({...{{......},((((((((((((..............)))..))))..)))))(((((((..(,,....).,)))))))...))))).))))||(((((((..................(((,..}}},...........((({.((.,...,.)).)))))))))))||((((((.((,(....}),))...)))))),|,.....}}..))))))..))).....)))).))))))).{(.((((((((((.(((((...))))}.....(({((({(,((.........{{{....(((((((((((.((((...(.((((((....((.(((((.({.....}}..))))).))..)))))).)..))))..)))))))))))....,}}}}}.})))))))(((((((....(((((.(({.....{{{{.{{.,......}),)))}..})).)))))....)))))))....)))))))))).)}...))).))).)))))).)))))))((((((((((((....(((.,...........)))....))))))))))))...}}}..........}))))))).})))))).((({{,.,,,...,}}}}}}....,|||,........,(((((({.......(((((......))))).......))))))))))))))..))))).)))))))){(((((.(((..((({,.((((.((((((((((.,..............)))))))))).)))).}.{{..{{({.....}))},,||{,,..{{{,.,{{{{..,,,....,,))))))))..))).)))))})))))))))))))..)).)))).{{((({....)))))}.(((((((.......)))))))((((.....))))......(((.((((((....)))))).)))..)))).))))))).)))))))))))).))))).,,,....((((({{(((((.,,..}}}}|,,{{{{{.{{{,,|,.,|||||||,.}|}}}},|}||}}},,|||,,},,,}}}},...(((((((..(((....))).))))))}{((({...)))))....(((((((((((((((((((((({(((((....)))),||,|{{((,((,.((({.((((..{.((((((((,({(((((((((({{.(((((..((......(((((((..........(((((...(((.......((((((.,..((,,..((((((((((.({......}))))))))))).......{(((((((((.......))))))))))..)}.)).....))))))((((((((((..((((((((..{..(({..(((.......)))....})}..}..))))))))..))))))))))))).))))).........(((((({.,.{(,{,....),})})))))))...(((((((((.((((((((..........(((((....((((((..{(((,,...((((....{({.(({{{,(({{...}}}}.,})))).}}}}}}},,}},.))))..)))))}(((((({.,{((((((((((..{(........)).,}.)),})))))))})))))))......)))))..........)))))))).))))))))))))))))....))..)))))...},.)))))))))....))})))...))))).,....))))..))))}.))))).,}....,{{{{{(((((((..(((((((.{((((((..((({,(((((((((...{{((((,,((((((({..,,.{{((,.{{{....)))..}))).,}..}}}}}|}}..,,}}.....,,{||...,|||||.,,,))))},},,..)))))))))..}}},,.......)))))..},))))}}}))}))))).)))))))..,,,)))}},......}}.)))))))))))))))).............,}}}}.)))))),,....
Back